{"id":4051,"date":"2024-04-18T21:18:02","date_gmt":"2024-04-18T18:18:02","guid":{"rendered":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=4051"},"modified":"2024-04-19T16:28:35","modified_gmt":"2024-04-19T13:28:35","slug":"pintovarinen-shiba-s-lokus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=4051","title":{"rendered":"Pintov\u00e4rinen shiba (S-lokus)"},"content":{"rendered":"\n

Pintov\u00e4rityksest\u00e4 on kyselty, joten t\u00e4ss\u00e4 tulee: japanilaiskoirien ”noloin” v\u00e4rigeeni S-lokuksessa. Tai niin ainakin uskotaan. Pinton eli valkokirjavuuden genetiikkaa ei tunneta viel\u00e4k\u00e4\u00e4n kovin hyvin. Lis\u00e4ksi S-lokuksen geenitestitulokset on etenkin japanilaisroduilla pahamaineisen ep\u00e4luotettavia. Yksinkertaistettu versio on silti t\u00e4m\u00e4: lehm\u00e4\u00e4 muistuttava kuviointi on varsinainen pinto (geeneiss\u00e4 sp\/sp) ja valkoiset sukat sek\u00e4 rintalaikut viittaavat pinton kantamiseen (geeneiss\u00e4 S\/sp).<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

S-lokus on ”noloin” siksi, ett\u00e4 NIPPO:n mukaan valkokirjavuus ilment\u00e4\u00e4 vierasmaalaista verta. Eik\u00e4 ns. puhtaat japanilaiskoirat voi olla valkokirjavia vaikka joissain vanhimmissa japanilaisissa koirapiirustuksissa ne selv\u00e4sti ovat. Jopa alkuper\u00e4isen NIPPO:n perustajan Dr. Saiton koirakirjan koteloon on valittu kolme valkokirjavan n\u00e4k\u00f6st\u00e4 pentua. Mustavalkoisuudesta ja ruskeavalkoisuudesta on tullut n\u00e4yttelyiss\u00e4 ensimm\u00e4isen rotum\u00e4\u00e4ritelm\u00e4n mukaan pistev\u00e4hennyksi\u00e4. Ensimm\u00e4isten vuosikymmenen n\u00e4yttelyvoittajissa n\u00e4kyy runsaasti valkoisia sukkia, mutta v\u00e4hitellen sukatkin katoavat. P\u00e4\u00e4t\u00f6ksell\u00e4 oli dramaattisin vaikutus japanilaisakitan ja amerikanakitan erkanemisessa.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n


Eli valkokirjavuutta lienee ollu japanilaiskoirissa aikojen alusta asti. Pitkien valkoisten sukkien ja muiden valkoisten merkkien perusteella pintogeenien kantajia oli my\u00f6s modernin shiban kantakoirissa. En usko, ett\u00e4 se Korotama, joka polveutui is\u00e4linjaansa pitkin aivan samoista kantakoirista kuin kaikki muutkin, ois levitt\u00e4nyt pintov\u00e4rityksen rotuun. Se vaan sattui olemaan varsinainen pinto eik\u00e4 pelkk\u00e4 kantaja. Plus siit\u00e4 on s\u00e4ilynyt kuva, toisin kuin kaikista niist\u00e4 muista pintoshiboista, joita on t\u00e4ytynyt olla olemassa. No ainakin toivon ett\u00e4 ovat saaneet olla olemassa.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

”Ei h\u00e4t\u00e4\u00e4! T\u00e4\u00e4ll\u00e4 min\u00e4 olen!”<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Modernin shiban eritt\u00e4in merkitt\u00e4v\u00e4 kantauros Aka Go. Jostain syyst\u00e4 t\u00e4t\u00e4 kuvaa aniharvoin n\u00e4kee. Muistan hyvin omat ekat ajatukseni: ”Ahaa, sill\u00e4 olikin valkoinen sukka!” Mustavalkokuvien valotuksiin ei voi luottaa, mutta my\u00f6s Mr. Nakajo mainitsee kirjassaan saman sukan, ja h\u00e4n k\u00e4sitt\u00e4\u00e4kseni n\u00e4ki ko. koiran liven\u00e4. Minusta Aka on voinut olla sukan perusteella jonkin pintogeenin kantaja.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Kurosuke. Jos ”sama kohtu kuin Benikolla” tarkottaa, ett\u00e4 Kurosuke oli Benikon pentueveli, niin silloin se on ollut Akan poika. Sanoisin, ett\u00e4 pitk\u00e4t valkoiset sukat ja reiden laikku on todelliset.<\/p>\n\n\n\n

