{"id":5345,"date":"2025-12-26T18:56:50","date_gmt":"2025-12-26T16:56:50","guid":{"rendered":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=5345"},"modified":"2025-12-26T19:52:07","modified_gmt":"2025-12-26T17:52:07","slug":"shikokunkoira-ja-geneettisen-monimuotoisuuden-yllatykset","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=5345","title":{"rendered":"Shikokunkoira ja geneettisen monimuotoisuuden yll\u00e4tykset"},"content":{"rendered":"\n<figure class=\"wp-block-image size-full\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"405\" height=\"253\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2024\/11\/image-4.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-4497\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2024\/11\/image-4.png 405w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2024\/11\/image-4-300x187.png 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 405px) 100vw, 405px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"599\" height=\"290\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-32.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5367\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-32.png 599w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-32-300x145.png 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 599px) 100vw, 599px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p>Shikokunkoirille on tehty sama DNA:n monimuotoisuuskartoitus kuin shiboille. Itse asiassa niit\u00e4 on tutkittu paljon enemm\u00e4n kuin shiboja eli t\u00e4ll\u00e4 hetkell\u00e4 statsit perustuu 243 shikokunkoiraan. Wau! Shikokujen omistajat on olleet todella aktiivisia. V\u00e4h\u00e4n yli puolet niist\u00e4 on Pohjois-Amerikassa asuvia ja loput eri Euroopan maista. Shiboihin ja akitoihin verrattuna tutkimus on erityisen kiinnostava, koska shikokunkoirista tuskin l\u00f6ytyy viel\u00e4 monia &#8217;backyard breeding&#8217; -mallisia. Eli ne luultavasti edustavat todella niit\u00e4 japanilaisia kantakoiria.<\/p>\n\n\n\n<p>Kuvituskuvina shikokunkoiria 1970-luvun japanilaisista valokuvakirjoista, (c) kuvaajansa. <\/p>\n\n\n\n<p>M\u00e4 yritin keksi\u00e4 taas kerran jonkun fiksun ja selke\u00e4n tavan esitell\u00e4 monimuotoisuustutkimuksen idean ja merkityksen. Ja t\u00e4ll\u00e4 kertaa monimuotoisuusshibat<em> ei tulekaan moikkaamaan<\/em>! \ud83d\ude2e Vaan&#8230;<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Monimuotoisuustutkimus = rodun polveutumism\u00e4\u00e4ritys<\/h3>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"816\" height=\"690\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-25.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5359\" style=\"width:544px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-25.png 816w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-25-300x254.png 300w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-25-768x649.png 768w\" sizes=\"auto, (max-width: 816px) 100vw, 816px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p>Jep. Er\u00e4\u00e4nlainen. Polveutumism\u00e4\u00e4ritys on tutumpi, joten otan sen esimerkiksi. Siin\u00e4 katsotaan, mink\u00e4 urosehdokkaan geneettiset markkerit on saman pituisia kuin pennulla puolet markkereista. Kun is\u00e4m\u00e4tsi l\u00f6ytyy, niin silloinhan pentu on niiden markkerien lis\u00e4ksi perinyt my\u00f6s sen geenit. Sama ty\u00f6kalu on monimuotoisuustutkimuksissa, paitsi ett\u00e4 siin\u00e4 tutkitaan koko rodun t\u00e4m\u00e4n hetken tilanne. Yhen is\u00e4n identiteetin sijaan saadaan tietoa, miten monelta koiralta nykyiset shikokut on markkerinsa perineet. Eli miten sukulaisia ne tosiasiassa on kesken\u00e4\u00e4n. Jos kaikilla on samat markkerit, niin silloin ne varmaan on perineet samat geenitkin. Sek\u00e4 hyv\u00e4t geenit, jotka saa aikaan toivotut rotuominaisuudet sek\u00e4 ne terveysasiat, joissa rodulla ei ole ongelmia&#8230; mutta my\u00f6s rikkin\u00e4iset geenit, jotka kertyess\u00e4\u00e4n alkaa aiheuttaa yh\u00e4 enemm\u00e4n ja enemm\u00e4n ongelmia.