{"id":885,"date":"2021-08-05T18:35:36","date_gmt":"2021-08-05T15:35:36","guid":{"rendered":"http:\/\/shibalogia.info\/?p=885"},"modified":"2022-09-03T18:11:35","modified_gmt":"2022-09-03T15:11:35","slug":"miksi-olet-niin-pieni-mameshiba","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/shibalogia.info\/?p=885","title":{"rendered":"Miksi olet niin pieni, mameshiba?"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"wp-block-image\"><figure class=\"aligncenter size-large\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"742\" height=\"424\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/normijamame.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-887\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/normijamame.jpg 742w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/normijamame-300x171.jpg 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 742px) 100vw, 742px\" \/><figcaption>Mameshiba (oikealla) on aikuisena noin kymmenen sentti\u00e4 tavallista shibaa matalampi. Kuva&nbsp;\u00a9 2021 Lyu, Feng, Zhu, Ren, Dang, Irwin, Wang and Zhang (Whole Genome Sequencing Reveals Signatures for Artificial Selection for Different Sizes in Japanese Primitive Dog Breeds)<\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n<p>Mameshibaksi kutsutaan shiban pienikokoista muunnosta (mame = papu, viittaus pienuuteen), jota tavataan l\u00e4hinn\u00e4 Japanissa. Mameshiboja pidet\u00e4\u00e4n kiistanalaisina monella tavalla: kasvatus viis veisaa shiban rotum\u00e4\u00e4ritelm\u00e4n s\u00e4k\u00e4korkeudesta, ja pienikokoisuuteen pyrkiminen voi johtaa siihen, ett\u00e4 jalostusvalinnoissa sivuutetaan muita t\u00e4rkeit\u00e4 asioita. Mameshiban suosio perustunee siihen, ett\u00e4 pieni on s\u00f6p\u00f6\u00e4. Shibojen alkuper\u00e4inen ja t\u00e4rkein rotuj\u00e4rjest\u00f6 Japanissa (NIPPO) on erikseen linjannut, ettei tunnusta mameshibaa shibaksi. Ainoa mameshiboja Japanissa rekister\u00f6iv\u00e4 j\u00e4rjest\u00f6 on The Kennel Club of Japan (KCJ), jota ei tule sekoittaa FCI:n alaiseen Japan Kennel Clubiin (JKC). <\/p>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-image\"><figure class=\"aligncenter size-large is-resized\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/nippomame-1024x501.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-886\" width=\"537\" height=\"262\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/nippomame-1024x501.jpg 1024w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/nippomame-300x147.jpg 300w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/nippomame-768x376.jpg 768w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/nippomame-960x470.jpg 960w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/nippomame.jpg 1120w\" sizes=\"auto, (max-width: 537px) 100vw, 537px\" \/><figcaption>Mameshiboja koskeva konek\u00e4\u00e4nn\u00f6s NIPPO:n nettisivulta.<\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Miten mameshiba eroaa geneettisesti tavallisesta shibasta?<\/h3>\n\n\n\n<p>T\u00e4m\u00e4n blogipostauksen varsinainen aihe on <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pmc\/articles\/PMC8317602\/\" data-type=\"URL\" data-id=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pmc\/articles\/PMC8317602\/\">uusi tutkimusjulkaisu<\/a>, jossa on vertailtu mameshibojen ja normikokoisten shibojen genomeja. L\u00e4ht\u00f6kohtana on ollut oletus, ett\u00e4 mameshiba on sin\u00e4ns\u00e4 rotupuhdas shiba, jolloin eroavaisuudet geeneiss\u00e4 voisivat selitt\u00e4\u00e4 nimenomaan kokoeroa. Huomioita tutkimuksesta:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Tutkimus on kiinalais-kanadalainen yhteisty\u00f6, ja julkaistu Frontiers in Genetics -tiedelehdess\u00e4, joka on ok-tasoinen lehti (vaikuttavuuskerroin nelj\u00e4n pintaan).