Siirry sisältöön

Kuukausi: joulukuu 2022

Julkaistu Kommentoi Geenitestejä shiballe

...estin itseäni käyttämästä otsikossa sanaa geenitestiviidakko. : D Kolmen edellisen jutun takia päädyin selailemaan koirien geenitestipalveluja ja tuloksia, joten iski inspis kirjoittaa niistä enemmän. Testit on kalliita, ja valituilla sanamuodoilla ne saadaan monesti kuulostamaan liiankin hyviltä. Listaan tähän muutaman oman suosikkini, siis geenitestin joita pidän oikeasti hyödyllisenä tai edes mielenkiintoisena, sekä muutamia turhakkeita. Testattavana esimerkkirotuna on shiba, jos muuta ei mainita.

"Se oli vitsi!! Ei sitä geeninäytettä KORVASTA oikeasti oteta!"

Rodun oma geenivirhe tasan yhdessä sairausgeenissä.

Kaikkein käyttökelpoisin geenitesti jalostuskoirille tai jalostuskoirien jälkeläiselle. Toisaalta mahdollistaa turhimmat rahastukset.

Rodun kantakoirassa ja jalostusmatadoreissa on aikoinaan ollut haitallisia resessiivisiä geenimutaatioita, jotka on periytyneet noin puolelle näiden jälkeläisistä ja niin edespäin. Tässä ei sinänsä ole mitään ihmeellistä, koska geenimutaatioita on kaikilla monimutkaisilla eliöillä ja ilman mutaatioita lilluisimme yhä alkuliemessä. Haitallinen mutaatio sössii geenistä valmistuvan proteiinin toiminnan. Kaikki on ok niin kauan kuin koira perii edes toiselta vanhemmalta normaalin geenin, koska siitä valmistuu toimivaa proteiinia ihan riittävästi. Ongelma syntyy, kun koira perii saman haitallisen mutaation kummaltakin vanhemmalta. Nyt sillä ei ole ollenkaan valmistusohjetta toimivalle proteiinille, ja tämä yksi proteiini olisi välttämätön elimistön normaalille toiminnalle. Varsinainen ongelma on rotukoirien sisäsiittoisuus, koska 1900-luvun keksintö rotukoirat ei tainnut lopulta sopia kovin hyvin yhteen sen kanssa, miten DNA-pohjainen elämä operoi.

Kuvitteelliset kantakoirat monimuotoisuusjutusta saapuvat vierailemaan. Kirjaimet on geenipareja. Vihreä = ehjä geeni (ihan sama ovatko tarkalleen samanlaisia vai erilaisia keskenään, kunhat toimivat). Punainen = rikkinäinen geeni, joka ei näy kantajasta. Kaikki nämä koirat on perusterveitä ja rodunomaisia. Mitä näistä kannattaisi käyttää rodun säilyttämiseen? Tarulle kiitos siluetista.

Shiboilla näitä yksittäisiä geenivirheitä on tunnistettu käsittääkseni vasta kaksi. Molemmat aiheuttavat homotsygoottisena gangliosidoosi-nimisen aivonsurkastumataudin. Käytin ilmaisua "aiheuttavat", koska näistä niin voi sanoa. Monissa geenitestiselityksissä lukee, että jokin mutaatio "liittyy" tai "on yhdistetty" (engl. "is associated with") johonkin sairauteen tai ominaisuuteen. Tämä on viisaasti varovaista tiedejargonia, jota käytetään myös tutkimusjulkaisuissa. Oikeasti tarvitaan vahvat todisteet ja perustelut, että voi sanoa tai itse tutkijana uskaltaa sanoa, että mutaatio x yksinään todella aiheuttaa asian y. En muista, olenko ite ollut kovin johdonmukainen näissä etenkään varhaisissa värijutuissa. Useat koirien viat ja sairaudet on joka tapauksessa monen geenin yhteisvaikutuksen tulosta niin että altistavien geeniversioiden etsiminen (tai korjaaminen roturisteytyksellä) on vaikeaa.

Testauskäytännöt varmasti muuttuvat tekniikan kehittyessä ja halventuessa, mutta seuraavat on kirjoitettu sillä oletuksella, että koirien kaupalliset geenitestit eivät vielä tutki koko geeniä vaan pelkästään etsivät tiettyjä mutaatioita. Shiboille järkevät testit 2022 on mun käsittääkseni tässä:

GM1-gangliosidoosi: testataan, onko koiran beta-galaktosidaasi-entsyymiä koodittavassa geenissä mutaatio c.1668delC ( = yksi DNA:n kirjain kadonnut), joka on se shiboissa esiintyvä mutaatio. Testi paljastaa oireettomat kantajat, jos mutaatio löytyy. Sen sijaan testitulos ei takaa sitä, etteikö samassa geenissä voi olla jokin uusi mutaatio, koska testi osaa etsiä vain tuota mutaatiota, mitä sen on käsketty etsiä.

GM2-gangliosidoosi: testataan, onko heksosaminidaasi-entsyymiä koodittavassa geenissä mutaatio c.618_620delCCT (= kolme DNA:n kirjainta kadonnut), joka on se shiboissa esiintyvä mutaatio.

Mutaatioita ei tarvitse muistaa ulkoa. Riittää, että testin nimessä mainitaan shiba inu.

Sekvensoin äskeisiä kuviteltuja kantakoiria vähän lisää muista geeneistä, ja mitä ilmenikään. Mitä näistä nyt kannattaisi käyttää rodun säilyttämiseen?

Shibojen gangliosidoosit on oirekuvan ja lopputuloksen osalta vastaavia kuin suomalaisen tautiperimän kolkoin tauti INCL. Jos yhden tautigeenin voisin suomalaisista lapsista kumota, niin se olisi INCL. Toivottavasti Suomessa shiboille ei synny yhtäkään gangliosidoosipentua.

Tiikeri sai shibana odotetusti vihreää valoa. Tulos ei sulje pois uudenlaisia geenivirheitä. Näiden testien osalta olisin ennemmin säästänyt rahaa.

Koirien geenitestipaneeleissa on usein mukana toista sataa eri roduissa tunnistettua geenivirhettä tai tautimarkkeria. Näissäkin tietty mutaatio joko löytyy tai ei löydy. Shiban testitulos on näistä lähes varmasti 100% clear, tai jos ei olisi, niin oltaisiin tilanteessa, jossa vaikka jokin villakoirien kantakoiran tai matadorin mutaatio olisi jotenkin päätynyt nykyisten shibojen geenipooliin. Se taas on oma aiheensa, mutta hei, juurihan puhuttiin siitä miten hokkaidonkoirilla on colliesukuisiin koiriin liitetty mutaatio. : D Ehkä se todella on ikivanha mutaatio alkukoirilta ennen rotutyyppien erkanemista. Todennäköisyys, että sama mutaatio tapahtuisi eri roduissa kahdesti, on niin pieni. Samasta syystä muille roduille tarkoitetut gangliosidoositestit ei toimi shiballa, koska ne etsivät vääränlaisia mutaatioita.

Immuunijärjestelmän geenialueen monimuotoisuustesti.

VG Davis -geenilabra kartoittaa geneettistä monimuotoisuutta useissa roduissa. Yksi osa testiä on DLA-geenialueet, jotka liittyvät immuunijärjestelmän toimintaan, ja mikä mielenkiintoista, ehkä myös immuunijärjestelmän sekoiluun á la allergiat ja autoimmuunisairaudet. Yhteys ei ole samalla tavalla selkeä ja yksinkertainen kuin gangliosidoosissa, mutta näkisin tässä testauksessa potentiaalia.

Monimuotoisuudesta ja testistä löytyy blogista erillinen juttu Shiba geenitestissä -sarjasta. DLA-geenien osalta saat shiballe tulokseksi jotain tällaista:

DLA:ssa on shiboillakin vaihtoehtoina enemmän erilaisia versioita (eri luvut) kuin millään muilla tutkituillta geenialueilla. Silti useimmilla shiboilla löytyy sekä DLA I:sta jokin kolmesta yleisimmästä versiosta (1054, 1091, 1191) että DLA II:sta myös yleisimmät kolme (2018, 2067, 2106). Tästä seuraa, että monet shibat on näiden osalta homotsygootteja eli haplotyyppi 1 (toiselta vanhemmalta peritty) on sama kuin haplotyyppi 2 (toiselta vanhemmalta peritty).

