{"id":2588,"date":"2023-07-06T00:32:49","date_gmt":"2023-07-05T21:32:49","guid":{"rendered":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=2588"},"modified":"2023-09-10T19:43:39","modified_gmt":"2023-09-10T16:43:39","slug":"atopian-alkujuurilla-uusi-tutkimus-shibojen-immuunijarjestelman-geeneista","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=2588","title":{"rendered":"Atopian alkujuurilla? Uusi tutkimus shibojen immuunij\u00e4rjestelm\u00e4n geeneist\u00e4"},"content":{"rendered":"\n
\"\"
Kuvituskuvina 60\/70-luvun taitteen japanilaisia shiboja kirjasta \u65e5\u672c\u72ac.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Sainpas t\u00e4h\u00e4nkin otsikkoon alkusoinnun. Viikonlopun blogijuttu inspiroitui vahingossa, kun k\u00e4vin katsomassa, mit\u00e4 ”shiballa on japaninsuden geenej\u00e4” -tutkimukselle oikein kuuluu. Sit\u00e4 ei ole viel\u00e4k\u00e4\u00e4n julkaistu virallisesti. Mutta samalla l\u00f6ytyi uusi japanilainen paperi eri koirarotujen immuunigeeneist\u00e4. Mukana on ollut my\u00f6s 37 shibaa, 10 akitaa ja 1 shikoku.<\/p>\n\n\n\n

Shiboilla tuntuu olevan ihan liikaa allergioita ja atopiaa. Jutunaiheet lenkeill\u00e4 on yht\u00e4 mielt\u00e4ylent\u00e4vi\u00e4. ”Ai teille annettiin Apoquel, meill\u00e4 menee tuo perinteinen kortisoni!” Mulla Tiikeri sy\u00f6 nyt ainakin kes\u00e4ajan kortisonia siitep\u00f6lyallergiaan. Tehoaa hienosti kutinaan mutta ei liene pitemm\u00e4n p\u00e4\u00e4lle kovin terveellinen l\u00e4\u00e4ke.<\/p>\n\n\n\n

Allergia, atopia ja autoimmuunisairaudet syntyv\u00e4t siit\u00e4, kun immuunij\u00e4rjestelm\u00e4 alkaa toimia ep\u00e4tarkoituksenmukaisella tavalla. Koska n\u00e4m\u00e4 esiintyv\u00e4t usein roduittain eli vaikuttavat geneettisilt\u00e4, niin immuunij\u00e4rjestelm\u00e4n geenien yhteytt\u00e4 h\u00e4iri\u00f6ihin on selvitetty hartaasti. Tutkituin immuunigeenialue on nimelt\u00e4\u00e4n DLA (dog leukocyte antigen). Sill\u00e4 on monia kiinnostavia piirteit\u00e4.    <\/p>\n\n\n\n

Koiran DLA-immuunigeenialue, simppeli versio<\/h3>\n\n\n\n
    \n
  • Per\u00e4kk\u00e4isten geenien ryp\u00e4s kromosomissa 12.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n
      \n
    • Immuunigeeneist\u00e4 valmistuu erilaisia pikkuproteiineja, joiden teht\u00e4v\u00e4n\u00e4 on napata ja esitell\u00e4 p\u00f6p\u00f6jen osia puolustussoluille. Esimerkiksi viruksen valtaaman solun pinnalla on t\u00e4llanen pikkuproteiini heiluttamassa h\u00e4diss\u00e4\u00e4n viruksen osaa, jolloin puolustussolu huomaa tilanteen ja tuhoaa infektoituneen solun ennen kuin virus ehtii levit\u00e4.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n
        \n
      • Immuunigeeneist\u00e4 on olemassa enemm\u00e4n erilaisia versioita kuin mist\u00e4\u00e4n muista tunnetuista geeneist\u00e4. Ajatus on, ett\u00e4 erilaiset pikkuproteiinit pystyv\u00e4t nappaamaan ja esittelem\u00e4\u00e4n erilaisten p\u00f6p\u00f6jen osia. Tai ehk\u00e4 jotkin pikkuproteiinit tekev\u00e4t sen tehokkaammin kuin toiset. <\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n
          \n
        • Silti yhdell\u00e4 koiralla on joka geeni\u00e4 vain ne kaksi kappaletta, yksi emolta ja toinen is\u00e4lt\u00e4 peritty.* Kuten vaikka. Hachilla on immuunigeenist\u00e4 1 versiot 1A ja 1B, mutta Pochilla versiot 1C ja 1D. T\u00e4llaiseen heterotsygotiaan luonto my\u00f6s n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 pyrkiv\u00e4n mutta rotukoirien sis\u00e4siitos tekee jotain ihan muuta. Oikeasti Hachilla ja Pochilla olisi varmaan molemmilla immuunigeenist\u00e4 1 pelkk\u00e4\u00e4 versiota 1A.    <\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n
          \"\"<\/figure>\n\n\n\n