<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Tutkimuksessa mameshibaa kutsutaan omaksi alkuper\u00e4isrodukseen, mik\u00e4 k\u00e4y ilmi jo otsikosta &#8221;Whole Genome Sequencing Reveals Signatures for Artificial Selection for Different Sizes in Japanese Primitive Dog Breeds&#8221;. Lukiessa tulee muutenkin vaikutelma, etteiv\u00e4t tutkijat ehk\u00e4 ole olleet j\u00e4rin kiinnostuneita koirista tai roduista &#8211; kiinnostavaa on ollut shiban ja mameshiban kokoero, josta todella saa hyv\u00e4n tutkimusidean kokogeenien etsint\u00e4\u00e4n.<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Tutkimuksessa on otettu verin\u00e4ytteet 59 normishibasta ja 35 mameshibasta. N\u00e4ist\u00e4 on sekvensoitu perim\u00e4t (=selvitetty DNA:n em\u00e4sj\u00e4rjestyksen kirjaimet) ja etsitty selkeit\u00e4 eroja normishibojen ja mameshibojen v\u00e4lill\u00e4. Selke\u00e4 ero = jokin versio tietyst\u00e4 perim\u00e4n kohdasta on rikastunut ja yleistynyt mameshiboissa jalostusvalinnan takia. Tuloksia on analysoitu useilla populaatiogenetiikan ty\u00f6kaluilla, jotka menev\u00e4t t\u00e4ss\u00e4 yli aiheen ja bloginpit\u00e4j\u00e4n arviointikyvyn. Tutkimus on l\u00e4p\u00e4issyt asiantuntijoiden vertaisarvioinnin hyv\u00e4\u00e4n lehteen, joten pit\u00e4k\u00e4\u00e4mme geenituloksia luotettavina. Vakuuttavuutta lis\u00e4\u00e4 useiden eri analyysimenetelmien rinnakkainen k\u00e4ytt\u00f6.<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><strong>Selkeit\u00e4 eroja on todella l\u00f6ytynyt 12 perim\u00e4alueelta.<\/strong> Toisin sanoen t\u00e4m\u00e4 tutkimus on havainnut (jalostus)valintaan viittaavia alueita DNA:ssa, joissa tietynlainen versio on alkanut yleisty\u00e4 mameshiboissa verrattuna normishiboihin. Kuvittele, ett\u00e4 kasvattaisit pelkki\u00e4 bl\u00e4kk\u00e4rishiboja valtavalla koiram\u00e4\u00e4r\u00e4ll\u00e4 &#8211; t\u00e4ll\u00f6in mustien jalostuskoirien suosiminen aiheuttaisi tietenkin sen, ett\u00e4 koirissasi alkaisi yleisty\u00e4 mustan v\u00e4rin aikaansaava geeniversio. Sama on tapahtunut pienten mameshibojen kasvatuksessa, paitsi ett\u00e4 kokoon vaikuttaa useampi kuin yksi geeni. <\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Tutkimustapa ei ole &#8221;geenintarkka&#8221;, mutta koiran perim\u00e4n tietokannasta voidaan katsoa n\u00e4it\u00e4 alueita tarkemmin. <\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Havaituille perim\u00e4alueille osuu yhteens\u00e4 <strong>yhdeks\u00e4n tunnettua geeni\u00e4<\/strong>, joista vain yksi (<em>PRDM16<\/em>) on aikaisemmin yhdistetty kokovaihteluun nis\u00e4kk\u00e4ill\u00e4 mutta ei viel\u00e4 koirilla.<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Jo aiemmin tunnetuista &#8221;koirien kokogeeneist\u00e4&#8221; tutkimus havaitsi kolme m\u00e4ts\u00e4\u00e4v\u00e4\u00e4 perim\u00e4aluetta <em>(<\/em>joilta l\u00f6ytyv\u00e4t geenit<em> IGF1<\/em>,&nbsp;<em>SMAD2<\/em> ja&nbsp;<em>LCORL<\/em>, tuttuja MyDogDNA-profiileista), mutta ero ei ollut n\u00e4iden osalta yht\u00e4 selke\u00e4 (ts. vain kaksi kolmesta analyysimenetelm\u00e4st\u00e4 havaitsi ne). Tulkinta: n\u00e4m\u00e4kin geenit voivat selitt\u00e4\u00e4 mameshiban pienuutta, mutta niiden vaikutus ei ole ollut ratkaiseva.           <\/li><\/ul>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-image\"><figure class=\"aligncenter size-large\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"768\" src=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n-1024x768.