Nippelitietoa: mikä on haplotyyppi? No ainakin harvinaisen kehno termi selittämään omaa tarkoitustaan. Haplo viittaa yhteen, vain toisessa vastinkromosomissa olevaan DNA-pätkään. DLA:n tapauksessa haplotyyppi on "kolmen peräkkäisen geenin jono, jossa joka geenillä on tietty geenimuoto". Nämä peräkkäiset geenimuodot periytyvät aina yhtenä settinä. Jos shiban värigeenit E, A ja S olisivat peräkkäin samassa kromosomissa, niin yksi niiden muodostama haplotyyppi voisi olla vaikka e/Ay/sp. Kenoviiva tarkoittaa nyt eri asiaa kuin värijutuissa yleensä. Tämä koko geenimuotosarja periytyisi emolta = tämän koiran haplotyyppi 1. Isältä voisi periytyä vaikka E/at/S = tämän koiran haplotyyppi 2. Kätevyyden takia erilaisille haplotyypeille on annettu lyhyet nimet tai numerokoodit. Jos e/Ay/sp olisi 1001 ja E/at/S 1004, niin kenoviiva olisi taas värigenetiikasta tutussa tarkoituksessa ilmaisemassa emolta ja isältä perittyjä haplotyyppejä: 1001/1004.

En tiedä, onko DLA:n haplotyyppikoodit sellaisia, että joka geenistä on joka numerokoodissa erilainen geenimuoto kuten äskeisessä värigeeniesimerkissä vai onko ne osittain yhdistelmiä kuten vaikka E/at/sp ja E/aw/sp. Vielä yksinkertaistettu ja täysin keksitty spekulaatio sille, miksi DLA:n monimuotoisuutta pidetään tärkeänä asiana. Ne on immuunijärjestelmän geenejä. Jos äskeiset värigeenien haplotyypit olisivat töissä immuunipuolustuksessa, niin e/Ay/sp taistelisi valkoisia, punaisia ja pintovärisiä pöpöjä vastaan. E/at/S taas hoitelisi värikkäät, mustat ja täysväriset pöpöt. Hyvä kattavuus siis. Mutta jos koira perii saman haplotyypin sekä emältä että isältä (vaikka e/Ay/sp:n, eli se olisi samanperintäinen 1001/1001), niin immuunijärjestelmä taistelee nyt ihan hulluna valkoisia, punaisia ja pintovärisiä vihollisia vastaan - ja alkaa ehkä vainoharhaisena taistella sellaistakin vastaan mitä vain luulee valkoiseksi viholliseksi eli kehittää allergian tai autoimmuunisairauden - mutta ei ollenkaan värikkäitä, mustia ja täysvärisiä vastaan. Immuunijärjestelmässä on sentään niiden varalta muita alkeellisempia puolustuslinjoja kuin DLA. Jos menit sekaisin, niin unohda koko juttu. DLA ja värigeenit ei tiettävästi liity mitenkään toisiinsa.  

Minkä värinen tuommonen 1001/1004-shiba muuten olisi xD

Nykykäsitys on siis sen suuntainen, että ihannetapauksessa koiralta löytyisi tässä testissä neljä eri lukua, jolloin se olisi mahdollisimman eriperintäinen. Näitä kehotetaan hyödyntämään yhdistelmissä, jolloin toiseksi osapuoleksi valittaisiin mahdollisimman erilaisia lukuja testissä saanut yksilö, jos mikään muu asia ei ratkaise vaikka kahden sulhasehdokkaan välillä.

Oikeasti DLA-heterotsygotian hyödystä ainakaan shiballa ei ole vielä olemassa tutkimusta... minkä vuoksi se olisi mielestäni älyttömän hyvä tutkimusidea. Mielestäni myös ainoa realistinen tutkimusidea, jonka voisi kaupallisilla geenitesteillä toteuttaa. Ja jos on totta, että DLA-geenialueen tietyt versioyhdistelmät alkaisivat yhdistyä shiboissa liian usein tavattuun allergiaan ja atopiaan, tai vastaavasti tietyt versioyhdistelmät löytyä epätavallisen usein allergiattomista shiboista, niin tutkimuksesta voisi olla jossain vaiheessa shiboille jopa hyötyä. Testattuja koiria pitäisi olla reilusti, että tulos olisi muuta kuin sattumaa, mutta Tiikeri ja Entsyymi voi aloittaa:

Shiban ikä ja sukupuoliDLA I -versiotDLA II -versiotAllergia tai atopia yli 5-v ikäisenä
6, uros1091/10542067/2106Siitepölyallergia
4, narttu1054/10542106/2106(Ei ainakaan vielä)
Miten tulkitset? Uros on DLA-alueilta täysin eriperintäinen ja silti siitepölyallergikko. Narttu on täysin samanperintäinen, mutta ei ainakaan vielä allergikko. Koko hieno tutkimushypoteesi romahti siihen! 😀 No ei, vaan tuloksia pitäisi katsoa vasta 50-100 shiban jälkeen. Onko eriperintäiset useammin allergiattomia kuin samanperintäiset?

Värigeenit.

Geenitestien ylivoimaisesti hauskin osa: VÄRIT. Jos pidät genetiikasta, niin värigeenit on suunnilleen ainoa järkevä asia, jossa saa ilman omaa eläintarhaa riittävästi tutkimusyksilöitä, koska geenien ja ilmiasun yhteyttä voi tutkia pelkkien kuvien perusteella.

En jaksa kirjoittaa enää enempää värijuttuja, mutta shiboilla tietoa voi hyödyntää yhdistelmissä siten, ettei kahta pinton kantajaa yhdistetä. Eli jos toinen vanhempi on S-lokuksen osalta S/sp, niin toinen olisi S/S. Tällä voi estää valkokirjavien sp/sp-pentujen "riskin". Pinton kantaminen ei aina näy päällepäin edes sukkina (case Tiikeri). Ja toisin päin. Vaikka shiba on selkeästi sukallinen ja merkillinen, niin geenitesti saattaa näyttää täysväritystä S/S. Geenitestit S-lokuksen osalta ei selvästikään aina toimi kaikille japanilaisroduille. Embarkissa vaikka miten monet kishunkoirat on genotyypiltään sp/sp, vaikka valkokirjavuudesta ei ole tietoakaan. Lisäksi alan uskoa, että kishujen seesamivärityksen geenitestauksessa (vanha Ay/aw/at-systeemi) on jotain hämärää.

Vaikuttaa siltä, että A-lokuksen aikaisempi testaustapa ei testannutkaan värejä aiheuttavia mutaatioita, vaan sellaisia mutaatioita, jotka johdonmukaisesti esiintyivät yhdessä eri promoottorien kanssa. Ne olikin vain markkerimutaatioita ("associated with"), ja oikeasti eri promoottorit saivat aikaan eri värit. Tämä siis vuoden 2022 näkemys A-lokuksesta. Ja maukas muistutus siitä, miten geenitutkimus elää ja miten geeneistä ei varmasti vielä tiedetä kaikkea. Olen ite katellut mikroskoopilla tuhansia ja tuhansia tumia ja tuntuu järjettömältä, että siellä toimii monimutkainen geenisysteemi, kun ei sitä pysty näkemään. o.o

Mutta asiaan. Värigeeneissä on kiinnostavaa minkä tahansa japanilaisrodun testitulokset uudella A-lokuksen promoottoritestauksella.

Pitkäkarvaisuusmutaatiot.

Tämä meinasi unohtua, vaikka aiemmin oli tarkoitus tutkia etenkin akitan pitkäkarvamutaation esiintymistä shiboissa. Karvan pituuden mutaatioista eli varianteista ainakin muutama on mukana ominaisuuksien (traits) geenitestipaneeleissa. Muut ominaisuusmutaatioiden testit kuten pystykorvaisuus, lyttykuonoisuus, tappijalkaisuus jne. on puhdasrotuiselle shiballe imho täysin turhia, mutta ne kuuluvat yleensä automaattisesti väritestipaneeleihin.