No, joka tapauksessa tilanne on 2024 se, ett\u00e4 valkokirjavuus eli pinto on shiban rotum\u00e4\u00e4ritelm\u00e4ss\u00e4 hylk\u00e4\u00e4v\u00e4 virhe. Pelkki\u00e4 valkosia sukkia ei yleens\u00e4 lasketa pintov\u00e4riksi vaan sit\u00e4 valkosta pit\u00e4\u00e4 olla selv\u00e4sti my\u00f6s rungossa.<\/p>\n\n\n\n

Pinto on pigmentin puutetta<\/h3>\n\n\n\n


Nykyk\u00e4sityksen mukaan pintovalkoisten alueiden karvat on valkoisia, koska niihin ei ole pakattu mink\u00e4\u00e4nlaista pigmentti\u00e4. Ihosta puuttuu siit\u00e4 kohdasta pigmenttisolut. Ilmi\u00f6 syntyy heti alkiovaiheessa, kun pigmenttisolut l\u00e4htev\u00e4t jakautuen levitt\u00e4ytym\u00e4\u00e4n ymp\u00e4ri alkiota. Sitten jokin menee pieleen, ja pigmenttisolujen vaellus j\u00e4\u00e4 kesken. Mit\u00e4 kauempana ruumiinosa on solujen l\u00e4ht\u00f6pisteist\u00e4, sit\u00e4 todenn\u00e4k\u00f6isemmin pigmenttisolut ei ikin\u00e4 p\u00e4\u00e4se perille asti. T\u00e4m\u00e4 selitt\u00e4isi sen, miksi valkokirjavuuden kantaminen n\u00e4kyy ensimm\u00e4isen\u00e4 \u00e4\u00e4riosissa eli k\u00e4p\u00e4liss\u00e4, kuonon p\u00e4\u00e4ss\u00e4, keskell\u00e4 rintaa ja h\u00e4nn\u00e4np\u00e4\u00e4ss\u00e4. Joskus valkoinen laikku on silti niskassa tai kyljess\u00e4.<\/p>\n\n\n\n


Hermosoluilla on muuten alkiovaiheessa yhteinen alku pigmenttisolujen kanssa. Asiasta on kirjoitettu mielenkiintoisia mutta ep\u00e4tieteellisi\u00e4 pohdintoja. En mene niihin nyt.<\/p>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

My\u00f6s valkoinen shiba voi olla pinto<\/h3>\n\n\n\n


Taas kerran: kokonaan valkoisen shiban valkoinen on hyvin haaleaa punaista v\u00e4ri\u00e4. Sill\u00e4 on pigmenttisolut paikoillaan. Paitsi jos se sattuu olemaan my\u00f6s pinto, jolloin turkissa on kahta erilaista valkoista. T\u00e4llainen olisi hauska n\u00e4hd\u00e4 omin silmin. Pystyyk\u00f6 niit\u00e4 pintovalkoisen rajakohtia erottamaan?<\/p>\n\n\n\n

S-lokuksen mutaatiot yhdistet\u00e4\u00e4n pintov\u00e4ritykseen<\/h3>\n\n\n\n


S-lokuksessa (S = spotting) sijaitsee geeni nimelt\u00e4 MITF. Nimi on perinteisesti akronyymi microphthalmia-associated trascription factorista, nykyisin my\u00f6s melanocyte-inducing transcription factorista. Transkriptiofaktorit s\u00e4\u00e4telev\u00e4t muiden geenien toimintaa. Geeni on alkujaan l\u00f6ydetty ja yhdistetty hiirill\u00e4 pienisilm\u00e4isyyteen, ja sen j\u00e4lkeen yhdistetty uudestaan valkokirjavuuteen. Mutaatiot on kuitenkin eri, eik\u00e4 koirien valkokirjavuuteen tiett\u00e4v\u00e4sti liity sairaalloista pienisilm\u00e4isyytt\u00e4. Ja kuten aina: se, ett\u00e4 jokin mutaatio n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 l\u00f6ytyv\u00e4n tietynlaisilta koirilta eli yhdistyy johonkin ominaisuuteen, ei varmuudella tarkota sit\u00e4, ett\u00e4 ko. mutaatio oikeasti aiheuttaa ominaisuuden. V\u00e4rien A-lokus on t\u00e4st\u00e4 edelleen loistoesimerkki.<\/p>\n\n\n\n


