Miksi olet niin pieni, mameshiba?

Mameshibaksi kutsutaan shiban pienikokoista muunnosta (mame = papu, viittaus pienuuteen), jota tavataan lähinnä Japanissa. Mameshiboja pidetään kiistanalaisina monella tavalla: kasvatus viis veisaa shiban rotumääritelmän säkäkorkeudesta, ja pienikokoisuuteen pyrkiminen voi johtaa siihen, että jalostusvalinnoissa sivuutetaan muita tärkeitä asioita. Mameshiban suosio perustunee siihen, että pieni on söpöä. Shibojen alkuperäinen ja tärkein rotujärjestö Japanissa (NIPPO) on erikseen linjannut, ettei tunnusta mameshibaa shibaksi. Ainoa mameshiboja Japanissa rekisteröivä järjestö on The Kennel Club of Japan (KCJ), jota ei tule sekoittaa FCI:n alaiseen Japan Kennel Clubiin (JKC).

Miten mameshiba eroaa geneettisesti tavallisesta shibasta?

Tämän blogipostauksen varsinainen aihe on uusi tutkimusjulkaisu, jossa on vertailtu mameshibojen ja normikokoisten shibojen genomeja. Lähtökohtana on ollut oletus, että mameshiba on sinänsä rotupuhdas shiba, jolloin eroavaisuudet geeneissä voisivat selittää nimenomaan kokoeroa. Huomioita tutkimuksesta:

• Tutkimus on kiinalais-kanadalainen yhteistyö, ja julkaistu Frontiers in Genetics -tiedelehdessä, joka on ok-tasoinen lehti (vaikuttavuuskerroin neljän pintaan).

• Tutkimuksessa mameshibaa kutsutaan omaksi alkuperäisrodukseen, mikä käy ilmi jo otsikosta ”Whole Genome Sequencing Reveals Signatures for Artificial Selection for Different Sizes in Japanese Primitive Dog Breeds”. Lukiessa tulee muutenkin vaikutelma, etteivät tutkijat ehkä ole olleet järin kiinnostuneita koirista tai roduista – kiinnostavaa on ollut shiban ja mameshiban kokoero, josta todella saa hyvän tutkimusidean kokogeenien etsintään.

• Tutkimuksessa on otettu verinäytteet 59 normishibasta ja 35 mameshibasta. Näistä on sekvensoitu perimät (=selvitetty DNA:n emäsjärjestyksen kirjaimet) ja etsitty selkeitä eroja normishibojen ja mameshibojen välillä. Selkeä ero = jokin versio tietystä perimän kohdasta on rikastunut ja yleistynyt mameshiboissa jalostusvalinnan takia. Tuloksia on analysoitu useilla populaatiogenetiikan työkaluilla, jotka menevät tässä yli aiheen ja bloginpitäjän arviointikyvyn. Tutkimus on läpäissyt asiantuntijoiden vertaisarvioinnin hyvään lehteen, joten pitäkäämme geenituloksia luotettavina. Vakuuttavuutta lisää useiden eri analyysimenetelmien rinnakkainen käyttö.

• Selkeitä eroja on todella löytynyt 12 perimäalueelta. Toisin sanoen tämä tutkimus on havainnut (jalostus)valintaan viittaavia alueita DNA:ssa, joissa tietynlainen versio on alkanut yleistyä mameshiboissa verrattuna normishiboihin. Kuvittele, että kasvattaisit pelkkiä bläkkärishiboja valtavalla koiramäärällä – tällöin mustien jalostuskoirien suosiminen aiheuttaisi tietenkin sen, että koirissasi alkaisi yleistyä mustan värin aikaansaava geeniversio. Sama on tapahtunut pienten mameshibojen kasvatuksessa, paitsi että kokoon vaikuttaa useampi kuin yksi geeni.

• Tutkimustapa ei ole ”geenintarkka”, mutta koiran perimän tietokannasta voidaan katsoa näitä alueita tarkemmin.

• Havaituille perimäalueille osuu yhteensä yhdeksän tunnettua geeniä, joista vain yksi (PRDM16) on aikaisemmin yhdistetty kokovaihteluun nisäkkäillä mutta ei vielä koirilla.

• Jo aiemmin tunnetuista ”koirien kokogeeneistä” tutkimus havaitsi kolme mätsäävää perimäaluetta (joilta löytyvät geenit IGF1, SMAD2 ja LCORL, tuttuja MyDogDNA-profiileista), mutta ero ei ollut näiden osalta yhtä selkeä (ts. vain kaksi kolmesta analyysimenetelmästä havaitsi ne). Tulkinta: nämäkin geenit voivat selittää mameshiban pienuutta, mutta niiden vaikutus ei ole ollut ratkaiseva.

Lyhyt versio: tutkimuksessa löydettiin merkkejä geneettisistä jalostusvalintaeroista normishiban ja mameshiban välillä. Erot saattavat liittyä yhdeksään tunnettuun geeniin, joita voidaan pitää nyt uusina ehdokkaina koirien kokogeeneiksi. Tarkempia lisätutkimuksia näistä geeneistä on todennäköisesti tulossa lähivuosina. Populaatiogenetiikkaan perehtyneiden kannattaa tarkastella enemmän raakadataa. Tutkimuksessa ei ainakaan suoraan mainita, että mikään mameshiboissa selkeästi yleisempi perimän versio (eli oletettu kokogeenimuoto) löytyisi vain mameshiboilta mutta ei lainkaan normishiboilta. Koska mameshiban pienikokoisuus voi hyvinkin piillä useissa eri geeneissä, tavallisen kokoisille shiboille tuskin syntyy pennuksi varsinaista mameshibaa, ja poikkeava koko selittyy ennemmin kasvuhäiriöllä tai sairaudella.

Lähteitä ja luettavaa

Whole Genome Sequencing Reveals Signatures for Artificial Selection for Different Sizes in Japanese Primitive Dog Breeds (Lyu ym., 2021) https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34335687/

0

0