Muutamia geenitestilabroja netissä.

Shibojen gangliosidoosit ja värit, vanhempi A-lokuksen testaus:

https://shop.labogen.com/fi/genetic-test-order/koira/shiba/ - täällä myös kätevä yhdistelmätesti shiballe (molemmat gangliosidoosit, E-lokus, A-lokus)

https://shop.embarkvet.com/products/embark-dog-dna-test-kit (ilmeisesti vain GM1-gangliosidoosi + värit + paljon kaikkea extraa, kuten rotukoostumus monirotuisille)

mydogdna.com (vain GM1-gangliosidoosi + värit + paljon kaikkea extraa)

Värit, uudempi A-lokuksen testaus, jonka pitäisi tunnistaa punaseesami:

https://vgl.ucdavis.edu/panel/dog-coat-color-basic-panel

Monimuotoisuus ja DLA:

https://vgl.ucdavis.edu/canine-genetic-diversity/shiba-inu

Vuosi 2023 on blogissa hokkaidonkoirien vuosi. Hyvää uutta vuotta!

Julkaistu Kommentoi Hokkaidonkoiran värigenetiikkaa ilman geenitestejä

Joulunpyhien hokkaidosarjan viimeisessä osassa päätellään ja arvaillaan hokkaidonkoiran värigenetiikkaa. Hokkaidonkoira on japanilaisroduista värikkäin. Värivalikoimaan näyttää kuuluvan samat punaiset, valkoiset, black & tanit ja seesamit kuin shiballakin, mutta lisänä on myös kainkoiralle ominainen brindle sekä mahdollinen sinisyys.

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Rotu on kuitenkin hyvin harvinainen länsimaissa. Kaikkia värejä ei Suomessa edes ole, eikä hokkaidonkoirista ole kertynyt samanlaista geenitestitietoa kuin shiboista. Koiran värigenetiikka on onneksi perusteiltaan sama kaikille roduille. Vaikeutena on selvittää, millä nimellä missäkin rodussa kutsutaan tiettyä geneettistä väritystä. Seuraavassa värilistassa on merkinnät vahvistettu (kun testitulos löytyy Embarkin tietokannasta), oletettu (kun värin genetiikka on muiden rotujen perusteella todennäköinen) ja arvailu (kun väri ei näytä omaan silmääni selkeästi tutulta.)

Kuvaesimerkit lisääntyvät ja päivittyvät vähitellen. Käytän tiedon lisäämisen nimissä myös vanhojen koirakirjojen kuvia ja otan vastaan lahjoituskuvia.

Valkoinen hokkaidonkoira (vahvistettu)

Kuva: Midori / Wikimedia Commons (CC BY 3.0)

E-lokus jakaa hokkaidonkoirat valkoisiin ja värillisiin. Valkoinen hokkaidonkoira on perinyt rikkinäisen pigmenttikytkimen geenimuodon e kummaltakin vanhemmaltaan, eli sen genotyyppi on e/e. Muiden värigeenien osalta valkoinen voi olla mitä tahansa, mutta värit eivät pysty ilmentymään. Koiran värigenetiikassa e/e on nimeltään resessiivinen punainen. Japanilaisroduissa resessiivisen punaisen punapigmentti haalistuu tuntemattomasta syystä niin vaaleaksi, että näyttää valkoiselta. Tällaiseen valkoisuuteen ei liity kuuroutta tai muita terveyshaittoja, koska kyse ei ole pigmentin puuttumisesta. Kaikilla värillisillä hokkaidonkoirilla täytyy olla E-lokuksessa myös värillisyyden geenimuoto E, eli ne ovat geneettisesti E/E tai E/e (E/e = kantaa valkoista).

Punainen hokkaidonkoira (vahvistettu)

Kuva: Canary / Wikimedia Commons (CC BY-SA 4.0)

Hokkaidonkoiran punainen väri sijaitsee A-lokuksessa. Punaisuuden geenimuoto Ay on dominantti kaikkiin muihin A-lokuksen väreihin nähden, joten genotyyppi voi olla Ay/Ay tai Ay/mikä tahansa (vanha A-lokuksen luokittelu), tai dominanttikeltainen/dominanttikeltainen tai dominanttikeltainen/mikä tahansa (uusi A-lokuksen luokittelu). Punaisella hokkaidonkoiralla voi olla selässä mustaa sävytystä, mutta tämä ei tee siitä seesamia.

Seesami (aw) hokkaidonkoira (oletettu)

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Hokkaidonkoirilla esiintyy väritystä, joka näyttää ensisilmäyksellä lähinnä harmahtavan mustanruskealta. Tumma sävytys ulottuu päähän ja kuonolle sekä alas etujalkoja pitkin samalla tavalla kuin black & tan -koiran musta väri. Shikokunkoiralla ja shiballa tätä väriä kutsutaan seesamiksi, mustaseesamiksi, agoutiksi tai aw-seesamiksi. Aiheuttaja on A-lokuksen aw-geenimuoto. Genotyyppi on vanhassa luokittelussa joko aw/aw tai aw/at, eli aw-seesami voi kantaa black & tania. Uudessa luokittelussa genotyyppien nimet on agouti/agouti tai agouti/mustaselkäisyys. Koiran värigenetiikassa aw tunnetaan myös riistanvärinä, agoutina ja sudenharmaana.

Ja tuo sudenharmaa on englanninkielisiä nettisivuja lukiessa ongelma, koska "wolf gray" näyttäisi hokkaidonkoiralla tarkoittavan muuta kuin aw-seesamia. Tästä lisää bläkkärin jälkeen.

Black & tan hokkaidonkoira (oletettu)

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Selkeästi yleisvaikutelmaltaan musta koira, jolla on vaaleita/punaruskeita tan-merkkejä jaloissa, kuonossa, kaulassa ja rinnassa, usein myös otsapilkkuina. Väritys aiheutuu A-lokuksen geenimuodosta at. "Bläkkäri" on nykyisissä japanilaisroduissa resessiivisin A-lokuksen väri, joten ainoa mahdollinen genotyyppi on at/at (vanha luokittelu) tai mustaselkäisyys/mustaselkäisyys (uusi luokittelu). Tästä seuraa se, että bläkkäri ei kanna muita A-lokuksen värejä.

Sudenharmaa / vaaleanharmaa / tuhkanharmaa / hopeaseesami (arvailua)

Mikä on tämä kummallinen väritys, johon viitataan japaniksi kanjeilla 狼灰 ? Merkityksenä on susi + harmaa tai susi + tuhka. Englanniksi käytetään ilmaisua wolf grey, mikä menee helposti sekaisin aw-seesamin kanssa. Netissä näkemäni sudenharmaat hokkaidonkoirat näyttävät joltain, mikä tuo mieleeni termin hopeaseesami. Hopeaseesami mainitaan joskus japanilaisrotujen yhteydessä, mutta en ole vielä nähnyt yhtäkään esimerkkikuvaa. Sudenharmailla hokkaidonkoirilla on vaalea pohjaväri (punainen?) ja sen päällä haalea tumma sävytys, niin että koira todella näyttää hiukan hopeiselta. Tumma sävytys ulottuu päähän asti, mutta en erota ays-punaseesamishiballe ominaista piikkikuviota otsalla. Arvailua värin genetiikasta:

