Shiban sisäsiitosprosentti 0 vs. geenitason todellisuus
Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta.
Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sisäsiittoinen koirarotu.
Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista ja paperilla täysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien päähän, on silti geenitestin perusteella käsittämättömän samanperintäinen. Tuollainen tulos vastaa ei-sisäsiittoisilla kyläkoirilla sitä, että emo ja isä on täyssisarukset. Sisko ja veli. Vanhemmat voi olla kumpikin ite vaikka täysin eriperintäisiä mutta silti keskenään ”puoliksi samanlaisia”. Tyypillisesti aikasempien vuosikymmenten matadoruroksien vaikutuksen takia. Sitten jälkeläinen onnistuu perimään just ne samanlaiset geenit molemmilta, kun puolet vanhempien geeneistä on arvottu sukusoluihin.
Miltä ne KoiraNetin oranssilla tavalla sisäsiittoiset shibat jo pahimmillaan näyttää? Entsyymi on taatusti isänsä tytär, enkä mä pidä realistisena sitäkään, että aikasemmissa lähisukupolvissa ois vääriä polveutumisia tai joku puuttuvista esivanhemmista molemmin puolin. Vaikka melkein toivoisin että olisi. Käppyrän punainen viiva näyttää ilmeisesti kaikkien testin olemassaolon aikana testattujen shibojen sisäsiittoisuuden jakauman. En ole varma, miten tuo on skaalattu (ainakaan nolla ei voi tarkottaa 0% sisäsiittoisuutta). Ehkä nykyisin testattavat nuoret koirat alkaa saada väistämättä ”most inbred”-pään tuloksia sitä mukaa kun se kanta kerran väistämättä sukulaistuu.
STR-taulukossa on mitattu emolta ja isältä perittyjen toistojaksojen pituuksia. Toistojaksot ei ole geenejä mutta niitä on helppo tutkia ja niiden perusteella voi päätellä jotain geeneistä. Rankasti yksinkertaistettu idea: jokainen shiba-rodun kantakoira/matadoruros on jättänyt rotuun tietyn pituiset toistojaksot. Sekä muut geeninsä. Jos nykyinen shiba on perinyt saman pituisen toistojakson sekä emon että isän kautta, niin sitten se on voinut periä tuplana myös jonkin geenin tältä kantakoiralta/matadorilta. Just sillä tavalla kaikista pienistä japanilaiskoirista sata vuotta sitten tehtiin shiban näkösiä, kun rotua alettiin ekaa kertaa ulkomuotojalostaa. Hienompi termi tälle oli rotutyypin vakiinnuttaminen. Mutta samalla ongelmana on tuplana perityt huonot geenit, koska niidenkin vaikutus tulee sillon herkemmin näkyviin.
Sukupuusta lasketun sisäsiitosprosentin määritelmä: laskennallinen todennäköisyys, että koira on perinyt jonkin esivanhempansa geenin (tai toistojakson) tuplana sekä emon että isän kautta. Entsyymillä nolla prosenttia, aivan kuten geenitestissä ei näy. Onko noilla 4-6 sukupolven sisäsiitosprosenteilla enää mitään merkitystä, jos koirat alkaa kuitenkin oikeasti olla yhtä ja samaa. Koujinryuun ja Gomaryuun tiivistävää vaikutusta ootellessa hatunnosto niille, jotka vielä jaksaa ja tohtii pitemmällä tähtäimellä yrittää.
Immuunijärjestelmän DLA-geenialuetta. Tän pitäisi olla nisäkkään monimuotoisin geenialue. Haplotype 1 on peritty toiselta vanhemmalta ja haplotype 2 toiselta. Mä oon alkanut miettiä, voisko nuo 1054 ja 2106 olla shiballa jotain riskiversioita allergioille. Kolmasosalla kaikista shiboista on nuo. Myös Tiikerillä. Tsyymi ei vielä kutise ja on yli atopian pahimman riski-iän mutta ihan samaa mä sanoin viimeksi liian aikaisin Tikrusta.
Ai niin, nuo 1054 ja 2106 on labran omia koodeja. Ne näyttää diplomissa selkeämmiltä kuin joku DLQ-DBR 2678:24589:120 mutta niistä on turha yrittää ettiä tutkimustietoa. En edelleenkään tiiä avataanko koodausta jossain.
Vaikka tulos oli shibojen kannalta aika karsea, niin olin oikeasti dyskinesiajuttujen ja Entsyymin pentujen takia iloinen että nimenomaan Tsyymi on geenitestissä näin samanperintäinen. Vaikka sukupuu näyttää ulkosiitetyltä niin uskon taas siihen, että jokin resessiivinen periytymistapa voi myös selittää sen. Dyskinesia ei alkujärkytyksen jälkeen ole vaikuttanut elämään mitenkään, koska kohtauksia ei ole enää näkynyt. Mutta kukaan ei vielä tiedä, miten se pitemmän päälle käyttäytyy.
