Siirry sisältöön

Kategoria: Shibojen allergiat

Julkaistu Kommentoi Shiban sisäsiitosprosentti 0 vs. geenitason todellisuus


Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta.


Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sisäsiittoinen koirarotu.


Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista ja paperilla täysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien päähän, on silti geenitestin perusteella käsittämättömän samanperintäinen. Tuollainen tulos vastaa ei-sisäsiittoisilla kyläkoirilla sitä, että emo ja isä on täyssisarukset. Sisko ja veli. Vanhemmat voi olla kumpikin ite vaikka täysin eriperintäisiä mutta silti keskenään "puoliksi samanlaisia". Tyypillisesti aikasempien vuosikymmenten matadoruroksien vaikutuksen takia. Sitten jälkeläinen onnistuu perimään just ne samanlaiset geenit molemmilta, kun puolet vanhempien geeneistä on arvottu sukusoluihin.


Miltä ne KoiraNetin oranssilla tavalla sisäsiittoiset shibat jo pahimmillaan näyttää? Entsyymi on taatusti isänsä tytär, enkä mä pidä realistisena sitäkään, että aikasemmissa lähisukupolvissa ois vääriä polveutumisia tai joku puuttuvista esivanhemmista molemmin puolin. Vaikka melkein toivoisin että olisi. Käppyrän punainen viiva näyttää ilmeisesti kaikkien testin olemassaolon aikana testattujen shibojen sisäsiittoisuuden jakauman. En ole varma, miten tuo on skaalattu (ainakaan nolla ei voi tarkottaa 0% sisäsiittoisuutta). Ehkä nykyisin testattavat nuoret koirat alkaa saada väistämättä "most inbred"-pään tuloksia sitä mukaa kun se kanta kerran väistämättä sukulaistuu.


STR-taulukossa on mitattu emolta ja isältä perittyjen toistojaksojen pituuksia. Toistojaksot ei ole geenejä mutta niitä on helppo tutkia ja niiden perusteella voi päätellä jotain geeneistä. Rankasti yksinkertaistettu idea: jokainen shiba-rodun kantakoira/matadoruros on jättänyt rotuun tietyn pituiset toistojaksot. Sekä muut geeninsä. Jos nykyinen shiba on perinyt saman pituisen toistojakson sekä emon että isän kautta, niin sitten se on voinut periä tuplana myös jonkin geenin tältä kantakoiralta/matadorilta. Just sillä tavalla kaikista pienistä japanilaiskoirista sata vuotta sitten tehtiin shiban näkösiä, kun rotua alettiin ekaa kertaa ulkomuotojalostaa. Hienompi termi tälle oli rotutyypin vakiinnuttaminen. Mutta samalla ongelmana on tuplana perityt huonot geenit, koska niidenkin vaikutus tulee sillon herkemmin näkyviin.


Sukupuusta lasketun sisäsiitosprosentin määritelmä: laskennallinen todennäköisyys, että koira on perinyt jonkin esivanhempansa geenin (tai toistojakson) tuplana sekä emon että isän kautta. Entsyymillä nolla prosenttia, aivan kuten geenitestissä ei näy. Onko noilla 4-6 sukupolven sisäsiitosprosenteilla enää mitään merkitystä, jos koirat alkaa kuitenkin oikeasti olla yhtä ja samaa. Koujinryuun ja Gomaryuun tiivistävää vaikutusta ootellessa hatunnosto niille, jotka vielä jaksaa ja tohtii pitemmällä tähtäimellä yrittää.

Immuunijärjestelmän DLA-geenialuetta. Tän pitäisi olla nisäkkään monimuotoisin geenialue. Haplotype 1 on peritty toiselta vanhemmalta ja haplotype 2 toiselta. Mä oon alkanut miettiä, voisko nuo 1054 ja 2106 olla shiballa jotain riskiversioita allergioille. Kolmasosalla kaikista shiboista on nuo. Myös Tiikerillä. Tsyymi ei vielä kutise ja on yli atopian pahimman riski-iän mutta ihan samaa mä sanoin viimeksi liian aikaisin Tikrusta.


Ai niin, nuo 1054 ja 2106 on labran omia koodeja. Ne näyttää diplomissa selkeämmiltä kuin joku DLQ-DBR 2678:24589:120 mutta niistä on turha yrittää ettiä tutkimustietoa. En edelleenkään tiiä avataanko koodausta jossain.


Vaikka tulos oli shibojen kannalta aika karsea, niin olin oikeasti dyskinesiajuttujen ja Entsyymin pentujen takia iloinen että nimenomaan Tsyymi on geenitestissä näin samanperintäinen. Vaikka sukupuu näyttää ulkosiitetyltä niin uskon taas siihen, että jokin resessiivinen periytymistapa voi myös selittää sen. Dyskinesia ei alkujärkytyksen jälkeen ole vaikuttanut elämään mitenkään, koska kohtauksia ei ole enää näkynyt. Mutta kukaan ei vielä tiedä, miten se pitemmän päälle käyttäytyy.

Tl;dr: Shiba-rotu on niin sisäsiittoinen, että KoiraNetin sukutaulun perusteella täysin ei-sukulaiset shibavanhemmat voi olla geenitasolla kuin sisko ja veli.

Kierrätyskuva, mutta sopii hyvin aiheeseen. Mä olen aivan varma, että Entsyymin geneettisen koostumuksen voisi osittain jäljittää 1950-luvun Hama Go -kantashibaan. Tämähän se rotujen alkuperäinen idea on, vaikka nykyisin puhutaan lähes pelkästään huonoista geeneistä.


Jos oman shiban monimuotoisuus tai mahdollinen geneettinen harvinaisuus kiinnostaa, niin VGL-laboratorion monimuotoisuuskartoituksen ja poskisolunäytteen testiharjat voi tilata noin 80 dollarilla täältä: https://vgl.ucdavis.edu/. Sivustolle pitää rekisteröityä. Poskisolunäyte on kuin huulen ja ikenen välistä otettava koronatesti. Varmimmin harjoihin tarttuu riittävästi soluja, jos näytteen ottaa eläinlääkäri samalla kun koira on muutenkin rauhoitettu.


