Siirry sisältöön

Kategoria: Terveys

Julkaistu Kommentoi Mitä tietoa shiban toistojaksoista voi saada irti?

Viikonlopun bonuksena pieni genetiikka-annos. Tutkitaan VGL-geenilaboratorion monimuotoisuustestin toistojaksoja.

Koiralla on arviolta 19 000 geeniä, joten on epätodennäköistä, että juuri nämä testiin valitut toistojaksot olisivat markkereita geenialueelle, jolla sijaitsee jokin samanperintäinen geenivirhe. Silti. Kun tällainen geenitason tutkimustulos nyt on olemassa, niin katotaan sitä tarkemmin.

Jos Entsyymin geenitestipaneelista poimitaan sukusolujen geeniloton takia samanperintäisiksi muuttuneet toistojaksot, jää jäljelle rinkuloidut:

...mikä on hieman creepyä, koska tuossa olisi mun vakiolottorivillä 4 oikein.

Sitten mennään geenilabran shibatietokannasta katsomaan, miten yleisiä tai harvinaisia rodussa on nuo Tsyymin versiot. Tällä hetkellä versioiden yleisyydet perustuvat 159 testattuun shibaan. Testissä ei muuten mitenkään varmennettu sitä, että lähetetty näyte on puhdasrotuisesta shiba inusta. On käynyt mielessä, että mahtaako ne kaikkein heterotsygoottisimmat yksilöt olla jenkkien takapihakasvatuksen koiria, joissa on ollut mukana ns. uutta verta. Statsisivu löytyy täältä: https://vgl.ucdavis.edu/canine-genetic-diversity/shiba-inu/stats

2 (AHT137) 145/145 0.101
6 (AHTk211) 91/91 0.343
7 (AHTk253) 292/292 0.097
8 (C22.279) 120/120 0.217
18 (REN162C04) 210/210 0.352
21 (REN247M23) 270/270 0.531
22 (REN54P11) 238/238 0.198
29 (VGL2009) 15/15 0.085

Suluissa on toistojaksojen viralliset nimet, joita tarvitaan kohta. Perässä on kunkin version yleisyyslukema tutkituissa shiboissa. Maksimi olisi 1.000, jolloin kaikilla shiboilla olisi kyseinen versio tuplana, eikä muita versioita olisi lainkaan. Koska shiboja on mukana 159 ja jokaisella on 2 kpl jokaista toistojaksoa, tarkottaisi yhdestä shibasta vain yhtenä kopiona löytynyt versio yleisyyttä 1 (159 x 2) = 0.003. Muutamia tuollaisia taulukossa todella näkyy. Jos yleisyyslukema on 0.1:n pintaan, niin versiota on löytynyt 8-16 shibalta. Koska Tsyymin harvinaisimmat markkerit kiinnostaa (joskin näidenkin yleisyys on mielestäni liiallinen), niin valitaan jatkoon nuo kolme boldattua toistojaksoa:

AHT137

AHTk253

VGL2009

Missä te sijaitsette koiran genomissa ja onko aivan naapurissanne jotain tunnettuja geenejä? Kirjoitan tätä on the go, joten en itekään vielä tiedä, miten juttu etenee.

No niin, löytyi taustatietoa geenitestin markkereille. Kyseessä on International Society for Animal Geneticsin (ISAG) suosittelema testipaneeli koirien polveutumismäärityksiin. Lisäksi VGL-nimiset markkerit on labran omia, uudempia markkereita. Tsyymin kaks kiinnostavaa ahtimarkkeria on listattu. Nyt selvisi, että ne sijaitsevat koiran kromosomeissa (Canis FAmiliaris) numero 23 ja 11. Mutta löytyykö tarkempaa sijaintia...

PubMedin alaosioista löytyi koiran genomi interaktiivisessa muodossa. Nyt kun tiietään, mistä kromosomeista hakea, niin...

Niin ei löydy vielä mitään. Joko markkereiden lokuksia ei ole merkitty tuonne tai ne on siellä jollain muulla nimellä. Katsotaan saataisiinko muualta selville tarkempi numerollinen "osoite" noille markkereille. Tuo genomihäkkyrä näyttää kauhistuttavan sekavalta.

Vaihdetaan lähestymistapaa. Aikasemmassa taulukossa oli muutakin arvokasta tietoa kuin kromosomien nimet. Nimittäin alukesekvenssit. Markkerin lähellä DNA:n kirjaimet on nuo, mitä forward sequence -sarakkeessa lukee. Netistä löytyy hauska työkalu nimeltä BLAST, jota kuka tahansa voi käyttää. Jos löydät jostain pätkän DNA:ta tai proteiinia ja haluat tietää, mistä eliöstä se on peräisin, niin heität sekvenssin tänne ja painat "Blast!"

Käskin sen etsiä koiran geeneistä, ettei haku kestäisi liian pitkään. Ja mitä löytyi...

Täydellinen mätsi kromosomista 11 kuten pitikin! Nyt tiiämme markkerin summittaisen sijainnin kromosomissa: 2743998. Tätä pitäisi voida hakea äskeisessä genomiselaimessa. Samalla paikkatiedolla löytyy kuitenkin ihan eri sekvenssi. Genomiselaimen DNA on vissiin Tasha-bokserin referenssigenomi, ja tämä on ollut labbis. MUTTA, selvisi samalla, että referenssigenomistakin voi hakea DNA:n kirjaimilla. Täältä löytyi AHT137-markkerin aluke, eli markkerin pitäisi sijaita jompaan kumpaan suuntaan tuosta. Mä en tiedä, että kumpaan, joten huomioidaan molemmat suunnat.

Zoomataan etemmäs ja katotaan, asuuko naapurustossa tunnettuja geenejä.

Onhan niitä. En tiiä, miten kaukana markkerista joku geeni voi vielä sijaita, että se periytyy sukusolujen muodostuessa yhessä markkerin kanssa eikä crossing over -ilmiö erota niitä toisistaan. Varmaan ainakin tuon alarivillä sijaitsevan PROP1-geenin etäisyydellä, koska siitä on tutkimus, jossa mainitaan AHT137-markkerin läheisyys: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10773688/ . Naapurigeenejä:

  • Sammuneita pseudogeenejä.
  • Tuntematonta proteiinia tuottavia tuntemattomia geenejä.
  • Hajureseptorigeeni.
  • CLK4. Aktivaattoriproteiini, saattaa liittyä geeninsäätelyyn. Yhdistetty Fanconin anemiaan.
  • COL23A1. Kollageenin alayksikkö.
  • Äskeinen PROP1. Hormonitoimintaan vaikuttava geeninsäätelyproteiini.
  • Neljä eri sinkkisormiproteiinia. Niissä kaikissa sojottaa sormen näkönen uloke, jossa on aktiivisessa kohdassa sinkkiatomi. Geeninsäätelyproteiineja. Yhdistetään mm. hämäräsokeuteen ja selkärankareumaan.
  • PHYKPL eli 5-fosfohydroksyyli-L-lysiinifosfolyaasi. Kuulostaa hyvältä ja tekee jotain mitokondrioissa.
  • GRM6. Glutamaattireseptori. Liittyy keskushermoston toimintaan.
  • ADAMTS2. Liittyy kollageenin muodostumiseen.

Sama toiselle markkerille AHTk253, välivaiheet skipattu

Naapurigeenejä:

  • EXOG. Proteiini, joka pystyy katkaisemaan DNA:n.
  • ACVR2B. Kasvutekijäreseptori.
  • XYLB. Perusmetabolian entsyymi.
  • Kaksi kanavaproteiinia, joiden kautta aineet pääsevät kalvon läpi.
  • SCN5A. Sydänlihaksen supistumiseen liittyvä ionikanavaproteiini.
  • OXSR1. Hapetusvaurioihin reagoiva säätelyproteiini.
  • MYD88. Immuunijärjestelmän toimintaan liittyvä proteiini.

Ja vielä kolmannelle markkerille VGL2009

Tämän primeri ccatttaccagaatttgaagctg oli kehitetty paperissa Developmental validation of DogFiler, a novel multiplex for canine DNA profiling in forensic casework. Primeri sijaitsee tarkotuksella etempänä varsinaisesta toistojaksosta. Toistojakson sijainniksi on suoraan merkitty 20: 9290711, joten katsotaan, mitä tuon kohdan ympäriltä löytyy.

  • Oksitosiinireseptori.
  • RAD18. Liittyy DNA-vaurioiden korjaamiseen.
  • Mitokondrion energiantuotantokoneiston proteiini.
  • Kaveoliini. Solukalvoproteiini, joka liittyy siihen, miten solu ottaa tavaraa sisäänsä.