S-lokuksen MITF-geenin osalta uskotaan, ett\u00e4 tietyt mutaatiot h\u00e4iritsev\u00e4t pigmenttisolujen elinkelpoisuutta ja vaellusta alkiovaiheessa. Oletettuja mutaatioita on enemm\u00e4n kuin l\u00f6ydettyj\u00e4 mutaatioita. Mutaatioiden ”pahuus” vaikuttaa siihen, miten paljon pigmentit\u00f6nt\u00e4 valkoista koirassa on. <\/p>\n\n\n\n

S-lokuksen klassiset geenimuodot, vissiin jo Dr. Littlen perua<\/strong>. Pidet\u00e4\u00e4n vanhentuneena, mutta kun t\u00e4h\u00e4n t\u00f6rm\u00e4\u00e4 kuitenkin: <\/strong>
S (self tai solid) – ei mutaatiota, koirassa on kauttaaltaan v\u00e4ri\u00e4
si (Irish spotting) – oletettu mutaatio, valkoinen kauluri ja jalat
sp (piebald) – tunnettu mutaatio, lehm\u00e4kuvio
sw (white) – oletettu mutaatio, l\u00e4hes t\u00e4ydellinen pigmentin puute<\/p>\n\n\n\n


Oikeasti valkokirjavuus ei ole n\u00e4in yksinkertainen luokkailmi\u00f6 vaan paremminkin jatkumo, johon todenn\u00e4k\u00f6isesti vaikuttaa useampi geeni ja mutaatio.<\/p>\n\n\n\n

Geenitesti etsii S-lokuksesta piebald-mutaatiota<\/h3>\n\n\n\n


Useimmilla ellei kaikilla geenitestipalveluilla n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 olevan valikoimassa vain yksi S-lokuksen mutaatio eli piebaldin sp. J\u00e4lleen toistoa, mutta nykyiset geenitestit etsiv\u00e4t vain niit\u00e4 mutaatioita, mit\u00e4 niiden on k\u00e4sketty etsi\u00e4. Geeniss\u00e4 voi olla jokin muu mutaatio mutta testi ei huomaa sit\u00e4. Oon n\u00e4hnyt sp-testitulosta kaikilla muilla japanilaisroduilla paitsi hokkaidonkoiralla. Testituloksen yhteys ulkomuotoon ei tosin ole aina odotusten mukainen.<\/p>\n\n\n\n

Kyseinen mutaatio on j\u00e4lleen pieni hyppiv\u00e4 geeni (SINE), joka on hyp\u00e4nnyt keskelle aika kriittist\u00e4 aluetta ja h\u00e4iritsee siksi geenin toimintaa. Tai n\u00e4in uskotaan. Onko t\u00e4m\u00e4 jo kolmas kerta, kun jostakin japanilaiskoirien v\u00e4rigeenist\u00e4 l\u00f6ytyy pieni hyppiv\u00e4 geeni? Nyt voi mietti\u00e4, ett\u00e4 miten suuri vaikutus hyppivill\u00e4 geeneill\u00e4 on evoluutiossa kaikkiaan, jos ne vaikuttavat n\u00e4in usein jo v\u00e4reiss\u00e4. <\/p>\n\n\n\n