Tärkeää asiaa näytteen postituksesta Yhdysvaltoihin


Biologista materiaalia sisältävät näyteharjat pitää lähettää tavarakirjeenä postitoimipisteessä. Postilaatikkoon jätettynä tulee kuulema bumerangina takaisin. Syy: USA:n tulli. Näyteharjojen mukana tullut infolappu pitää täyttää ja teipata kirjekuoren toiselle puolelle. Kirje myös rekisteröidään sähköisesti USA:n tullia varten ja siihen liimataan viivakoodilipuke. Omalle kirjeelleni tuli postimaksua 5 euroa. Tullausjutut ei maksa mitään. Labran osoitteen postinumero on sitten niin erikoinen että sitä ei löytynyt postitoimiston tietokoneelta vaan piti syöttää se manuaalisesti. Laitoin sisällöksi "Other" ja "Dog DNA sample" ja arvoksi 0. Sain kuittauksen näytteen saapumisesta perille 9 päivää postituksesta, ja sen jälkeen tulokset ilmestyivät sähköpostiin 12 päivässä.

Julkaistu Kommentoi Ihmelääke kortisoni (kun 1 kk takana)

Tiikerin siitepölyallergia pamahti tänä kesänä päälle sellaisella voimalla, että tarvittiin shampoopesuja ja antihistamiinia järeämpiä keinoja. Oireina kutina ja rapsuttelu. Koska se alkoi jälleen odotetusti siitepölykauden pahentuessa, ja koska eläinlääkärikäynnit on Tiikerille äärimmäisen stressaavia, niin sille aloitettiin suoraan kortisonitabletit.

Kutina ja rapsuttelu loppui kuin seinään heti ensimmäisen annoksen jälkeen.

Eikä siinä vielä kaikki.

Tiikeriä vuoden ikäisestä asti riivannut hysteerisyys ötököiden takia loppui myös kortisonin myötä.

Se on niistä edelleenkin huolissaan ja pyrkii eliminoimaan havaitsemansa uhat, mutta reaktio on aiempaan verrattuna laimea eikä jää päälle. Kippurakin palaa kippuralle. Kaikista selkein ero oli eläinlääkärissä: kortisonia hakiessa Tiikeri oli aivan hermona ja etsi taukoamatta seiniltä ja katosta hyönteisiä. Toissapäiväisellä käynnillä se jännitti myös vähän, mutta asettui lopulta rennosti makuulle odottamaan.

Eipä tarvinnut Tiikerin tapauksessa puntaroida kortisonin käytön sivuvaikutuksia ja lääkkeen vaikutusta koiran elämänlaatuun yhtään hetkeä.

En keksi muuta selitystä kuin että Tiikerillä on ehkä ollut kesäisin jo pitempään lievää tulehdusoireilua, joka ei ole näkynyt ulospäin asti mutta jonka se on tuntenut ja herkistynyt siksi pelon kohteille. Shibojen ongelmakohdat eli epiteelit iho ja suoli tulevat ekana mieleen. Tämä on taas näitä koiranomistajan tähtihetkiä, mutta ehdottomasti kirjotan tänne, jos joku muu koira voi tiedosta hyötyä.

Kortisonin aloitusvaihe pissittää

Lääkkeiden annostus ja antotapa on se, minkä oma eläinlääkärisi reseptiin kirjoittaa. Tiikeri sai aluksi isot annokset. Jos kortisoni on tehotakseen, niin se alkaa tehota nopeasti. Tiikeri ei tarvinnut edes muutamaa päivää vaan heti eka annos teki tehtävänsä. En meinannu uskoa silmiäni.

Parin ensimmäisen päivän jälkeen ilmenivät kyllä kortisonin aloituksen klassiset sivuoireet: juominen ja kusetus. Käytin Tiikeriä 4-6 tunnin välein ulkona ja silti se saattoi pissiä lähes minuutin ajan. Muita sivuoireita alussa oli läähätys ja innottomuus lenkeillä. Kaikki nämä sivuoireet katosivat, kun isoa alkuannostusta lähdettiin ajamaan asteittain alas kohti ylläpitoannosta. Tiikeri on perusluonteeltaan sähäkkä mutta luonteeseen en havainnut lääkityksen vaikuttavan, siis en millään huonolla tavalla. Tällä hetkellä Tiikeri saa yhen tabletin joka toinen päivä, ja allergiaoireet on pysyneet poissa.

No niin, pakkohan se on selvittää tarkemmin, että mikä on tämä ihmelääke.

Puhekielen kortisoni on eri asia kuin oikea kortisoni

Hiukan hormonioppia. Medrol Vet -paketissa vaikuttava aine ei olekaan cortisone vaan methylprednisolone. Vähän hämmentävää, mutta sanon itekin mielummin että koirani syö kortisonia kuin metyyliprednisolonia tai synteettistä glukokortikoidia 😀

On kyllä olemassa todellinen molekyyli nimeltä kortisoni. Se ei kai tee elimistössä mitään.

Kunnes kortisonin rakennetta hiukan muunnetaan, jolloin tuloksena on molekyyli nimeltä kortisoli. Se taas tekee elimistössä vaikka mitä.

Eli todellinen kortisoni on oikeastaan kortisolin epäaktiivinen "varastomuoto". Ja kaikki ne puhekielen kortisonit, joita atoopikoille syötetään, on tuunattuja kortisoli-molekyylejä, jotka on vähän erilaisia ja tehokkaampia kuin elimistön oma kortisoli.

Ja ettei asia olisi liian epäselvä, niin kortisolia kutsutaan hydrokortisoniksi silloin kun tavallista tuunaamatonta kortisolia annetaan lääkkeenä. Ilmeisesti siksi, että hydroksyyliryhmän muuntaminen on juuri se, mikä muuttaa kortisonin kortisoliksi. Orgaanisesta kemiasta voi muistella ketoniryhmiä (kortisoni) ja alkoholiryhmiä (kortisoli), jos näihin haluaa kunnolla perehtyä.

Kort-alku tulee molempiin cortex-sanasta, joka tarkottaa kuorta ja viittaa lisämununaisen kuorikerrokseen. Siellä niitä tuotetaan.

Tl;dr - "kortisoni", jota atopiakoira syö, on oikeasti lääkesuunnittelun avulla luotua synteettistä turbokortisolia. Esimerkiksi tuossa Tiikerin Medrolissa vaikuttava aine on metyyliprednisoloni. Kutsun sitä silti jatkossa kortisoniksi.

