{"id":2747,"date":"2023-09-16T16:26:07","date_gmt":"2023-09-16T13:26:07","guid":{"rendered":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=2747"},"modified":"2023-12-21T10:20:04","modified_gmt":"2023-12-21T08:20:04","slug":"shiban-sisasiitosprosentti-0-vs-geenitason-todellisuus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=2747","title":{"rendered":"Shiban sis\u00e4siitosprosentti 0 vs. geenitason todellisuus"},"content":{"rendered":"\n


Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta.<\/p>\n\n\n\n


Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sis\u00e4siittoinen koirarotu.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n


Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista<\/em> ja paperilla t\u00e4ysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien p\u00e4\u00e4h\u00e4n, on silti geenitestin perusteella k\u00e4sitt\u00e4m\u00e4tt\u00f6m\u00e4n samanperint\u00e4inen. Tuollainen tulos vastaa ei-sis\u00e4siittoisilla kyl\u00e4koirilla sit\u00e4, ett\u00e4 emo ja is\u00e4 on t\u00e4yssisarukset. Sisko ja veli. Vanhemmat voi olla kumpikin ite vaikka t\u00e4ysin eriperint\u00e4isi\u00e4 mutta silti kesken\u00e4\u00e4n ”puoliksi samanlaisia”. Tyypillisesti aikasempien vuosikymmenten matadoruroksien vaikutuksen takia. Sitten j\u00e4lkel\u00e4inen onnistuu perim\u00e4\u00e4n just ne samanlaiset geenit molemmilta, kun puolet vanhempien geeneist\u00e4 on arvottu sukusoluihin.<\/p>\n\n\n\n


Milt\u00e4 ne KoiraNetin oranssilla tavalla sis\u00e4siittoiset shibat jo pahimmillaan n\u00e4ytt\u00e4\u00e4? Entsyymi on taatusti is\u00e4ns\u00e4 tyt\u00e4r, enk\u00e4 m\u00e4 pid\u00e4 realistisena sit\u00e4k\u00e4\u00e4n, ett\u00e4 aikasemmissa l\u00e4hisukupolvissa ois v\u00e4\u00e4ri\u00e4 polveutumisia tai joku puuttuvista esivanhemmista molemmin puolin. Vaikka melkein toivoisin ett\u00e4 olisi. K\u00e4ppyr\u00e4n punainen viiva n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 ilmeisesti kaikkien testin olemassaolon aikana testattujen shibojen sis\u00e4siittoisuuden jakauman. En ole varma, miten tuo on skaalattu (ainakaan nolla ei voi tarkottaa 0% sis\u00e4siittoisuutta). Ehk\u00e4 nykyisin testattavat nuoret koirat alkaa saada v\u00e4ist\u00e4m\u00e4tt\u00e4 ”most inbred”-p\u00e4\u00e4n tuloksia sit\u00e4 mukaa kun se kanta kerran v\u00e4ist\u00e4m\u00e4tt\u00e4 sukulaistuu.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n


STR-taulukossa on mitattu emolta ja is\u00e4lt\u00e4 perittyjen toistojaksojen pituuksia. Toistojaksot ei ole geenej\u00e4 mutta niit\u00e4 on helppo tutkia ja niiden perusteella voi p\u00e4\u00e4tell\u00e4 jotain geeneist\u00e4. Rankasti yksinkertaistettu idea: jokainen shiba-rodun kantakoira\/matadoruros on j\u00e4tt\u00e4nyt rotuun tietyn pituiset toistojaksot. Sek\u00e4 muut geenins\u00e4. Jos nykyinen shiba on perinyt saman pituisen toistojakson sek\u00e4 emon ett\u00e4 is\u00e4n kautta, niin sitten se on voinut peri\u00e4 tuplana my\u00f6s jonkin geenin t\u00e4lt\u00e4 kantakoiralta\/matadorilta. Just sill\u00e4 tavalla kaikista pienist\u00e4 japanilaiskoirista sata vuotta sitten tehtiin shiban n\u00e4k\u00f6si\u00e4, kun rotua alettiin ekaa kertaa ulkomuotojalostaa. Hienompi termi t\u00e4lle oli rotutyypin vakiinnuttaminen. Mutta samalla ongelmana on tuplana perityt huonot geenit, koska niidenkin vaikutus tulee sillon herkemmin n\u00e4kyviin.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n


