{"id":778,"date":"2022-01-29T21:29:12","date_gmt":"2022-01-29T19:29:12","guid":{"rendered":"http:\/\/shibalogia.info\/?p=778"},"modified":"2022-01-31T10:24:55","modified_gmt":"2022-01-31T08:24:55","slug":"shiba-ja-susigeenit-osa-1-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=778","title":{"rendered":"Shiba ja susigeenit (osa 1\/2)"},"content":{"rendered":"\n

”Shiba on geneettisesti kaikkein l\u00e4hinn\u00e4 sutta oleva koirarotu.”<\/em><\/strong><\/p>\n\n\n\n

T\u00e4m\u00e4 toteamus tulee jossakin muodossaan aika nopeasti vastaan, kun alkaa etsi\u00e4 tietoa rodusta. Kuvatodisteena on luultavasti allaolevan n\u00e4k\u00f6inen k\u00e4ppyr\u00e4, mahdollisesti pystysuuntaan k\u00e4\u00e4nnettyn\u00e4 ja viel\u00e4 shiban kuvalla muokattuna. Alkuper\u00e4inen grafiikka on per\u00e4isin Science-lehden l\u00e4hes 20 vuotta vanhasta tiedejulkaisusta Genetic Structure of the Purebred Domestic Dog<\/em> (Parker ym., 2004).<\/p>\n\n\n\n

Alkuper\u00e4isess\u00e4 tutkimuksessa ei v\u00e4itet\u00e4, ett\u00e4 tulosten perusteella shiba olisi geneettisesti l\u00e4hinn\u00e4 sutta oleva koirarotu, ett\u00e4 shiballa olisi l\u00e4hes suden geenit, tai ett\u00e4 vain shiballa olisi susimaiset geenit.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Tutkimusjulkaisu sin\u00e4ns\u00e4 on laadukas ja ollut aikanaan uraauurtava. Sen popularisoinnit on vaan vedetty v\u00e4lill\u00e4 \u00f6veriksi, mist\u00e4 legendat ovat arvatenkin syntyneet. Katsotaan, mit\u00e4 tutkimuksessa on tehty ja mit\u00e4 ei ja mit\u00e4 kuvaaja todella esitt\u00e4\u00e4. HUOM!<\/strong> Tulkintavirheiden mahdollisuus on ilman muuta olemassa. \u00c4l\u00e4 usko sokeasti t\u00e4t\u00e4k\u00e4\u00e4n blogiteksti\u00e4.<\/p>\n\n\n\n

1. Tutkimuksessa ei ole suoraan vertailtu geenej\u00e4.<\/h3>\n\n\n\n

Sana ”geneettinen” h\u00e4m\u00e4\u00e4 ymm\u00e4rrett\u00e4v\u00e4sti ajattelemaan geenej\u00e4, vaikka parempi mielleyhtym\u00e4 olisi t\u00e4llaisissa genomi eli otuksen koko perim\u00e4. Perim\u00e4ss\u00e4 on muutakin DNA:ta kuin aktiivisia geenej\u00e4. Kokonaisten geenien ja niiden vaikutuksen tutkiminen olisi nykytekniikallakin viel\u00e4 aivan liian ty\u00f6l\u00e4st\u00e4. Siisp\u00e4 on tutkittu snippej\u00e4 (jotka on yhden ainoan DNA:n kirjaimen muutoksia eri puolilla genomia) ja kaksikirjaimisia toistojaksoja (joissa DNA:n kirjaimet toistuvat eri pituisina versioina, esim. yhdell\u00e4 koiralla voi olla ATATATATATAT ja toisella ATATAT). Molempia pidet\u00e4\u00e4n pitk\u00e4lti neutraaleina geneettisin\u00e4 markkereina, jolloin ne ovat vapaita mutatoitumaan ilman, ett\u00e4 mit\u00e4\u00e4n tapahtuu. <\/p>\n\n\n\n

Sattuma on vaikuttanut siihen, mink\u00e4lainen markkerivalikoima rodun perustajakoirilla on ollut, kun rotu on muodostettu. N\u00e4m\u00e4 rotukohtaiset markkerit on sittemmin voineet pysy\u00e4 ennallaan tai mutatoitua eteenp\u00e4in rodun sis\u00e4ll\u00e4. Tutkimuksessa eri rotujen edustajat pystyttiin l\u00e4hes t\u00e4ydellisen luotettavasti luokittelemaan omaan rotuunsa rodun geenimarkkerien perusteella. <\/p>\n\n\n\n