Kortisoni on hormoni, joka säätelee tulehdusgeenien toimintaa

Kortisolin ja sen johdannaisten lähtöaine on kolesteroli. Siis rasvamolekyyli. Elimistössä se pystyy rasvaisuutensa ansiosta pujahtamaan suoraan solukalvon läpi (koska samanlainen suosii samanlaista) eikä tarvii kuljetusproteiinien apua. Rasvaliukoisuuden takia myös kortisonitabletti kannattaa ottaa rasvan, siis ruuan, kanssa. Koska tabletti annetaan aamulla mutta Tiikeri syö muonansa illalla, annan sille tabletin juustoviipaleessa ja tarjoilen pienen kourallisen nappuloita.

Mitä tapahtuu, kun kortisonimolekyyli pujahtaa soluun? Se löytää sieltä reseptorin, johon takertuu. Reseptori aktivoituu ja matkustaa solun tumaan, jossa sijaitsevat tietenkin geenit. Aktivoitu reseptori kiinnittyy geenin alkuosaan ja alkaa säädellä sitä, miten geenistä tuotetaan proteiinia. Tuotetaanko enemmän vai vähemmän? Koska Tiikerin allergiaoireet helpottivat, niin kortisoni on varmaankin vaimentanut tulehdusreaktiota kiihdyttäviä geenejä ja aktivoinut tulehdusreaktiota estäviä geenejä. Liian laaja aihe, katkaisen tähän. Kortisoni tekee paljon muutakin, kuten sen pitkän käytön sivuvaikutukset osoittavat. Kaikkia immuunijärjestelmän osia kortisoni ei sentään pysty lamaamaan. Sellainen lääke olisikin äkkiä aika hyödytön.

Shibojen ihot, suolet ja kärpäspelot - kaikki samaa ongelmavyyhtiä?

Koska mulla on koiran kortisonista vasta kuukauden kokemus ja olen positiivisessa ensihuumassa sen kanssa, en kirjoita tähän postaukseen enempää kortisonijuttua.

Sen sijaan omia ajatuksia tuosta shibojen epäpyhästä kolminaisuudesta - allergiaoireet iholla, allergiaoireet suolistossa ja omituiset pelkotilat etenkin hyönteisiä kohtaan. Nämähän ne rodun pahimmat terveysongelmat oikeasti on, sekä yleisyytensä että vaikutuksensa (elämänlaatuun) takia, eikä ne helv... kirjaimet ja numerot KoiraNetissä.

Mitä jos Tiikerin hyönteispelko, tai paremminkin liian voimakas pelkoreaktio, on ollut seurausta sen sisuksien allergiaoireilusta, joka on aiheuttanut sille epämukavuutta tai jopa kipua? Tiiän että ihmisillä on olemassa ristiallergiaa, jolloin koivun kukkiessa jotkin ruoka-aineet aiheuttaa myös oireita jne. En tiiä, voisiko niin olla ilman että suolisto reagoi millään näkyvällä tavalla. Mutta vielä vaikeampaa on keksiä, minkälainen iho-oireilu olisi voinut aiheuttaa epämukavuutta tai kipua ilman että se yrittäisi tehdä iholleen jotain. Tiikeri on pelännyt ötököitä "aina", mutta siitepölykutina alkoi viime vuonna. Omituinen ja epätodennäköinen vaihtoehto tietty on, että kortisonin haittavaikutuksissa (!!!) mainittu euforia on nyt kumonnut pelkotilat : D

Osaisipa Tiikeri puhua.

Tiikeri on ollu tänä kesänä varmasti onnellisempi kuin koskaan sitten pentukesänsä. Se nukkui lomalla mun vieressä kuono mun kaulalla. ;_; Voihan olla, että täältä tullaan alas kovaa ja korkealta, jos kortisonin vaikutus loppuu tai ilmestyy jokin kauhea sivuoire, mutta just nyt osaan vaan olla niin kiitollinen.

Julkaistu Kommentoi Atopian alkujuurilla? Uusi tutkimus shibojen immuunijärjestelmän geeneistä
Kuvituskuvina 60/70-luvun taitteen japanilaisia shiboja kirjasta 日本犬.

Sainpas tähänkin otsikkoon alkusoinnun. Viikonlopun blogijuttu inspiroitui vahingossa, kun kävin katsomassa, mitä "shiballa on japaninsuden geenejä" -tutkimukselle oikein kuuluu. Sitä ei ole vieläkään julkaistu virallisesti. Mutta samalla löytyi uusi japanilainen paperi eri koirarotujen immuunigeeneistä. Mukana on ollut myös 37 shibaa, 10 akitaa ja 1 shikoku.

Shiboilla tuntuu olevan ihan liikaa allergioita ja atopiaa. Jutunaiheet lenkeillä on yhtä mieltäylentäviä. "Ai teille annettiin Apoquel, meillä menee tuo perinteinen kortisoni!" Mulla Tiikeri syö nyt ainakin kesäajan kortisonia siitepölyallergiaan. Tehoaa hienosti kutinaan mutta ei liene pitemmän päälle kovin terveellinen lääke.

Allergia, atopia ja autoimmuunisairaudet syntyvät siitä, kun immuunijärjestelmä alkaa toimia epätarkoituksenmukaisella tavalla. Koska nämä esiintyvät usein roduittain eli vaikuttavat geneettisiltä, niin immuunijärjestelmän geenien yhteyttä häiriöihin on selvitetty hartaasti. Tutkituin immuunigeenialue on nimeltään DLA (dog leukocyte antigen). Sillä on monia kiinnostavia piirteitä.    