Tl;dr: Shiba-rotu on niin sisäsiittoinen, että KoiraNetin sukutaulun perusteella täysin ei-sukulaiset shibavanhemmat voi olla geenitasolla kuin sisko ja veli.
Jos oman shiban monimuotoisuus tai mahdollinen geneettinen harvinaisuus kiinnostaa, niin VGL-laboratorion monimuotoisuuskartoituksen ja poskisolunäytteen testiharjat voi tilata noin 80 dollarilla täältä: https://vgl.ucdavis.edu/. Sivustolle pitää rekisteröityä. Poskisolunäyte on kuin huulen ja ikenen välistä otettava koronatesti. Varmimmin harjoihin tarttuu riittävästi soluja, jos näytteen ottaa eläinlääkäri samalla kun koira on muutenkin rauhoitettu.
Tärkeää asiaa näytteen postituksesta Yhdysvaltoihin
Biologista materiaalia sisältävät näyteharjat pitää lähettää tavarakirjeenä postitoimipisteessä. Postilaatikkoon jätettynä tulee kuulema bumerangina takaisin. Syy: USA:n tulli. Näyteharjojen mukana tullut infolappu pitää täyttää ja teipata kirjekuoren toiselle puolelle. Kirje myös rekisteröidään sähköisesti USA:n tullia varten ja siihen liimataan viivakoodilipuke. Omalle kirjeelleni tuli postimaksua 5 euroa. Tullausjutut ei maksa mitään. Labran osoitteen postinumero on sitten niin erikoinen että sitä ei löytynyt postitoimiston tietokoneelta vaan piti syöttää se manuaalisesti. Laitoin sisällöksi ”Other” ja ”Dog DNA sample” ja arvoksi 0. Sain kuittauksen näytteen saapumisesta perille 9 päivää postituksesta, ja sen jälkeen tulokset ilmestyivät sähköpostiin 12 päivässä.
Related Posts
Tiikerin salaperäisten sukulaisten jalanjäljillä, osa 2
Kuinka kasvattaa japanilaiskoiria
Tämä on kyllä itseäkin kiehtova aihe ja olen miettinyt juuri tuota, että miten pahalta näyttää sellaisen koiran monimuotoisuuskartoitus, jolla on sukusiitosta ensimmäisissä polvissa.
Pääsin sitten testaamaan, kun oma shiba on ~13% sukusiitoksella ja otatin siitä myös monimuotoisuutta mittaavan geenistestin. Sen diversiteetti oli Mydogdna.lla 29%, josta olin aivan ihmeissäni, sillä toinen shibani, jolla on vähintään 6. sukupolveen asti 0% coi itsellään(6. polvessa ensimmäiset puuttuvat esivanhemmat), on diversiteetiltään 31%.
Löysin muuntotaulukon, (johon ei tietytsti 100% voi luottaa) jolla voi muuntaa nämä diversiteetti-arvot COI-arvoksi ja tällöin tällä sukusiitetyllä koiralla COI olisi 33% ja tällä 0% sukutaulullisesti koiralla olisi COI 29%. Molemmat siis vastaisivat sisarusparituksesta (ja vähän päälle) tehtyä pentuetta geneettisen COI.n puolesta. Shiballahan on geneettinen geneettinen coi keskimäärin n. 30% (Bannasch et al, 2011), joten molemmat menevät tuohon aika hyvin linjassa, mutta edelleen ihmettelen, että miten tuolla toisella voi olla vain noin vähän huonompi monimuotoisuus… Se oli tietysti positiivinen yllätys, mutta hankaloitti tämänkin työkalun käyttöä.
Veikkaan että asialla on ollut todennäkösyyksiä vastustava geenilotto, ettei vanhempiin olekaan osunut samoja markkereita, tai viimeistään niiden sukusolujen yhdistyessä alkiosta on tullut odotettua heterotsygoottisempi. Luulen ettei koirilla kovin korkean todellisen homotsygotian alkiot edes kehity niin pitkälle että päätyisivät geenitestiin asti. En muista, että oisin ikinä nähnyt millään koiralla esim. 50% testitulosta. Kiinnostaisi kyllä tietää mikä on se maailmanennätys. Laboratoriohiirillä on olemassa linjoja, jotka on homotsygoottisiksi sisäsiitettyjä (tarvitsevat tyyliin steriilit terraariot, koska kuolevat muuten ympäristön perusbakteerien takia), ja kuulema hiiri lajina ”kestää sisäsiitosta”, mutta mitä tuokin tarkottaa ja miks muut lajit ei kestä.
En muista onko MyDogDNA:n sivuilla tietoa siitä mitä testipaneelia käyttävät. Jos se on se perus polveutumismäärityksiin suositeltu, niin tuossa VGL:n paneelissa on vielä jotain ylimääräisiä markkereita eli oletettavasti kattavampi. Lisäksi shiboille on VGL:ssä se rotuprofiili, joten se osaa painottaa harvinaisia versioita ja ne nostaa homotsygoottisina lopputuloksessa prosentteja vielä lisää. Oon toisaalta vähän skeptinen VGL:n suhteen, koska ei sinne tarvinnut mitenkään todistaa että näyte on puhdasrotuisesta shibasta peräisin. Kuitenkin ne menee shibojen rotustatseihin.
