Siirry sisältöön

Julkaistu Kommentoi Mitä tietoa shiban toistojaksoista voi saada irti?

Viikonlopun bonuksena pieni genetiikka-annos. Tutkitaan VGL-geenilaboratorion monimuotoisuustestin toistojaksoja.

Koiralla on arviolta 19 000 geeniä, joten on epätodennäköistä, että juuri nämä testiin valitut toistojaksot olisivat markkereita geenialueelle, jolla sijaitsee jokin samanperintäinen geenivirhe. Silti. Kun tällainen geenitason tutkimustulos nyt on olemassa, niin katotaan sitä tarkemmin.

Jos Entsyymin geenitestipaneelista poimitaan sukusolujen geeniloton takia samanperintäisiksi muuttuneet toistojaksot, jää jäljelle rinkuloidut:

...mikä on hieman creepyä, koska tuossa olisi mun vakiolottorivillä 4 oikein.

Sitten mennään geenilabran shibatietokannasta katsomaan, miten yleisiä tai harvinaisia rodussa on nuo Tsyymin versiot. Tällä hetkellä versioiden yleisyydet perustuvat 159 testattuun shibaan. Testissä ei muuten mitenkään varmennettu sitä, että lähetetty näyte on puhdasrotuisesta shiba inusta. On käynyt mielessä, että mahtaako ne kaikkein heterotsygoottisimmat yksilöt olla jenkkien takapihakasvatuksen koiria, joissa on ollut mukana ns. uutta verta. Statsisivu löytyy täältä: https://vgl.ucdavis.edu/canine-genetic-diversity/shiba-inu/stats

2 (AHT137) 145/145 0.101
6 (AHTk211) 91/91 0.343
7 (AHTk253) 292/292 0.097
8 (C22.279) 120/120 0.217
18 (REN162C04) 210/210 0.352
21 (REN247M23) 270/270 0.531
22 (REN54P11) 238/238 0.198
29 (VGL2009) 15/15 0.085

Suluissa on toistojaksojen viralliset nimet, joita tarvitaan kohta. Perässä on kunkin version yleisyyslukema tutkituissa shiboissa. Maksimi olisi 1.000, jolloin kaikilla shiboilla olisi kyseinen versio tuplana, eikä muita versioita olisi lainkaan. Koska shiboja on mukana 159 ja jokaisella on 2 kpl jokaista toistojaksoa, tarkottaisi yhdestä shibasta vain yhtenä kopiona löytynyt versio yleisyyttä 1 (159 x 2) = 0.003. Muutamia tuollaisia taulukossa todella näkyy. Jos yleisyyslukema on 0.1:n pintaan, niin versiota on löytynyt 8-16 shibalta. Koska Tsyymin harvinaisimmat markkerit kiinnostaa (joskin näidenkin yleisyys on mielestäni liiallinen), niin valitaan jatkoon nuo kolme boldattua toistojaksoa:

AHT137

AHTk253

VGL2009

Missä te sijaitsette koiran genomissa ja onko aivan naapurissanne jotain tunnettuja geenejä? Kirjoitan tätä on the go, joten en itekään vielä tiedä, miten juttu etenee.

No niin, löytyi taustatietoa geenitestin markkereille. Kyseessä on International Society for Animal Geneticsin (ISAG) suosittelema testipaneeli koirien polveutumismäärityksiin. Lisäksi VGL-nimiset markkerit on labran omia, uudempia markkereita. Tsyymin kaks kiinnostavaa ahtimarkkeria on listattu. Nyt selvisi, että ne sijaitsevat koiran kromosomeissa (Canis FAmiliaris) numero 23 ja 11. Mutta löytyykö tarkempaa sijaintia...

PubMedin alaosioista löytyi koiran genomi interaktiivisessa muodossa. Nyt kun tiietään, mistä kromosomeista hakea, niin...

Niin ei löydy vielä mitään. Joko markkereiden lokuksia ei ole merkitty tuonne tai ne on siellä jollain muulla nimellä. Katsotaan saataisiinko muualta selville tarkempi numerollinen "osoite" noille markkereille. Tuo genomihäkkyrä näyttää kauhistuttavan sekavalta.

Vaihdetaan lähestymistapaa. Aikasemmassa taulukossa oli muutakin arvokasta tietoa kuin kromosomien nimet. Nimittäin alukesekvenssit. Markkerin lähellä DNA:n kirjaimet on nuo, mitä forward sequence -sarakkeessa lukee. Netistä löytyy hauska työkalu nimeltä BLAST, jota kuka tahansa voi käyttää. Jos löydät jostain pätkän DNA:ta tai proteiinia ja haluat tietää, mistä eliöstä se on peräisin, niin heität sekvenssin tänne ja painat "Blast!"