Koiran DLA-immuunigeenialue, simppeli versio

  • Peräkkäisten geenien rypäs kromosomissa 12.
  • Immuunigeeneistä valmistuu erilaisia pikkuproteiineja, joiden tehtävänä on napata ja esitellä pöpöjen osia puolustussoluille. Esimerkiksi viruksen valtaaman solun pinnalla on tällanen pikkuproteiini heiluttamassa hädissään viruksen osaa, jolloin puolustussolu huomaa tilanteen ja tuhoaa infektoituneen solun ennen kuin virus ehtii levitä.
  • Immuunigeeneistä on olemassa enemmän erilaisia versioita kuin mistään muista tunnetuista geeneistä. Ajatus on, että erilaiset pikkuproteiinit pystyvät nappaamaan ja esittelemään erilaisten pöpöjen osia. Tai ehkä jotkin pikkuproteiinit tekevät sen tehokkaammin kuin toiset. 
  • Silti yhdellä koiralla on joka geeniä vain ne kaksi kappaletta, yksi emolta ja toinen isältä peritty.* Kuten vaikka. Hachilla on immuunigeenistä 1 versiot 1A ja 1B, mutta Pochilla versiot 1C ja 1D. Tällaiseen heterotsygotiaan luonto myös näyttää pyrkivän mutta rotukoirien sisäsiitos tekee jotain ihan muuta. Oikeasti Hachilla ja Pochilla olisi varmaan molemmilla immuunigeenistä 1 pelkkää versiota 1A.    

Koiran DLA-immuunigeenialue, vähän tarkempi versio

Immuunigeenit, luokka I

Geeni 1 (139 tunnettua versiota, 1A, 1B, 1C...)

Geeni 2 (17 tunnettua versiota, 2A, 2B, 2C...)

Geeni 3 (9 tunnettua versiota, 3A, 3B, 3C...)

(Geeni 4, sijaitsee toisessa kromosomissa.)

Immuunigeenit, luokka II

Geeni 5 (1 tunnettu versio, 5A)

Geeni 6 (181 tunnettua versiota, 6A, 6B, 6C...)

Geeni 7 (30 tunnettua versiota, 7A, 7B, 7C...)

Geeni 8 (86 tunnettua versiota, 8A, 8B, 8C...)

DLA:n I ja II -luokkien geeneistä valmistuvien pikkuproteiinien erot:

I-luokkalaiset: työskentelevät kaikissa elimistön solutyypeissä ja antavat itsemurhahakuisen hälytyksen siitä, että solu on infektoitunut viruksella. Aktivoivat puolustussoluja, jotka tuhoavat infektoituneet solut.

II-luokkalaiset: työskentelevät pöpön osien esittelyyn erikoistuneissa valkosoluissa, jotka ovat itse terveitä mutta "syöneet" ympäristöstään bakteereja ynnä muuta epäilyttävää. Mitä ne sitten esittelevät. Aktivoivat puolustussoluja, jotka osallistuvat puolustautumiseen epäsuorasti esimerkiksi tuottamalla vasta-aineita. Aiheuttavat siten tulehduksen ja allergian oireet.   

Lisäksi molemmat luokat esittelevät osia koiran omista proteiineista. Normaalisti puolustussolun ei kuulu reagoida niihin. Mitä seuraa, jos puolustussolu kuitenkin reagoi? Jep, autoimmuunisairaus. DLA-pikkuproteiinit voivat olla osa häiriötä mutta tuskin koko selitys. 

Geenit sijaitsevat peräkkäisenä ryppäänä (paitsi tuo erakko 4), mutta alueella on muitakin geenejä. 

Koiran immuunigeenialue, edelliset geenit korrektisti nimettynä xD

DLA I

DLA-88 (139 tunnettua versiota, DLA-88*001:01, DLA-88*005:01...)

DLA-12 (17 tunnettua versiota, DLA-12*001:01:01, DLA-12*001:01:02...)

DLA-64 (9 tunnettua versiota, DLA-64*001:02, DLA-64*001:01:01...)

(DLA-79, sijaitsee toisessa kromosomissa)

DLA II

DLA-DRA (1 tunnettu versio)

DLA-DRB1 (181 tunnettua versiota, DLA-DRB1*001:03, DLA-DRB1*002:03...)

DLA-DQA1 (30 tunnettua versiota, DLA-DQA1*012:01:2, DLA-DQA1*014:01:2...)

DLA-DQB1 (86 tunnettua versiota, DLA-DQB1*008:03, DLA-DQB1*013:04...)

Voin sanoa, että mikään muu koiran geeneihin liittyvä juttu ei ole tuntunut yhtä hankalasti lähestyttävältä kuin DLA. Kiitos noiden järjettömien geeninimien ja niiden versionumeroinnin. Ootas kun aletaan puhua haplotyypeistä, joissa nuo esiintyvät peräkkäin...

Suosittelen omien muistisääntöjen keksimistä.

DLA-geeniversioiden yhtenäisen nimeämisen ja tietokannan ylläpitoon on perustettu eräänlainen komitea. Tietokanta löytyy osoitteesta https://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/group/DLA/ :

Lähes kaikilla shiboilla yhdet ja samat immuunigeeniversiot

Immuunigeenien tutkimuksissa näkee todella usein, että yksittäisen immuunigeenin sijaan on tutkittu esim. kolmen peräkkäisen immuunigeenin jonoa tietyssä rodussa. Peräkkäisten geeniversioiden jono = haplotyyppi. Esimerkiksi immuunigeenien 1, 2 ja 3 eräs haplotyyppi vois olla 1B-2A-3B. Tai vaikka 1B-2C-3B. Jos yhelläkin geenillä on eri versio, niin se lasketaan erilliseksi haplotyypiksi. Ja ihan kuten tavallisessa genetiikassa, niin koira on perinyt yhen haplotyypin emältä ja toisen isältä. Ne voi olla keskenään samanlaiset tai erilaiset.

Tässä tutkimuksessa oli kohteena kolmen DLA-geenin jono: DLA-88, DLA-12 ja DLA-DRB1. Huolimatta siitä, että näiden geenien pitäisi olla eliöpopulaation monimuotoisimmat, niin suurelta osalta shiboja löytyi tietty haplotyyppi. Se näytti the virallisilla nimityksillä tältä:

DLA-88-geenistä versio 006:01

DLA-12-geenistä versio 001:01:01

DLA-DRB1-geenistä versio 056:01

Näistä kaksi ekaa kuuluu I-luokkaan eli esittelee puolustussoluille viruksia, kolmas taas II-luokkaan ja esittelee syötyjä bakteereja. Tai muuta sisäänotettua, kuten siitepölyhiukkasen osia.

Tutkimuksen 37 shibasta 10 oli perinyt tämän versiosetin sekä emolta että isältä (homotsygootit) ja 19 toiselta vanhemmaltaan (heterotsygootit).

