{"id":702,"date":"2021-02-15T00:58:02","date_gmt":"2021-02-14T22:58:02","guid":{"rendered":"http:\/\/shibalogia.info\/?p=702"},"modified":"2021-10-03T00:01:51","modified_gmt":"2021-10-02T21:01:51","slug":"muutoksia-shiban-varigenetiikkaan","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=702","title":{"rendered":"Muutoksia shiban v\u00e4rigenetiikkaan?"},"content":{"rendered":"\n


Shiban kolme perusv\u00e4ri\u00e4, punainen, seesami ja black & tan, m\u00e4\u00e4r\u00e4ytyv\u00e4t A-lokuksen (ASIP) perusteella. N\u00e4it\u00e4 v\u00e4rej\u00e4 vastaavia geenimuotoja on kutsuttu nimill\u00e4 Ay, aw ja at. Geenitestiss\u00e4 Ay ja at erottuvat tiettyjen mutaatioiden perusteella. Aw:ll\u00e4 ei ole omaa mutaatiota, joten se ”tunnistetaan” rajaamalla muut vaihtoehdot pois. Punaseesamin v\u00e4rityksen oletettua geenimuotoa Ays ei ole geenitestill\u00e4 pystytty erottamaan punaisen Ay-geenimuodosta. Uusien tutkimusjulkaisujen my\u00f6t\u00e4 on her\u00e4nnyt ep\u00e4ilys, ett\u00e4 kyseiset mutaatiot olisivat ainoastaan sattumalta l\u00f6ytyneit\u00e4 markkerimutaatioita, eli ne eiv\u00e4t saisi aikaan eroja geenimuotojen toiminnassa.<\/p>\n\n\n\n

\"\"
”Luovuta jo! Meid\u00e4n v\u00e4ri on ja pysyy samana, vaikka geenit on melkein eri.”<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Uusi tutkimus koiran v\u00e4rigenetiikasta<\/h3>\n\n\n\n

Uudessa tutkimuksessa koirien A-lokuksesta on tunnistettu uusia s\u00e4\u00e4telyelementtej\u00e4, jotka selitt\u00e4v\u00e4t loogisesti my\u00f6s sen, miksi punakeltainen tai musta pigmenttiv\u00e4ri ilmestyy koiran turkissa sinne minne ilmestyy. S\u00e4\u00e4telyelementit sijaitsevat A-lokuksen promoottorialueella, eli sill\u00e4 alueella, joka m\u00e4\u00e4r\u00e4\u00e4, milloin ja miss\u00e4 soluissa geeni kytkeytyy p\u00e4\u00e4lle. Kun A-lokus on ”on-asennossa”, karvaan pakataan punakeltaista pigmentti\u00e4. Kun A-lokus on ”off-asennossa”, karvaan pakataan mustaa pigmentti\u00e4. Huom! Valkoisen shiban kohdalla v\u00e4riin vaikuttaa toinenkin lokus, mit\u00e4 ei k\u00e4sitell\u00e4 t\u00e4ss\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

N\u00e4kemiin aw, tervetuloa VP2HCP2?<\/h3>\n\n\n\n

Uusia s\u00e4\u00e4telyelementtej\u00e4 on kaksi: ventraalipromoottori eli VP (”vatsapuolen promoottori”) ja hair cycle promoter eli HCP (”karvankasvun syklin promoottori”). VP:st\u00e4 on l\u00f6ydetty kaksi erilaista versiota, HCP:st\u00e4 viisi. Numeroinniltaan ykk\u00f6set toimivat A-lokuksen aktivoinnissa t\u00e4ysill\u00e4, kakkoset puoliteholla ja kolmoset, neloset ja vitoset eiv\u00e4t ollenkaan. N\u00e4iden versioiden yhdistelm\u00e4st\u00e4 riippuu se, miten tehokkaasti A-lokus kytkeytyy p\u00e4\u00e4lle. Sek\u00e4 VP ett\u00e4 HCP sijaitsevat siis per\u00e4kk\u00e4in samassa A-lokuksessa: A-lokuksen geenimuotoja (alleeleja) ovat s\u00e4\u00e4telyelementtien suhteen esimerkiksi VP1+HCP1 (vastaisi Ay-geenimuotoa) ja VP2+HCP2 (vastaisi aw-geenimuotoa). <\/p>\n\n\n\n