<\/p>\n\n\n\n<p>Parempi nimi tutkimukselle vois kyll\u00e4 olla monimuodottomuuskartoitus.<\/p>\n\n\n\n<p>K\u00e4ytetyt markkerit todella on samat kuin polveutumism\u00e4\u00e4rityksiss\u00e4. Perinteisten toistojaksomarkkerien idea on siin\u00e4, ett\u00e4 ne l\u00f6ytyy kyll\u00e4 joka koiralta samoista paikoista perim\u00e4\u00e4, mutta eri koirilla ne voi olla eri pituisia. Pituuserot on se, mit\u00e4 tutkitaan. Eli saman markkerin &#8221;geenimuodot&#8221; onkin eri pituuksia. Markkerit tosin ei ole geenej\u00e4. Sen takia niiss\u00e4 voi olla mutatoitumista lyhyemm\u00e4ksi tai pitemm\u00e4ksi paljon herkemmin kuin mit\u00e4 oikeat geenit voi mutatoitua. Toisaalta ne ei mutatoidu niin herk\u00e4sti, etteik\u00f6 vanhemmilla ja j\u00e4lkel\u00e4isill\u00e4 yleens\u00e4 olisi samat markkerien pituudet. Isovanhemmilla ja lastenlapsilla my\u00f6s. M\u00e4 en l\u00f6yt\u00e4nyt luotettavaa arviota siit\u00e4, miten monen sukupolven v\u00e4lein markkerien pituudet muuttuu. Kuitenkin niiss\u00e4 havaitaan roduissa muuntelua, eli sukulinjoja rodun sis\u00e4ll\u00e4 voidaan tutkia. Ajattelen ite, ett\u00e4 rotujen kantakoirat ja rotuunotot ennen kantakirjojen sulkemista, mik\u00e4li on olleet eri paikoista kotoisin, on tuoneet rotuun jokainen omat markkerinsa. Ja suurimman osan rodun geeneist\u00e4.<\/p>\n\n\n\n<p>Jo joojoo, teknisesti ottaen monimuotoisuustutkimus ei tutki geenej\u00e4 vaan niit\u00e4 markkereita. Mutta ainoa j\u00e4rki tehd\u00e4 tollanen tutkimus &#8217;mit\u00e4\u00e4n tekem\u00e4tt\u00f6mill\u00e4 markkereilla&#8217; on siin\u00e4, ett\u00e4 <strong>niiden ajatellaan heijastavan muutakin geeniperim\u00e4\u00e4<\/strong> kuten geenej\u00e4. Oliko riitt\u00e4v\u00e4n tieteellisen varovaisesti ilmaistu \ud83d\ude00<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"522\" height=\"464\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-27.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5361\" style=\"width:327px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-27.png 522w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-27-300x267.png 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 522px) 100vw, 522px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Markkereita ja geenimuotoja (ehji\u00e4 ja rikkin\u00e4isi\u00e4) katoaa rodusta koko ajan:<\/h3>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Joku dramaattinen pullonkaulatilanne, jossa vaikka penikkatauti tappaa kaikki paitsi viisi koiraa, ja rotu rakennetaan uudestaan niist\u00e4.<\/li>\n\n\n\n<li>Joku yksi matadoriuros, joka levitt\u00e4\u00e4 omat geenins\u00e4\/markkerinsa melkein kaikkiin uuden sukupolven pentuihin, jotka levitt\u00e4\u00e4 niit\u00e4 eteenp\u00e4in jne. <\/li>\n\n\n\n<li>Ylip\u00e4\u00e4ns\u00e4 suljetussa koirarodussa kuluva aika, koska vain pieni osa koirista siirt\u00e4\u00e4 geenej\u00e4\/markkereita eteenp\u00e4in per sukupolvi. <\/li>\n\n\n\n<li>Ja tietenkin jalostus, jossa vain tietynlaisten koirien annetaan siirt\u00e4\u00e4 geenej\u00e4 ja markkereita seuraavaan sukupolveen. T\u00e4ll\u00e4 tavalla rotuun on