Joskus snipit voivat osua geenin kohdalle siten, ett\u00e4 geenituotteen toiminta todella muuttuu. Kaksikirjaimiset toistojaksot eiv\u00e4t yleens\u00e4 sijaitse geenien koodittavalla alueella. Tietyt snipit ja toistojaksot voivat kuitenkin sijaita geenien vieress\u00e4 ja periyty\u00e4 yhdess\u00e4 tietyn geenimuodon kanssa. Jos valinta alkaa suosia tietynlaista geenimuotoa, yleistyy my\u00f6s sen vieress\u00e4 sijaitseva (taikka siipeilev\u00e4<\/em>) markkeri, vaikka tuo edell\u00e4 mainittu ATATAT. <\/p>\n\n\n\n

2. Tutkimuksessa on ollut mukana vain viisi shibaa.<\/h3>\n\n\n\n

Rotujen edustajien lukum\u00e4\u00e4r\u00e4 on ollut pakko rajata johonkin, koska jo eri rotuja oli mukana 85. Otoskokoa on aina hyv\u00e4 pit\u00e4\u00e4 silm\u00e4ll\u00e4. Tilastollisen merkitsevyyden testit pyrkiv\u00e4t selvitt\u00e4m\u00e4\u00e4n, onko tuloksen saanut aikaan pienen otoskoon aiheuttama sattuma vai onko havaittu ilmi\u00f6 luultavasti todellinen.<\/p>\n\n\n\n

3. Evoluutiopuussa shiba ei ollut l\u00e4himp\u00e4n\u00e4 sutta.<\/h3>\n\n\n\n
\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Tutkimuksessa toistojaksojen eri pituusversioiden yleisyytt\u00e4 eri roduissa (alleelifrekvenssit) k\u00e4ytettiin evoluutiopuun luomiseen. Tietokoneohjelma on analysoinut sille sy\u00f6tetty\u00e4 tietoa eri rotujen alleelifrekvensseist\u00e4 ja mallintanut erilaisia tapoja, miten mutaatiot ovat voineet historiassa tapahtua. Evoluutiopuun oksanhaaran voi tulkita siten, ett\u00e4 sen kohdalla on ollut yl\u00e4- ja alaoksan viimeisin yhteinen esivanhempi, mink\u00e4 j\u00e4lkeen oksat eiv\u00e4t ole en\u00e4\u00e4 lis\u00e4\u00e4ntyneet (versoneet?) kesken\u00e4\u00e4n.<\/p>\n\n\n\n

Oksien pituudella on merkityst\u00e4, joten Shar-Pein oksa n\u00e4ytt\u00e4\u00e4 olevan l\u00e4himp\u00e4n\u00e4 sutta. My\u00f6s oksanhaarojen numeroarvoilla on merkityst\u00e4. Ne kuvaavat sit\u00e4 prosenttilukemaa, jolla tietokone sai saman haarautuman syntym\u00e4\u00e4n, kun se analysoi samat tiedot 500 kertaa. Shar pein ja shiban, chowin ja akitan erottava haarautuma esimerkiksi ilmestyi 280 kertaa, ja 220 kertaa ilmestyikin jotain muuta. Ehk\u00e4 kiinnostavampi on tuo ensimm\u00e4inen 100% toistuva oksanhaara, jossa nelj\u00e4 it\u00e4maista rotua on joka kerta erkaantunut kaikista muista tutkituista roduista? Kaavioon on merkitty numerolla ne oksanhaarat, jotka toteutuivat ainakin puolessa 500 toistosta. Shiban oksalla ei ole numeroarvoa.<\/p>\n\n\n\n

4. Tutkimuksen sudet olivat nykyisi\u00e4 susia.<\/h3>\n\n\n\n

Nykyk\u00e4sitys on kallellaan siihen suuntaan, ett\u00e4 sek\u00e4 nykyiset sudet ett\u00e4 kesykoirat polveutuisivat samasta kantamuodosta, jota ei ole en\u00e4\u00e4 olemassa. Her\u00e4\u00e4 kysymys, miss\u00e4 yhteyksiss\u00e4 nykysusien DNA:n neutraaleja geneettisi\u00e4 markkereita voi silloin verrata nykykoirien markkereihin, kun tutkitaan koirarotujen kehityshistoriaa, jos molemmat ovat mutatoituneet omia teit\u00e4\u00e4n jo vuosituhansien ajan. Toisaalta joissakin roduissa saattaa olla hyvinkin tuoretta geenimateriaalia sudelta, jos nykysusi ja koira ovat risteytyneet kesken\u00e4\u00e4n.<\/p>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

