Siirry sisältöön

Muutoksia shiban värigenetiikkaan?


Shiban kolme perusväriä, punainen, seesami ja black & tan, määräytyvät A-lokuksen (ASIP) perusteella. Näitä värejä vastaavia geenimuotoja on kutsuttu nimillä Ay, aw ja at. Geenitestissä Ay ja at erottuvat tiettyjen mutaatioiden perusteella. Aw:llä ei ole omaa mutaatiota, joten se "tunnistetaan" rajaamalla muut vaihtoehdot pois. Punaseesamin värityksen oletettua geenimuotoa Ays ei ole geenitestillä pystytty erottamaan punaisen Ay-geenimuodosta. Uusien tutkimusjulkaisujen myötä on herännyt epäilys, että kyseiset mutaatiot olisivat ainoastaan sattumalta löytyneitä markkerimutaatioita, eli ne eivät saisi aikaan eroja geenimuotojen toiminnassa.

"Luovuta jo! Meidän väri on ja pysyy samana, vaikka geenit on melkein eri."

Uusi tutkimus koiran värigenetiikasta

Uudessa tutkimuksessa koirien A-lokuksesta on tunnistettu uusia säätelyelementtejä, jotka selittävät loogisesti myös sen, miksi punakeltainen tai musta pigmenttiväri ilmestyy koiran turkissa sinne minne ilmestyy. Säätelyelementit sijaitsevat A-lokuksen promoottorialueella, eli sillä alueella, joka määrää, milloin ja missä soluissa geeni kytkeytyy päälle. Kun A-lokus on "on-asennossa", karvaan pakataan punakeltaista pigmenttiä. Kun A-lokus on "off-asennossa", karvaan pakataan mustaa pigmenttiä. Huom! Valkoisen shiban kohdalla väriin vaikuttaa toinenkin lokus, mitä ei käsitellä tässä.

Näkemiin aw, tervetuloa VP2HCP2?

Uusia säätelyelementtejä on kaksi: ventraalipromoottori eli VP ("vatsapuolen promoottori") ja hair cycle promoter eli HCP ("karvankasvun syklin promoottori"). VP:stä on löydetty kaksi erilaista versiota, HCP:stä viisi. Numeroinniltaan ykköset toimivat A-lokuksen aktivoinnissa täysillä, kakkoset puoliteholla ja kolmoset, neloset ja vitoset eivät ollenkaan. Näiden versioiden yhdistelmästä riippuu se, miten tehokkaasti A-lokus kytkeytyy päälle. Sekä VP että HCP sijaitsevat siis peräkkäin samassa A-lokuksessa: A-lokuksen geenimuotoja (alleeleja) ovat säätelyelementtien suhteen esimerkiksi VP1+HCP1 (vastaisi Ay-geenimuotoa) ja VP2+HCP2 (vastaisi aw-geenimuotoa).

Merkittävin ero nykyiseen A-lokuksen värijärjestelmään on geneettinen ero puhtaan soopelin ja varjostuneen soopelin välillä. Aiemmin geenitestin tulos on ollut molemmille Ay. On mahdollista, että shiballa punaseesami/Ay-seesami väritys vastaisi muiden rotujen varjostunutta soopelia. Tutkijat ovat ehdottaneet A-lokuksen osalta seuraavaa jakoa eri väreihin:

Värityksen nimi VP-versio+HCP-versioEsimerkkirotu
Dominantti keltainenVP1HCP1Basenji
Varjostunut keltainenVP2HCP1Collie
AgoutiVP2HCP2Keeshond
Musta satulakuvioVP1HCP4Beagle
MustaselkäisyysVP2HCP3,4 tai 5Rottweiler
Uusia värigenetiikan termejä A-lokuksen osalta? Värit ovat dominanssijärjestyksessä, ylempänä listalla oleva peittää alemman vaikutuksen.

Entäs shibat?