Siinä viikonlopun genetiikkabonus. Idea ja mahdollisuudet tuli toivon mukaan esille, analyysistä en mee niin takuuseen.

Julkaistu Kommentoi Shiban sisäsiitosprosentti 0 vs. geenitason todellisuus


Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta.


Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sisäsiittoinen koirarotu.


Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista ja paperilla täysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien päähän, on silti geenitestin perusteella käsittämättömän samanperintäinen. Tuollainen tulos vastaa ei-sisäsiittoisilla kyläkoirilla sitä, että emo ja isä on täyssisarukset. Sisko ja veli. Vanhemmat voi olla kumpikin ite vaikka täysin eriperintäisiä mutta silti keskenään "puoliksi samanlaisia". Tyypillisesti aikasempien vuosikymmenten matadoruroksien vaikutuksen takia. Sitten jälkeläinen onnistuu perimään just ne samanlaiset geenit molemmilta, kun puolet vanhempien geeneistä on arvottu sukusoluihin.


Miltä ne KoiraNetin oranssilla tavalla sisäsiittoiset shibat jo pahimmillaan näyttää? Entsyymi on taatusti isänsä tytär, enkä mä pidä realistisena sitäkään, että aikasemmissa lähisukupolvissa ois vääriä polveutumisia tai joku puuttuvista esivanhemmista molemmin puolin. Vaikka melkein toivoisin että olisi. Käppyrän punainen viiva näyttää ilmeisesti kaikkien testin olemassaolon aikana testattujen shibojen sisäsiittoisuuden jakauman. En ole varma, miten tuo on skaalattu (ainakaan nolla ei voi tarkottaa 0% sisäsiittoisuutta). Ehkä nykyisin testattavat nuoret koirat alkaa saada väistämättä "most inbred"-pään tuloksia sitä mukaa kun se kanta kerran väistämättä sukulaistuu.


STR-taulukossa on mitattu emolta ja isältä perittyjen toistojaksojen pituuksia. Toistojaksot ei ole geenejä mutta niitä on helppo tutkia ja niiden perusteella voi päätellä jotain geeneistä. Rankasti yksinkertaistettu idea: jokainen shiba-rodun kantakoira/matadoruros on jättänyt rotuun tietyn pituiset toistojaksot. Sekä muut geeninsä. Jos nykyinen shiba on perinyt saman pituisen toistojakson sekä emon että isän kautta, niin sitten se on voinut periä tuplana myös jonkin geenin tältä kantakoiralta/matadorilta. Just sillä tavalla kaikista pienistä japanilaiskoirista sata vuotta sitten tehtiin shiban näkösiä, kun rotua alettiin ekaa kertaa ulkomuotojalostaa. Hienompi termi tälle oli rotutyypin vakiinnuttaminen. Mutta samalla ongelmana on tuplana perityt huonot geenit, koska niidenkin vaikutus tulee sillon herkemmin näkyviin.


Sukupuusta lasketun sisäsiitosprosentin määritelmä: laskennallinen todennäköisyys, että koira on perinyt jonkin esivanhempansa geenin (tai toistojakson) tuplana sekä emon että isän kautta. Entsyymillä nolla prosenttia, aivan kuten geenitestissä ei näy. Onko noilla 4-6 sukupolven sisäsiitosprosenteilla enää mitään merkitystä, jos koirat alkaa kuitenkin oikeasti olla yhtä ja samaa. Koujinryuun ja Gomaryuun tiivistävää vaikutusta ootellessa hatunnosto niille, jotka vielä jaksaa ja tohtii pitemmällä tähtäimellä yrittää.

Immuunijärjestelmän DLA-geenialuetta. Tän pitäisi olla nisäkkään monimuotoisin geenialue. Haplotype 1 on peritty toiselta vanhemmalta ja haplotype 2 toiselta. Mä oon alkanut miettiä, voisko nuo 1054 ja 2106 olla shiballa jotain riskiversioita allergioille. Kolmasosalla kaikista shiboista on nuo. Myös Tiikerillä. Tsyymi ei vielä kutise ja on yli atopian pahimman riski-iän mutta ihan samaa mä sanoin viimeksi liian aikaisin Tikrusta.


Ai niin, nuo 1054 ja 2106 on labran omia koodeja. Ne näyttää diplomissa selkeämmiltä kuin joku DLQ-DBR 2678:24589:120 mutta niistä on turha yrittää ettiä tutkimustietoa. En edelleenkään tiiä avataanko koodausta jossain.


Vaikka tulos oli shibojen kannalta aika karsea, niin olin oikeasti dyskinesiajuttujen ja Entsyymin pentujen takia iloinen että nimenomaan Tsyymi on geenitestissä näin samanperintäinen. Vaikka sukupuu näyttää ulkosiitetyltä niin uskon taas siihen, että jokin resessiivinen periytymistapa voi myös selittää sen. Dyskinesia ei alkujärkytyksen jälkeen ole vaikuttanut elämään mitenkään, koska kohtauksia ei ole enää näkynyt. Mutta kukaan ei vielä tiedä, miten se pitemmän päälle käyttäytyy.

Tl;dr: Shiba-rotu on niin sisäsiittoinen, että KoiraNetin sukutaulun perusteella täysin ei-sukulaiset shibavanhemmat voi olla geenitasolla kuin sisko ja veli.

Kierrätyskuva, mutta sopii hyvin aiheeseen. Mä olen aivan varma, että Entsyymin geneettisen koostumuksen voisi osittain jäljittää 1950-luvun Hama Go -kantashibaan. Tämähän se rotujen alkuperäinen idea on, vaikka nykyisin puhutaan lähes pelkästään huonoista geeneistä.


Jos oman shiban monimuotoisuus tai mahdollinen geneettinen harvinaisuus kiinnostaa, niin VGL-laboratorion monimuotoisuuskartoituksen ja poskisolunäytteen testiharjat voi tilata noin 80 dollarilla täältä: https://vgl.ucdavis.edu/. Sivustolle pitää rekisteröityä. Poskisolunäyte on kuin huulen ja ikenen välistä otettava koronatesti. Varmimmin harjoihin tarttuu riittävästi soluja, jos näytteen ottaa eläinlääkäri samalla kun koira on muutenkin rauhoitettu.


Tärkeää asiaa näytteen postituksesta Yhdysvaltoihin


Biologista materiaalia sisältävät näyteharjat pitää lähettää tavarakirjeenä postitoimipisteessä. Postilaatikkoon jätettynä tulee kuulema bumerangina takaisin. Syy: USA:n tulli. Näyteharjojen mukana tullut infolappu pitää täyttää ja teipata kirjekuoren toiselle puolelle. Kirje myös rekisteröidään sähköisesti USA:n tullia varten ja siihen liimataan viivakoodilipuke. Omalle kirjeelleni tuli postimaksua 5 euroa. Tullausjutut ei maksa mitään. Labran osoitteen postinumero on sitten niin erikoinen että sitä ei löytynyt postitoimiston tietokoneelta vaan piti syöttää se manuaalisesti. Laitoin sisällöksi "Other" ja "Dog DNA sample" ja arvoksi 0. Sain kuittauksen näytteen saapumisesta perille 9 päivää postituksesta, ja sen jälkeen tulokset ilmestyivät sähköpostiin 12 päivässä.

Julkaistu Kommentoi Shibojen geenipoolin kummajainen? SMOC2-variantti

Entsyymin lohjennut hammas innoitti penkomaan lisää sen erikoisesta geenitestituloksesta. Kun testautin Tsyymin geenit aikoinaan MyDogDNA:lla, ilmestyi raporttiin mitä omituisin tulos.

Testin mukaan mun kaunis, siro shibani on lyttykuonoisuuden SMOC2-geenivariantin kantaja xD

Shiba nyt on vihonviimeinen rotu, jossa odottaisin moista näkeväni, ja puikkokuonoinen Entsyymi kaikkein vähiten. Mitä ihmettä geenitesti on tunnistanut, ja jos testitulos on todellinen, niin voiko asialla olla shiboille jotain merkitystä?

Ja minkälainen on homotsygootti SMOC2-shiba? Jos rodussa oikeasti esiintyy tuota varianttia, niin homotsygoottejakin voi olla olemassa. Tuskin ne lyttynaamoja sentään on, mutta heräsi ajatus, että voisiko kuonon luuston osa nimeltä hampaisto liittyä asiaan. Seuraa villiä spekulointia.