Pintoa kantavia shiboja<\/h3>\n\n\n\n
\"\"<\/figure>\n\n\n\n


Aloitetaan Tiikerill\u00e4, joka on geenitestiss\u00e4 pinton kantaja S\/sp. Tikrulla ei ole sukkia, mutta siit\u00e4 on t\u00e4m\u00e4 yksi sopivassa valaistuksessa otettu kuva, jossa voi kuvitella n\u00e4kev\u00e4ns\u00e4 kirkkaanvalkoisen rintalaikun urajiron keskell\u00e4. Mist\u00e4 puheen ollen\u2026<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Urajiro on samaa vaaleaa punapigmentti\u00e4 kuin valkoisen shiban valkoinen. Bl\u00e4kk\u00e4rishiban urajiro on erilainen kuin punaisella shiballa. Jos bl\u00e4kk\u00e4rin urajiro on ns. liiankin hyv\u00e4 ja laajuudeltaan samanlainen kuin punaisella, niin her\u00e4\u00e4 ep\u00e4ilys, ett\u00e4 ylim\u00e4\u00e4r\u00e4inen valkoinen on pintovalkoista. Jolloin koira olisi pinton kantaja S\/sp.<\/p>\n\n\n\n

Minoshibojen ”urajirot” on muuten n\u00e4it\u00e4 pintolaikkuja. Ai joo, onkos niin, ett\u00e4 urajirot ei n\u00e4y kovin hyvin vastasyntyneiss\u00e4 pennuissa mutta pintovalkoiset alueet loistaa selv\u00e4sti\u2026?<\/p>\n\n\n\n

Pintov\u00e4rinen japanilaiskoira<\/h3>\n\n\n\n
\"\"<\/figure>\n\n\n\n


En l\u00f6yt\u00e4nyt v\u00e4rikuvaa pintoshibasta, joten kierr\u00e4tet\u00e4\u00e4n kishunkoira edustamaan kuviointia. Se olisi oikeasti punainen, mutta pigmenttisolut puuttuvat valkoisilta alueilta. Geenitestitulos voisi olla sp\/sp.<\/p>\n\n\n\n

JOS l\u00e4hdet\u00e4\u00e4n siit\u00e4, ett\u00e4 pinton periytyminen on yksinkertaista ja ennustettavaa ja johtuu tuosta sp-geenimuodosta, niin kahden pinton kantajan (S\/sp) yhdistelm\u00e4ss\u00e4 on joka pennulla se matemaattinen 25% mahdollisuus olla pinto (sp\/sp). K\u00e4yt\u00e4nn\u00f6ss\u00e4 koko pentue voi olla pintoja, tai ei yksik\u00e4\u00e4n edes kantaja. Jo kauan ennen geenitestej\u00e4 on eritt\u00e4in varmasti hoksattu, ett\u00e4 tollanen riski on olemassa etenkin sillon, jos molemmat vanhemmat on sukallisia tai muuten ”merkillisi\u00e4”.<\/p>\n\n\n\n

Geenitestituloksiin ei aina voi luottaa<\/h3>\n\n\n\n


Vanhassa MyDogDNA:n tietokannassa oli julkisissa profiileissa shikokunkoira, jonka S-lokukseen oli testautunut tulos sp\/sp. Pinto! Paitsi ettei ollut, ei ainakaan kuvan perusteella. Kuvassa oli jompikumpi seesamityyppi, enk\u00e4 n\u00e4hnyt siin\u00e4 pient\u00e4k\u00e4\u00e4n valkoista laikkua. Nykyisiss\u00e4 Embarkin tietokannan shikokuissa ei ole tullut vastaan samaa ilmi\u00f6t\u00e4. Shiboilla sama on n\u00e4kynyt toiseen suuntaan niin ett\u00e4 pitkill\u00e4 valkoisilla sukilla ja valkoisella kylkilaikulla varustettu shiba on saanut testituloksen S\/S.<\/p>\n\n\n\n

S\/S:n voi helposti selitt\u00e4\u00e4 ”v\u00e4\u00e4r\u00e4ksi” tulokseksi sill\u00e4, ett\u00e4 sen merkitys on k\u00e4yt\u00e4nn\u00f6ss\u00e4 ”ei havaittu just t\u00e4t\u00e4 yht\u00e4 testattua mutaatiota”. Mielenkiintoisempia on tollaset tulokset, joissa testi on havainnut jonkin h\u00e4iritsev\u00e4n mutaation jopa tuplana, mutta sen vaikutus ei n\u00e4y miss\u00e4\u00e4n. En tii\u00e4, mill\u00e4 n\u00e4it\u00e4 selitet\u00e4\u00e4n. Sen uskallan sanoa, ett\u00e4 todenn\u00e4k\u00f6isemmin selitys on jokin yksinkertaisempi kuin perustava ero shikokun ja muiden koirien pigmenttisolujen biologiassa.<\/p>\n\n\n\n