vakiinnutettu hyvi\u00e4 rotuominaisuuksia tuovat geenimuodot. Jos semmosen geenin vieress\u00e4 sijaitsee markkeri, niin seh\u00e4n vakiintuu siin\u00e4 mukana. Samalla on puhtaaksijalostettu* joitain vikoja. Ja saatu siin\u00e4 sivussa rikastumaan piilevi\u00e4 rikkin\u00e4isi\u00e4 geenej\u00e4. *Opin sanan lonkkien kirjainsysteemin 1960-luvulla kehitt\u00e4neelt\u00e4 professori Saki Paatsamalta:<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p><em>[&#8230;]jonka saamme harrastamastamme pakkovalinnasta. Eroa ei ole sill\u00e4, viljelemmek\u00f6 puhdasrotuisia vai sekarotuisia. T\u00e4ysin terveit\u00e4 vanhempia ei l\u00f6ydy, vaikka hakisi mist\u00e4 maailman kolkasta tahansa. Esim. meill\u00e4 tyypillisimm\u00e4t pystykorvaiset rakit ovat i\u00e4t ajat k\u00e4rsineet polvilumpion sijoiltaan menoista, h\u00e4nt\u00e4mutkista, salakiveksisyydest\u00e4 ja synnytysvaikeuksista. Nykyaika on toki puhtaaksiviljellyt joitakin vikoja ja muuttuneissa ruokinta- ja kasvuolosuhteissa on hankittu joitakin uusia. [&#8230;]        <\/em>   <\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Liittyyk\u00f6 INU-nimiset markkerit japanilaisiin inuihin?<\/h3>\n\n\n\n<p>Mielenkiintoinen sivujuonne! Koska asian juurelle etsiytyminen auttaa usein selkiytt\u00e4m\u00e4\u00e4n, mist\u00e4 on kyse. Markkereilla on mit\u00e4 mystisimpi\u00e4 nimi\u00e4. Useimpien nimet viittaa ilmeisesti siihen tutkimusryhm\u00e4\u00e4n, joka ko. markkerin on alkujaan raportoinut. Esim. monet markkerit on nimelt\u00e4\u00e4n AHT[numero], ja AHT on tosiaan ollut lyhenne nimest\u00e4 Animal Health Trust, todella iso el\u00e4ingenetiikan toimija takavuosina. Mutta ent\u00e4 INU:t? Inu on japaniksi koira. Ja mit\u00e4s l\u00f6ytyyk\u00e4\u00e4n&#8230; INU-markkerit on nimennyt ja raportoinut<strong> japanilainen tutkimusryhm\u00e4.<\/strong> Siit\u00e4 voisi kehitell\u00e4 International Nihon Universityn, mutta oon my\u00f6s 100% varma, ett\u00e4 sanaleikki on laitettu tarkotuksella. Selkiytyik\u00f6 mik\u00e4\u00e4n, sit\u00e4 en tied\u00e4.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"707\" height=\"702\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-29.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5363\" style=\"width:390px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-29.png 707w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-29-300x298.png 300w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-29-150x150.png 150w\" sizes=\"auto, (max-width: 707px) 100vw, 707px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Onko kaikilla nykyshikokuilla samat markkerit ja geenit ja geenivirheet?  <\/h3>\n\n\n\n<p>Vihdoinkin itse asiaan. Tutkimuksessa on katottu 33 eri toistojaksomarkkeria. Koiralla on 38 tavallista kromosomia (kaikki ne tuplana tietty, koska yks kappale jokaista tulee emolta ja toinen is\u00e4lt\u00e4) sek\u00e4 sukupuolikromosomit XX tai XY kuten ihmisill\u00e4kin. Nuo markkerit sijoittuu laajasti eri kromosomeihin mutta ei riit\u00e4 ihan jokaiseen. Vastinkromosomit vaihtaa sukusolujen muodostuessa kesken\u00e4\u00e4n osia, joten kantakoiran markkeri ei tarkota, ett\u00e4 se koko kromosomi geeneineen olisi yh\u00e4 identtinen kuin sill\u00e4 kantakoiralla. Shikokunkoirilla on l\u00f6ytynyt eri markkereiden kohdista eri pituisia versioita seuraavasti:<\/p>\n\n\n\n<p>Vain kolmea eri pituutta (6 eri markkerikohtaa)<\/p>\n\n\n\n<p>Nelj\u00e4\u00e4 erilaista (9 eri markkerikohtaa)<\/p>\n\n\n\n<p>Viitt\u00e4 erilaista (7 eri markkerikohtaa)<\/p>\n\n\n\n<p>6-8 erilaista (11 eri