Sukupuusta lasketun sis\u00e4siitosprosentin m\u00e4\u00e4ritelm\u00e4: laskennallinen todenn\u00e4k\u00f6isyys, ett\u00e4 koira on perinyt jonkin esivanhempansa geenin (tai toistojakson) tuplana sek\u00e4 emon ett\u00e4 is\u00e4n kautta. Entsyymill\u00e4 nolla prosenttia, aivan kuten geenitestiss\u00e4 ei n\u00e4y. Onko noilla 4-6 sukupolven sis\u00e4siitosprosenteilla en\u00e4\u00e4 mit\u00e4\u00e4n merkityst\u00e4, jos koirat alkaa kuitenkin oikeasti olla yht\u00e4 ja samaa. Koujinryuun ja Gomaryuun tiivist\u00e4v\u00e4\u00e4 vaikutusta ootellessa hatunnosto niille, jotka viel\u00e4 jaksaa ja tohtii pitemm\u00e4ll\u00e4 t\u00e4ht\u00e4imell\u00e4 yritt\u00e4\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Immuunij\u00e4rjestelm\u00e4n DLA-geenialuetta. T\u00e4n pit\u00e4isi olla nis\u00e4kk\u00e4\u00e4n monimuotoisin geenialue. Haplotype 1 on peritty toiselta vanhemmalta ja haplotype 2 toiselta. M\u00e4 oon alkanut mietti\u00e4, voisko nuo 1054 ja 2106 olla shiballa jotain riskiversioita allergioille. Kolmasosalla kaikista shiboista on nuo. My\u00f6s Tiikerill\u00e4. Tsyymi ei viel\u00e4 kutise ja on yli atopian pahimman riski-i\u00e4n mutta ihan samaa m\u00e4 sanoin viimeksi liian aikaisin Tikrusta.<\/p>\n\n\n\n


Ai niin, nuo 1054 ja 2106 on labran omia koodeja. Ne n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 diplomissa selke\u00e4mmilt\u00e4 kuin joku DLQ-DBR 2678:24589:120 mutta niist\u00e4 on turha yritt\u00e4\u00e4 etti\u00e4 tutkimustietoa. En edelleenk\u00e4\u00e4n tii\u00e4 avataanko koodausta jossain.<\/p>\n\n\n\n


Vaikka tulos oli shibojen kannalta aika karsea, niin olin oikeasti dyskinesiajuttujen ja Entsyymin pentujen takia iloinen ett\u00e4 nimenomaan Tsyymi on geenitestiss\u00e4 n\u00e4in samanperint\u00e4inen. Vaikka sukupuu n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 ulkosiitetylt\u00e4 niin uskon taas siihen, ett\u00e4 jokin resessiivinen periytymistapa voi my\u00f6s selitt\u00e4\u00e4 sen. Dyskinesia ei alkuj\u00e4rkytyksen j\u00e4lkeen ole vaikuttanut el\u00e4m\u00e4\u00e4n mitenk\u00e4\u00e4n, koska kohtauksia ei ole en\u00e4\u00e4 n\u00e4kynyt. Mutta kukaan ei viel\u00e4 tied\u00e4, miten se pitemm\u00e4n p\u00e4\u00e4lle k\u00e4ytt\u00e4ytyy.<\/p>\n\n\n\n

Tl;dr: <\/strong>Shiba-rotu on niin sis\u00e4siittoinen, ett\u00e4 KoiraNetin sukutaulun perusteella t\u00e4ysin ei-sukulaiset shibavanhemmat voi olla geenitasolla kuin sisko ja veli.<\/p>\n\n\n\n