  • Kyseessä on sittenkin vastine shiban ays-seesamille, jota ei voi sanoa punaseesamiksi, koska turkin punainen on niin vaaleaa. Tällöin genotyypin vaihtoehdot A-lokuksessa olisivat ays/aw tai ays/at (vanha luokittelu), tai varjostunut keltainen/agouti tai varjostunut keltainen/mustaselkäisyys (uusi luokittelu). Huom. vanhan luokittelun geenitestit eivät oikeasti tunnista ays-geenimuotoa vaan testituloksena olisi geneettisesti punaiselta näyttävä Ay/aw tai Ay/at. Pidän todennäköisimpänä vaihtoehtona.
  • Kyseessä on ns. tupla-ays-seesami eli genotyyppi ays/ays. Shiballa tällainen on tavanomaista punaseesamia haaleammin sävyttynyt... mutta myös älyttömän harvinainen. Hokkaidonkoirissa pitäisi tässä tapauksessa löytyä myös tummempia ays-seesameita. Pidän hyvin epätodennäköisenä.
  • Kyseessä on D-lokuksen diluution (d/d) takia haalistunut black and tan tai aw-seesami. Tämä oli ensimmäinen ajatukseni ja hauska olikin, mutta sudenharmaa ei näytä haalistuneelta bläkkäriltä eikä tumma sävytys seuraa aw-seesaminkaan kuvioita esim. etujaloissa. Hyvin epätodennäköistä.
  • Kyseessä on D-lokuksen diluution (d/d) takia haalistunut ays-seesami, mutta tässä tulee taas se ongelma, että haalistumattomia ays-seesameita pitäisi silloin löytyä. Hyvin epätodennäköistä.
  • Kyseessä on jokin hokkaidonkoirille ominainen A-lokuksen geenimuoto, jota ei vielä ole tunnistettu. A-lokusta ei ikinä pidä aliarvioida, joten tämä vaihtoehto on mahdollinen.
  • Kyseessä on sama geeniyhdistelmä, joka aiheuttaa siperianhuskyn hopeanharmaan värin. Äkkiä katsottuna ne ainakin näyttävät samankaltaiselta, ja Hokkaido on pohjoisessa. Tällöin kyse olisi aw-seesamista, jota E-lokuksen geenimuoto "muinainen punainen" (eA) vaalentaa. Muinaisen punaisen löytymisen yhteydessä tosin oli geenitestattu 14 hokkaidonkoiraa, eikä tätä geenimuotoa havaittu ainakaan niissä yksilöissä.

Brindle hokkaidonkoira (vahvistettu)

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Brindlellä eli tiikeriraitaisella koiralla on mustia raitoja. Raidat näkyvät selvästi vain punapigmentoituneiden alueiden päällä. Brindleen liittyy K-lokus, ja koko raidoittumisilmiö on sangen monimutkainen. Brindlestä voi lukea blogissa erillisen jutun, joka löytyy googlaamalla tai hakemalla 'tiikeriraitainen koira', joten en avaa sitä tässä enempää. Paitsi sen, ettei varsinaista brindlen geenimuotoa tunneta. Geenitestissä brindle koira saa K-lokukseen testituloksen KB/ky, ja jos testi ei huomioi rodun värivaihtoehtoja, niin tuloksen selityksenä voi olla "täysmusta väritys" kuten Embarkin brindlehokkaidolla näyttää olevan. Käytännössä brindlekuviointi muodostuu A-lokuksen osalta punaiselle koiralle.

"Musta" tai merkkivärinen brindle hokkaidonkoira (oletettu)

Mitä tapahtuu, jos brindlekuviointi osuu A-lokuksen osalta black & tan -väriseen koiraan? Mustat raidat näkyvät vain punapigmenttialueilla, eli niissä tan-merkeissä. Bläkkärin vaaleat kohdat raidoittuvat monesti niin hyvin, että koko koira näyttää lähes mustalta. Mustat hokkaidonkoirat mainitaan joskus erikseen bläkkäreiden lisäksi. Kyse voi hyvin olla silloin brindlekuvioidusta bläkkäristä. Nykyisissä japanilaisroduissa ei vaikuta esiintyvä varsinaisia geneettisen täysmustan geenimuotoja eli dominanttimustaa K-lokuksessa (KB) tai resessiivistä mustaa A-lokuksessa (a). Pikakertaus: monet geenitestipalvelut raportoivat brindlen testituloksen muodossa KB/ky, ikään kuin koira olisi dominanttimusta.

Seesami tai sudenharmaa hokkaidonkoira brindlekuviolla (arvailua)

Hokkaidonkoira on niitä harvoja rotuja, joissa esiintyy sekä aw-riistanväriä että brindleä. Mulla ei ole mitään käsitystä, miltä brindlekuvioitu aw-seesami näyttäisi. Näitä odotellessa. Sudenharmaa oletettavasti saisi voimakkaan mustat raidat siten, että pohjavärinä olisi vähemmän voimakas musta sävytys. Näitäkin odotellessa.

Sininen hokkaidonkoira (arvailua)

Se hypoteettinen sininen olisi A-lokuksen osalta black & tan, mutta D-lokuksen diluutioalleeli homotsygoottisena (genotyyppi d/d) haalistaisi mustan sinertävänharmaaksi. Tai vain harmaaksi. Mustan värin muuttuminen näkyisi myös brindlen koiran raidoissa. Sinisestä hokkaidonkoirasta löytyy blogista oma juttunsa.

Ruskea ja liila hokkaidonkoira (arvailua)

Hokkaidonkoiran epäviralliselta sukupuusivustolta löytyy koira, jonka geenitestitulokset on listattu sen tietoihin. Tämä hokkaidonkoira on merkitty B-lokuksen osalta ruskean värin kantajaksi (B/b). Ruskea käyttäytyy kuin sininen, eli muuttaa mustan pigmentin ruskeaksi sekä karvassa että nenässä. Jos hokkaidonkoirilla todella esiintyy tätäkin resessiivistä geenimuotoa, tulee ruskean (genotyyppi B-lokuksessa b/b) ja jopa liilan (genotyyppi B-lokuksessa b/b ja D-lokuksessa d/d) pennun syntyminen mahdolliseksi. Eli hypoteettinen sininen muuttuu vielä hypoteettisemmaksi liilaksi, jos sama bläkkärikoira onnistuu perimään vanhemmiltaan sekä sinisyyden että ruskean geenit. Myös punaisella, valkoisella ja seesamilla ruskea genotyyppi b/b näkyy nenän ja mustien kynsien muuttumisena ruskeiksi. (Ja oletettavasti seesamin karvan mustat osat olisivat ruskeita, joten ties miltä tällainen koira näyttäisi. Punaruskealta?) Mustan värin muuttuminen näkyisi nytkin myös brindlen raidoissa.

Hokkaidonkoiran värigenetiikkaa geenitesteillä

Geenitestaus on nykyään helppoa, koska verinäytettä ei tarvita. Käytännössä saat postissa kirjekuoren, joka sisältää muutaman koronatestin näytteenottotikkua muistuttavan harjan. Näitä pyöritellään koiran posken limakalvoa vasten, ja postitetaan mukana tulleessa kirjekuoressa laboratorioon. Hokkaidonkoiralla ei esiinny merleä, joten niiden osalta väritestaus on viihdettä, ellei sinisyydestä tule iho-ongelmien takia yhdistelmissä vältettävä asia. Olisi hauska selvittää, onko diluutiomutaatio (ja oletettu ruskean värin mutaatio) rodussa yleinenkin vai yksittäisen linjan ilmiö. Jos geenitestaat hokkaidosi värit, niin kerro muuttuuko jokin listan oletetuista ja arvailluista genotyypeistä vahvistetuksi. Ja jos saat jostain sudenharmaan hokkaidonkoiran, niin geenitestaa sen värit. Heti. Mä maksan : D

Huomasin tämän jutun kirjoittamisen ansiosta, että UC Davisin geenitestilabra on päivittänyt A-lokuksen testaustaan uuden systeemin mukaiseksi. Geenimuotojen nimiksi on otettu ASIP-DY (dominanttikeltainen eli vanha Ay), ASIP-SY (varjostunut keltainen eli vanha ays), ASIP-AG (agouti eli vanha aw) ja ASIP-BB (mustaselkäisyys eli vanha at). "ASIP" meinaa näissä A-lokuksesta tuottuvan pikkuproteiinin nimeä.

https://vgl.ucdavis.edu/panel/dog-coat-color-basic-panel

Lähteitä ja luettavaa

Blogin Värit-kategoriasta löytyvät jutut.