markkerikohtaa, lukemaa nostava &#8221;l\u00f6yt\u00f6&#8221; tosin on voitu tehd\u00e4 vain yhdest\u00e4 koirasta)<\/p>\n\n\n\n<p>Noilla samoilla markkereilla tiedet\u00e4\u00e4n olevan (keskiarvona) 17 eri pituusversiota per markkeri, kun shikokuilla keskiarvoksi tulee 5. <\/p>\n\n\n\n<p>Sekin on jo alhainen, mutta lis\u00e4ksi &#8211;<\/p>\n\n\n\n<p>Noita erilaisia ei todellakaan l\u00f6ytynyt rodusta tasaisia m\u00e4\u00e4ri\u00e4. P\u00e4invastoin, <strong>kymmenen <\/strong>markkerin kohdalla jonkun <strong>yksitt\u00e4isen markkeriversion yleisyyslukema on ollut v\u00e4lill\u00e4 0.7-0.9, kun lukema 1 tarkottaisi, ett\u00e4 kaikilla koirilla rodussa olisi pelk\u00e4st\u00e4\u00e4n sit\u00e4.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>12 markkerin kohdalla yksitt\u00e4isen version yleisyyslukema on ollut 0.5-0.6.    <\/p>\n\n\n\n<p>Lopuissa ykk\u00f6svoittajan lukema on 0.3-0.4, paitsi yhess\u00e4 0.2 jotain.<\/p>\n\n\n\n<p>Ei t\u00e4m\u00e4 mun silm\u00e4\u00e4n kovin monimuotoiselta n\u00e4yt\u00e4. Jos markkerit on noin monella samanlaiset niin onko sitten muutkin geenit. My\u00f6s ne piilev\u00e4t huonot. <\/p>\n\n\n\n<p>Tutkimuksen raportin lopputoteamat on, ett\u00e4 shikokuissa on j\u00e4ljell\u00e4 vain 29% markkerimuuntelusta, mit\u00e4 rotukoirissa voisi olla ja ett\u00e4 shikokujen geneettinen monimuotoisuus on kaikkien tuolla testattujen rotujen alhaisimpia. Samaa tasoa on olleet pinseri ja erikoinen shilohinpaimenkoira. Vapaasti lis\u00e4\u00e4ntyvien kyl\u00e4koirien markkerivalikoimasta shikoku-rodussa on vain 18%. <\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"666\" height=\"604\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-30.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5364\" style=\"width:391px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-30.png 666w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-30-300x272.png 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 666px) 100vw, 666px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">\u00c4\u00e4rimm\u00e4inen rotumarkkeri?<\/h3>\n\n\n\n<p>Yks noista kiinnitt\u00e4\u00e4 heti huomion, koska yleisimm\u00e4n version frekvenssi on huikeat 0.963. Eli l\u00e4hes kaikilla shikokuilla on pelk\u00e4st\u00e4\u00e4n sit\u00e4. Miksi?? Oliko kaikilla kantakoirilla tuo sama ja onko sen vieress\u00e4 jotain, mik\u00e4 tekee shikokusta shikokun? K\u00e4yd\u00e4\u00e4n katsomassa miss\u00e4 markkeri AHTh171-A sijaitsee. <\/p>\n\n\n\n<p>Sijainti n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 olevan kromosomi 6. Primerin l\u00e4hist\u00f6lt\u00e4 l\u00f6ytyy useita perusmetaboliaan liittyvi\u00e4 proteiineja, joilla lienee merkityst\u00e4 vain solulle eik\u00e4 rodulle. Mutta sielt\u00e4 l\u00f6ytyy my\u00f6s yks kiinnostavan kuuloinen, nimitt\u00e4in zona pellucida glycoprotein 3. Siitti\u00f6it\u00e4 munasolun pintaan sitova proteiini! Ehk\u00e4 shikokunartut tarttee tollasen just tietynlaisena, koska shikoku-urosten tollot siitti\u00f6t ei muuten meinaa l\u00f6yt\u00e4\u00e4 kohteeseen? xD<\/p>\n\n\n\n<p>Shiboillakin on kyll\u00e4 ollut tuo sama todella yleinen frekvenssill\u00e4 0.826. Akitoilla sen sijaan ei.  <\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Ent\u00e4 immuunij\u00e4rjestelm\u00e4n geenit?<\/h3>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/shibalogia.info\/?p=2588\">Reffaan edelliseen postaukseen, jossa n\u00e4m\u00e4 on yritetty avata. <\/a>T\u00e4lt\u00e4 geenialueelta pit\u00e4isi l\u00f6yty\u00e4 enemm\u00e4n eroja yksil\u00f6iden v\u00e4lilt\u00e4 kuin mist\u00e4\u00e4n muualta. Geenialue yhdistyy ep\u00e4m\u00e4\u00e4r\u00e4isell\u00e4 tavalla allergioihin ja autoimmuunisairauksiin.