"Lyttynaamageeni" SMOC2

Brakyrodut ja SMOC2:n yhdistänyt tutkimusjulkaisu on vuodelta 2017. Muistan, että siitä kohistiin hetken ja popularisoinnit otsikoitiin, että nyt selvisi mikä tekee mopsista mopsin. Tutkimuksen otsikko on Canine Brachycephaly Is Associated with a Retrotransposon-Mediated Missplicing of SMOC2. Huomaa tieteen vakioilmaisu "associated with" ja sen merkitys.

Tutkimuksessa on mittailtu eri rotujen kalloja ja tarkasteltu niiden genomeja. (Hyppäys teknisten yksityiskohtien yli.) Monia lyhytkalloisia koiria on yhdistänyt se, että niiden SMOC2-geenistä on löytynyt ylimääräinen osa. Keskelle geeniä on pamahtanut palanen hyppivää geeniä, eli tuo tutkimuksen otsikossa mainittu retrotransposoni. Merle-värin yhteydessä on blogissa aiemmin puhuttu hyppivistä geeneistä.

Ja laboratoriokokeissa on todettu, että mutaation takia geenistä valmistuu ehjää lähetti-RNA:ta paljon vähemmän. Lähetti-RNA on se rakennusohje proteiinille, välivaihe geenin ja sen koodittaman proteiinin välillä. Tutkimuksessa ei mitattu, väheneekö myös SMOC2-proteiinin määrä eikä tutkittu, kasvaako lyttykuonoiselle rodun pennulle kuono, jos SMOC2-geenin mutaatio korjataan. Mutta kyllähän lähetti-RNA:n määrästäkin voi jotain päätellä. Lisäksi mutaation vaikutus näytti kertyvän, eli lyhytkuonoisimmat oli homotsygootteja ja hiukan lyhenneet kuonot heterotsygootteja.

SMOC2-variantti normikuonoisilla harvinainen mutta ei mahdoton

Tutkimuksessa oli mukana lähes 500 koiraa, sekä rotuja että monirotuisia. Rodut ei sinänsä merkinneet vaan kaikkien koirien päät mitattiin erikseen. SMOC2-variantin yleisyys eri pituisillla kuonoilla (0.0 = keskipituinen kuono) näytti tältä. Pylväiden korkeus kuvaa sitä, miten monella koiralla, jolla tietyn pituinen kuono, on ollut SMOC2-variantti. Valkoiset on mutaatiovariantista vapaita, harmailla on se heterotsygoottisena vain toisessa vastinkromosomissa, ja mustilla on pelkkää mutaatiovarianttia. Shiboja ei osunut mukaan tutkimukseen, mutta normikuonoiset tai vähän pitempikuonoisetkin koirat on voineet olla kantajia. Eli ei ole mahdoton ajatus, että shiban kaltaisella koiralla voisi oikeasti olla tuota SMOC2-varianttia. Tekeekö se niille mitään, se on sitten eri juttu. Käppyrässä lähes keskikohdassa näyttää olevan yksi "musta" koira. Geenit ja biologia on monesti tämmösiä.

"SMOC2-variantti selittää niin ja niin monta prosenttia lyttynaamaisuudesta." = hienompi numeerinen ilmaisu sille, ettei asia ole yksinkertaisesti joko-tai, kuten taulukon pylväiden väreistäkin näkyy.

Yksityiskohta kuvasta (c) Marchant et al: Canine Brachycephaly Is Associated with a Retrotransposon-Mediated Missplicing of SMOC2. Curr Biol. 2017 Jun 5;27(11):1573-1584.e6. doi: 10.1016/j.cub.2017.04.057. Epub 2017 May 25. PMID: 28552356; PMCID: PMC5462623.

Mitä SMOC2-proteiini tekee?

Sillä on ihan hirveä kokonainen nimi. SMOC2 = SPARC related modular calcium binding 2. Sparcinsukuinen moduulillinen kalsiuminsitoja 2. Se ei työskentele soluissa vaan solujen välisessä tilassa ja liittyy ainakin siihen, miten solut kiinnittyvät kudoksessa ja milloin ne jakaantuvat. Erityisesti SMOC2:sta on rikastunut luuytimen, paksusuolen ja hammasluun kantasoluihin. Koirien lisäksi kaloilla ja ihmisillä on havaittu SMOC2-mutaatioiden yhteys kasvojen luiden kehityksen häiriöihin. Ihmisillä myös hammasongelmiin, ja tämä on nyt se, mihin tietty kiinnitin huomiota, kun puhe on shiboista. Ihmisillä SMOC2 yhdistetään näköjään myös glaukoomaan eli silmänpainetautiin. Kiinnostavaa, koska sitäkin japanilaisilla shiboilla raportoitiin vuosituhannen alussa. SMOC2 on tuollainen "yleisproteiini", josta on paljon tutkimuksia. Poimin tähän ns. kirsikoita shiboille.

Shibojen historiallisen huonot hampaat

Shiba-rodulla on ollut viimeisen sadan vuoden aikana monta geneettistä pullonkaulavaihetta. Joko koiria on ollut olemassa tosi vähän tai ne on sisäsiitoksella ajettu tilanteeseen, jossa melkein kaikilla shiboilla on ollut tyyliin yhdeltä tai kahdelta shibalta lähtöisin olevat geenit. Ja samalla niiden geenivirheet. 60-luvun japanilaisessa koirakirjassa:

Google Lens -käännös joo. Muistan, että yritin kattoa noita käännöksiä niin monella tavalla kuin pystyin. "Alahampaat" = andaashotto = undershot = alapurenta ja hammaspuutokset tulkintani mukaan mainittu. Sitten oli NIPPO:n vuosikirjojen taulukot, joiden perusteella shiboilta kerta kaikkiaan puuttui 70-luvulla hampaat suusta.

Johtuu ehkä kuvasta, mutta oon aina pitänyt Benimarun emon (vasen) leukoja hieman erikoisina.

NIPPO on kuulemma näyttelyissään nykyisin tarkka siitä, että hampaisto on kunnossa. Hammastodistukset ei merkitse mitään, ja irronnut hammas on yhtä paha kuin syntyjään puuttuva hammas. Tekisi mieli ajatella, että koiranäyttelyt on kerrankin edistäneet rodun terveyttä, jos huonojen hampaiden geenit on saatu vähenemään.

Mitä jos tuo SMOC2-variantti on shiboissa todellinen ja ollut aiemmin yleisempi ja ilmennyt purennassa ja hampaissa.

Mistä päädytään siihen, mistä koko juttu inspiroitui: Tsyymin purukalustoon. Siinä missä Tiikerillä on 7-vuotiaana röntgenkuvissakin vahvat ja ehjät hampaat, on Tsyymillä jo 5-vuotiaana kaksi murtunutta hammasta. Ja Tsyymin geeneistä testi tosiaan havaitsi tuon SMOC2-variantin. Tiikerillä sitä ei ole. Otoskoko kaksi shibaa ei tietenkään riitä mihinkään.

Shiban SMOC2-variantti - totta vai tarua?

Jos lyttynaamainen shiba ei jo herätä epäilyksiä, niin pari muuta juttua pitää huomioida. Hauska testitulos on voinut olla false positive, kuten koronan PCR-testistä on voinut saada väärän positiivisen. MyDogDNA näyttäisi olevan edelleen ainoa geenitestifirma, jonka testipaneelissa SMOC2 mainitaan (kohdassa short snout), eli olisiko variantti hankalampi tapaus testauksen kannalta. Toinen, ehkä vielä tärkeämpi asia, on tuo SMOC2-tutkimus itsessään. Se jää mielestäni vähän... kehityskelpoiseksi, mutta kuudessa vuodessa ei silti ole julkaistu aihetta syventäviä jatkotutkimuksia. Ei välttämättä merkitse mitään, mutta herättää itelläni kysymyksiä.

Asiaa olisi yhtä kaikki kiinnostava selvittää enemmän. Onko shiballasi geenitestituloksena lyhytkuonoisuuteen yhdistyvän SMOC2-variantin kantajuus, ja jos on, niin onko sillä puuttuvat tai jotenkin epätavallisen huonot tai herkästi murtuvat hampaat? Tai toisin päin - huonot hampaat mutta ei SMOC2-varianttia geenitestissä?

"Meiltäkin puuttuu nenät. Arvaa johtuuko se geenistä."