Julkaistu Kommentoi Sininen hokkaidonkoira? (D-lokus)
Kuvankäsittelyllä siniseksi jalostettu hokkaidonkoira. Alkuperäinen kuva: Magdalena Niemiec / Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Embarkin geenitestatuista hokkaidonkoirista löytyi yksi kaveri, joka oli merkattu turkin väriin vaikuttavan diluutiogeenimuodon kantajaksi. Uusi värigeeni japanilaisrotuihin! Shibojen värigenetiikka on lopulta aika yksitoikkoista (vain A- ja E- ja S-lokukset), ja muut japanilaiset toivat aiemmin mukanaan vain brindlen (K-lokus). Jos testitulos on totta, niin hokkaidonkoirissa esiintyy muuntelua myös D-lokuksessa. Tällöin on mahdollista, että kahdelle diluution kantajalle syntyy pentu, jonka musta pigmentti on haalistunut harmaaksi. Monissa roduissa tätä kutsutaan siniseksi väriksi.

Sininen chow. Diluutiota esiintyy myös shar peillä, joten mutaation uskotaan olevan ikivanha. Kielen sinisyys ei tiettävästi liity D-lokukseen. Kuva: Vladimir Gubanov / Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Häiriö pigmentin kuljetuksessa haalistaa karvan

Pigmenttiä toimitetaan pakattavaksi kasvavaan karvaan pienissä pigmenttirakkuloissa eli melanosomeissa. Jos pigmenttirakkuloiden liikenteessä on häikkää, ne eivät kulkeudu normaalisti sinne minne pitäisi ja sulautuvat yhteen jättikokoisiksi rakkuloiksi. Lopputuloksena on tavallista haaleampi karvapeite. Oletuksena ilmeisesti on, että pigmentti itsessään on tavanomaista, mutta sitä ei päädy karvaan yhtä paljon ja tasaisesti kuin yleensä. D-lokuksessa (sanasta diluutio, laimeneminen) sijaitseva melanofiliini-geeni (MLPH) ja sen koodittama proteiini osallistuvat pigmenttirakkuloiden liikennöintiin. MLPH-geenin mutaatiot on yhdistetty värin haalistumiseen. Erilaisia D-lokuksen diluutiomutaatioita tunnetaan tällä hetkellä kolme, ja ne kaikki ovat resessiivisiä.

Musta ja sininen dobermanni. Haalistuminen näkyy mustissa osissa mutta ei punaruskeissa tan-merkeissä. Kuva: Pharaoh Hound / Wikimedia Commons (CC BY-SA 2.0)

D-lokuksen mutaatio haalistaa selkeästi vain mustapigmentin

Värigenetiikan perusteiden kertausta: kaikki koirien värit aiheutuu vain kahdesta eri pigmentistä. Mustapigmentti on se musta (duh) ja punapigmentti eri sävyissä vastaa kaikesta muusta valkoisenvaaleasta keltaiseen ja syvänpunaiseen. Lisäksi pigmenttisolujen totaalinen puuttuminen näkyy kirkkaanvalkoisena "värinä". Samaan karvaan voidaan pakata molempia pigmenttilajeja ainakin vuorotellen. En tiedä, voidaanko musta- ja punapigmenttiä sekoitella samaan karvaan yhtäaikaisesti, ehkä ei? Siinä heti yksi kysymys mysteerilistalle.

Tuossa oli kuvattu yksinkertainen lähtötilanne, jossa mustapigmentti todella näyttää mustalta ja punainen punaiselta. Sitten on olemassa eri värigeenejä, jotka mutatoituneina tekevät jotain näille peruspigmenteille niin että turkin väri silminnähden muuttuu. D-lokuksen diluutiomutaatioille on ominaista se, että haalistumisen "uhriksi" joutuu selkeimmin mustapigmentti. Eli kaikki saman koiran normaalisti mustat kohdat. Punapigmentoidun karvan uskotaan haalistuvan myös hiukan, mutta vaikutusta ei yleensä huomaa värissä.

Chowin sininen nenä. Sinisyys erottuisi paremmin, jos vieressä olisi musta nenä. Kuva: Wimbows/Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Nenä paljastaa sinisyyden

D-lokus on niitä värilokuksia, joiden vaikutus ulottuu karvan pigmentoitumisen lisäksi ihoon. Ainakin osa diluutiomutaatioista aiheuttaa homotsygoottisena ainakin joissain roduissa kirsun, silmäluomien ja jopa silmän värin haalistumista. Sinisestä kirsusta voidaan erottaa "geneettisesti sininen" koira silloinkin, kun haalistuminen ei näy sen punapigmentoituneessa turkinvärissä.

Miltä näyttäisi sininen hokkaidonkoira?

Lasketaan yhteen hokkaidonkoiran värivalikoima ja mustapigmentti. Suomenkielisessä rotumääritelmässä hokkaidonkoiran väreiksi luetellaan "seesami (mustan, punaisen ja valkoisen karvan tasainen yhdistelmä), juovikas (brindle), punainen, musta, musta ruskein merkein (black and tan) tai valkoinen". Ulkomaisissa lähteissä mainitaan vielä näiden lisäksi "sudenvärinen". D-lokuksen diluutiomutaatio homotsygoottisena voisi näyttää siltä, että

  • Bläkkärin mustat alueet olisivat harmaansinertäviä. Tan-merkit (ja urajiro?) pysyivät ennallaan.
  • Musta olisi kauttaaltaan harmaansinertävä (paitsi urajirosta?)
  • Brindlen raidat olisivat harmaansinertäviä.
  • Seesamit olisivat vaaleanharmaita.
  • Punaisilla ja valkoisilla voisi olla pelkät siniset nenät ja vaaleat silmät.

Tai sitten edes mustapohjaiset värit eivät silminnähden haalistuisi sinisiksi, kuten joillakin diluutioroduilla tai -yksilöillä näyttää olevan. Nenät olisivat ehkä silti sinertäviä.

Haitallinen väri?

D-lokus on niitä harvoja värilokuksia, joihin on yhdistetty terveyshaittoja. "Sinisen koiran syndrooma" vaivaa joitakin rotuja, joissa sinisyyttä esiintyy. Karva on tällöin huonolaatuista, harvaa ja katkeilevaa. Vaikutus voi ulottua myös ihoon, joka hilseilee/halkeilee, ja johon voi siksi iskeä bakteeritulehdus. Syynä pidetään niitä jättikokoisia yhteensulautuneita pigmenttirakkuloita ja pigmentin kertymistä vääriin paikkoihin. Tarkka tautimekanismi ei ilmeisesti ole vielä tiedossa, mutta oireilevilla sinisillä koirilla pigmenttikertymien on havaittu ulottuvan ihon epidermikseen asti, kun taas oireettomilla ne rajoittuivat karvatupen alueelle.

Millaista hokkaidonkoirien värigenetiikka on?

Tällainen kysymys heräsi puolivälissä jutun kirjoittamista : D Ajattelin, että pärjäisin shibojen perusteella ihan hyvin, mutta sitten huomasin etten edes tiiä onko hokkaidonkoirilla urajiroa vai ei. Entä mitä on mustat hokkaidot, jos black & tan on eri asia? Ja seesamit ja sudenharmaat, jotka on myös kaksi eri väriä? Itse asiassa ajattelin, että mitä jos seesami olisi kuin shiballa ja sudenharmaa tämä diluutioharmaa, mutta ei sentään. Realistisempi ajatus oli, että seesami on Ays-punaseesami ja sudenharmaa aw-seesami, mutta kahden näkemäni hokkaidonkoiran perusteella (kiitokset Nihonken Suomen ryhmälle) tämäkään ei näytä olevan totta. Etenkin sudenharmaa hokkaidonkoira on jotenkin tosi erikoisen näkönen. Embarkin muutamat värigeenitestatut hokkaidot on kaikki A-lokuksen osalta Ay/Ay-punaisia. Jos rotu säilyy, ja toivottavasti säilyy, ja yleistyy länsimaissa, niin tietoa alkaa vähitellen kertyä enemmän.