          Koiran DLA-immuunigeenialue, v\u00e4h\u00e4n tarkempi versio<\/h3>\n\n\n\n

          Immuunigeenit, luokka I<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          Geeni 1<\/strong> (139 tunnettua versiota, 1A, 1B, 1C…)<\/p>\n\n\n\n

          Geeni 2<\/strong> (17 tunnettua versiota, 2A, 2B, 2C…)<\/p>\n\n\n\n

          Geeni 3<\/strong> (9 tunnettua versiota, 3A, 3B, 3C…)<\/p>\n\n\n\n

          (Geeni 4<\/strong>, sijaitsee toisessa kromosomissa.)<\/p>\n\n\n\n

          Immuunigeenit, luokka II<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          Geeni 5<\/strong> (1 tunnettu versio, 5A)<\/p>\n\n\n\n

          Geeni 6<\/strong> (181 tunnettua versiota, 6A, 6B, 6C…)<\/p>\n\n\n\n

          Geeni 7<\/strong> (30 tunnettua versiota, 7A, 7B, 7C…)<\/p>\n\n\n\n

          Geeni 8<\/strong> (86 tunnettua versiota, 8A, 8B, 8C…)<\/p>\n\n\n\n

          DLA:n I ja II -luokkien geeneist\u00e4 valmistuvien pikkuproteiinien erot:<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          I-luokkalaiset:<\/strong> ty\u00f6skentelev\u00e4t kaikissa elimist\u00f6n solutyypeiss\u00e4 ja antavat itsemurhahakuisen h\u00e4lytyksen siit\u00e4, ett\u00e4 solu on infektoitunut viruksella. Aktivoivat puolustussoluja, jotka tuhoavat infektoituneet solut.<\/p>\n\n\n\n

          II-luokkalaiset: <\/strong>ty\u00f6skentelev\u00e4t p\u00f6p\u00f6n osien esittelyyn erikoistuneissa valkosoluissa, jotka ovat itse terveit\u00e4 mutta ”sy\u00f6neet” ymp\u00e4rist\u00f6st\u00e4\u00e4n bakteereja ynn\u00e4 muuta ep\u00e4ilytt\u00e4v\u00e4\u00e4. Mit\u00e4 ne sitten esittelev\u00e4t. Aktivoivat puolustussoluja, jotka osallistuvat puolustautumiseen ep\u00e4suorasti esimerkiksi tuottamalla vasta-aineita. Aiheuttavat siten tulehduksen ja allergian oireet.   <\/p>\n\n\n\n

          Lis\u00e4ksi molemmat luokat esittelev\u00e4t osia koiran omista proteiineista. Normaalisti puolustussolun ei kuulu reagoida niihin. Mit\u00e4 seuraa, jos puolustussolu kuitenkin reagoi? Jep, autoimmuunisairaus. DLA-pikkuproteiinit voivat olla osa h\u00e4iri\u00f6t\u00e4 mutta tuskin koko selitys. <\/p>\n\n\n\n

          Geenit sijaitsevat per\u00e4kk\u00e4isen\u00e4 rypp\u00e4\u00e4n\u00e4 (paitsi tuo erakko 4), mutta alueella on muitakin geenej\u00e4. <\/p>\n\n\n\n

          \"\"<\/figure>\n\n\n\n

          Koiran immuunigeenialue, edelliset geenit korrektisti nimettyn\u00e4 xD<\/h3>\n\n\n\n

          DLA I<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          DLA-88<\/strong> (139 tunnettua versiota, DLA-88*001:01, DLA-88*005:01…)<\/p>\n\n\n\n