Lähteitä ja luettavaa:

Canine Brachycephaly Is Associated with a Retrotransposon-Mediated Missplicing of SMOC2 (Marchant ym., 2017)

Deficiency of the SMOC2 matricellular protein impairs bone healing and produces age-dependent bone loss (Morkmued ym., 2020)

Smoc2 modulates embryonic myelopoiesis during zebrafish development (Mommaerts ym., 2014)

Homozygosity mapping and candidate prioritization identify mutations, missed by whole-exome sequencing, in SMOC2, causing major dental developmental defects (Bloch-Zupan ym., 2011)

The SPARC-related modular calcium binding protein 2 (SMOC2) gene polymorphism in primary glaucoma: a case-control study (Al-Dabbagh ym., 2016)

Julkaistu Kommentoi Entsyymi eläinlääkärissä

Tänään oli Tsyymin vuoro käydä vuosihuollossa. Hammasputsauksen lisäksi siltä kuvattiin uudestaan huonomman puolen kyynärä ja lonkat. Tiikerillä ja Tsyymillä on molemmilla sama liikuttava tapa kipittää urhean määrätietoisesti kohti eläinlääkäriasemaa. Ne varmaan vaistoavat sen mun kävelytavasta ja ennen kaikkea siitä, että aniharvoin ne on menossa mihinkään yksin ilman toisiaan.

Entsyymi tauolla matkalla eläinlääkäriin. Kannatti mennä jalan! Kävi niin hauskasti että kohtasimme matkalla Tiikerin bestiksen Hiron emännän Tuulan. Tsyymi keskittyi tonkimaan myyränkoloja, ja niinhän siinä lopulta kävi, että pulska matkaeväs löytyi. Paastovaatimus esti saaliin nauttimisen.

Totesin, että Tsyymi, paino 8.4 kg, on edelleen maailman kiltein eläinlääkärin asiakas. Jännitin vähän, oliko viime kevään peräkkäiset anturavaurio - rokotus - dyskinesiakäynnit jättäneet sille jotain ell-traumoja mutta ei. Ehkä samaa eroa Tiikerin ja Entsyymin välillä heijastaa myös se, että T toipuu rauhoitteista lähes salamana, kun taas E on siinäkin asiassa vähemmän kiihkeä.

Jätin Tsyymin hammaslääkärin tuoliin ja suuntasin väliajalla kahville kuten aina. Tämä klinikka sijaitsee Jyväskylän uuden sairaalan vieressä, joten sain samalla hyvän tilaisuuden katella kyseistä ilmestystä vähän lähempää. On se läheltä koettuna vielä uhkaavampi kuin mallikuvissa.

Tunnin kuluttua Entsyymi olikin valmis. Ei kun herätepiikki kankkuun. Tsyymin raotellessa silmiään katseltiin eläinlääkärin kanssa röntgenkuvat läpi. Kärjestä murtunut poskihammas vaatii erillisen poisto-operaation. Tätä ei näe hampaista päällepäin mutta röntgenkuva paljastaa, miten murtumaviiva yhdistyy hampaan ydinosan viivaan. Lonkissa tai kyynärässä ei näkynyt nivelrikkoa.

Tsyymin sisuksia. Kuvien välissä on kulunut aika tarkalleen neljä vuotta.
"Velvollisuus kutsuu!" Pehmoilin vähän ja ostin Tsyymille mukaan oman minitiikerin, jos isoveli ei ole turvana.

Entsyymille ja Jyväskylän Eläinklinikka Tähdelle tästä päivästä täysi kymppi.

Julkaistu Kommentoi Ihmelääke kortisoni (kun 1 kk takana)

Tiikerin siitepölyallergia pamahti tänä kesänä päälle sellaisella voimalla, että tarvittiin shampoopesuja ja antihistamiinia järeämpiä keinoja. Oireina kutina ja rapsuttelu. Koska se alkoi jälleen odotetusti siitepölykauden pahentuessa, ja koska eläinlääkärikäynnit on Tiikerille äärimmäisen stressaavia, niin sille aloitettiin suoraan kortisonitabletit.

Kutina ja rapsuttelu loppui kuin seinään heti ensimmäisen annoksen jälkeen.

Eikä siinä vielä kaikki.

Tiikeriä vuoden ikäisestä asti riivannut hysteerisyys ötököiden takia loppui myös kortisonin myötä.

Se on niistä edelleenkin huolissaan ja pyrkii eliminoimaan havaitsemansa uhat, mutta reaktio on aiempaan verrattuna laimea eikä jää päälle. Kippurakin palaa kippuralle. Kaikista selkein ero oli eläinlääkärissä: kortisonia hakiessa Tiikeri oli aivan hermona ja etsi taukoamatta seiniltä ja katosta hyönteisiä. Toissapäiväisellä käynnillä se jännitti myös vähän, mutta asettui lopulta rennosti makuulle odottamaan.

Eipä tarvinnut Tiikerin tapauksessa puntaroida kortisonin käytön sivuvaikutuksia ja lääkkeen vaikutusta koiran elämänlaatuun yhtään hetkeä.

En keksi muuta selitystä kuin että Tiikerillä on ehkä ollut kesäisin jo pitempään lievää tulehdusoireilua, joka ei ole näkynyt ulospäin asti mutta jonka se on tuntenut ja herkistynyt siksi pelon kohteille. Shibojen ongelmakohdat eli epiteelit iho ja suoli tulevat ekana mieleen. Tämä on taas näitä koiranomistajan tähtihetkiä, mutta ehdottomasti kirjotan tänne, jos joku muu koira voi tiedosta hyötyä.

Kortisonin aloitusvaihe pissittää

Lääkkeiden annostus ja antotapa on se, minkä oma eläinlääkärisi reseptiin kirjoittaa. Tiikeri sai aluksi isot annokset. Jos kortisoni on tehotakseen, niin se alkaa tehota nopeasti. Tiikeri ei tarvinnut edes muutamaa päivää vaan heti eka annos teki tehtävänsä. En meinannu uskoa silmiäni.

Parin ensimmäisen päivän jälkeen ilmenivät kyllä kortisonin aloituksen klassiset sivuoireet: juominen ja kusetus. Käytin Tiikeriä 4-6 tunnin välein ulkona ja silti se saattoi pissiä lähes minuutin ajan. Muita sivuoireita alussa oli läähätys ja innottomuus lenkeillä. Kaikki nämä sivuoireet katosivat, kun isoa alkuannostusta lähdettiin ajamaan asteittain alas kohti ylläpitoannosta. Tiikeri on perusluonteeltaan sähäkkä mutta luonteeseen en havainnut lääkityksen vaikuttavan, siis en millään huonolla tavalla. Tällä hetkellä Tiikeri saa yhen tabletin joka toinen päivä, ja allergiaoireet on pysyneet poissa.

No niin, pakkohan se on selvittää tarkemmin, että mikä on tämä ihmelääke.

Puhekielen kortisoni on eri asia kuin oikea kortisoni

Hiukan hormonioppia. Medrol Vet -paketissa vaikuttava aine ei olekaan cortisone vaan methylprednisolone. Vähän hämmentävää, mutta sanon itekin mielummin että koirani syö kortisonia kuin metyyliprednisolonia tai synteettistä glukokortikoidia 😀

On kyllä olemassa todellinen molekyyli nimeltä kortisoni. Se ei kai tee elimistössä mitään.

Kunnes kortisonin rakennetta hiukan muunnetaan, jolloin tuloksena on molekyyli nimeltä kortisoli. Se taas tekee elimistössä vaikka mitä.

Eli todellinen kortisoni on oikeastaan kortisolin epäaktiivinen "varastomuoto". Ja kaikki ne puhekielen kortisonit, joita atoopikoille syötetään, on tuunattuja kortisoli-molekyylejä, jotka on vähän erilaisia ja tehokkaampia kuin elimistön oma kortisoli.

Ja ettei asia olisi liian epäselvä, niin kortisolia kutsutaan hydrokortisoniksi silloin kun tavallista tuunaamatonta kortisolia annetaan lääkkeenä. Ilmeisesti siksi, että hydroksyyliryhmän muuntaminen on juuri se, mikä muuttaa kortisonin kortisoliksi. Orgaanisesta kemiasta voi muistella ketoniryhmiä (kortisoni) ja alkoholiryhmiä (kortisoli), jos näihin haluaa kunnolla perehtyä.

Kort-alku tulee molempiin cortex-sanasta, joka tarkottaa kuorta ja viittaa lisämununaisen kuorikerrokseen. Siellä niitä tuotetaan.

Tl;dr - "kortisoni", jota atopiakoira syö, on oikeasti lääkesuunnittelun avulla luotua synteettistä turbokortisolia. Esimerkiksi tuossa Tiikerin Medrolissa vaikuttava aine on metyyliprednisoloni. Kutsun sitä silti jatkossa kortisoniksi.