Tämä yleisin haplotyyppi ja kaksi muuta haplotyyppiä vastasivat noin 90% kaikesta muuntelusta, mikä tutkimuksen shiboista löytyi. Eli lähes kaikilla shiboilla oli jokin kolmesta vaihtoehdosta. Muita harvinaisempia haplotyyppejä (tyyliin yhdestä tai kahdesta koirasta?) löytyi yhteensä kahdeksan.  

Mitä jos tuo shibojen yleinen versio DLA-DRB1-geenistä toimii jotenkin huonosti esitellessään puolustussoluille potentiaalisia uhkia. Yliteholla tai aliteholla. En tarkota, että tästä on näyttöä, mutta jos olisi, niin sama ongelma ois sitten isossa osassa rotua. 

Shibojen uniikit DLA-geenit suden sukua?

Mielenkiintoinen havainto shibojen DLA-DRB1-geenistä oli se, että sen kolme yleisintä versiota (mukaanluettuna tuo yleisimpään haplotyyppiin kuuluva 056:01) olivat "yksinoikeudella shiboille", siis ettei niitä löytynyt ollenkaan muista tutkimuksen roduista. Sen sijaan kahta niistä on havaittu susissa. Esimerkiksi tuota 056:01:stä suomalaisissa susissa yleisyydellä 4.0%. Vanha National Geographic -legenda shibasta ja susigeeneistä saa yhtäkkiä tukea! : D    

Entäs se DLA-immuunigeenien ja allergioiden ja autoimmuunisairauksien yhteys?

On epäilys mutta ei vankkoja todisteita. Tyypillinen tutkimustulos näyttäisi tältä: shiballa immuunigeenin 5 versio 5C yhdistyy kohonneeseen riskiin saada atooppinen ihotulehdus. Eli vertaillaan atoopikkojen ja ei-atoopikkojen immuunigeenejä ja havaitaan, että sattumaa useammin atoopikoilta löytyy joku tietty versio. Mutta miksi, siihen on harvoin vielä vastausta. Samasta syystä ei sanota, että versio 5C aiheuttaisi atopian, koska mekanismia ei ole tutkittu saati osoitettu.

Entä mikä erottaa siitepölyallergisen koiran ja sen allergiattoman toverin?

Hyvä kysymys! Vastaus olisi myös arvokas. Kummallakin koiralla siitepölyhiukkanen on varmaankin päätynyt antigeenejä esittelevään valkosoluun, jossa II-luokan DLA-pikkuproteiini on kuljettanut siitepölyn osan näytille solun pinnalle. Valkosolu on käynyt näyttämässä Potentiaalista Uhkaa puolustussolulle, mutta vain toisella koiralla puolustussolu on aktivoitunut ja saanut siten aikaan allergian oireet. Toisen koiran puolustussolu on todennut, että väärä hälytys, kohde on vaaraton. Miksi näin, sitä ei vielä tiedetä. Varmana tapahtumasarja on monimutkainen ja siihen liittyy paljon muutakin kuin pelkkä DLA-pikkuproteiini.

Tuntuu kyllä uskomattomalta, että tollanen systeemi voi toimia niin hyvin. Miten ne solut osaa yleensä erottaa, että jonkin bakteerin proteiinipala on todellinen uhka ja siitepölyhiukkasen proteiinipala ei ole?     

Shibojen DLA-alueen geenitestaus

UC Davis -labran kaupallisesta geenitestistä on ollut aiemminkin puhetta. Testi tutkii jotakin koiran I ja II-luokan immuunigeeneistä, mutta mä en ole vieläkään onnistunut koodaamaan auki, että mitä geeniversioita tai haplotyyppejä ne yksinkertaiset numerosarjat tarkalleen kuvaa. Huomionarvoista on silti, että tuollakin on lähes kaikilla shiboilla jokin kolmesta vaihtoehdosta.

Ihmislajilla vastaavia immuunigeenien versioita on muuten löydetty noin 30 000 erilaista.    

"Opettelimme kolme versiota ja olemme jo ihan poikki! Onko se nyt varmasti DLA eikä DNA??"

Lähteitä ja luettavaa

Large-Scale Polymorphism Analysis of Dog Leukocyte Antigen Class I and Class II Genes ( DLA-88, DLA-12/88L and DLA-DRB1) and Comparison of the Haplotype Diversity between Breeds in Japan (Miyamae ym., 2023)

Principles of Virology, Volume 2: Pathogenesis and Control, 5th Edition (Flint ym., 2020)

Dog leucocyte antigen (DLA) class II haplotypes and risk of canine diabetes mellitus in specific dog breeds (Denyer ym., 2020)

The canine MHC class Ia allele DLA-88*508:01 presents diverse self-and canine distemper virus-origin peptides of varying length that have a conserved binding motif (Ross ym., 2018)

Evaluation of a DLA-79 allele associated with multiple immune-mediated diseases in dogs (Friedenberg ym., 2015)

Molecular organization of the canine major histocompatibility complex (Wagner, 2003)

Julkaistu Kommentoi Kutinaa kenneleissä? Shibojen uudempi atopiatutkimus Japanista

Viime vuoden lopulla julkaistu atopiatutkimus shiboista on jäänyt blogissa huomiotta. Korjataan asia nyt. Kuten aiemmassa mameshiba-aiheisessa tutkimuksessa, niin tässäkin sivuasiat herättivät itelläni enemmän kysymyksiä kuin varsinainen tutkimustulos.

Tutkimuksessa on vertailtu suun ja suoliston mikrobivalikoimaa atooppista ihotulehdusta sairastavilla (9 shibaa) ja terveillä verrokeilla (16 shibaa). Koirat on asuneet häkeissä samassa kennelissä (yhteensä 53 koiraa) ja syöneet samaa muonaa, millä on pyritty minimoimaan taustamuuttujien vaikutus.

Tutkimuksesta ei käy ilmi, miten osallistujia on haettu ja millä perusteella valittu juuri tämä kenneli.

Tutkimustuloksena on ollut, että atoopikkojen ja terveiden mikrobistoissa on havaittu eroja. Näistä melko varmasti kuullaan vielä lisää, ja kirjoitan enemmän sitten kun asialla voi olla jotain käytännön merkitystä.