Tässä vielä alun valesininen hokkaidonkoira alkuperäisessä värissään. D-lokuksen diluutio ei tekisi valkoisesta sinistä mitenkään. Kuva: Magdalena Niemiec / Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Lähteitä ja luettavaa

MLPH Genotype—Melanin Phenotype Correlation in Dilute Dogs (Welle ym., 2009) (Drögemüller ym., 2007)

A noncoding melanophilin gene (MLPH) SNP at the splice donor of exon 1 represents a candidate causal mutation for coat color dilution in dogs

A Third MLPH Variant Causing Coat Color Dilution in Dogs (Van Buren ym., 2020)

http://www.doggenetics.co.uk/dilutes.html

http://www.kolumbus.fi/~w425013/koirat/sininen.html

Julkaistu Kommentoi Hokkaidonkoiran silmäsairaus CEA

2023 on blogissa hokkaidonkoiran vuosi. On jo aika selvittää, mikä oli koirakirjoissa mainittu salaperäinen ainu, joka kuulosti niin kauniilta, samalla kun koko Japani kuulosti vielä tavattoman kaukaiselta. Ajattelin ottaa varaslähdön uuteen vuoteen ja kirjoittaa blogiin siitä ainoasta löytämästäni hokkaidokohtaisesta tutkimusjulkaisusta. Yksi paperi, rento ja nopea homma joululomalle.

Hokkaidonkoira näytti sinistä kieltä ja totesi, että onnea yritykseen.

Aloitetaan vaikka tuosta CEA-lyhenteestä, eli collie eye anomalysta. Joo, mitä ihmettä länsimaisiin paimenkoiriin yhdistetty perinnöllinen ominaisuus tekee kaikkein alkukantaisimpana pidetyssä japanilaisessa metsästyspystykorvassa? Ja jos ja kun mätsäävä geenimutaatio tunnetaan, niin miten mutaatio on voinut yleistyä niin massiivisesti sekä pitkäkarvaisessa colliessa että hokkaidonkoirassa, että geenitestitulos normaali/normaali on paremminkin harvinainen löydös? Kenties kaikkein omituisin asia on se geeni, johon mutaatio on osunut. NHEJ1 on itelleni valmiiksi tuttu aivan muista yhteyksistä. Kyseessä ei taatusti ole mikään "silmägeeni."

Ainakin aihe on mielenkiintoinen. Halusin myös nähdä, miten tutkimusryhmät selittävät collien geenivirheen japanilaisrodussa. Lähdetään purkamaan hokkaidonkoiran CEA-ilmiötä. Huom! En ole eläinlääkäri enkä silmätutkija. Kerro heti, jos havaitset tekstissä virhetulkintoja.

CEA eli collien silmän poikkeavuus johtuu kehityshäiriöstä

Kierrätys on päivän sana, joten tässä ihmisen silmä shibojen glaukoomajutusta. Ympyröidyn kammiokulman voi nyt unohtaa ja keskittyä silmän takaosan "kerroksiin" eli kovakalvoon, suonikalvoon ja verkkokalvoon. Näkemisen kannalta kriittinen verkkokalvo köllöttelee suonikalvon päällä. Alkuperäinen kuva: Cancer Research UK / Wikimedia Commons. Kuvaan vaihdettu suomennokset ja lisätty ympyröity kohta.

Poikkeavuudet aiheuttaa se, että silmän suonikalvo ei kehity sikiökaudella joka kohdasta normaalisti. Suonikalvo sisältää nimensä mukaisesti verisuonia, jotka ravitsevat ja hapettavat verkkokalvon herkkiä hermosoluja. CEA-silmässä suonikalvon verisuonet voivat olla paikoitellen liian harvassa ja paikoitellen omituisen kiemuraisia. Suonikalvosta ja sen päällä olevan verkkokalvosta voi paikoin puuttua pigmentti, eli silmätutkimuksessa silmänpohjasta näkyy ns. läpi. Näköhermossa tai sen lähellä voi myös olla kuoppa tai reikä, jos sikiökudos ei ole sulkeutunut onnistuneesti. Kehityshäiriö näkyy jo pienessä alkiossa, eli vika on synnynnäinen.

Verisuonten rakennepoikkeamat eivät etene enää syntymän jälkeen, mutta se pahin CEA-juttu eli verkkokalvon osittainen tai kokonainen irtoaminen voi tapahtua myös myöhemmällä iällä. Verkkokalvo voi irrota, jos sen alla oleva suonikalvo on niin monesta (laajasta) kohdasta niin poikkeava, ettei verkkokalvo enää pysy siinä kiinni. Koiran näköä on hankala testata, mutta nykykäsitys CEA-löydöksistä ja vaikutuksista näkökykyyn näyttäisi olevan seuraava:

  • suonikalvon pienet epänormaalisti kehittyneet alueet: vaikutus näköön vähäinen/olematon
  • kuopat tai reiät (koloboomat): pienillä ei vaikutusta, suuret heikentävät näköä
  • verkkokalvon irtoaminen: silmä on sokea
Kennelliitto käyttää silmätarkkituloksissa samaa CEA:n kolmijakoa. CRD/CH = chorioretinal dysplasia/choroid hypoplasia eli suoni(verkko)kalvon kehityshäiriö. Coloboma = näköhermon kuoppa tai reikä. Ablaatio = verkkokalvo irronnut. Tämän collien aiemmassa silmätarkissa ei vielä mainittu ablaatiota, joten CEA on sillä edennyt pahimpaan muotoon.

CEA:lla on havaittu yhteys geenimutaatioon

Collien silmäpoikkeamat on tunnettu iät ja ajat, tai ainakin niin kauan kuin silmänpohjia on tähystetty. Yksi CEA:aan yhdistyvä geenimutaatio raportoitiin vuonna 2007. Tämän tutkimuksen CEA-diagnosoiduilla koirilla löytyi sama NHEJ1-geenin deleetio molemmista vastinkromosomeista, eli ne olivat perineet mutaation molemmilta vanhemmiltaan ja olivat sen suhteen homotsygootteja. CEA-terveillä mutaatio oli vain toisessa vastinkromosomissa (CEA-kantajat) tai ei kummassakaan (CEA-vapaat).

NHEJ1-geeni koodittaa proteiinia, joka osallistuu poikki menneen DNA:n korjaamiseen. Siitä tulee lyhenne non-homologous end joining factor. DNA:n katkeaminen on solulle hirvittävä katastrofi, joten NHEJ1 työskentelee lukuisissa eri kudoksissa. Toki millä tahansa proteiinilla voi olla vielä muita tuntemattomia tehtäviä. CEA:n tapauksessa havaittu mutaatio on sellainen, että geenistä puuttuu tietty osa oletetulta säätelyalueelta. Deleetio sijaitsee intronissa, eli proteiinin valmistusohjeen ei pitäisi sen takia muuttua, mikäli proteiinia yhä tuottuu normaaliin tapaan.

Geenin osa, jonka deleetio hävittää, on säilynyt samankaltaisena kaikilla nisäkkäillä. Tämä viittaa siihen, että osa on tärkeä. Sen alueella sijaitsee useita sitoutumiskohtia geenien toimintaa sääteleville proteiineille. Jos NHEJ1-proteiini ei itse aiheuta CEA:ta, on aivan sen naapurissa sijaitseva geeni/proteiini IHH varteenotettava ehdokas. Kuulostaa ehkä oudolta, mutta yhden geenin sisällä sijaitseva mutaatio voi vaikuttaa toisen geenin toimintaan, koska geenit on solussa kolmiulotteisessa sykkyrässä niin että DNA-juosteessa erillään olevat kohdat onkin oikeasti vierekkäin. IHH (Indian Hedgehog) liittyy solusignalointiin ja solujen erilaistumiseen alkionkehityksen aikana. IHH-spekulaatio on esitetty jo 2007, mutta julkaistuja tutkimuksia aiheesta ei näytä löytyvän vieläkään. Päivitys: onpas sittenkin kehitetty poistogeeninen hiiri, jolla ei ole IHH-geeniä lainkaan. Vaikutusta silmän kehitykseen ei havaittu, joten mystery intensifies.

Sitten on vielä lukuisat uudemmat tutkimukset, joissa NHEJ1-deleetiomutaatio ei olekaan ennustanut CEA-diagnoosia edes colliella. Tilanne vaikuttaa melkoisen sekavalta.

Lyhyt versio CEA-geenimutaatiosta (2022): NHEJ1-deleetiomutaatio voi olla monissa roduissa tai populaatioissa toimiva markkeri CEA:lle. NHEJ1 ei luultavasti itse ole se proteiini, joka aiheuttaa CEA:n. Asiaan voi liittyä ns. epätäydellinen penetranssi, jolloin geenitestin perusteella "sairas" genotyyppi ei saakaan CEA-diagnoosia. CEA:n alle niputetut löydökset eli suonikalvon kehityshäiriö ja näköhermon kuopat/reiät saattavat olla eri geenivirheiden aiheuttamia.