          DLA-12<\/strong> (17 tunnettua versiota, DLA-12*001:01:01, DLA-12*001:01:02…)<\/p>\n\n\n\n

          DLA-64<\/strong> (9 tunnettua versiota, DLA-64*001:02, DLA-64*001:01:01…)<\/p>\n\n\n\n

          (DLA-79<\/strong>, sijaitsee toisessa kromosomissa)<\/p>\n\n\n\n

          DLA II<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          DLA-DRA<\/strong> (1 tunnettu versio)<\/p>\n\n\n\n

          DLA-DRB1<\/strong> (181 tunnettua versiota, DLA-DRB1*001:03, DLA-DRB1*002:03…)<\/p>\n\n\n\n

          DLA-DQA1<\/strong> (30 tunnettua versiota, DLA-DQA1*012:01:2, DLA-DQA1*014:01:2…)<\/p>\n\n\n\n

          DLA-DQB1<\/strong> (86 tunnettua versiota, DLA-DQB1*008:03, DLA-DQB1*013:04…)<\/p>\n\n\n\n

          Voin sanoa, ett\u00e4 mik\u00e4\u00e4n muu koiran geeneihin liittyv\u00e4 juttu ei ole tuntunut yht\u00e4 hankalasti l\u00e4hestytt\u00e4v\u00e4lt\u00e4 kuin DLA. Kiitos noiden j\u00e4rjett\u00f6mien geeninimien ja niiden versionumeroinnin. Ootas kun aletaan puhua haplotyypeist\u00e4, joissa nuo esiintyv\u00e4t per\u00e4kk\u00e4in…<\/p>\n\n\n\n

          Suosittelen omien muistis\u00e4\u00e4nt\u00f6jen keksimist\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

          DLA-geeniversioiden yhten\u00e4isen nime\u00e4misen ja tietokannan yll\u00e4pitoon on perustettu er\u00e4\u00e4nlainen komitea. Tietokanta l\u00f6ytyy osoitteesta https:\/\/www.ebi.ac.uk\/ipd\/mhc\/group\/DLA\/ :<\/p>\n\n\n\n

          \"\"<\/figure>\n\n\n\n

          <\/p>\n\n\n\n

          L\u00e4hes kaikilla shiboilla yhdet ja samat immuunigeeniversiot<\/h3>\n\n\n\n

          Immuunigeenien tutkimuksissa n\u00e4kee todella usein, ett\u00e4 yksitt\u00e4isen immuunigeenin sijaan on tutkittu esim. kolmen per\u00e4kk\u00e4isen immuunigeenin jonoa tietyss\u00e4 rodussa. Per\u00e4kk\u00e4isten geeniversioiden jono = haplotyyppi. Esimerkiksi immuunigeenien 1, 2 ja 3 er\u00e4s haplotyyppi vois olla 1B-2A-3B. Tai vaikka 1B-2C-3B. Jos yhell\u00e4kin geenill\u00e4 on eri versio, niin se lasketaan erilliseksi haplotyypiksi. Ja ihan kuten tavallisessa genetiikassa, niin koira on perinyt yhen haplotyypin em\u00e4lt\u00e4 ja toisen is\u00e4lt\u00e4. Ne voi olla kesken\u00e4\u00e4n samanlaiset tai erilaiset.<\/p>\n\n\n\n

          T\u00e4ss\u00e4 tutkimuksessa oli kohteena kolmen DLA-geenin jono: DLA-88, DLA-12 ja DLA-DRB1. Huolimatta siit\u00e4, ett\u00e4 n\u00e4iden geenien pit\u00e4isi olla eli\u00f6populaation monimuotoisimmat, niin suurelta osalta shiboja l\u00f6ytyi tietty haplotyyppi. Se n\u00e4ytti the virallisilla nimityksill\u00e4 t\u00e4lt\u00e4:<\/p>\n\n\n\n

          DLA-88-geenist\u00e4 versio 006:01<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          DLA-12-geenist\u00e4 versio 001:01:01<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          DLA-DRB1-geenist\u00e4 versio 056:01<\/strong><\/p>\n\n\n\n

          N\u00e4ist\u00e4 kaksi ekaa kuuluu I-luokkaan eli esittelee puolustussoluille viruksia, kolmas taas II-luokkaan ja esittelee sy\u00f6tyj\u00e4 bakteereja. Tai muuta sis\u00e4\u00e4notettua, kuten siitep\u00f6lyhiukkasen osia.<\/p>\n\n\n\n

