Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta.
Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sisäsiittoinen koirarotu.
Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista ja paperilla täysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien päähän, on silti geenitestin perusteella käsittämättömän samanperintäinen. Tuollainen tulos vastaa ei-sisäsiittoisilla kyläkoirilla sitä, että emo ja isä on täyssisarukset. Sisko ja veli. Vanhemmat voi olla kumpikin ite vaikka täysin eriperintäisiä mutta silti keskenään "puoliksi samanlaisia". Tyypillisesti aikasempien vuosikymmenten matadoruroksien vaikutuksen takia. Sitten jälkeläinen onnistuu perimään just ne samanlaiset geenit molemmilta, kun puolet vanhempien geeneistä on arvottu sukusoluihin.
Miltä ne KoiraNetin oranssilla tavalla sisäsiittoiset shibat jo pahimmillaan näyttää? Entsyymi on taatusti isänsä tytär, enkä mä pidä realistisena sitäkään, että aikasemmissa lähisukupolvissa ois vääriä polveutumisia tai joku puuttuvista esivanhemmista molemmin puolin. Vaikka melkein toivoisin että olisi. Käppyrän punainen viiva näyttää ilmeisesti kaikkien testin olemassaolon aikana testattujen shibojen sisäsiittoisuuden jakauman. En ole varma, miten tuo on skaalattu (ainakaan nolla ei voi tarkottaa 0% sisäsiittoisuutta). Ehkä nykyisin testattavat nuoret koirat alkaa saada väistämättä "most inbred"-pään tuloksia sitä mukaa kun se kanta kerran väistämättä sukulaistuu.
STR-taulukossa on mitattu emolta ja isältä perittyjen toistojaksojen pituuksia. Toistojaksot ei ole geenejä mutta niitä on helppo tutkia ja niiden perusteella voi päätellä jotain geeneistä. Rankasti yksinkertaistettu idea: jokainen shiba-rodun kantakoira/matadoruros on jättänyt rotuun tietyn pituiset toistojaksot. Sekä muut geeninsä. Jos nykyinen shiba on perinyt saman pituisen toistojakson sekä emon että isän kautta, niin sitten se on voinut periä tuplana myös jonkin geenin tältä kantakoiralta/matadorilta. Just sillä tavalla kaikista pienistä japanilaiskoirista sata vuotta sitten tehtiin shiban näkösiä, kun rotua alettiin ekaa kertaa ulkomuotojalostaa. Hienompi termi tälle oli rotutyypin vakiinnuttaminen. Mutta samalla ongelmana on tuplana perityt huonot geenit, koska niidenkin vaikutus tulee sillon herkemmin näkyviin.
Sukupuusta lasketun sisäsiitosprosentin määritelmä: laskennallinen todennäköisyys, että koira on perinyt jonkin esivanhempansa geenin (tai toistojakson) tuplana sekä emon että isän kautta. Entsyymillä nolla prosenttia, aivan kuten geenitestissä ei näy. Onko noilla 4-6 sukupolven sisäsiitosprosenteilla enää mitään merkitystä, jos koirat alkaa kuitenkin oikeasti olla yhtä ja samaa. Koujinryuun ja Gomaryuun tiivistävää vaikutusta ootellessa hatunnosto niille, jotka vielä jaksaa ja tohtii pitemmällä tähtäimellä yrittää.
Immuunijärjestelmän DLA-geenialuetta. Tän pitäisi olla nisäkkään monimuotoisin geenialue. Haplotype 1 on peritty toiselta vanhemmalta ja haplotype 2 toiselta. Mä oon alkanut miettiä, voisko nuo 1054 ja 2106 olla shiballa jotain riskiversioita allergioille. Kolmasosalla kaikista shiboista on nuo. Myös Tiikerillä. Tsyymi ei vielä kutise ja on yli atopian pahimman riski-iän mutta ihan samaa mä sanoin viimeksi liian aikaisin Tikrusta.
Ai niin, nuo 1054 ja 2106 on labran omia koodeja. Ne näyttää diplomissa selkeämmiltä kuin joku DLQ-DBR 2678:24589:120 mutta niistä on turha yrittää ettiä tutkimustietoa. En edelleenkään tiiä avataanko koodausta jossain.
Vaikka tulos oli shibojen kannalta aika karsea, niin olin oikeasti dyskinesiajuttujen ja Entsyymin pentujen takia iloinen että nimenomaan Tsyymi on geenitestissä näin samanperintäinen. Vaikka sukupuu näyttää ulkosiitetyltä niin uskon taas siihen, että jokin resessiivinen periytymistapa voi myös selittää sen. Dyskinesia ei alkujärkytyksen jälkeen ole vaikuttanut elämään mitenkään, koska kohtauksia ei ole enää näkynyt. Mutta kukaan ei vielä tiedä, miten se pitemmän päälle käyttäytyy.
Tl;dr: Shiba-rotu on niin sisäsiittoinen, että KoiraNetin sukutaulun perusteella täysin ei-sukulaiset shibavanhemmat voi olla geenitasolla kuin sisko ja veli.
Jos oman shiban monimuotoisuus tai mahdollinen geneettinen harvinaisuus kiinnostaa, niin VGL-laboratorion monimuotoisuuskartoituksen ja poskisolunäytteen testiharjat voi tilata noin 80 dollarilla täältä: https://vgl.ucdavis.edu/. Sivustolle pitää rekisteröityä. Poskisolunäyte on kuin huulen ja ikenen välistä otettava koronatesti. Varmimmin harjoihin tarttuu riittävästi soluja, jos näytteen ottaa eläinlääkäri samalla kun koira on muutenkin rauhoitettu.
Tärkeää asiaa näytteen postituksesta Yhdysvaltoihin
Biologista materiaalia sisältävät näyteharjat pitää lähettää tavarakirjeenä postitoimipisteessä. Postilaatikkoon jätettynä tulee kuulema bumerangina takaisin. Syy: USA:n tulli. Näyteharjojen mukana tullut infolappu pitää täyttää ja teipata kirjekuoren toiselle puolelle. Kirje myös rekisteröidään sähköisesti USA:n tullia varten ja siihen liimataan viivakoodilipuke. Omalle kirjeelleni tuli postimaksua 5 euroa. Tullausjutut ei maksa mitään. Labran osoitteen postinumero on sitten niin erikoinen että sitä ei löytynyt postitoimiston tietokoneelta vaan piti syöttää se manuaalisesti. Laitoin sisällöksi "Other" ja "Dog DNA sample" ja arvoksi 0. Sain kuittauksen näytteen saapumisesta perille 9 päivää postituksesta, ja sen jälkeen tulokset ilmestyivät sähköpostiin 12 päivässä.