Merkitt\u00e4vin ero nykyiseen A-lokuksen v\u00e4rij\u00e4rjestelm\u00e4\u00e4n on geneettinen ero puhtaan soopelin ja varjostuneen soopelin v\u00e4lill\u00e4. Aiemmin geenitestin tulos on ollut molemmille Ay. On mahdollista, ett\u00e4 shiballa punaseesami\/Ay-seesami v\u00e4ritys vastaisi muiden rotujen varjostunutta soopelia. Tutkijat ovat ehdottaneet A-lokuksen osalta seuraavaa jakoa eri v\u00e4reihin:<\/p>\n\n\n\n

\n
\n

<\/p>\n\n\n\n

V\u00e4rityksen nimi <\/td>VP-versio+HCP-versio<\/td>Esimerkkirotu<\/td><\/tr>
Dominantti keltainen<\/td>VP1HCP1<\/td>Basenji<\/td><\/tr>
Varjostunut keltainen<\/td>VP2HCP1<\/td>Collie<\/td><\/tr>
Agouti<\/td>VP2HCP2<\/td>Keeshond<\/td><\/tr>
Musta satulakuvio<\/td>VP1HCP4<\/td>Beagle<\/td><\/tr>
Mustaselk\u00e4isyys<\/td>VP2HCP3,4 tai 5<\/td>Rottweiler<\/td><\/tr><\/tbody><\/table>
Uusia v\u00e4rigenetiikan termej\u00e4 A-lokuksen osalta? V\u00e4rit ovat dominanssij\u00e4rjestyksess\u00e4, ylemp\u00e4n\u00e4 listalla oleva peitt\u00e4\u00e4 alemman vaikutuksen. <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Ent\u00e4s shibat?<\/h3>\n\n\n\n

Hyvi\u00e4 uutisia. Tutkimuksessa on analysoitu my\u00f6s yksi shiba. \ud83d\ude00<\/strong> Kyseess\u00e4 on ollut bl\u00e4kk\u00e4ri\u00e4 kantava punainen, joka on luokiteltu dominantiksi keltaiseksi. Sen A-lokuksesta on l\u00f6ydetty geenimuodot VP1HCP1 ja VP2HCP3. T\u00e4m\u00e4 k\u00e4y j\u00e4rkeen. Jos uusi luokittelu pit\u00e4\u00e4 paikkansa, voisivat shibat olla perusv\u00e4reilt\u00e4\u00e4n ja genotyypeilt\u00e4\u00e4n:<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