Kortisoni on hormoni, joka säätelee tulehdusgeenien toimintaa

Kortisolin ja sen johdannaisten lähtöaine on kolesteroli. Siis rasvamolekyyli. Elimistössä se pystyy rasvaisuutensa ansiosta pujahtamaan suoraan solukalvon läpi (koska samanlainen suosii samanlaista) eikä tarvii kuljetusproteiinien apua. Rasvaliukoisuuden takia myös kortisonitabletti kannattaa ottaa rasvan, siis ruuan, kanssa. Koska tabletti annetaan aamulla mutta Tiikeri syö muonansa illalla, annan sille tabletin juustoviipaleessa ja tarjoilen pienen kourallisen nappuloita.

Mitä tapahtuu, kun kortisonimolekyyli pujahtaa soluun? Se löytää sieltä reseptorin, johon takertuu. Reseptori aktivoituu ja matkustaa solun tumaan, jossa sijaitsevat tietenkin geenit. Aktivoitu reseptori kiinnittyy geenin alkuosaan ja alkaa säädellä sitä, miten geenistä tuotetaan proteiinia. Tuotetaanko enemmän vai vähemmän? Koska Tiikerin allergiaoireet helpottivat, niin kortisoni on varmaankin vaimentanut tulehdusreaktiota kiihdyttäviä geenejä ja aktivoinut tulehdusreaktiota estäviä geenejä. Liian laaja aihe, katkaisen tähän. Kortisoni tekee paljon muutakin, kuten sen pitkän käytön sivuvaikutukset osoittavat. Kaikkia immuunijärjestelmän osia kortisoni ei sentään pysty lamaamaan. Sellainen lääke olisikin äkkiä aika hyödytön.

Shibojen ihot, suolet ja kärpäspelot - kaikki samaa ongelmavyyhtiä?

Koska mulla on koiran kortisonista vasta kuukauden kokemus ja olen positiivisessa ensihuumassa sen kanssa, en kirjoita tähän postaukseen enempää kortisonijuttua.

Sen sijaan omia ajatuksia tuosta shibojen epäpyhästä kolminaisuudesta - allergiaoireet iholla, allergiaoireet suolistossa ja omituiset pelkotilat etenkin hyönteisiä kohtaan. Nämähän ne rodun pahimmat terveysongelmat oikeasti on, sekä yleisyytensä että vaikutuksensa (elämänlaatuun) takia, eikä ne helv... kirjaimet ja numerot KoiraNetissä.

Mitä jos Tiikerin hyönteispelko, tai paremminkin liian voimakas pelkoreaktio, on ollut seurausta sen sisuksien allergiaoireilusta, joka on aiheuttanut sille epämukavuutta tai jopa kipua? Tiiän että ihmisillä on olemassa ristiallergiaa, jolloin koivun kukkiessa jotkin ruoka-aineet aiheuttaa myös oireita jne. En tiiä, voisiko niin olla ilman että suolisto reagoi millään näkyvällä tavalla. Mutta vielä vaikeampaa on keksiä, minkälainen iho-oireilu olisi voinut aiheuttaa epämukavuutta tai kipua ilman että se yrittäisi tehdä iholleen jotain. Tiikeri on pelännyt ötököitä "aina", mutta siitepölykutina alkoi viime vuonna. Omituinen ja epätodennäköinen vaihtoehto tietty on, että kortisonin haittavaikutuksissa (!!!) mainittu euforia on nyt kumonnut pelkotilat : D

Osaisipa Tiikeri puhua.

Tiikeri on ollu tänä kesänä varmasti onnellisempi kuin koskaan sitten pentukesänsä. Se nukkui lomalla mun vieressä kuono mun kaulalla. ;_; Voihan olla, että täältä tullaan alas kovaa ja korkealta, jos kortisonin vaikutus loppuu tai ilmestyy jokin kauhea sivuoire, mutta just nyt osaan vaan olla niin kiitollinen.

Julkaistu Kommentoi Tiikeri eläinlääkärissä
"Ai mikä rauhoite? Ei tunnu enää missään! Katsokaas, meidän häntien kuuluu suoristettuna ulottua kintereeseen..."
"Missä veli viipyy? Olen odottanut yksin jo yli kaksi tuntia."

Tiikerin hammaslääkärin ja terveystarkin päivä oli tänään! Somematskua, mutta koska pidän välivuotta somesta, niin kanavoidaan kaikkialle muualle.

Tiikerin edellinen tutkimuskäynti eläinlääkärillä, yhellä ketjuklinikalla, tapahtui viisi vuotta sitten. Kyseessä oli kastraatio/piilokivesleikkaukseen liittyvä kipukäynti, jota en halua sen enempää muistella, mutta rauhoittaminen epäonnistui ja eskaloitui ja on olemassa eri Tiikerit ennen ja jälkeen sen nimenomaisen ell-keikan. Joten olin tänään kauhuissani. En tiiä kumpaa pelkäsin enemmän, rauhotusta vai tutkimustuloksia.

Tiikeri tauolla matkalla eläinlääkäriin. Pentuaikojen iloinen ja rento Tiikeri on palannut, kiitos kortisonin. Kirjoitan ihmelääke kortisonista kohta oman juttunsa.
Kanttuvei naps. Kokenut eläinlääkäri pisti rauhoitteen ovenvälimetodilla _sekunneissa_. Sitten tilanne olikin jo ohi. Tätäkö mä olin pelännyt monta vuotta??

Jätin Tiikerin hammaslääkäriin, röntgenkuviin ynnä muuhun ja lähin kahville. Parin tunnin kuluttua soitettiin, että valmista on. Hampaat oli putsattu ja kuvattu röntgenillä ja havaittu vaan tavanomaista iän mukana tulevaa kulumaa. Selkä, lonkat ja polvet oli kuvattu röntgenillä ja sama juttu! Ei spondyloosia, luupiikkejä eikä rikkoa. Eli jäi vielä mysteeriksi, miksi Tiikeri oli nikertänyt polvien kohtaa jaloistaan. Yksi selitys voi olla se, että nikersikin siitepölyallergian takia ihoa.

Mistä puheen ollen, verikokeessa oli arvot kohdillaan niin että the ihmelääke kortisonia voitiin jatkaa ylläpitoannostuksella.

Tiikeri toipui rauhoitteesta äkkiä. Palattiin kotia, havaittiin jo kaukaa että Entsyymi oli vahtimassa ikkunassa, pohdittiin oliko se ehkä ollut siinä koko ajan, ja tultiin siihen tulokseen, että kyllä oli. Mä voin vapaasti häipyä, mutta ettäkö Tsyymi jätetään yksin ilman veljeä! Sehän on pöyristyttävää.

Tiikerillä ei tälläkään kerralla ollut sitä hoipertelevaa tokkuravaihetta rauhotuksen jäliltä. Otin sen mukaan Tsyymin lenkille.
...ja totesin vahingossa, ettei edes ell-käynti ja rauhoituksen jälkeinen olotila saa aikaan sitä, että Tiikeri ärähtäisi siskolle. Yritin suojella Tiikeriä hormonihiireltä.
Totesin myös, ettei ehkä sittenkään olisi pitänyt ottaa toipilasta heti mukaan lenkille xD Hyvin se käveli, mutta nyt sillä oli erinomainen perustelu jäädä köllöttämään nurmikolle.

Mä annan sekä Tiikerille että Jyväskylän AlmaVet-eläinlääkäriasemalle täyden kympin tästä päivästä. <3

Julkaistu Kommentoi Atopian alkujuurilla? Uusi tutkimus shibojen immuunijärjestelmän geeneistä
Kuvituskuvina 60/70-luvun taitteen japanilaisia shiboja kirjasta 日本犬.

Sainpas tähänkin otsikkoon alkusoinnun. Viikonlopun blogijuttu inspiroitui vahingossa, kun kävin katsomassa, mitä "shiballa on japaninsuden geenejä" -tutkimukselle oikein kuuluu. Sitä ei ole vieläkään julkaistu virallisesti. Mutta samalla löytyi uusi japanilainen paperi eri koirarotujen immuunigeeneistä. Mukana on ollut myös 37 shibaa, 10 akitaa ja 1 shikoku.

Shiboilla tuntuu olevan ihan liikaa allergioita ja atopiaa. Jutunaiheet lenkeillä on yhtä mieltäylentäviä. "Ai teille annettiin Apoquel, meillä menee tuo perinteinen kortisoni!" Mulla Tiikeri syö nyt ainakin kesäajan kortisonia siitepölyallergiaan. Tehoaa hienosti kutinaan mutta ei liene pitemmän päälle kovin terveellinen lääke.