<\/p>\n\n\n\n<p>Shikokujen lukemat. DLA I -geeni: 8 erilaista havaittu, DLA II -geeni: 10 erilaista havaittu. Mutta n\u00e4iss\u00e4 sama ilmi\u00f6 kuin edellisiss\u00e4 markkereissa, eli suurimmalla osalla shikokuista on samat yleisimm\u00e4t. Yleisin on kombo 1133 (DLA I)\/2077 (DLA II) ja toiseksi yleisin 1191\/2018. N\u00e4iden yleisyyslukemat on 52% ja 18%, respektiivisesti. En ole varma, miksi t\u00e4ss\u00e4 frekvenssit ilmaistaan prosentteina. Mun mielest\u00e4 kyseess\u00e4 on yh\u00e4 havaittu yleisyys kaikkien koirien geenipaikoissa (joita on yhteens\u00e4 2 x testattujen koirien lukum\u00e4\u00e4r\u00e4). <\/p>\n\n\n\n<p>Mutta rodussa on my\u00f6s kolmen muun version pienehk\u00f6 mutta tasainen v\u00e4hemmist\u00f6! Eli sek\u00e4 DLA I:st\u00e4 ett\u00e4 DLA II:sta on shikokuilla olemassa kolme muutakin versiota, joista jokaisen yleisyysprosentti on suunnilleen 10. Eik\u00e4 siin\u00e4 viel\u00e4 kaikki&#8230;<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Shikokunkoirissa uniikkia DNA:ta!<\/h3>\n\n\n\n<p>DLA I:n osalta nuo kolme &#8217;isoa v\u00e4hemmist\u00f6\u00e4&#8217; sek\u00e4 yks viel\u00e4 harvinaisempi on niin ainutlaatuisia, ettei samoja ole havaittu viel\u00e4 miss\u00e4\u00e4n muussa testatussa rodussa (36 rotua t\u00e4ll\u00e4 hetkell\u00e4). Ei edes shiboissa eik\u00e4 kummassakaan akitassa. <\/p>\n\n\n\n<p>DLA-versioiden m\u00e4\u00e4ritys ei oikeasti kerro DLA-geenien toiminnasta, mutta ainahan voi pohtia, ett\u00e4 onko shikokuihin aikoinaan kehittynyt immuunipuolustukseen jotain hy\u00f6dyllist\u00e4, mik\u00e4 on suojannut niit\u00e4 paikallisilta olosuhteilta. Tai kolikon k\u00e4\u00e4nt\u00f6puoli, mit\u00e4 jos nuo on jotain haitallisia versioita, jotka on jo karsiutuneet muista roduista pois. Tai tylsin vaihtoehto, k\u00e4yt\u00e4nn\u00f6ss\u00e4 vaikutusta ei ole mihink\u00e4\u00e4n suuntaan. <\/p>\n\n\n\n<p>Mutta se on selv\u00e4\u00e4, ja mainitaan tuolla raportissakin, ett\u00e4 jos nuo versiot ja niihin linkittyv\u00e4t geeniversiot menetet\u00e4\u00e4n shikokunkoirista, niin niit\u00e4 ei saada en\u00e4\u00e4 muiden [ainakaan tuolla testattujen] rotujen avulla takaisin.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Shikokujen yhteys shiboihin    <\/h3>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"267\" height=\"491\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-23.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5356\" style=\"width:323px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-23.png 267w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-23-163x300.png 163w\" sizes=\"auto, (max-width: 267px) 100vw, 267px\" \/><figcaption class=\"wp-element-caption\">T\u00e4ss\u00e4 taulukkona suoraan raportista. N\u00e4in luet: nelinumeroinen luku on DLA-geeniversion nimi. STR types on ne toistojaksot, joiden perusteella DLA-geeniversiot on m\u00e4\u00e4ritetty ja tutkittu koirista. N-luku on miten monta koiraa on tutkittu. Ja nuo nolla piste jotain on ne DLA-versioiden yleisyydet rodussa. Yhteenlaskettuna niist\u00e4 pit\u00e4\u00e4 tulla 1. <br><br>Laitoin huutomerkit niihin shikoku-uniikkeihin DLA I-geeniversioihin ja oranssit boksit merkkaa shikokujen kahta yleisint\u00e4 versiota. Kiinnostavaa kyll\u00e4, niin yksi shibojen kolmesta valtavirtaversiosta on sama kuin shikokuilla tuo toiseksi yleisin (1191\/2018). Ja tuo shikokujen yleisin 1133 on my\u00f6s shiboissa mutta superharvinaisena. Jos frekvenssi on 0.005 195 koirassa, niin sillon sit\u00e4 on l\u00f6ytynyt 2 kappaletta. Eli joko yks homotsygootti shiba tai kaks &#8221;kantajaa&#8221;. Mustaseesamishibaaaaat, kertooko t\u00e4m\u00e4 ehk\u00e4 jotain teist\u00e4 \ud83d\ude00 Toki silloin kytk\u00f6s DLA I\/DLA II olisi purkautunut, koska shiboista ei ole l\u00f6ytynyt tuota sen paria (DLA II 2077).  <br><\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Mit\u00e4 j\u00e4i k\u00e4teen?<\/h3>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"746\" height=\"658\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-31.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-5366\" style=\"width:390px;height:auto\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-31.png 746w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2025\/12\/image-31-300x265.png 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 746px) 100vw, 746px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p>Tulokset oli varmaan aika lailla samat, mit\u00e4 odottaa saattoi. Pienilukuinen rotu pullonkaulahistorialla: samat markkerit (ja oletettavasti my\u00f6s geenit) suurimmalla osalla. Mutta noita harvinaisempia sent\u00e4\u00e4n rodussa viel\u00e4 on. Enemm\u00e4n kuin m\u00e4 ajattelin. Silloin voi olla my\u00f6s harvinaisena ehji\u00e4 geenej\u00e4 ja erilaista DNA:ta immuunij\u00e4rjestelm\u00e4n alueelle, mink\u00e4 pit\u00e4isi boostata sen j\u00e4rkev\u00e4\u00e4 toimintaa. Shikokujen tilanne ei ehk\u00e4 selkeesti oo viel\u00e4 hanskat tiskiin ilman roturisteytyst\u00e4 -tason toivoton. Lis\u00e4ksi tossa raportissa sanotaan, ett\u00e4 kasvattajat on tehneet hyv\u00e4\u00e4 ty\u00f6t\u00e4 ja antaneet uusille pennuille sit\u00e4 geneettist\u00e4 muuntelua mit\u00e4 annettavissa on ollut (lue = v\u00e4ltetty paperilla n\u00e4kyv\u00e4\u00e4 sis\u00e4siitosta).   <\/p>\n\n\n\n<p>The virallisessa raportissa on<a href=\"https:\/\/vgl.ucdavis.edu\/canine-genetic-diversity\/shikoku\"> muutakin populaatiogenetiikan dataa<\/a> selitettyn\u00e4 auki. En osaa\/muista noita ite kovin hyvin, joten ohjaan sinne.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Shikokunkoirille on tehty sama DNA:n monimuotoisuuskartoitus kuin shiboille. Itse asiassa niit\u00e4 on tutkittu paljon enemm\u00e4n kuin shiboja eli t\u00e4ll\u00e4 hetkell\u00e4 statsit perustuu 243 shikokunkoiraan. Wau! Shikokujen omistajat on olleet todella aktiivisia. V\u00e4h\u00e4n yli puolet niist\u00e4 on Pohjois-Amerikassa asuvia ja loput eri Euroopan maista. Shiboihin ja akitoihin verrattuna tutkimus on erityisen kiinnostava, koska shikokunkoirista tuskin l\u00f6ytyy [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":5367,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,46,12],"tags":[],"class_list":["post-5345","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-genetiikka","category-shikokunkoira","category-terveys"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5345","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=5345"}],"version-history":[{"count":13,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5345\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5375,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5345\/revisions\/5375"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/media\/5367"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=5345"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=5345"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=5345"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}