Kolmas geneettinen seesamiväri japanilaisroduissa?
Jo ratkenneelta näyttänyt seesamimysteeri on TAAS täällä. Syy: kishunkoirat. Monet seesamikishut on omaan silmääni epämääräisellä tavalla erilaisia kuin kumpikaan seesamityyppi shibassa. Oon kuitannut asian rotukohtaisena vaihteluna, mutta myös kishunkoirien A-lokuksen tulokset Embarkin tietokannassa on osittain järjettömän näkösiä. Shibojen seesamit on nykyään geenitestissä selkeitä, punaseesami SY (vanha Ays) ja mustaseesami AG (vanha aw).
Seesamikishut saattavat olla vihje siitä, että A-lokuksessa piileksii edelleen ainakin yksi tuntematon väritys. Eräs amerikkalainen kishukasvattaja FB:n värigenetiikkaryhmässä on erittäin ansiokkaasti perehtynyt asiaan ja geenitestannut koiriaan sekä vanhalla että uudella testitavalla. Mielenkiintoisin havainto on ollut, että tietynväriset seesamikishut eivät saa uudessa DY/SY/AG jne. testissä testitulosta tulosraporttiinsa. Ilmiö on toistuva.
Mikä saattaa selittyä sillä, että näiden kishujen todellinen tulos olisi hypoteettinen ”satulakuvioagouti” – se promoottoriyhdistelmä*, joka DY/SY/AG-väritestin esitelleestä geenitutkimuksesta puuttui.
En muistanut koko asiaa, mutta nyt kun luin tutkimuksen uudestaan, niin jopa näyttää epäilyttävältä, ettei sellaista siellä ole. Joko promoottorikombo olisi tuntemattomasta syystä koirilla mahdoton, tai sitten tutkimukseen ei vaan osunut yhtäkään sellaista koiraa. ”Ei ole olemassa jotain” on tieteessä aina vähän pulmallinen todistettava.
Oon varma, että myös joku väritutkimusryhmä on jo tarttunut tähän ja julkaisee aiheesta paperin. Sen jälkeen kaikki kaupalliset geenitestipalvelut voivat kehittää testin valikoimaansa. Itelleni pelkkä sana ”satulakuvioagouti” aiheutti sen, että lamppu syttyi ja palaset loksahtivat kohdilleen. Vitsi se oli hyvä hetki : D Koska tämä helkkarin Yuri/Yuwa shibahistoriasta saisi viimein selityksen. Se on seesami mutta ei näytä nykyisten shibojen punaseesamilta eikä mustaseesamilta… koska ei ehkä ole ollut geneettisesti kumpikaan niistä.
Eli pienissä japanilaiskoirissa on aikoinaan voinut olla tätä kolmatta seesamilajiketta. Mistä ekstrapoloiden, voisiko se liittyä sashige-shiboihin. Tai siihen, että mulla on joskus hankaluuksia erottaa shikokunkoirista, kumpaako shibaseesamia ne edustavat. Jäämme odottamaan lisätietoja.
*A-lokuksen perusvärien geenitestaus meni pari vuotta sitten kokonaan uusiksi. Ne yksittäiset markkerimutaatiot (Ay, at, jne.) ei nykytiedon valossa selitä geenin toimintaa tai värien muodostumista. Sen tekee geenin alussa olevat promoottorit eli ”kytkimet”, joita on kaksi peräkkäistä, VP ja HCP. Kummastakin on erilaisia versioita (TÄYSTEHO/PUOLITEHO/POIS PÄÄLTÄ) ja niistä vielä eri värisissä koirissa erilaisia yhdistelmiä. Se tutkimuksesta puuttunut kytkinyhdistelmä on VP2HCP1. Tutkimus: Dog colour patterns explained by modular promoters of ancient canid origin (Bannasch ym., 2021)
FB:n ryhmä Coat color and Genetics –> hakusana kishu –> löytyy upea taulukko ja tietoa kishujen feno/genotyypeistä. Ja jos omistat värillisen kishunkoiran, niin sen A-lokuksen tulos vanhalla ja etenkin uudella testitavalla voi olla arvokasta tietoa: https://vgl.ucdavis.edu/test/agouti-dog
Related Posts
Allergiageenit – onko niitä? Osa 2
Allergiarodut – onko mitään tehtävissä? Osa 1
Saksanpaimenkoirissa on hyvin samannäköisiä koiria kuin nuo kishut. En yhtään ihmettelisi jos kummatkin olisivat satulakuvioagouteja. Osalla sakemanneista on niin ”rakeiset” satulat ilman domino piirteitä etten keksi niille parempaa selitystä.