Käskin sen etsiä koiran geeneistä, ettei haku kestäisi liian pitkään. Ja mitä löytyi...

Täydellinen mätsi kromosomista 11 kuten pitikin! Nyt tiiämme markkerin summittaisen sijainnin kromosomissa: 2743998. Tätä pitäisi voida hakea äskeisessä genomiselaimessa. Samalla paikkatiedolla löytyy kuitenkin ihan eri sekvenssi. Genomiselaimen DNA on vissiin Tasha-bokserin referenssigenomi, ja tämä on ollut labbis. MUTTA, selvisi samalla, että referenssigenomistakin voi hakea DNA:n kirjaimilla. Täältä löytyi AHT137-markkerin aluke, eli markkerin pitäisi sijaita jompaan kumpaan suuntaan tuosta. Mä en tiedä, että kumpaan, joten huomioidaan molemmat suunnat.

Zoomataan etemmäs ja katotaan, asuuko naapurustossa tunnettuja geenejä.

Onhan niitä. En tiiä, miten kaukana markkerista joku geeni voi vielä sijaita, että se periytyy sukusolujen muodostuessa yhessä markkerin kanssa eikä crossing over -ilmiö erota niitä toisistaan. Varmaan ainakin tuon alarivillä sijaitsevan PROP1-geenin etäisyydellä, koska siitä on tutkimus, jossa mainitaan AHT137-markkerin läheisyys: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10773688/ . Naapurigeenejä:

  • Sammuneita pseudogeenejä.
  • Tuntematonta proteiinia tuottavia tuntemattomia geenejä.
  • Hajureseptorigeeni.
  • CLK4. Aktivaattoriproteiini, saattaa liittyä geeninsäätelyyn. Yhdistetty Fanconin anemiaan.
  • COL23A1. Kollageenin alayksikkö.
  • Äskeinen PROP1. Hormonitoimintaan vaikuttava geeninsäätelyproteiini.
  • Neljä eri sinkkisormiproteiinia. Niissä kaikissa sojottaa sormen näkönen uloke, jossa on aktiivisessa kohdassa sinkkiatomi. Geeninsäätelyproteiineja. Yhdistetään mm. hämäräsokeuteen ja selkärankareumaan.
  • PHYKPL eli 5-fosfohydroksyyli-L-lysiinifosfolyaasi. Kuulostaa hyvältä ja tekee jotain mitokondrioissa.
  • GRM6. Glutamaattireseptori. Liittyy keskushermoston toimintaan.
  • ADAMTS2. Liittyy kollageenin muodostumiseen.

Sama toiselle markkerille AHTk253, välivaiheet skipattu

Naapurigeenejä:

  • EXOG. Proteiini, joka pystyy katkaisemaan DNA:n.
  • ACVR2B. Kasvutekijäreseptori.
  • XYLB. Perusmetabolian entsyymi.
  • Kaksi kanavaproteiinia, joiden kautta aineet pääsevät kalvon läpi.
  • SCN5A. Sydänlihaksen supistumiseen liittyvä ionikanavaproteiini.
  • OXSR1. Hapetusvaurioihin reagoiva säätelyproteiini.
  • MYD88. Immuunijärjestelmän toimintaan liittyvä proteiini.

Ja vielä kolmannelle markkerille VGL2009

Tämän primeri ccatttaccagaatttgaagctg oli kehitetty paperissa Developmental validation of DogFiler, a novel multiplex for canine DNA profiling in forensic casework. Primeri sijaitsee tarkotuksella etempänä varsinaisesta toistojaksosta. Toistojakson sijainniksi on suoraan merkitty 20: 9290711, joten katsotaan, mitä tuon kohdan ympäriltä löytyy.

  • Oksitosiinireseptori.
  • RAD18. Liittyy DNA-vaurioiden korjaamiseen.
  • Mitokondrion energiantuotantokoneiston proteiini.
  • Kaveoliini. Solukalvoproteiini, joka liittyy siihen, miten solu ottaa tavaraa sisäänsä.

Siinä viikonlopun genetiikkabonus. Idea ja mahdollisuudet tuli toivon mukaan esille, analyysistä en mee niin takuuseen.

Julkaistu Kommentoi Työkoiria ja hankalia tilanteita (Kun shiba saapui Suomeen, osa 3)


Uusi akitapainotteinen setti japanilaisrotujen Suomen-valloituksen varhaisvaiheita 70- ja 80-luvuilta. Materiaalina Koiramme-lehti.