          Tutkimuksen 37 shibasta 10 oli perinyt t\u00e4m\u00e4n versiosetin sek\u00e4 emolta ett\u00e4 is\u00e4lt\u00e4 (homotsygootit) ja 19 toiselta vanhemmaltaan (heterotsygootit).<\/p>\n\n\n\n

          T\u00e4m\u00e4 yleisin haplotyyppi ja kaksi muuta haplotyyppi\u00e4 vastasivat noin 90% kaikesta muuntelusta, mik\u00e4 tutkimuksen shiboista l\u00f6ytyi. Eli l\u00e4hes kaikilla shiboilla oli jokin kolmesta vaihtoehdosta.<\/strong> Muita harvinaisempia haplotyyppej\u00e4 (tyyliin yhdest\u00e4 tai kahdesta koirasta?) l\u00f6ytyi yhteens\u00e4 kahdeksan.  <\/p>\n\n\n\n

          Mit\u00e4 jos tuo shibojen yleinen versio DLA-DRB1-geenist\u00e4 toimii jotenkin huonosti esitelless\u00e4\u00e4n puolustussoluille potentiaalisia uhkia. Yliteholla tai aliteholla. En tarkota, ett\u00e4 t\u00e4st\u00e4 on n\u00e4ytt\u00f6\u00e4, mutta jos olisi, niin sama ongelma ois sitten isossa osassa rotua. <\/p>\n\n\n\n

          \"\"<\/figure>\n\n\n\n

          Shibojen uniikit DLA-geenit suden sukua?<\/h3>\n\n\n\n

          Mielenkiintoinen havainto shibojen DLA-DRB1-geenist\u00e4 oli se, ett\u00e4 sen kolme yleisint\u00e4 versiota (mukaanluettuna tuo yleisimp\u00e4\u00e4n haplotyyppiin kuuluva 056:01) olivat ”yksinoikeudella shiboille”, siis ettei niit\u00e4 l\u00f6ytynyt ollenkaan muista tutkimuksen roduista. Sen sijaan kahta niist\u00e4 on havaittu susissa. Esimerkiksi tuota 056:01:st\u00e4 suomalaisissa<\/em> susissa yleisyydell\u00e4 4.0%. Vanha National Geographic -legenda shibasta ja susigeeneist\u00e4 saa yht\u00e4kki\u00e4 tukea! : D    <\/p>\n\n\n\n

          Ent\u00e4s se DLA-immuunigeenien ja allergioiden ja autoimmuunisairauksien yhteys?<\/h3>\n\n\n\n

          On ep\u00e4ilys mutta ei vankkoja todisteita. Tyypillinen tutkimustulos n\u00e4ytt\u00e4isi t\u00e4lt\u00e4: shiballa immuunigeenin 5 versio 5C yhdistyy kohonneeseen riskiin saada atooppinen ihotulehdus. Eli vertaillaan atoopikkojen ja ei-atoopikkojen immuunigeenej\u00e4 ja havaitaan, ett\u00e4 sattumaa useammin atoopikoilta l\u00f6ytyy joku tietty versio. Mutta miksi, siihen on harvoin viel\u00e4 vastausta. Samasta syyst\u00e4 ei sanota, ett\u00e4 versio 5C aiheuttaisi atopian, koska mekanismia ei ole tutkittu saati osoitettu.<\/p>\n\n\n\n

          Ent\u00e4 mik\u00e4 erottaa siitep\u00f6lyallergisen koiran ja sen allergiattoman toverin?<\/h3>\n\n\n\n

          Hyv\u00e4 kysymys! Vastaus olisi my\u00f6s arvokas. Kummallakin koiralla siitep\u00f6lyhiukkanen on varmaankin p\u00e4\u00e4tynyt antigeenej\u00e4 esittelev\u00e4\u00e4n valkosoluun, jossa II-luokan DLA-pikkuproteiini on kuljettanut siitep\u00f6lyn osan n\u00e4ytille solun pinnalle. Valkosolu on k\u00e4ynyt n\u00e4ytt\u00e4m\u00e4ss\u00e4 Potentiaalista Uhkaa puolustussolulle, mutta vain toisella koiralla puolustussolu on aktivoitunut ja saanut siten aikaan allergian oireet. Toisen koiran puolustussolu on todennut, ett\u00e4 v\u00e4\u00e4r\u00e4 h\u00e4lytys, kohde on vaaraton. Miksi n\u00e4in, sit\u00e4 ei viel\u00e4 tiedet\u00e4. Varmana tapahtumasarja on monimutkainen ja siihen liittyy paljon muutakin kuin pelkk\u00e4 DLA-pikkuproteiini.<\/p>\n\n\n\n