Allergia, atopia ja autoimmuunisairaudet syntyvät siitä, kun immuunijärjestelmä alkaa toimia epätarkoituksenmukaisella tavalla. Koska nämä esiintyvät usein roduittain eli vaikuttavat geneettisiltä, niin immuunijärjestelmän geenien yhteyttä häiriöihin on selvitetty hartaasti. Tutkituin immuunigeenialue on nimeltään DLA (dog leukocyte antigen). Sillä on monia kiinnostavia piirteitä.    

Koiran DLA-immuunigeenialue, simppeli versio

  • Peräkkäisten geenien rypäs kromosomissa 12.
  • Immuunigeeneistä valmistuu erilaisia pikkuproteiineja, joiden tehtävänä on napata ja esitellä pöpöjen osia puolustussoluille. Esimerkiksi viruksen valtaaman solun pinnalla on tällanen pikkuproteiini heiluttamassa hädissään viruksen osaa, jolloin puolustussolu huomaa tilanteen ja tuhoaa infektoituneen solun ennen kuin virus ehtii levitä.
  • Immuunigeeneistä on olemassa enemmän erilaisia versioita kuin mistään muista tunnetuista geeneistä. Ajatus on, että erilaiset pikkuproteiinit pystyvät nappaamaan ja esittelemään erilaisten pöpöjen osia. Tai ehkä jotkin pikkuproteiinit tekevät sen tehokkaammin kuin toiset. 
  • Silti yhdellä koiralla on joka geeniä vain ne kaksi kappaletta, yksi emolta ja toinen isältä peritty.* Kuten vaikka. Hachilla on immuunigeenistä 1 versiot 1A ja 1B, mutta Pochilla versiot 1C ja 1D. Tällaiseen heterotsygotiaan luonto myös näyttää pyrkivän mutta rotukoirien sisäsiitos tekee jotain ihan muuta. Oikeasti Hachilla ja Pochilla olisi varmaan molemmilla immuunigeenistä 1 pelkkää versiota 1A.    

Koiran DLA-immuunigeenialue, vähän tarkempi versio

Immuunigeenit, luokka I

Geeni 1 (139 tunnettua versiota, 1A, 1B, 1C...)

Geeni 2 (17 tunnettua versiota, 2A, 2B, 2C...)

Geeni 3 (9 tunnettua versiota, 3A, 3B, 3C...)

(Geeni 4, sijaitsee toisessa kromosomissa.)

Immuunigeenit, luokka II

Geeni 5 (1 tunnettu versio, 5A)

Geeni 6 (181 tunnettua versiota, 6A, 6B, 6C...)

Geeni 7 (30 tunnettua versiota, 7A, 7B, 7C...)

Geeni 8 (86 tunnettua versiota, 8A, 8B, 8C...)

DLA:n I ja II -luokkien geeneistä valmistuvien pikkuproteiinien erot:

I-luokkalaiset: työskentelevät kaikissa elimistön solutyypeissä ja antavat itsemurhahakuisen hälytyksen siitä, että solu on infektoitunut viruksella. Aktivoivat puolustussoluja, jotka tuhoavat infektoituneet solut.

II-luokkalaiset: työskentelevät pöpön osien esittelyyn erikoistuneissa valkosoluissa, jotka ovat itse terveitä mutta "syöneet" ympäristöstään bakteereja ynnä muuta epäilyttävää. Mitä ne sitten esittelevät. Aktivoivat puolustussoluja, jotka osallistuvat puolustautumiseen epäsuorasti esimerkiksi tuottamalla vasta-aineita. Aiheuttavat siten tulehduksen ja allergian oireet.   

Lisäksi molemmat luokat esittelevät osia koiran omista proteiineista. Normaalisti puolustussolun ei kuulu reagoida niihin. Mitä seuraa, jos puolustussolu kuitenkin reagoi? Jep, autoimmuunisairaus. DLA-pikkuproteiinit voivat olla osa häiriötä mutta tuskin koko selitys. 

Geenit sijaitsevat peräkkäisenä ryppäänä (paitsi tuo erakko 4), mutta alueella on muitakin geenejä. 

Koiran immuunigeenialue, edelliset geenit korrektisti nimettynä xD

DLA I

DLA-88 (139 tunnettua versiota, DLA-88*001:01, DLA-88*005:01...)

DLA-12 (17 tunnettua versiota, DLA-12*001:01:01, DLA-12*001:01:02...)

DLA-64 (9 tunnettua versiota, DLA-64*001:02, DLA-64*001:01:01...)

(DLA-79, sijaitsee toisessa kromosomissa)

DLA II

DLA-DRA (1 tunnettu versio)

DLA-DRB1 (181 tunnettua versiota, DLA-DRB1*001:03, DLA-DRB1*002:03...)

DLA-DQA1 (30 tunnettua versiota, DLA-DQA1*012:01:2, DLA-DQA1*014:01:2...)

DLA-DQB1 (86 tunnettua versiota, DLA-DQB1*008:03, DLA-DQB1*013:04...)

Voin sanoa, että mikään muu koiran geeneihin liittyvä juttu ei ole tuntunut yhtä hankalasti lähestyttävältä kuin DLA. Kiitos noiden järjettömien geeninimien ja niiden versionumeroinnin. Ootas kun aletaan puhua haplotyypeistä, joissa nuo esiintyvät peräkkäin...

Suosittelen omien muistisääntöjen keksimistä.

DLA-geeniversioiden yhtenäisen nimeämisen ja tietokannan ylläpitoon on perustettu eräänlainen komitea. Tietokanta löytyy osoitteesta https://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/group/DLA/ :

Lähes kaikilla shiboilla yhdet ja samat immuunigeeniversiot

Immuunigeenien tutkimuksissa näkee todella usein, että yksittäisen immuunigeenin sijaan on tutkittu esim. kolmen peräkkäisen immuunigeenin jonoa tietyssä rodussa. Peräkkäisten geeniversioiden jono = haplotyyppi. Esimerkiksi immuunigeenien 1, 2 ja 3 eräs haplotyyppi vois olla 1B-2A-3B. Tai vaikka 1B-2C-3B. Jos yhelläkin geenillä on eri versio, niin se lasketaan erilliseksi haplotyypiksi. Ja ihan kuten tavallisessa genetiikassa, niin koira on perinyt yhen haplotyypin emältä ja toisen isältä. Ne voi olla keskenään samanlaiset tai erilaiset.

Tässä tutkimuksessa oli kohteena kolmen DLA-geenin jono: DLA-88, DLA-12 ja DLA-DRB1. Huolimatta siitä, että näiden geenien pitäisi olla eliöpopulaation monimuotoisimmat, niin suurelta osalta shiboja löytyi tietty haplotyyppi. Se näytti the virallisilla nimityksillä tältä:

DLA-88-geenistä versio 006:01

DLA-12-geenistä versio 001:01:01

DLA-DRB1-geenistä versio 056:01

Näistä kaksi ekaa kuuluu I-luokkaan eli esittelee puolustussoluille viruksia, kolmas taas II-luokkaan ja esittelee syötyjä bakteereja. Tai muuta sisäänotettua, kuten siitepölyhiukkasen osia.

Tutkimuksen 37 shibasta 10 oli perinyt tämän versiosetin sekä emolta että isältä (homotsygootit) ja 19 toiselta vanhemmaltaan (heterotsygootit).

Tämä yleisin haplotyyppi ja kaksi muuta haplotyyppiä vastasivat noin 90% kaikesta muuntelusta, mikä tutkimuksen shiboista löytyi. Eli lähes kaikilla shiboilla oli jokin kolmesta vaihtoehdosta. Muita harvinaisempia haplotyyppejä (tyyliin yhdestä tai kahdesta koirasta?) löytyi yhteensä kahdeksan.  

Mitä jos tuo shibojen yleinen versio DLA-DRB1-geenistä toimii jotenkin huonosti esitellessään puolustussoluille potentiaalisia uhkia. Yliteholla tai aliteholla. En tarkota, että tästä on näyttöä, mutta jos olisi, niin sama ongelma ois sitten isossa osassa rotua. 

Shibojen uniikit DLA-geenit suden sukua?

Mielenkiintoinen havainto shibojen DLA-DRB1-geenistä oli se, että sen kolme yleisintä versiota (mukaanluettuna tuo yleisimpään haplotyyppiin kuuluva 056:01) olivat "yksinoikeudella shiboille", siis ettei niitä löytynyt ollenkaan muista tutkimuksen roduista. Sen sijaan kahta niistä on havaittu susissa. Esimerkiksi tuota 056:01:stä suomalaisissa susissa yleisyydellä 4.0%. Vanha National Geographic -legenda shibasta ja susigeeneistä saa yhtäkkiä tukea! : D    

Entäs se DLA-immuunigeenien ja allergioiden ja autoimmuunisairauksien yhteys?