5. ”Shibak\u00e4ppyr\u00e4n” idea ja rotujen omituinen j\u00e4rjestys.<\/h3>\n\n\n\n

No niin. Se tunnettu kuvaaja. Kyseess\u00e4 on ryhmittelyanalyysikuva, jota varten kaikkien koirien (ja kahdeksan suden) kaikki geneettiset markkerit on annettu tietokoneen rouskutettavaksi. Tietokone on pyrkinyt jakamaan ne jonkinlaisella mutaatiologiikalla eri ryhmiin. Kirjain K kuvaa sit\u00e4, montaako eri ryhm\u00e4\u00e4 tietokoneen on k\u00e4sketty etsi\u00e4. Esimerkiksi K=2 on jakanut kaikki markkerit kahteen ryhm\u00e4\u00e4n. Ryhm\u00e4\u00e4n 1 luokiteltuja markkereita on l\u00f6ytynyt eniten niilt\u00e4 roduilta, jotka \u00e4skeisess\u00e4 evoluutiopuussa n\u00e4yttiv\u00e4t alkukantaisimmilta. Ryhm\u00e4\u00e4n 2 kuuluivat kaikki muut markkerit. Kun K-lukua on nostettu eli tietokone on etsinyt useampia ryhmi\u00e4, on 2. ryhm\u00e4 jakautunut viel\u00e4 useampiin pienempiin ryhmiin, joita kuvaavat eri v\u00e4rit. N\u00e4iss\u00e4kin analyyseissa on ollut monta toistoa.<\/p>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

Rotujen sarakkeet muodostuvat viiden (?) koiran pystypalkeista, tosin kuvassa pikselit eiv\u00e4t silloin mene tasan. Jokaiselle koiralle on merkitty v\u00e4reill\u00e4 ne osuudet, jotka sen snipeist\u00e4 ja toistojaksoista kuuluvat tietokoneen m\u00e4\u00e4ritt\u00e4m\u00e4\u00e4n ryhm\u00e4\u00e4n 1 (keltaiset) ja ryhm\u00e4\u00e4n 2 (punaiset). <\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Sille, miksi Shiba Inu on sijoitettu harmaasuden viereen ekaksi koiraroduksi, ei tutkimuksesta l\u00f6ydy selityst\u00e4. Jos keltaisuuden osuutta katsotaan, niin chowin ja akitan pit\u00e4isi olla sen edell\u00e4. Ent\u00e4 miksi l\u00e4hes keltainen basenji on sijoitettu paljon punaisemman malamuutin j\u00e4lkeen? Uskaltaako sanoa, ettei n\u00e4iden rotujen j\u00e4rjestyksell\u00e4 ole oikeasti kovin suurta merkityst\u00e4. Erot top-rotujen v\u00e4lill\u00e4 ovat mit\u00e4tt\u00f6m\u00e4n pieni\u00e4 ja koiria tosi pieni m\u00e4\u00e4r\u00e4. Pohdintateht\u00e4v\u00e4:<\/strong> milt\u00e4 kuvio n\u00e4ytt\u00e4isi, jos shiboiksi olisi sattumalta osunut viisi shiban nr. 3 kaltaista yksil\u00f6\u00e4? <\/p>\n\n\n\n

\"\"
K=4 -graafinen taulukko numeerisena. Rotujen j\u00e4rjestykselle on t\u00e4ss\u00e4kin muodossa hankala keksi\u00e4 logiikkaa. <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n
\"\"
Jos t\u00e4m\u00e4 popularisoitu grafiikka todella pohjautuu t\u00e4h\u00e4n samaan tutkimukseen, mihin kyll\u00e4 viittaa rotujen tuttu j\u00e4rjestys, niin ”wolflike”-ominaisuuden m\u00e4\u00e4rittelyss\u00e4 eri roduille ei ole j\u00e4rke\u00e4. Tai jos saat siihen j\u00e4rke\u00e4, niin kommenttiboksi on sit\u00e4 varten. <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Johtop\u00e4\u00e4t\u00f6kset<\/h3>\n\n\n\n