          Tuntuu kyll\u00e4 uskomattomalta, ett\u00e4 tollanen systeemi voi toimia niin hyvin. Miten ne solut osaa yleens\u00e4 erottaa, ett\u00e4 jonkin bakteerin proteiinipala on todellinen uhka ja siitep\u00f6lyhiukkasen proteiinipala ei ole?     <\/p>\n\n\n\n

          Shibojen DLA-alueen geenitestaus<\/h3>\n\n\n\n

          UC Davis -labran kaupallisesta geenitestist\u00e4 on ollut aiemminkin puhetta. Testi tutkii jotakin koiran I ja II-luokan immuunigeeneist\u00e4, mutta m\u00e4 en ole viel\u00e4k\u00e4\u00e4n onnistunut koodaamaan auki, ett\u00e4 mit\u00e4 geeniversioita tai haplotyyppej\u00e4 ne yksinkertaiset numerosarjat tarkalleen kuvaa. Huomionarvoista on silti, ett\u00e4 tuollakin on l\u00e4hes kaikilla shiboilla jokin kolmesta vaihtoehdosta.<\/p>\n\n\n\n

          Ihmislajilla vastaavia immuunigeenien versioita on muuten l\u00f6ydetty noin 30 000 erilaista.    <\/p>\n\n\n\n

          \"\"
          ”Opettelimme kolme versiota ja olemme jo ihan poikki! Onko se nyt varmasti DLA eik\u00e4 DNA??”<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

          L\u00e4hteit\u00e4 ja luettavaa<\/h3>\n\n\n\n

          Large-Scale Polymorphism Analysis of Dog Leukocyte Antigen Class I and Class II Genes ( DLA-88<\/em>, DLA-12\/88L<\/em> and DLA-DRB1<\/em>) and Comparison of the Haplotype Diversity between Breeds in Japan (Miyamae ym., 2023)<\/p>\n\n\n\n

          Principles of Virology, Volume 2: Pathogenesis and Control<\/strong>, 5th Edition (Flint ym., 2020)<\/p>\n\n\n\n

          Dog leucocyte antigen (DLA) class II haplotypes and risk of canine diabetes mellitus in specific dog breeds (Denyer ym., 2020)<\/p>\n\n\n\n

          The canine MHC class Ia allele DLA-88*508:01 presents diverse self-and canine distemper virus-origin peptides of varying length that have a conserved binding motif (Ross ym., 2018)<\/p>\n\n\n\n

          Evaluation of a DLA-79 allele associated with multiple immune-mediated diseases in dogs (Friedenberg ym., 2015)<\/p>\n\n\n\n

          Molecular organization of the canine major histocompatibility complex (Wagner, 2003)<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

          Sainpas t\u00e4h\u00e4nkin otsikkoon alkusoinnun. Viikonlopun blogijuttu inspiroitui vahingossa, kun k\u00e4vin katsomassa, mit\u00e4 ”shiballa on japaninsuden geenej\u00e4” -tutkimukselle oikein kuuluu. Sit\u00e4 ei ole viel\u00e4k\u00e4\u00e4n julkaistu virallisesti. Mutta samalla l\u00f6ytyi uusi japanilainen paperi eri koirarotujen immuunigeeneist\u00e4. Mukana on ollut my\u00f6s 37 shibaa, 10 akitaa ja 1 shikoku. Shiboilla tuntuu olevan ihan liikaa allergioita ja atopiaa. Jutunaiheet lenkeill\u00e4 […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,56,12],"tags":[],"class_list":["post-2588","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-genetiikka","category-shibojen-allergiat","category-terveys"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/2588","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=2588"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/2588\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2596,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/2588\/revisions\/2596"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=2588"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=2588"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=2588"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}