On epäilys mutta ei vankkoja todisteita. Tyypillinen tutkimustulos näyttäisi tältä: shiballa immuunigeenin 5 versio 5C yhdistyy kohonneeseen riskiin saada atooppinen ihotulehdus. Eli vertaillaan atoopikkojen ja ei-atoopikkojen immuunigeenejä ja havaitaan, että sattumaa useammin atoopikoilta löytyy joku tietty versio. Mutta miksi, siihen on harvoin vielä vastausta. Samasta syystä ei sanota, että versio 5C aiheuttaisi atopian, koska mekanismia ei ole tutkittu saati osoitettu.

Entä mikä erottaa siitepölyallergisen koiran ja sen allergiattoman toverin?

Hyvä kysymys! Vastaus olisi myös arvokas. Kummallakin koiralla siitepölyhiukkanen on varmaankin päätynyt antigeenejä esittelevään valkosoluun, jossa II-luokan DLA-pikkuproteiini on kuljettanut siitepölyn osan näytille solun pinnalle. Valkosolu on käynyt näyttämässä Potentiaalista Uhkaa puolustussolulle, mutta vain toisella koiralla puolustussolu on aktivoitunut ja saanut siten aikaan allergian oireet. Toisen koiran puolustussolu on todennut, että väärä hälytys, kohde on vaaraton. Miksi näin, sitä ei vielä tiedetä. Varmana tapahtumasarja on monimutkainen ja siihen liittyy paljon muutakin kuin pelkkä DLA-pikkuproteiini.

Tuntuu kyllä uskomattomalta, että tollanen systeemi voi toimia niin hyvin. Miten ne solut osaa yleensä erottaa, että jonkin bakteerin proteiinipala on todellinen uhka ja siitepölyhiukkasen proteiinipala ei ole?     

Shibojen DLA-alueen geenitestaus

UC Davis -labran kaupallisesta geenitestistä on ollut aiemminkin puhetta. Testi tutkii jotakin koiran I ja II-luokan immuunigeeneistä, mutta mä en ole vieläkään onnistunut koodaamaan auki, että mitä geeniversioita tai haplotyyppejä ne yksinkertaiset numerosarjat tarkalleen kuvaa. Huomionarvoista on silti, että tuollakin on lähes kaikilla shiboilla jokin kolmesta vaihtoehdosta.

Ihmislajilla vastaavia immuunigeenien versioita on muuten löydetty noin 30 000 erilaista.    

"Opettelimme kolme versiota ja olemme jo ihan poikki! Onko se nyt varmasti DLA eikä DNA??"

Lähteitä ja luettavaa

Large-Scale Polymorphism Analysis of Dog Leukocyte Antigen Class I and Class II Genes ( DLA-88, DLA-12/88L and DLA-DRB1) and Comparison of the Haplotype Diversity between Breeds in Japan (Miyamae ym., 2023)

Principles of Virology, Volume 2: Pathogenesis and Control, 5th Edition (Flint ym., 2020)

Dog leucocyte antigen (DLA) class II haplotypes and risk of canine diabetes mellitus in specific dog breeds (Denyer ym., 2020)

The canine MHC class Ia allele DLA-88*508:01 presents diverse self-and canine distemper virus-origin peptides of varying length that have a conserved binding motif (Ross ym., 2018)

Evaluation of a DLA-79 allele associated with multiple immune-mediated diseases in dogs (Friedenberg ym., 2015)

Molecular organization of the canine major histocompatibility complex (Wagner, 2003)

Julkaistu Kommentoi Nikamalaskuri

Koiran luustokuvauksiin sisältyy nykyisin myös selkäranka. Yksi selkäkuvista näkyvä asia on nikamien synnynnäinen määrä ja laatu. Tässä vinkkejä ruotojen hahmottamiseen omista kuvista.

  • Sivukuvat kannattaa sulauttaa yhteen ja linjata siten, että koko ranka kaulasta häntään tulee näkyviin samaan kuvaan. Käytän ite Windowsin Painttia tietokoneella.
  • Laskeminen aloitetaan kaulasta ja edetään kohti häntää.
  • 7 kaulanikamaa + 13 kylkiluunikamaa + 7 lannenikamaa + ristiluu + häntänikamat on koiralla normiranka.
  • Kaikissa rajakohdissa, joissa nikaman "laji" muuttuu, on mahdollisuus että edellisen lajin viimeinen tai seuraavan lajin ensimmäinen nikama kärsii identiteettikriisistä ja muistuttaakin viereisen lajin nikamaa. Häiriö syntyy jo sikiöaikana luiden muodostuessa. Kokeile joskus laskea pentujen selkänikamia tiineysröntgenkuvista.

Lasketaan Tiikerin nikamia:

Iso möhkäle on kaulanikama numero 2 ja hyvä maamerkki. Kaulanikamia on oltava 7. Vaikka seiskassa kasvaisi nysät kylkiluut niin se lasketaan silti kaulanikamaksi.

Sitten laskemaan kylkiluita. Kylkiluunikamia on saatava 13, olipa viimeisessä ylimääräisiä tai puuttuvia kylkiluita. Tiikerillä on hyvä esimerkkiruoto, koska siinä on juuri tällainen tilanne.

Eli kaulanikamia ja kylkiluunikamia on "pakko" saada ensin se 7 ja 13, että voidaan sanoa jotain LTV:stä. Niiden jälkeen lannenikamien lukumäärä voi olla 6, 7 tai 8.

Kun huomioidaan tuo yksi nikama kylkiluuttomaksi kylkiluunikamaksi, niin lannenikamia ennen ristiluuta on normimäärä 7. Ristiluussa on normaalisti kolme nikamaa sulautunut yhteen. Joskus kuvassa voi jopa nähdä haamuna niiden kolme harjannetta yläpuolella. Häntänikamia on vaihteleva lukumäärä.

Koska lannenikamia saatiin laskettua 7, voidaan sanoa, ettei ristiluusta ole irronnut nikamaa eikä siihen ole sulautunut lannenikamaa. Pelkkää ristiluuta katsomalla sitä ei välttämättä näe? Tämän takia laskeminen pitää alottaa kaulasta asti.

Systeemi on kyllä itelleni vähän hämärä. Kaikki LTV-jutut liittyy terminsä takia vain ristiluun kohtaan. Jos koiralla on LTV4-lausunto ja 8 lannenikamaa, on se ylimääräinen nikama irronnut ja muuntunut ristiluun etuosasta. Eli vaikka viimeinen kylkiluunikama olisi menettänyt kylkiluunsa ja muuntunut lannenikaman kaltaiseksi ja kasvattanut jopa ne viikinkikypärän sarvet, niin sitä ei kuitenkaan lasketa lannenikamaksi LTV4-lausunnon kannalta. Jos näin on, niin eikö LTV4:n määritelmää voisi tarkentaa muotoon "ristiluusta johtuen 6 tai 8 lannenikamaa". Selkiyttäisi asioita. Mutta mä en ole saanut selville, voiko se viimeinen kylkiluunikama muuttua totaalisesti lannenikamaksi vai näyttääkö se vaan siltä sivukuvassa.       

Tässä oli nyt laskemisen esimerkkinä ristiluun osalta normi ranka eli lausuttuna LTV0. Kylkiluuton kylkiluunikama on poikkeava nikama ja saa merkinnän VA1. Kaikki LTV-numerot liittyy jotenkin alueeseen viimeinen lannenikama - ristiluun nikamat - ensimmäinen häntänikama. LTV-aihe muuttuu tosiaan sekavammaksi eikä selkeämmäksi mitä enemmän siihen perehtyy, mutta ehkä vielä joskus LTV-anomalioita päätyy blogiin asti.

Ristiluumysteeri ja pohdintatehtävä samassa. Nuolet osoittaa ristiluun keskiharjannetta. Miksi nikamien välit näkyy selvästi sivukuvassa mutta lonkkakuvan suunnasta otetussa kuvassa viimeinen lannenikama menee limittäin ristiluun päälle. Entä onko kuvassa narttu vai uros?

Muoks: kylkiluunikamat on oikealta nimeltään rintanikamia ja niitä on 13.

4

Julkaistu 4 kommenttia artikkeliin Varvasanomalia – koiratieteen sivuutettu kasvuhäiriö

Japanilaisten shibakirjojen innoittamana katsaus shiban lyhytvarvasanomaliaan. 80-luvun näyttelyshibojen kuvissa tulee vastaan yllättävän monia etukäpäliä, joissa voi kuvitella näkevänsä lyhentyneitä reunavarpaita. Käpälän asento ja kuvakulma toki vaikuttaa siihen, miltä varpaat näyttää.