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-893\" srcset=\"https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n-1024x768.jpg 1024w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n-300x225.jpg 300w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n-768x576.jpg 768w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n-1536x1152.jpg 1536w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n-960x720.jpg 960w, https:\/\/shibalogia.info\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/107025025_2580021068913302_3039793074421513142_n.jpg 2048w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><figcaption>&#8221;Onpas monimutkaista!&#8221; <\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n<p><strong>Lyhyt versio:<\/strong> tutkimuksessa l\u00f6ydettiin merkkej\u00e4 geneettisist\u00e4 jalostusvalintaeroista normishiban ja mameshiban v\u00e4lill\u00e4. Erot saattavat liitty\u00e4 yhdeks\u00e4\u00e4n tunnettuun geeniin, joita voidaan pit\u00e4\u00e4 nyt uusina ehdokkaina koirien kokogeeneiksi. Tarkempia lis\u00e4tutkimuksia n\u00e4ist\u00e4 geeneist\u00e4 on todenn\u00e4k\u00f6isesti tulossa l\u00e4hivuosina. Populaatiogenetiikkaan perehtyneiden kannattaa tarkastella enemm\u00e4n raakadataa. Tutkimuksessa ei ainakaan suoraan mainita, ett\u00e4 mik\u00e4\u00e4n mameshiboissa selke\u00e4sti yleisempi perim\u00e4n versio (eli oletettu kokogeenimuoto) l\u00f6ytyisi vain mameshiboilta mutta ei lainkaan normishiboilta. Koska mameshiban pienikokoisuus voi hyvinkin piill\u00e4 useissa eri geeneiss\u00e4, tavallisen kokoisille shiboille tuskin syntyy pennuksi varsinaista mameshibaa, ja poikkeava koko selittyy ennemmin kasvuh\u00e4iri\u00f6ll\u00e4 tai sairaudella.        <\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">L\u00e4hteit\u00e4 ja luettavaa<\/h3>\n\n\n\n<p>Whole Genome Sequencing Reveals Signatures for Artificial Selection for Different Sizes in Japanese Primitive Dog Breeds (Lyu ym., 2021) <a href=\"https:\/\/pubmed.ncbi.nlm.nih.gov\/34335687\/\">https:\/\/pubmed.ncbi.nlm.nih.gov\/34335687\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Mameshibaksi kutsutaan shiban pienikokoista muunnosta (mame = papu, viittaus pienuuteen), jota tavataan l\u00e4hinn\u00e4 Japanissa. Mameshiboja pidet\u00e4\u00e4n kiistanalaisina monella tavalla: kasvatus viis veisaa shiban rotum\u00e4\u00e4ritelm\u00e4n s\u00e4k\u00e4korkeudesta, ja pienikokoisuuteen pyrkiminen voi johtaa siihen, ett\u00e4 jalostusvalinnoissa sivuutetaan muita t\u00e4rkeit\u00e4 asioita. Mameshiban suosio perustunee siihen, ett\u00e4 pieni on s\u00f6p\u00f6\u00e4. Shibojen alkuper\u00e4inen ja t\u00e4rkein rotuj\u00e4rjest\u00f6 Japanissa (NIPPO) on erikseen linjannut, [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-container-style":"default","site-container-layout":"default","site-sidebar-layout":"default","site-transparent-header":"default","disable-article-header":"default","disable-site-header":"default","disable-site-footer":"default","disable-content-area-spacing":"default","footnotes":""},"categories":[30,52,12],"tags":[31,40],"class_list":["post-885","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-genetiikka","category-mameshiba","category-terveys","tag-kokomarkkerit","tag-mameshiba"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/885","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=885"}],"version-history":[{"count":9,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/885\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":902,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/885\/revisions\/902"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=885"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=885"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/shibalogia.info\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=885"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}