Fun fact: kesyyntyminen tuo valkokirjavuuden?<\/h3>\n\n\n\n


Loppuun erikoinen havainto ven\u00e4l\u00e4isest\u00e4 klassikkotutkimuksesta, jossa kesytettiin geneettisesti kettuja valitsemalla joka sukupolvesta jatkoon kesyimm\u00e4t yksil\u00f6t. Vaikka valintaperusteena oli k\u00e4yt\u00f6s, niin kettujen ulkomuoto alkoi samalla muuttua. Yksi n\u00e4ist\u00e4 muutoksista oli valkokirjavuuden yleistyminen. Koirille n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 k\u00e4yneen samoin, ehk\u00e4 kesyyntymisen yhteydess\u00e4 tai ehk\u00e4 siksi, ett\u00e4 valkokirjavaksi mutatoitunut kesykoira voi s\u00e4ily\u00e4 hengiss\u00e4 ja lis\u00e4\u00e4nty\u00e4. Kettututkimuksen johtop\u00e4\u00e4t\u00f6kset on sittemmin kyseenalaistettu, mutta asia on silti hauska knoppitieto valkokirjavuuden historiasta.<\/p>\n\n\n\n

Vahva lukusuositus, my\u00f6s japanilaiskoirien harrastajille<\/h3>\n\n\n\n
\"\"<\/figure>\n\n\n\n

T\u00e4ydellinen aasinsilta! Kansikuvassa on valkokirjava pohjanpystykorva, ja t\u00e4m\u00e4 viime vuonna julkaistu teos pohjanpystykorvan historiasta, nykytilanteesta ja tulevaisuudesta edustaa nyt vihdoinkin samanlaista koirakirjan konseptia suomeksi kuin nuo japanilaiset shibakirjat. Mukana my\u00f6s v\u00e4rigenetiikkaosio ja S-lokus eritt\u00e4in havainnollistavin kuvin. M\u00e4 suosittelen t\u00e4t\u00e4 teosta ihan jokaiselle rotukoiraharrastajalle.<\/strong> Siit\u00e4 huolimatta, ett\u00e4 pohjanpystykorva on rotukoirien joukossa poikkeava rotu laajemman geenipohjansa takia. ”Kaikki v\u00e4rit sallittu.” on liittynyt asiaan.<\/p>\n\n\n\n

Ehk\u00e4 joku japanilainen pohjanpystykorvan omistaja lukee vuorostaan t\u00e4t\u00e4 kirjaa Google Lensin l\u00e4pi. \ud83d\ude2e <\/p>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

L\u00e4hteit\u00e4 ja luettavaa <\/h3>\n\n\n\n

MITF<\/em> and White Spotting in Dogs: A Population Study (Schmutz ym., 2009)<\/p>\n\n\n\n

Efficient mapping of Mendelian traits in dogs through genome-wide association (Karlsson ym., 2007)<\/p>\n\n\n\n

http:\/\/www.doggenetics.co.uk\/white.htm<\/a><\/p>\n\n\n\n

<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Pintov\u00e4rityksest\u00e4 on kyselty, joten t\u00e4ss\u00e4 tulee: japanilaiskoirien ”noloin” v\u00e4rigeeni S-lokuksessa. Tai niin ainakin uskotaan. Pinton eli valkokirjavuuden genetiikkaa ei tunneta viel\u00e4k\u00e4\u00e4n kovin hyvin. Lis\u00e4ksi S-lokuksen geenitestitulokset on etenkin japanilaisroduilla pahamaineisen ep\u00e4luotettavia. Yksinkertaistettu versio on silti t\u00e4m\u00e4: lehm\u00e4\u00e4 muistuttava kuviointi on varsinainen pinto (geeneiss\u00e4 sp\/sp) ja valkoiset sukat sek\u00e4 rintalaikut viittaavat pinton kantamiseen (geeneiss\u00e4 S\/sp). S-lokus […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":4060,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,2,3,36],"tags":[],"class_list":["post-4051","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-genetiikka","category-historia","category-koirakirjat","category-varit"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/4051","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=4051"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/4051\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":4067,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/4051\/revisions\/4067"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/media\/4060"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=4051"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=4051"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=4051"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}