Riippumatta siitä onko nämä nimenomaiset varpaat todellisuudessa anomaalisia vai ei, niin shiboissa esiintyy lyhytvarpaisuutta. Myös Suomessa, koska aiheesta oli taannoin juttu Shibasanomissa. Jos nyt on niin, ettei poikkeavat varpaat Japanissa ole estäneet koiran palkitsemista näyttelyssä (ainakin oikean yläkulman käpälä näyttää oikeasti vähän omituiselta) niin onko se ihme, jos lyhytvarpaisuus on säilynyt rodussa.

Lyhytvarpaisuus ja lyhytsormisuus eli brakydaktylia tunnetaan myös ihmisillä ja on hyvin karakterisoitu ilmiö. Jokin varpaan/sormen luuosista ei kasva normaalisti tai puuttuu kokonaan, jolloin varvas/sormi jää muita lyhyemmäksi. Ominaisuutta aiheuttavia geenivirheitä on tunnistettu monia, ja niistä useimmat periytyvät joko dominoivasti tai dominoivasti epätäydellisellä penetranssilla (jolloin voi käydä vaikka niin, että mummolla, isällä ja lapsenlapsella on kaikilla sama peritty geenivirhe mutta vain mummolla ja lapsenlapsella se ilmenee lyhyenä sormena).

Sitten koirien varvasanomaliatutkimusten pariin!

...

Joita ei ole olemassa.

Oikeasti. Olisin kuvitellut, että nämäkin koiran luuston osat olisivat olleet kiinnostava tutkimuskohde, etenkin kun niissä selvästi esiintyy sitä houkuttelevaa poikkeavuutta normaalin lisäksi. Harkitsin jo, että laitan aprillipäivänä varvasnivelten röntgenin uudeksi PEVISA-terveystarkiksi. Löytämäni koirien brakydaktyliaa käsittelevät tai edes sivuavat tutkimukset on tässä:

On ollut vuosi 1957, ja lyhytvarpaisten mutanttikoirien stokki on ollut tarjolla tutkimuksiin. Näyttää siltä, ettei näistä koskaan julkaistu tutkimusta. Periytymistavaksi mainitaan resessiivinen, mutta ken tietää. Silti, mielenkiintoinen löytö tieteen historiasta.

Sitten hypätään vuoteen 2021, ja löytyy paperi nimeltä Four Unusual Cases of Congenital Forelimb Malformations in Dogs. Neljä kuvailtua eturaajaa on jo selvästi epämuodostuneita, mutta lyhytvarpaisuus mainitaan yhtänä esimerkkinä asioista, joista on tarjolla surkean vähän tietoa tai tapauskertomuksia. Siis että toissavuonna oli asia vielä näin.

Yksittäinen tapauskertomus Symmetrical brachydactyly in a dog vuodelta 2017 kuvailee Maremmano-abruzzese -rotuisen koiran, jonka käpälistä on lyhentyneet kaikki "kämmentä" ja sormia vastaavat luut.

Ja 2016 oli kuvailtu kolme erilaista käpälän epämuodostumaa Congenital deformity of the distal extremities in three dogs. Yksi epämuodostumista näytti päälle päin vain lyhytvarpaisuudelta mutta röntgenkuvan perusteella olikin kasvanut kaksi varvasta yhteen. Jälleen on korostettu sitä, että käpälän ja varpaiden kasvuhäiriöiltä puuttuu koirilla yhtenäinen ja selkeä nimeäminen ja luokittelu.

Siinä ne taisi olla. Kaikissa on kuvailtu, miltä näyttää yksittäisten koirien epämuodostuneet käpälät röntgenkuvassa. Ei ole olemassa geenitutkimusta, perinnöllisyystutkimusta tai tietyn rodun varvasanomalian yleisyyttä selvittänyttä tutkimusta. Science, you fail. Onko koirien varpaat todella niin mitätön aihe? Tuntuu hölmöltä, että koirien värejä, joilla ei ole yleensä mitään merkitystä niille itselleen, kyllä tutkitaan innokkaasti.

Koska tiede tuotti pettymyksen, niin käännytään varvasanomaliaa nähneiden koiraharrastajien puoleen. Snautsereilla ja pinsereillä lyhyet varpaat näyttää olevan tuttuja. Kääpiöpinserien uusimmassa JTO:ssa mainitaan rodun varvasanomaliasta, että

  • Luovutusikäisessä pennussa anomalia ei vielä näy vaan käy ilmi 3-6 kk iässä, kun varvas jää kasvussa muista jälkeen.
  • Anomalian vakavuusaste [tulkitsen, että varpaan lyhyys] vaihtelee ja voi pahimmillaan vaikuttaa koiran liikkumiseen, altistaen myös nivelrikolle.
  • Pidetään perinnöllisenä mutta periytymistapa ei ole tiedossa.

Ajattelin, että mulla olisi enemmän sanottavaa aiheesta. Mainitut tutkimukset löytyy otsikot googlaamalla, ja lisäluettavaa kannattaa enemmin etsiä eri rotujen kasvattajien ja harrastajien parista. Googlessa short toe anomaly dog toimii paremmin kuin brachydactyly.

Julkaistu Kommentoi Kutinaa kenneleissä? Shibojen uudempi atopiatutkimus Japanista

Viime vuoden lopulla julkaistu atopiatutkimus shiboista on jäänyt blogissa huomiotta. Korjataan asia nyt. Kuten aiemmassa mameshiba-aiheisessa tutkimuksessa, niin tässäkin sivuasiat herättivät itelläni enemmän kysymyksiä kuin varsinainen tutkimustulos.

Tutkimuksessa on vertailtu suun ja suoliston mikrobivalikoimaa atooppista ihotulehdusta sairastavilla (9 shibaa) ja terveillä verrokeilla (16 shibaa). Koirat on asuneet häkeissä samassa kennelissä (yhteensä 53 koiraa) ja syöneet samaa muonaa, millä on pyritty minimoimaan taustamuuttujien vaikutus.

Tutkimuksesta ei käy ilmi, miten osallistujia on haettu ja millä perusteella valittu juuri tämä kenneli.

Tutkimustuloksena on ollut, että atoopikkojen ja terveiden mikrobistoissa on havaittu eroja. Näistä melko varmasti kuullaan vielä lisää, ja kirjoitan enemmän sitten kun asialla voi olla jotain käytännön merkitystä.

Eikö tämmösen tutkimuksen olemassaolo ole jotenkin huolestuttavaa? Miten yleistä atopia jo on japanilaisilla shiboilla, jos tutkimusidea tulee edes mieleen ja niin painavin perustein, että siihen saadaan rahoitus?

Mitä nuo yhdeksän atoopikkoa tekee siellä kennelissä? Eläkeläisinä, atopian takia pois jalostuskäytöstä, japanilaisessa häkkikennelissä?

Ja onko kyseinen kennel ollut yksittäinen poikkeustapaus?

Mä vähän pelkään, että vastaukset kolmeen viimeseen saattaa olla pentumassa, ei ja ei.

Jos näin, ni uusien Japanin-tuontien kanssa saa paljon muutakin jännitystä elämään kuin luustokuvausten tulokset.

Kissoille allergiset koirat

Uuden tutkimuksen reffeistä löytyi shibojen allergiatutkimus, joita en ollut huomannut. Shibojen atopiataipumus on raportoitu jo vuonna 2000, kun 42 atooppisen koiran otantaan Japanissa osui 4 shibaa, ja ei ole tullut yllätyksenä [eläinlääkärissä atopian takia asioivien shibojen takia].

"In this study, we found a breed predisposition for atopy in Shiba Inu dogs (n=4). These findings were not surprising as they support our clinical impression of a predisposition for atopy in this breed. Larger surveys of the prevalence of atopy in dog breeds unique to Japan are needed."

Tässä tutkimuksessa ei ole eroteltu koiria roduittain, mutta yleisimmät allergeenit on olleet pölypunkit, varastopunkit, japanilaisen setripuun siitepöly... ja kissan hilse. Atopian yleisyystutkimusta japanilaisroduissa ei ole vieläkään toteutettu tai ainakaan julkaistu englanniksi.

Lähteitä ja luettavaa

Positive reactions to common allergens in 42 atopic dogs in Japan (Masuda ym., 2000)

Characterization of the oral and faecal microbiota associated with atopic dermatitis in dogs selected from a purebred Shiba Inu colony (Uchiyama ym., 2022)

Ja jos ei käynyt selväksi, niin jutun shibat on kennel Craiyonin kuvituskuvia eivätkä liity mihinkään. Tosi lohdullista, ettei tekoäly tiedä, miltä näyttää atooppinen tai kutiseva shiba.