\"\"
Kierr\u00e4tyskuva, mutta sopii hyvin aiheeseen. M\u00e4 olen aivan varma, ett\u00e4 Entsyymin geneettisen koostumuksen voisi osittain j\u00e4ljitt\u00e4\u00e4 1950-luvun Hama Go -kantashibaan. T\u00e4m\u00e4h\u00e4n se rotujen alkuper\u00e4inen idea on, vaikka nykyisin puhutaan l\u00e4hes pelk\u00e4st\u00e4\u00e4n huonoista geeneist\u00e4. <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n


Jos oman shiban monimuotoisuus tai mahdollinen geneettinen harvinaisuus kiinnostaa, niin VGL-laboratorion monimuotoisuuskartoituksen ja poskisolun\u00e4ytteen testiharjat voi tilata noin 80 dollarilla t\u00e4\u00e4lt\u00e4: https:\/\/vgl.ucdavis.edu\/. Sivustolle pit\u00e4\u00e4 rekister\u00f6ity\u00e4. Poskisolun\u00e4yte on kuin huulen ja ikenen v\u00e4list\u00e4 otettava koronatesti. Varmimmin harjoihin tarttuu riitt\u00e4v\u00e4sti soluja, jos n\u00e4ytteen ottaa el\u00e4inl\u00e4\u00e4k\u00e4ri samalla kun koira on muutenkin rauhoitettu.<\/p>\n\n\n\n


T\u00e4rke\u00e4\u00e4 asiaa n\u00e4ytteen postituksesta Yhdysvaltoihin<\/h3>\n\n\n\n


Biologista materiaalia sis\u00e4lt\u00e4v\u00e4t n\u00e4yteharjat pit\u00e4\u00e4 l\u00e4hett\u00e4\u00e4 tavarakirjeen\u00e4 postitoimipisteess\u00e4. <\/strong>Postilaatikkoon j\u00e4tettyn\u00e4 tulee kuulema bumerangina takaisin. Syy: USA:n tulli. N\u00e4yteharjojen mukana tullut infolappu pit\u00e4\u00e4 t\u00e4ytt\u00e4\u00e4 ja teipata kirjekuoren toiselle puolelle. Kirje my\u00f6s rekister\u00f6id\u00e4\u00e4n s\u00e4hk\u00f6isesti USA:n tullia varten ja siihen liimataan viivakoodilipuke. Omalle kirjeelleni tuli postimaksua 5 euroa. Tullausjutut ei maksa mit\u00e4\u00e4n. Labran osoitteen postinumero on sitten niin erikoinen ett\u00e4 sit\u00e4 ei l\u00f6ytynyt postitoimiston tietokoneelta vaan piti sy\u00f6tt\u00e4\u00e4 se manuaalisesti. Laitoin sis\u00e4ll\u00f6ksi ”Other” ja ”Dog DNA sample” ja arvoksi 0. Sain kuittauksen n\u00e4ytteen saapumisesta perille 9 p\u00e4iv\u00e4\u00e4 postituksesta, ja sen j\u00e4lkeen tulokset ilmestyiv\u00e4t s\u00e4hk\u00f6postiin 12 p\u00e4iv\u00e4ss\u00e4.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta. Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sis\u00e4siittoinen koirarotu. Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista ja paperilla t\u00e4ysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien p\u00e4\u00e4h\u00e4n, on silti geenitestin perusteella k\u00e4sitt\u00e4m\u00e4tt\u00f6m\u00e4n samanperint\u00e4inen. Tuollainen tulos vastaa ei-sis\u00e4siittoisilla kyl\u00e4koirilla sit\u00e4, ett\u00e4 emo ja is\u00e4 on t\u00e4yssisarukset. […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,56,12,1],"tags":[],"class_list":["post-2747","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-genetiikka","category-shibojen-allergiat","category-terveys","category-yleinen"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/2747","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=2747"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/2747\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2980,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/2747\/revisions\/2980"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=2747"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=2747"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=2747"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}