Geenitesteihin kannattanee suhtautua tietyllä varauksella ainakin siihen asti, kunnes sairautta tai ominaisuutta aiheuttava mutaatio on selkeästi näytetty. CEA:n kohdalla näin ei vielä ole.

Hokkaidonkoirilla collien CEA-geenimutaatio on yleinen

Vihdoinkin päästiin siihen hokkaidotutkimukseen. Ensimmäinen CEA-diagnosoitu hokkaidonkoira raportoitiin eläinlääketieteen kirjallisuudessa vuonna 2012. Löydös tehtiin sattumalta, kun koiraa hoidettiin silmäluomen kiertymän takia. Geenitestissä paljastui, että koira oli homotsygootti NHEJ1-mutaation suhteen. Tutkimukseen geenitestattiin lisäksi 17 muuta hokkaidonkoiraa kolmesta eri kennelistä. Näistä kantajia oli 12 ja homotsygootteja 5, eli mukaan ei osunut yhtäkään mutaatiosta vapaata koiraa. Koirien silmiä ei tutkittu. Tutkimusjulkaisussa pohditaan collien mutaation päätymistä hokkaidonkoiraan. Vaihtoehtoja on kolme:

  • nykyisillä hokkaidonkoirilla on taustalla roturisteytyksiä colliesukuisten koirien kanssa, mutta tämä torpataan rotujen erilaisen ulkomuodon perusteella
  • sama mutaatio olisi tapahtunut itsenäisesti myös hokkaidonkoirissa, mutta tämä torpataan todennäköisyyksien perusteella
  • mutaatio on vanhempaa perua kuin on uskottu ja päätynyt sekä colliekoiriin että hokkaidonkoiriin muinaiselta yhteiseltä esivanhemmalta, ja tätä pidetään todennäköisimpänä selityksenä.
Embarkin avoimessa geenitestien tietokannassa heti ensimmäinen katsomani hokkaidonkoira oli CEA-mutaation kantaja. Sen värigeeneistä löytyi toinen kiinnostava juttu, koska se näytti olevan myös D-lokuksen diluutiomutaation kantaja. En ole ennen nähnyt japanilaiskoirilla diluutiogeenejä. Tarkottaako tämä sitä, että voi olla olemassa sinisiä ja shampanjanvärisiä hokkaidonkoiria?

En osaa vielä sanoa hokkaidonkoiran viimeisimmistä pullonkaulavaiheista, mutta shibojen ja akitojen jäliltä erilaiset roturisteytykset ei kuulosta liian kaukaa haetulta. Ulkomuoto ainakin palautuu parissa sukupolvessa. Jos näin on, niin uusi ihmetyksen aihe on tuo NHEJ1-mutaation yleisyys roduissa. Ihan kuin se antaisi jotain valintaetua ja tehostaisi omaa leviämistään. Toisaalta ruotsalaisten collieiden pentuedata ajalta ennen mutaation löytymistä näytti siltä, että pentueluku oli pienempi yhdistelmissä, joissa toisella vanhemmalla oli diagnosoitu näköhermon kuoppa/reikä ja toisella suonikalvon kehityshäiriö. Kahden suonikalvon kehityshäiriöisen yhdistäminen sen sijaan ei poikennut terve x terve -yhdistelmien pentueluvusta.

Shiboilla ei havaittu CEA-mutaatiota

Pitkästä aikaa hyviä tutkimusuutisia shiboille. Koska NHEJ1-mutaatio näytti yleiseltä hokkaidonkoirassa, niin oli aiheellista tarkistaa, löytyisikö sitä muistakin aasialaisroduista. Tässä tutkimuksessa oli mukana 208 shibaa, 136 koreanjindoa ja 33 ryukyunkoiraa. Tulos: 0 kpl mutaatioalleelia, eli näissä roduissa ei havaittu edes yhtä CEA-kantajaa.

Ryukyunkoiria. Lue seuraava kappale, jos harkitset omaa ryukyunkoiraa. Kuva: Ryukyu Mike / Wikimedia Commons.

Samalla tutkittiin toisen colliemutaation MDR1:n esiintymistä. Tämä on se geenimutaatio, joka tekee jo kantajista erittäin alttiita mm. ivermektiiniä sisältäville matolääkkeille. Tulos: CEA-mutaatio ja ivermektiinimutaatio eivät esiintyneet systemaattisesti yhdessä. Hokkaidonkoirista, shiboista ja jindoista MDR1-mutaatiota ei löytynyt lainkaan, mutta 33 ryukyunkoirasta 6 oli tämän geenivirheen kantajia. Havainto on genetiikan kannalta jälleen kiinnostava, koska colliesukuisten koirien MDR1-mutaation uskotaan olevan peräisin yksittäiseltä koiralta, joka on elänyt Iso-Britanniassa 1800-luvulla. Jotakin reittiä mutaatio on sitten löytänyt tiensä Ryukyusaarille.

Silmägenetiikan kestomysteerit

Kuten geenijuttujen kanssa monesti käy, niin kaikki muuttuu sitä epämääräisemmäksi mitä enemmän aiheeseen perehtyy, ja lopputuloksena on lisää ratkaisemattomia kysymyksiä. Niin nytkin. Mikä geenivirhe CEA:n oikeasti aiheuttaa, onko CEA oikeasti monta erillistä kehityshäiriötä, onko NHEJ1-deleetiomutaatio yleistynyt colliessa ja hokkaidonkoirassa todella vain sattumalta... ja mistä se nyt sitten on hokkaidonkoiriin oikeasti päätynyt. Entä onko collien silmäsairaus ja lyhenne CEA yhä suositeltu nimeämistapa vai pitäisikö vakiinnuttaa jokin suomitermi choroidal hypoplasialle... ja kattaako se myös koloboomareiät.

Onneksi itse asia eli CEA sairautena ei vaikuta olevan kovin dramaattinen, jos koko rotuun levinnyttä sairautta ei ole edes huomattu ennen kuin vahingossa kymmenen vuotta sitten. Jos nyt useimpien koirien tapauksessa edes voi puhua sairaudesta. Suomen kielestä puuttuu kätevä enkkutermi "affected". Siinä mielessä kantajien karsiminen jalostuksesta olisi turhaa lopun alkua muutenkin pienilukuiselle rodulle.

Siinä kaikki. Sattumalöydös eli diluutioalleeli hokkaidonkoirassa saattoi inspiroida uuden värigenetiikkajutun.

Lähteitä ja luettavaa

Collie eye anomaly: a review (Palanova, 2015)

Breed relationships facilitate fine-mapping studies: a 7.8-kb deletion cosegregates with Collie eye anomaly across multiple dog breeds (Parker ym., 2007)

Collie eye anomaly in the rough collie in Sweden: genetic transmission and influence on offspring vitality (Wallin-Håkanson ym., 2000)

Discrepancy in compliance between the clinical and genetic diagnosis of choroidal hypoplasia in Danish Rough Collies and Shetland Sheepdogs (Fredholm ym., 2016)

Collie eye anomaly in Hokkaido dogs: case study (Mizukami ym., 2012)

Investigation of parallel and simultaneous selection for collie eye anomaly and ivermectin toxicosis (Mizukami ym., 2014)

https://hokkaidoni.blogspot.com/2014/05/hokkaido-cea.html

https://www.kennelliitto.fi/perinnolliset-sairaudet-ja-koiran-hyvinvointi/yleisimmat-silmasairaudet

Julkaistu Kommentoi Shiba geenitestissä: pitkäkarvaisuus
Pitkäkarvainen akita. Kuva: Spalf (CC BY-SA 4.0)

Japanilaisissa alkuperäisroduissa pitkäkarvaisuutta esiintyy ainakin akitalla ja shiballa. Vaikka shibojen turkeissa näkyy muutenkin melkoista vaihtelua, on varsinaisen pitkäkarvashiban karva jo niin pitkää ja hapsuista etenkin hännässä ja korvissa, ettei asiasta voi erehtyä. You'll know it once you see it. Pitkäkarvaisuus liittyy FGF5-geenin mutaatioihin, joita tunnetaan koirilla tällä hetkellä viisi. Ominaisuus periytyy resessiivisesti. Susilla pitkäkarvaisuutta ei ole havaittu, joten mutaatiot on tapahtuneet kesykoirissa.