Joo, mitä nopeasti katoin niin sitä epäillään olevan muutamissa muissakin roduissa. Muistanko oikein että sakut sai vanhalla testaustavalla myös epämääräisiä tuloksia? Jokin rotu oli geenitesteissä aw (eli ei tulosta) vaikka näytti aivan muulta. Kiinnostavaa nähdä miten nopeasti tämä saadaan napattua kiinni.
Joo, sakemanneilla oli vanhassa testissä omankin muistin mukaan jotain hassua. Varmaan osin johtuu siitä että satulakuvioagouti ja perus mustasatula molemmat pyörivät rodussa + RALY. En ole ihan varma onko RALY oikeasti erillinen A-lokuksen satulakuvioista (tästä tuntuu olevan paljon sekaannusta liikkeellä). Ainakin UC Davis käyttää uutta testiä eikä se testaa RALY:ä.
Toki nyt tuntuu kummalliselta sekin ettei niin yleistä perusrotua kuin saksanpaimenkoira olisi ollut mukana tuossa promoottoritutkimuksessa. Tai varmana on ollut mutta että se hypoteettinen promoottoriyhdistelmä on silti jäänyt noteeraamatta. Onko se niissä sitten harvinaisempi kuvio? Ja tuo RALY on ollut minusta aina jotenkin tosi epäilyttävä! Toimiko se lopulta luotettavasti millään muulla rodulla kuin corgilla joista alkuperäinen tutkimus oli… shiboilla ei ainakaan.
Pikavilkaisulla näyttää siltä että satulakuvioagouti on harvinaisempi kuin mustasatula, mutta se saattaa johtua siitä että näyttelylinjoissa tummat satulat ovat suositumpia ja valitaan helpommin jatkamaan sukua. Työlinjaisissa kumpaakaan satulaa ei usein näe. Satulakuvioagouti vaikuttaa kuitenkin olevan sakemanneilla yleisempi kuin esim. merkkari. Toivottavasti RALY asiaan saadaan jossain kohtaa selvyys. Itselle se on aiheuttanut pään vaivaa tämän tästä.
Nyt muistuu mieleen. ”Working lines”:seissa oli niitä erikoisempia, ja näyttelyissä käy susikoira roit. Kävin kattomassa uudelleen tuon promoottoritutkimuksen materiaalin, ja on siellä ollut 12 saksanpaimenkoiran edustus. Enemmistö mustasatulaa, muutamia agouteja ja kaksi mustaselkää. Kuvataulukossa on myös useampi erilainen saku. Ja (nyt muistui tämäkin mieleen) mustaselkärivissä bläkkärishiban näköinen, vaikka aineistossa on testattu vain yksi punainen Shiba Inu. Onkohan nuo kaikki agoutirivin edustajat olleet niitä, jotka myös testautuu agouteiksi. Todella paljon on omaan silmään variaatiota.
Agouti on siitä hankala että sen ilmiasu muokkautuu kovasti sen mukaan onko koira heterozygootti vai homozygootti, minkälainen on karvan pituus ja rakenne, punaisen pigmentin sävy, kuinka pitkiä eri värialueet ovat yksittäisessä karvassa yms. Sitten jos laitetaan joukkoon vielä maski tai domino niin pakka sekoittuu entisestään. Ja sitten on vielä varjostuneita punaisia joilla on agouti piirteitä sekä tuo satulakuvioagouti lisähaasteena niiden oikeiden agoutien tunnistamiselle silmämääräisesti.
Ajattelin joskus että ONNEKSI japanilaisroduissa ei ole dominoa sotkemassa, ja sitten tuli vastaan tämä myyttinen sudenharmaa hokkaidonkoiran väritys, ja aloin ajatella että onko sittenkin. Agoutin näkyvä monimuotoisuus käy toisaalta järkeen jos se on kirjaimellisesti se villityyppi. Tuskin yksi ja sama on optimaalinen kaikille.