Mä en oikeasti hahmota näiden monimuotoisuuskartoitusten hyötyä enää tässä vaiheessa D: Ellei aleta vaatia, että siitospareilla ei saa olla samoja markkereita, jotka voisi jälkeläisessä arpoutua harmaiksi. Mun urosshiba oli MyDogDNA:n _toiseksi_ monimuotoisin testattu shiba sillon kun siellä vielä näkyi kaikkien tulokset. Siitä huolimatta sillä on kivesvika ja ne allergiat, eli ei mitenkään toiveita herättävää :’D
Jos geeniasiat ja sisäsiittoisuusilmiö kiinnostaa, niin kannattaa ottaa seurantaan lunnikoirat! Koko nykyinen kanta polveutuu ilmeisesti kahdesta yksilöstä.
Satu
Samaa olen miettinyt, että varmasti luonnollisesti ne ”pahimmat” abortoituu ihan itsestään pois. Ehkä siis joku elinvoimaisuuden raja menee tuossa shibojen +30% COI paikkeilla, että siitä pienemmällä monimuotoisuudella tapahtuu tuo luonnonvalinta, että pentuja ei edes synny. Toisaalta siinä MDD diversity-kaaviossa on myös (väitettyjä) shiboja, joilla diversity on 20-25%, eli sukusiitokseksi käännettynä COI olisi 42-52%. Olisi kyllä mielenkiintoista nähdä näiden koirien COI% määritys esim UC Davisin tekemänä! Harmi kun tietoja ei saa mistään, että mitkä koirat kyseessä. Vanha monimuotoisuusavaruus oli ihan mahtava ominaisuus, toivottavasti vielä tuovat sen takaisin…
Tuo eri lajien ”kestävyys sukusiitokselle” on hyvin mielenkiintoinen teema. Millä määritellään kestväyys? Sillä että ne laboratoriorotat ylipäätään ovat olemassa vai? Onko koirakin sitten paremmin sukusiitosta kestävä kuin vaikka ihminen (ilmeisesti, kun ihmisille tulee korkeilla sukusiitosasteilla vielä vakavampia mutaatioita)? Esim suomalaiset valkohäntäpeurat ovat kaiken järjen mukaan todella kapealla geenipoolilla varustettuja https://www.hs.fi/tiede/art-2000002874444.html. Voisi ehkä jopa verrata shibaan? Tietysti luonnossa epäkelvot yksilöt ovat kuolleet ja niitä ei ole jääty suremaan, vaan kanta on kasvanut vahvimman säilyessä ja lisääntyessä ja ehkä sitä kautta jonkinlainen positiivinen luonnonvalinta on toiminut ja ne ”hyvät geenit” ovat päässeet kertautumaan. Koirissa kun ne hyvät geenit tuntuvat liittyvän lähinnä siihen näyttelymenestykseen edelleen 😀
Olen noita DLA-haplotyyppialueen markkereiden testejäkin miettinyt, että olisivat mielenkiintoiset, en ymmärrä, että miksi kaikkea ei voi saada yhdellä tuotteella, vaan pitäisi testata useammassa labrassa.
Ja lunnikoirien tilanne on kyllä seurannassa, siellä on aika mielenkiintoisesti esim jouduttu uusimaan polveutumismäärityksiä, kun ei ole voitu erottaa, kumpi uros on isä, liian samankaltaisen perimän vuoksi 😀
Apua tuo peura-artikkeli 8D Lähetetäänpä lahjaksi ekosysteemiin joku vieraslaji! Muistelen että koiraroduista gööteillä on ollut hyvä tuuri, eikä niillä ilmeisesti ole mitään tiettyä sisäsiittoisuussairautta vaikka kantakoiria ollut vielä vähemmän kuin shiboilla. Mun on pitänyt jo pitkään päivittää itteni ajan tasalle monimuotoisuusasioissa, koska ne toistojaksot markkereina alkaa selvästi olla vanhentuneita ja tutkimuksissa käytetään isoa snippivalikoimaa tai ”runs of homozygocity” todella pitkiä DNA-jaksoja. Joskaan en tiiä, miten pitkään nuo kaupalliset tarjoaa pelkkiä toistojaksoja. Kyllähän nekin jotain kertoo.
Huomasin samalla, että keskikokoisista japanilaisista muut paitsi hokkaido on otettu VGL:lle monimuotoisuusroduiksi, ja shikokusta on jo alustavia tuloksia. Jos shibat näyttää koostuvan tasaisesti kolmen koiran geeneistä, niin shikokuilla lukema on 1-2. Mutta asia oli varmaan jo päätelty ilman geenitestejä.
Satu