”Shiba on geneettisesti l\u00e4himp\u00e4n\u00e4 sutta.” muuttui muotoon ”Viiden tutkitun shiban geneettisist\u00e4 markkereista (jotka ei ole geenej\u00e4) suurin osa luokiteltiin samaan geneettisten markkerien 1. ryhm\u00e4\u00e4n kuin useimmat nykysuden vastaavat geneettiset markkerit. Tosin chowien ja akitojen pit\u00e4isi olla kuvassa shibojen edell\u00e4, jos rodut olisivat j\u00e4rjestyksess\u00e4.”<\/p>\n\n\n\n

Mit\u00e4 tutkimustulos merkitsee? On huomionarvoista, ett\u00e4 tietokoneanalyysit listasivat geneettisten markkereiden perusteella alkukantaisimmiksi niit\u00e4 rotuja, joita on jo valmiiksi pidetty historian valossa alkukantaisina. Tutkimuksessa arveltiin, ett\u00e4 1. ryhm\u00e4n geenimarkkereihin painottuvat alkukantaiset rodut voivat parhaiten edustaa sit\u00e4 geenipoolia, mik\u00e4 vanhoissa kesykoirissa on ollut olemassa. (Akitan l\u00e4hihistoriaan jo jonkin verran tutustuneena on ehk\u00e4 v\u00e4h\u00e4n yll\u00e4tt\u00e4v\u00e4\u00e4, ett\u00e4 nykyakita n\u00e4ytti tutkimuksessa noin alkukantaiselta?) <\/p>\n\n\n\n

Geneettisten markkerien yhteys erilaisiin geenimuotoihin, jotka saavat aikaan erot k\u00e4yt\u00f6ksess\u00e4 ja muissa sudet ja koirat erottavissa ominaisuuksissa, on se kiinnostava kysymys. Lienee selv\u00e4\u00e4, ettei yhell\u00e4k\u00e4\u00e4n kesykoiralla voi olla j\u00e4ljell\u00e4 suden geenimuotoja, jotka koodittavat (keksitty esimerkki) ”ultraherkk\u00e4\u00e4 reseptoria”, joka aiheuttaa villiel\u00e4imelle luonnossa hy\u00f6dyllisen ihmisarkuuden tai reaktiviisuuden. <\/p>\n\n\n\n

Toisaalta solun perusmetaboliaan liittyvill\u00e4 geeneill\u00e4 ei varmaankaan ole ollut syyt\u00e4 tai aikaa mutatoitua sitten suden ja kesykoiran yhteisen kantamuodon. Siin\u00e4 mieless\u00e4 jokainen koira on pitk\u00e4lti geneettinen susi, my\u00f6s noissa roduissa, jotka eiv\u00e4t kuuluneet ”keltaisiin”. <\/p>\n\n\n\n

\"\"
Koiran (beagle) ja suden geenin koodittava osa linjattuna allekkain. T\u00e4ll\u00e4 ohjeella valmistuu konneksiini 40 -proteiinia. <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

Mutta onko shiboilta l\u00f6ytynyt upouusissa geenitutkimuksissa muutamia geeniehdokkaita, jotka oikeasti saattavat olla perua aivan tietynlaiselta sudelta ja erottaa japanilaisrodut l\u00e4nsimaalaisista roduista? Siit\u00e4 lis\u00e4\u00e4 jatko-osassa nimelt\u00e4 Shiba ja japaninsusigeenit (2\/2)<\/strong>. : D <\/p>\n\n\n\n

Emmalle kiitokset keskusteluista ja hyvist\u00e4 huomioista liittyen Parker et al. -paperiin. Kaikki mahdolliset tulkintavirheet tekstiss\u00e4 ovat edelleen vain omiani. <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

”Shiba on geneettisesti kaikkein l\u00e4hinn\u00e4 sutta oleva koirarotu.” T\u00e4m\u00e4 toteamus tulee jossakin muodossaan aika nopeasti vastaan, kun alkaa etsi\u00e4 tietoa rodusta. Kuvatodisteena on luultavasti allaolevan n\u00e4k\u00f6inen k\u00e4ppyr\u00e4, mahdollisesti pystysuuntaan k\u00e4\u00e4nnettyn\u00e4 ja viel\u00e4 shiban kuvalla muokattuna. Alkuper\u00e4inen grafiikka on per\u00e4isin Science-lehden l\u00e4hes 20 vuotta vanhasta tiedejulkaisusta Genetic Structure of the Purebred Domestic Dog (Parker ym., 2004). […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,49,4],"tags":[],"class_list":["post-778","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-genetiikka","category-misinformation","category-shibojen-historia"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/778","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=778"}],"version-history":[{"count":28,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/778\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1344,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/778\/revisions\/1344"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=778"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=778"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=778"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}