Kaavakuva koiran karvatupista. Vasemmalla pentuturkin mallinen yksittäinen päällyskarvatuppi, josta kasvaa yksi päällyskarva. Oikealla aikuisen koiran "karvatuppirykelmä", joiden karvat tulevat ulos samasta huokosesta. Yhden pitkän ja paksun päällyskarvan lisäksi rykelmässä on useita pohjavillatuppia, jotka valmistavat ohuempia ja lyhyempiä pohjavillakarvoja. Nämä aiheuttavat shiban karvainfernon. Huomaa kuvassa myös sebaceous gland eli talirauhanen, joka on keskiössä akitojen sebaceous adenitis (SA) -sairaudessa. Yksityiskohta alkuperäisestä kuvasta (c) The Integument1 Pathologic Basis of Veterinary Disease. 2017 Jan:1009-1146.e1. PMCID: PMC7895312.

Karvatupen "elinkierto" määrää karvan pituuden

Karva kasvaa lisää pituutta niin kauan kuin sitä tuottava karvatuppi on aktiivisessa kasvuvaiheessa. FGF5-proteiinin (fibroblastien kasvutekijä 5) tehtävänä on hallita karvatupen aktiivisuutta ja käskeä sen vaipua lepotilaan, jolloin karva ei enää pitene. Jos FGF5-geeniin osuu kriittinen mutaatio, joka heikentää proteiinin toimintaa, pysyy karvatuppi aktiivisena paljon kauemmin ja jatkaa koko ajan karvan puskemista ulos. Kun kaikki karvatupet tekevät samaa, on lopputuloksena pitkä turkki.

Ainakin viisi tunnettua pitkäkarvamutaatiota

FGF5-geenistä on toistaiseksi raportoitu viisi erilaista mutaatiota, jotka liittyvät pitkäkarvaisuuteen eri koiraroduissa. Pitkäkarvaisuus on (ehkä vähän arkijärjen vastaisesti) resessiivinen ominaisuus, eli yksikin normaalisti toimiva FGF5 jaksaa pysäyttää karvan pituuskasvun niin ettei koirasta tule ainakaan selkeästi pitkäkarvaista. Monesti pitkäkarvaisuuden kantajat pystyy silti erottamaan tavallista pitemmästä ja pehmeämmästä turkista.

Varsinainen pitkäkarvashiba voi syntyä kahden pitkäkarvaisuuden kantajan yhdistelmästä, jos pentu sattumalta perii molemmilta vanhemmiltaan mutantti-FGF5:n. Eli periaate ja todennäköisyys on sama kuin valkoisen pennun syntyminen valkoista kantaville vanhemmille. Sinänsä värit ja karvan pituus ei liity toisiinsa. Lista koirilla tunnetuista pitkäkarvamutaatioista, joille ei harmillisesti ole keksitty värigeenien tapaan käteviä lyhenteitä:

Koirien tunnetut pitkäkarvamutaatiot vuonna 2022. Kaikki sijaitsevat samassa FGF5-geenissä.

Pitkäkarvamutaatioiden geenitestit

Lähes kaikki kaupalliset geenitestilaboratoriot tarjoavat pitkäkarvamutaatioiden testejä, mutta mitä mutaatioita etsitään ja millä lyhenteillä niitä kutsutaan riippuu laboratoriosta. Lisäksi sama lyhenne, esimerkiksi numeromerkintä M3 (mutation) tai L3 (long), voi tarkoittaa eri testeissä eri mutaatiota. Ainoastaan pisimpään tiedossa ollut ja useimmissa eri roduissa tavattu Cys95Phe-mutaatio on yleensä merkitty ykköseksi. Samoin vanhemmat geenitestit ilman lisätietoja ovat todennäköisesti etsineet tätä, koska neljä muuta mutaatiota on raportoitu vasta vuonna 2013. Testitulos on mutaatiokohtainen ja näyttää monesti tältä:

L/L = ei ole eikä kanna eikä periytä pitkäkarvaisuutta

L/l = pitkäkarvaisuuden kantaja, periyttää sitä 50 % todennäköisyydellä

l/l = on pitkäkarvainen, periyttää sitä 100 % todennäköisyydellä

"I" luetaan "pikku-L". Testituloksen kirjain voi olla jokin muukin tai esim. plusmerkki.

Toisaalta kannattaa katsoa ennemmin koiraa kuin tuijottaa geenitestiä. Pitkäkarvainen koira on pitkäkarvainen koira, vaikka nykyiset geenitestit eivät vielä osaisikaan tunnistaa juuri sitä mutaatiota, joka sen pitkäkarvaisuuden aiheuttaa. Erilaisia karvanpituusmutaatioita tullaan varmasti löytämään tulevaisuudessa lisää.

Mistä shibojen pitkäkarvaisuus on peräisin?

Mutaatiotaulukosta voi havaita, että shiban ja akitan pitkäkarvaisuus on tullut rotuihin eri kautta. Olisi kiinnostavaa testata enemmän shiboja ja selvittää, onko akitan mutaatio siirtynyt jossain vaiheessa myös shiboille. Shiban pitkäkarvaisuuden lähteeksi esitetään toisinaan kawakaminkoiraa, yhtä niistä paikallisista kyläkoirista, jotka sinnittelevät edelleen erittäin pienilukuisena populaationa Kawakamin kylässä. Vähintään yhtä todennäköinen lähde lienee japaninpystykorva, mikäli juttu valkoisesta väristä sodanjälkeisissä shiboissa on totta (kts. Historiatrivia 2).

Pitkäkarvainen punaseesami(?)shiba. Kuva: Taro The Shiba (CC BY-SA 4.0)

Pitkäkarvaisuus rotumääritelmässä

Shiban varsinainen rotumääritelmä ei listaa pitkäkarvaisuutta hylkääväksi virheeksi, mutta rotumääritelmän tulkinnoissa se on "vakava virhe". Vähän sama juttu kuin valkoisessa värissä. Toisaalta molempia mutaatioita on käytetty buustaamaan koirien ulkomuotoa, valkoisen kantamista räikeisiin urajiroihin ja pitkäkarvaisuuden kantamista ylimääräiseen pörröisyyteen. Kumpikaan tehokeino ei taida enää mennä läpi japanilaisissa NIPPO-näyttelyissä. Näistä ominaisuuksista ja mutaatioista ei ole koirille kuitenkaan terveyshaittoja, ja niistä on ollut apua, kun japanilaisrotuja on haluttu muuttaa pehmolelumaisen söpöiksi seurakoiriksi. Toinen selkeä pitkäkarvakasvatuksen ongelma on se, jos todellisen karvapeitteen heikko laatu ilmenee niissä pennuissa, joista ei geenilotossa tulekaan pitkäkarvan kantajia.

Karvaiset mysteerit

  • Mitä pitkäkarvamutaatioita shiboilla esiintyy ja miten yleisesti? Jos geenitestaat shibasi niin valitse sellainen testi, jossa on mukana ainakin taulukon kaksi ekaa mutaatiota!
  • Mistä johtuu shiboissa näkyvä suuri vaihtelu turkin pituudessa BYB-lyhyestä erittäin muhkeaan? Onko kyse oikeasti päällyskarvan pituudesta vai pelkästä kaltevuuskulmasta?
  • Ja miksi BYB-shiboissa turkki näyttää joka kerta ennemmin lyhenevän kuin pitenevän?
  • Mikä mutaatio ylipäänsä selittää koirien älyttömän lyhyet dalmatialaisturkit, jokin turboteholla toimiva FGF5? 😀 Miksi asiaa ei ole jo tutkittu?

Loppuun vielä mielenkiintoinen Google Lens -käännös NIPPO:n vuosikirjasta 1950. Shibojen lyhenevistä turkeista tässäkin on puhuttu ja pohdittu syitä. Otsikossa on oikeasti "?!", joten asia on selvästi ollut tärkeä.