Eikö tämmösen tutkimuksen olemassaolo ole jotenkin huolestuttavaa? Miten yleistä atopia jo on japanilaisilla shiboilla, jos tutkimusidea tulee edes mieleen ja niin painavin perustein, että siihen saadaan rahoitus?

Mitä nuo yhdeksän atoopikkoa tekee siellä kennelissä? Eläkeläisinä, atopian takia pois jalostuskäytöstä, japanilaisessa häkkikennelissä?

Ja onko kyseinen kennel ollut yksittäinen poikkeustapaus?

Mä vähän pelkään, että vastaukset kolmeen viimeseen saattaa olla pentumassa, ei ja ei.

Jos näin, ni uusien Japanin-tuontien kanssa saa paljon muutakin jännitystä elämään kuin luustokuvausten tulokset.

Kissoille allergiset koirat

Uuden tutkimuksen reffeistä löytyi shibojen allergiatutkimus, joita en ollut huomannut. Shibojen atopiataipumus on raportoitu jo vuonna 2000, kun 42 atooppisen koiran otantaan Japanissa osui 4 shibaa, ja ei ole tullut yllätyksenä [eläinlääkärissä atopian takia asioivien shibojen takia].

"In this study, we found a breed predisposition for atopy in Shiba Inu dogs (n=4). These findings were not surprising as they support our clinical impression of a predisposition for atopy in this breed. Larger surveys of the prevalence of atopy in dog breeds unique to Japan are needed."

Tässä tutkimuksessa ei ole eroteltu koiria roduittain, mutta yleisimmät allergeenit on olleet pölypunkit, varastopunkit, japanilaisen setripuun siitepöly... ja kissan hilse. Atopian yleisyystutkimusta japanilaisroduissa ei ole vieläkään toteutettu tai ainakaan julkaistu englanniksi.

Lähteitä ja luettavaa

Positive reactions to common allergens in 42 atopic dogs in Japan (Masuda ym., 2000)

Characterization of the oral and faecal microbiota associated with atopic dermatitis in dogs selected from a purebred Shiba Inu colony (Uchiyama ym., 2022)

Ja jos ei käynyt selväksi, niin jutun shibat on kennel Craiyonin kuvituskuvia eivätkä liity mihinkään. Tosi lohdullista, ettei tekoäly tiedä, miltä näyttää atooppinen tai kutiseva shiba.

Julkaistu Kommentoi Uutta toivoa kutiseville shiboille?

Kutiseeko shiba epätavallisen usein tai etenkin siitepölyaikana? Syynä voi olla koiran atooppinen ihotulehdus. Tällöin immuunijärjestelmä luulee, että jokin ympäristön sinänsä vaaraton aine onkin vakava uhka elimistölle ja alkaa taistella sitä vastaan. Koiralla seurauksena on tyypillisesti kutiseva tulehdusreaktio iholla. Atopian puhkeamisen uskotaan olevan monimutkainen yhdistelmä perinnöllistä alttiutta ja ympäristötekijöitä.

Allergisuus ja kutinat näyttää olevan ongelma nykyshiboissa. Shibojen rotuyhdistyksen terveyskyselyn tavoittamista shiboista 28 % oli ilmentänyt allergisia oireita, jotka painottuivat kutinaan ja muuhun iho-oireiluun. Varsinaisen atopiadiagnoosin osuus oli 6 %. Toinen selvä viite atopian huomionarvoisuuteen shiboissa on tämän postauksen varsinainen aihe eli uusi preprint-tiedejulkaisu, jossa atooppisesta ihotulehduksesta kärsivät shibat on otettu tutkimuskohteeksi. Tutkimuksessa on vertailtu ihon ja suoliston mikrobeja terveillä ja atopiasairailla shiboilla Japanissa. Alla listana mielenkiintoisimmat havainnot. Atooppinen ihotulehdus lyhentyy tässä atopiaksi, vaikka termeillä on oikeasti merkitysero.

  • Tutkimuksessa oli mukana 20 tervettä verrokkishibaa, 10 "vanhaa" atopiadiagnoosin jo aikaisemmin saanutta shibaa ja 10 "uutta" vasta atopiadiagnoosin saanutta shibaa.
  • Samalla testattiin oklasitinibin eli Apoquel-atopialääkkeen vaikuttavan aineen tehoa (jatkossa Apoquel).
  • Ihon bakteerikanta poikkesi terveillä ja atoopikoilla. Atoopikoilla korostui stafylokokkibakteerien runsaus. Atoopikoilla kahden viikon Apoquel-kuuri vähensi merkitsevästi stafylokokkien määrää iholla.
  • Suolistobakteerilajien suhteellinen runsaus poikkesi myös terveillä ja atoopikoilla. Fusobakteereja ja megamonasbakteereja oli atoopikkojen suolistossa vähemmän kuin terveillä, kun taas klostrideja (A/N: viittaa Clostridium-bakteereihin, jotka on terveysjuttujen yhteydessä yleensä huonoja uutisia) ja escherichiaa/shigellaa oli atoopikoilla enemmän. Apoquel-kuuri näytti muuttavan myös suoliston bakteeritasapainoa kohti terveiden verrokkishibojen tuloksia.
  • Kun koirat jaettiin mitokondrion DNA:n perusteella geneettisiin ryhmiin, ei ainakaan tällä otoskoolla havaittu, että tietty geneettinen mtDNA-ryhmä yhdistyisi atopiaan tai terveenä pysymiseen. Sen sijaan tietyt mtDNA-ryhmät yhdistyivät merkitsevällä tavalla tiettyjen suolistobakteerilajien runsauteen.

Tässä atooppisia shiboja koskevassa tutkimuksessa selvisi siis se, että sekä ihon että suoliston bakteeritasapaino oli atoopikkoshiboilla poikkeava (häiriintynyt?) verrattuna terveisiin, että Apoquel-kuuri muutti bakteeritasapainoa kohti terveitä verrokkishiboja sekä iholla että suolistossa, ja että shibojen geneettiset erot ilmenivät eroina suolistobakteerilajeissa. (A/N: Tutkimuksessa ei oteta kantaa siihen, millä suoralla tai epäsuoralla mekanismilla Apoquelin vaikuttava aine, joka vähentää solujen erittämää hälytyssignaalia, voisi muuttaa bakteeritasapainoa.)