Hyviä uutisia. Tutkimuksessa on analysoitu myös yksi shiba. 😀 Kyseessä on ollut bläkkäriä kantava punainen, joka on luokiteltu dominantiksi keltaiseksi. Sen A-lokuksesta on löydetty geenimuodot VP1HCP1 ja VP2HCP3. Tämä käy järkeen. Jos uusi luokittelu pitää paikkansa, voisivat shibat olla perusväreiltään ja genotyypeiltään:

Shiban väriA-lokuksen genotyyppi?Vastaisi
PunainenVP1HCP1/VP1HCP1
VP1HCP1/VP2HCP1
VP1HCP1/VP2HCP3
VP1HCP1/VP2HCP1?
AyAy
Ayaw
Ayat
AyAy?
Punainen sashige?VP1HCP1/VP2HCP3?Ayat?
Seesami (Ay)?VP2HCP1/VP2HCP1?
VP2HCP1/VP2HCP2?
VP2HCP1/VP2HCP3?
AyAy?
Ayaw?
Ayat?
Seesami (aw)VP2HCP2/VP2HCP2
VP2HCP2/VP2HCP3
awaw
awat
Black & tanVP2HCP3/VP2HCP3atat
Jos A-lokuksen säätelyalueet selittävät todella shiban värit, olisivat genotyypit eri väreissä oletettavasti tällaisia. Rodun geenipoolissa esiintyy yhden testatun shiban perusteella
ainakin geenimuotoja VP1HCP1 ja VP2HCP3.

Shiballa uusi värisysteemi voisi selittää punaseesamin ja sashigen eron, mikäli Ay-tyypin punaseesami edustaisi harvinaista "varjostunutta keltaista" (VP2HCP1) ja sashige "dominoivassa keltaisessa" ehkä esiintyvää vähäistä varjostusta silloin kun koira kantaa "mustaselkäisyyttä". Tällöin kahden Ay-seesamin yhdistelmästä voisi syntyä Ay-seesami, joka olisi perinteisessä geenitestissä muotoa AyAy. Tällaisia ei tiettävästi ole koskaan löytynyt, mutta harvassa ovat myös kahden Ay-seesamin (tai sellaisen kantajan) yhdistelmät. Taulukon kaataisi myös punainen pentu, joka syntyisi Ay-seesamin ja bläkkärin/aw-seesamin yhdistelmästä ELLEI asiaan vaikuta ratkaisevasti E-lokus. E-lokusta ei ole pohdittu tutkimuksessa. Sen sijaan Ay-seesamivärin periytyminen piilossa punaisissa shiboissa ja pomppaaminen ajoittain esiin saisi selityksen.

"Tiikeriraitojeni salaisuus? Tiedän, mutta en kerro."

Tutkimus on nyt läpäissyt vertaisarvioinnin ja julkaistu, joten jotkin kaupalliset geenitestilaboratoriot ottavat varsin todennäköisesti uudet A-lokuksen geenimuodot pian mukaan testipaneeliin. Shibojen (etenkin Ay-seesamien!) massatestausta odotellessa.

Shibojen fenotyyppivärien perinteiset nimet punainen, seesami ja bläkkäri pysyvät muuten ennallaan, vaikka genetiikan termit päivittyisivät. Myös genetiikan tuntemus päivittyy jatkuvasti, eikä geenien toiminnasta tiedetä vielä läheskään kaikkea.

Lähteitä ja luettavaa:

Dog color patterns explained by modular promoters of ancient canid origin (Bannasch ym., 2021).

4 thoughts on “Muutoksia shiban värigenetiikkaan?

    1. Satu

      Joo, saivat sen läpi! Pitää katsoa mitä muutoksia on tullut. Shiboja ei ainakaan ollut viimeksi tuossa taulukossa (tai itse asiassa en ollut varma oliko punainen pystykorva hiukan pitkäkarvaisempi shiba :'D) - kaiken järjen mukaan niitä on nyt analysoitu enemmän kuin yksi. Venäjällä vissiin on jo joku labra joka testaa näitä kaupallisesti - kysyn ainoan tuntemani Ays-seesamin omistajalta, kiinnostaisiko pioneeritestaus.
      Satu

      Vastaa
      1. Emma

        Supplementtidatassa on näköjään vaan yksi testattu shiba (dominant yellow eli punainen?) tuloksella VP1-HCP1/VP2-HCP3.

        Vastaa
        1. Satu

          Se on sama mustaa kantava punanen shiba kuin aiemmin eli tuo bläkkäri on laitettu kuvaan sillä oletuksella että se on VP2-HCP3/VP2-HCP3, ellei ole jotain uutta data not shown -materiaalia. 😀 No, niinhän se varmaan onkin. Kerro mulle jos ikinä bongaat mistään poskisolunäytteiden geenilabrasta, että testaavat jo näitä.
          Satu

          Vastaa

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.