Shiban v\u00e4ri<\/td>A-lokuksen genotyyppi?<\/td>Vastaisi<\/td><\/tr>
Punainen<\/td>VP1HCP1\/VP1HCP1
VP1HCP1\/VP2HCP1
VP1HCP1\/VP2HCP3
VP1HCP1\/VP2HCP1?<\/td>		AyAy
Ayaw
Ayat
AyAy?<\/td><\/tr>
Punainen sashige?<\/td>VP1HCP1\/VP2HCP3?<\/td>Ayat?<\/td><\/tr>
Seesami (Ay)?<\/td>VP2HCP1\/VP2HCP1?
VP2HCP1\/VP2HCP2?
VP2HCP1\/VP2HCP3?<\/td>		AyAy?
Ayaw?
Ayat?<\/td><\/tr>
Seesami (aw)<\/td>VP2HCP2\/VP2HCP2
VP2HCP2\/VP2HCP3<\/td>		awaw
awat<\/td><\/tr>
Black & tan<\/td>VP2HCP3\/VP2HCP3<\/td>atat<\/td><\/tr><\/tbody><\/table>
Jos A-lokuksen s\u00e4\u00e4telyalueet selitt\u00e4v\u00e4t todella shiban v\u00e4rit, olisivat genotyypit eri v\u00e4reiss\u00e4 oletettavasti t\u00e4llaisia. Rodun geenipoolissa esiintyy yhden testatun shiban perusteella
ainakin geenimuotoja VP1HCP1 ja VP2HCP3.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Shiballa uusi v\u00e4risysteemi voisi selitt\u00e4\u00e4 punaseesamin ja sashigen eron, mik\u00e4li Ay-tyypin punaseesami edustaisi harvinaista ”varjostunutta keltaista” (VP2HCP1) ja sashige ”dominoivassa keltaisessa” ehk\u00e4 esiintyv\u00e4\u00e4 v\u00e4h\u00e4ist\u00e4 varjostusta silloin kun koira kantaa ”mustaselk\u00e4isyytt\u00e4”. T\u00e4ll\u00f6in kahden Ay-seesamin yhdistelm\u00e4st\u00e4 voisi synty\u00e4 Ay-seesami, joka olisi perinteisess\u00e4 geenitestiss\u00e4 muotoa AyAy. T\u00e4llaisia ei tiett\u00e4v\u00e4sti ole koskaan l\u00f6ytynyt, mutta harvassa ovat my\u00f6s kahden Ay-seesamin (tai sellaisen kantajan) yhdistelm\u00e4t. Taulukon kaataisi my\u00f6s punainen pentu, joka syntyisi Ay-seesamin ja bl\u00e4kk\u00e4rin\/aw-seesamin yhdistelm\u00e4st\u00e4 ELLEI asiaan vaikuta ratkaisevasti E-lokus. E-lokusta ei ole pohdittu tutkimuksessa. Sen sijaan Ay-seesamiv\u00e4rin periytyminen piilossa punaisissa shiboissa ja pomppaaminen ajoittain esiin saisi selityksen.<\/p>\n\n\n\n

\"\"
”Tiikeriraitojeni salaisuus? Tied\u00e4n, mutta en kerro.” <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Tutkimus on nyt l\u00e4p\u00e4issyt vertaisarvioinnin ja julkaistu, joten jotkin kaupalliset geenitestilaboratoriot ottavat varsin todenn\u00e4k\u00f6isesti uudet A-lokuksen geenimuodot pian mukaan testipaneeliin. Shibojen (etenkin Ay-seesamien!) massatestausta odotellessa.<\/p>\n\n\n\n

Shibojen fenotyyppiv\u00e4rien perinteiset nimet punainen, seesami ja bl\u00e4kk\u00e4ri pysyv\u00e4t muuten ennallaan, vaikka genetiikan termit p\u00e4ivittyisiv\u00e4t. My\u00f6s genetiikan tuntemus p\u00e4ivittyy jatkuvasti, eik\u00e4 geenien toiminnasta tiedet\u00e4 viel\u00e4 l\u00e4hesk\u00e4\u00e4n kaikkea.<\/p>\n\n\n\n

L\u00e4hteit\u00e4 ja luettavaa:<\/p>\n\n\n\n

Dog color patterns explained by modular promoters of ancient canid origin (Bannasch ym., 2021).<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Shiban kolme perusv\u00e4ri\u00e4, punainen, seesami ja black & tan, m\u00e4\u00e4r\u00e4ytyv\u00e4t A-lokuksen (ASIP) perusteella. N\u00e4it\u00e4 v\u00e4rej\u00e4 vastaavia geenimuotoja on kutsuttu nimill\u00e4 Ay, aw ja at. Geenitestiss\u00e4 Ay ja at erottuvat tiettyjen mutaatioiden perusteella. Aw:ll\u00e4 ei ole omaa mutaatiota, joten se ”tunnistetaan” rajaamalla muut vaihtoehdot pois. Punaseesamin v\u00e4rityksen oletettua geenimuotoa Ays ei ole geenitestill\u00e4 pystytty erottamaan punaisen […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,36,1],"tags":[],"class_list":["post-702","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-genetiikka","category-varit","category-yleinen"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/702","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=702"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/702\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":945,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/702\/revisions\/945"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=702"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=702"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=702"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}