Ympäristötekijät, kuten ravinto, pH, lämpötila ja hygieniataso, vaikuttavat isäntäeliön ja tämän mikrobien "suhteeseen". Mikrobien epätasapaino taas tunnetusti vaikuttaa useiden monimutkaisten sairauksien taustalla. Eri bakteerilajien merkitys voi piillä niiden tuottamissa pienissä biomolekyyleissä, jotka vaikuttavat koiran immuunijärjestelmän toimintaan. Uutta tietoa voidaan mahdollisesti käyttää pohjana shibojen/koirien atopian hoidossa ja ennaltaehkäisyssä, jolloin lähestymistapana ei olekaan jo syntyneen tulehdusreaktion blokkaaminen vaan ihon ja suoliston mikrobien optimointi.

Tiikerillä on shiboille huonoja uutisia. Sen koivun kukintaan ajoittuva kutinaoireilu, joka lasketaan siitepölyallergiana atopian muodoksi, puhkesi vielä niin myöhään kuin 6-vuotiaana. Näin siitä huolimatta, että Tiikerillä pitäisi olla puolellaan lähes kaikki allergialta (muka) suojaavat tekijät. Shibaksi mahdollisimman ulkosiittoinen sekä paperilla että geenitestissä. Kevätpentu, joka vietti pentuvuotensa alun maaperän ja koirapuiston bakteerien kanssa. Viljaton nappularuokavalio. Jossiteltavaksi jää se, olisiko pitänyt antaa sille nappulan ohessa enemmän raakaruokaa pentuvuoden aikana ja myöhemminkin. Mitä muuten kertoo se, että rotukoirien kanssa pitää nykyään erikseen varautua allergioihin ja pyrkiä estämään niiden puhkeaminen.

On kiinnostavaa, että iholla ilmenevän yliherkkyyden lisäksi suoliston tulehdusoireilu on yhdistetty tietynlaiseen mikrobivalikoimaan. Aiemmin raportoitiin shibasta, jonka perinteisiin hoitomuotoihin vastaamaton enteropatia saatiin kuriin ulosteensiirrolla, joka muutti suoliston mikrobikannan. Mikrobien osuus immuunijärjestelmän sekoilussa näyttää olevan kuuma tutkimusaihe, joten tästä kuullaan varmasti vielä lisää.

Shibojen uusi atopiatutkimus, preprinttinä ennen vertaisarvioinnin läpäisyä:

A comprehensive analysis of the gut and skin microbiota in canine atopic dermatitis in Shiba Inu dogs (Thomsen ym., 2022) doi: https://doi.org/10.1101/2022.07.11.497949

Julkaistu Kommentoi Shiba ja krooninen enteropatia

Kun koiran vatsavaivat pitkittyvät eikä oireilulle löydetä eläinlääkärissä muuta yksittäistä syytä, puhutaan kroonisesta enteropatiasta. Krooninen viittaa yli kolme viikkoa jatkuneeseen oireiluun, enteropatia taas suoliston sairauteen. Koska ripulointi on enteropatian huomattavin oire, käytetään suomeksi myös ilmaisua krooninen ripuli. Japanilaisissa tutkimusjulkaisuissa on raportoitu shibojen kohonneesta enteropatian riskistä ja muita rotuja heikommasta ennusteesta, kun kyse on vaikeasta enteropatiasta.

Krooninen enteropatia on sairautena hiukan epämääräinen. Diagnoosi on mahdollinen, jos koiran pitkäkestoisia vatsavaivoja ei tutkitusti aiheuta suolistoloisten, kasvaimen tai jonkin sisäelinsairauden kaltainen muu syy. Vatsavaivojen oirekuva ja oireiden voimakkuus voi vaihdella lievästä vakavaan. Sairauden arviointiin on kehitetty CIBDAI-taulukko (canine inflammatory bowel disease activity index), jossa pisteytetään koiran apaattisuus, ruokahaluttomuus, oksentelutiheys, ulosteiden kiinteys, ulostuskerrat sekä laihtuminen.   

Hoidoksi ruokavalio, antibiootit tai immunosuppressantit

Krooninen enteropatia luokitellaan tarkemmin sen mukaan, minkälainen hoito siihen tehoaa. Ruokavalioon vastaavassa enteropatiassa koiran tila kohenee, kun ravinnosta poistetaan suolistolle sopimattomat ruoka-aineet. Käytännössä tämä tapahtuu eliminaatiodieetin avulla. Vaihtoehtona on myös allergisille koirille tarkoitettu nappula, jossa proteiini on valmiiksi pilkottua. Antibiootteihin vastaavassa enteropatiassa antibioottikuuri rauhoittaa suoliston, joskin oireet voivat palata pian kuurin loputtua. Immuunijärjestelmää lamaavaan lääkitykseen vastaavassa enteropatiassa hoitokeinona on tyypillisesti tulehdusreaktiota hillitsevä kortisoni. Jos ruokavalio, antibiootti tai kortisoni ei tuo apua, luokitellaan sairaus hoitoihin vastaamattomaksi enteropatiaksi.

Aiheuttajana ehkä immuunijärjestelmä

Kroonisten enteropatioiden perimmäinen tautimekanismi ei ole vielä selvillä. Eräs epäily on koiran oma immuunijärjestelmä, joka reagoi liian voimakkaasti suolen sisältöön - esimerkiksi ravinnossa olevaan proteiiniin tai johonkin suolistobakteerilajiin. Tällöin immuunijärjestelmän puolustussoluja kertyy suolen pinnan limakalvolle "taistelemaan" oletettua vihollista vastaan, ja seurauksena on tulehdusreaktio. Pitkittynyt tulehdus taas häiritsee suolen toimintaa ja ravinteiden imeytymistä. Lopulta suolinukka voi madaltua ja suoleen kehittyä haavaumia. Muita tulehdusta kiihdyttäviä tekijöitä saattavat olla esimerkiksi suolen limakalvon heikkous tai suoliston mikrobien epätasapaino. 

Useilla koiraroduilla on havaittu rotukohtaista alttiutta tietyntyyppisiin enteropatioihin, joten vaivan uskotaan olevan osittain perinnöllinen. Shibanomistajat mainitsevat toisinaan koiransa herkkävatsaisuudesta. On epäselvää, onko herkkävatsaisuus pohjimmiltaan sama asia kuin lievä muoto ruokavalioon vastaavasta kroonisesta enteropatiasta. 

Koepala paljastaa tulehduksen 

Etenkin vaikeaoireisen kroonisen enteropatian yhteydessä koiran suolistosta otetaan usein koepala. Jos koepalasta havaitaan puolustussolujen kertyminen suolen limakalvolle, voidaan antaa myös varsinainen tulehdusdiagnoosi, joka on tyypillisesti lymfo-plasmasytäärinen enteriitti. Lymfosyytit ja plasmasyytit ovat immuunijärjestelmän soluja, ja enteriitti on hienompi nimi ruoansulatuskanavan tulehdukselle. Tulehdus (inflammaatio) tarkoittaa siis elimistön puolustusreaktiota ja se voi aktivoitua myös muun syyn kuin bakteeritartunnan (infektio) takia. 

Suolisto-oireiden kohdalla on lisäksi huomioitava suoliston imukudossyövän eli lymfooman mahdollisuus, sillä vakava-asteisen suolistotulehduksen ja lymfooman erottamista pidetään joskus vaikeana. Suoliston pitkäaikainen tulehdus itsessään saattaa altistaa lymfooman synnylle.

Yhteenveto koirien kroonisista enteropatioista. "Tulehduksellisen suolistosairauden" (IBD, inflammatory bowel disease) käyttöä ei enää suositella, sillä koiralla se poikkeaa ihmisten vastaavasta.

Vaikeassa tautimuodossa shibojen ennuste muita rotuja huonompi

Japanilaisissa tutkimuksissa on havaittu, että shiboilla esiintyy hoitoon vastaamatonta kroonista enteropatiaa enemmän kuin muilla roduilla keskimäärin. Tutkimuksissa oli tarkasteltu vain niitä eläinsairaalan koirapotilaita, jotka eivät olleet saaneet apua ruokavaliosta tai antibiooteista. Näillä shiboilla pohjukaissuolen (duodenum) vakavat haavaumat olivat yleisempiä kuin muilla roduilla. Oireista ruokahaluttomuus oli shiboilla muita rotuja yleisempää. Kortisonihoidosta huolimatta shibapotilaista oli puolen vuoden jälkeen elossa vain 46 % (muunrotuisista 83 %) ja vuoden kuluttua 31 % (muunrotuisista 74 %). Varsinaisena kuolinsyynä vaikeassa kroonisessa enteropatiassa on yleensä ravinteiden imeytymättömyys ja aliravitsemus sekä suoliston verenvuoto.

Ikä ja oireiden voimakkuus vaikuttavat ennusteeseen

Toisessa japanilaistutkimuksessa on tarkasteltu pelkkiä shiboja ja etsitty asioita, jotka ennustivat lopputulosta. Vaikeaa kroonista enteropatiaa sairastavan shiban elinajan ennuste oli kortisonihoidon alkaessa valoisampi, mikäli se oli alle 7-vuotias ja oireilun voimakkuus oli CIBDAI-taulukolla laskettuna alle yhdeksän pistettä. Shiban sukupuolella tai koolla ei ollut merkitystä. Useimmat shibat saivat aluksi apua kortisonihoidosta, mutta oireilulla oli taipumus palata jatkuvasta lääkityksestä huolimatta. 

Tutkimuksessa oli yhteensä 25 shibaa; näistä 16 menehtyi puolen vuoden sisällä diagnoosista. Yhdeksän shibaa selvisi yli puoli vuotta, ja kaksi shibaa sinnitteli vielä viiden vuoden kohdalla. Kuolinsyy liittyi kaikilla enteropatiaan. Vielä kertauksena, että nämä synkät luvut koskivat vain niitä shiboja, joiden krooninen enteropatia ei ollut vastannut ruokavalioon tai antibioottihoitoon - oman shiban mahdollisiin vatsavaivoihin löytyy apu hyvin todennäköisesti jo ruokavalion tuunaamisella.

Koiran suolisto-oireilun arviointiin käytetty CIBDAI-taulukko.

Pelastiko ulosteensiirto shiban?

Miten hoitaa suolistosairasta potilasta, jota mikään nykyinen hoitomuoto ei auta? Viime aikoina suoliston pieniin vakioasukkaisiin eli bakteereihin ja muihin mikrobeihin on alettu kiinnittää yhä enemmän huomiota eri sairauksien yhteydessä. Jos kroonisen enteropatian syynä onkin haitallisten bakteerilajien valikoima, voi ongelma ratketa bakteerikantaa vaihtamalla. 

Uusi tapauskertomus Japanista kuvailee hoitoihin vastaamatonta enteropatiaa sairastaneen shiban, jolle tehtiin ulosteensiirto lupaavalla lopputuloksella. Shiban paksusuoli ja umpisuoli huuhdeltiin tähystyksellä puhtaaksi, minkä jälkeen tilalle ruiskutettiin lajitoverin ulostetta vesiliuoksena. Lahjoittajana toimi terve 5-vuotias beagleuros.

Shiba alkoi toipua enteropatian oireista ja ripulointi loppui kokonaan kolmen kuukauden kuluttua hoidosta. Yhdeksän kuukauden kohdalla shibaa on voitu pitää edelleen suolistosairaudesta parantuneena, eikä haittavaikutuksia havaittu. Ulosteensiirron pitkäaikaisesta tehosta ei koirilla ole vielä olemassa riittävästi seurantatutkimuksia, mutta melko yksinkertaisena menetelmänä se saattaa hyvin olla yksi tulevaisuuden hoitokeinoista vaikeimmissa enteropatioissa.     

Lähteitä ja luettavaa:

The characteristics of short- and long-term surviving Shiba dogs with chronic enteropathies and risk factors for poor outcome (Okanishi ym., 2013)

Chronic enteropathy in canines: prevalence, impact and management strategies (Dandrieux ja Mansfield, 2019)

Pathological features of intestinal T-cell lymphoma in Shiba dogs in Japan (Matsumoto ym., 2017)

Prognostic factors associated with survival in dogs with lymphocytic-plasmacytic enteritis (Ohno ym., 2006)

A Retrospective study in 21 Shiba dogs with chronic enteropathy (Ohmi ym., 2010)

Successful outcome after a single endoscopic fecal microbiota transplantation in a Shiba dog... (Sugita ym., 2021)