Kolumnin kirjoittajan japanilainen kirjeystävä on esitellyt akita-aiheisen postimerkin ja kertonut muutenkin japanilaisesta koiranpidosta. Hän on käyttänyt rotunimessä inun sijaan keniä. Mulle on aina vaan epäselvää, milloin se on inu ja milloin ken. Tiikeri kohtasi kerran japanilaisia turisteja ja oli heille "Shibaken-chan!" Enivei, Suomessa mielikuva akitasta on alkujaan voinut olla kylmiin oloihin sopeutunut työkoira.

Lahden KV-ryhmävoittaja 1985, ruotsalainen akitauros Bjeskas's Chiisai-Okami. Kuuluuko akitan hännän olla noin pitkä?

Myös vuoden 1985 lehdestä, ja eikö tää ole täysin moderni japanilaismallinen akita…? 😮 Siro, ja silmät on aika pyöreät, mutta korvat kaartuvat eteenpäin kupeiksi ja sitä harvemmin muissa kuin japaniroduissa näkee. Mistä kuva on tullut? Jollakulla lännessä on täytynyt olla 80-luvulla japaninakitoja, ja tässä oli ehkä ensimmäinen yleinen kuva semmosesta Suomessa, mainostamassa koirien ripulilääkettä : D Näinköhän kukaan tunnisti rotua.

Shibabonus

Manlötenin Ichiban Shogun kävi myös Suomessa voittamassa ison näyttelyn ryhmän 1985. Suomen ensimmäinen tuontishiba muutama vuosi myöhemmin oli Shogunin pentu.

Aivan erityinen paluu nykyhetkeen

Entsyymin pienet pennut täyttävät ylihuomenna kaksi vuotta. Hyvää syntymäpäivää, Ärri, Kaito ja Elvi. <3

Julkaistu Kommentoi Shiban sisäsiitosprosentti 0 vs. geenitason todellisuus


Hankin Entsyymille tarkemman monimuotoisuustestin VGL Davis -labrasta.


Onkohan shiba taas kerran historiansa aikana liian sisäsiittoinen koirarotu.


Entsyymi, jonka vanhemmat on tuontikoiria eri maista ja eri maanosista ja paperilla täysin eri sukuja ainakin kuuden sukupolven tunnettujen koirien päähän, on silti geenitestin perusteella käsittämättömän samanperintäinen. Tuollainen tulos vastaa ei-sisäsiittoisilla kyläkoirilla sitä, että emo ja isä on täyssisarukset. Sisko ja veli. Vanhemmat voi olla kumpikin ite vaikka täysin eriperintäisiä mutta silti keskenään "puoliksi samanlaisia". Tyypillisesti aikasempien vuosikymmenten matadoruroksien vaikutuksen takia. Sitten jälkeläinen onnistuu perimään just ne samanlaiset geenit molemmilta, kun puolet vanhempien geeneistä on arvottu sukusoluihin.


Miltä ne KoiraNetin oranssilla tavalla sisäsiittoiset shibat jo pahimmillaan näyttää? Entsyymi on taatusti isänsä tytär, enkä mä pidä realistisena sitäkään, että aikasemmissa lähisukupolvissa ois vääriä polveutumisia tai joku puuttuvista esivanhemmista molemmin puolin. Vaikka melkein toivoisin että olisi. Käppyrän punainen viiva näyttää ilmeisesti kaikkien testin olemassaolon aikana testattujen shibojen sisäsiittoisuuden jakauman. En ole varma, miten tuo on skaalattu (ainakaan nolla ei voi tarkottaa 0% sisäsiittoisuutta). Ehkä nykyisin testattavat nuoret koirat alkaa saada väistämättä "most inbred"-pään tuloksia sitä mukaa kun se kanta kerran väistämättä sukulaistuu.


STR-taulukossa on mitattu emolta ja isältä perittyjen toistojaksojen pituuksia. Toistojaksot ei ole geenejä mutta niitä on helppo tutkia ja niiden perusteella voi päätellä jotain geeneistä. Rankasti yksinkertaistettu idea: jokainen shiba-rodun kantakoira/matadoruros on jättänyt rotuun tietyn pituiset toistojaksot. Sekä muut geeninsä. Jos nykyinen shiba on perinyt saman pituisen toistojakson sekä emon että isän kautta, niin sitten se on voinut periä tuplana myös jonkin geenin tältä kantakoiralta/matadorilta. Just sillä tavalla kaikista pienistä japanilaiskoirista sata vuotta sitten tehtiin shiban näkösiä, kun rotua alettiin ekaa kertaa ulkomuotojalostaa. Hienompi termi tälle oli rotutyypin vakiinnuttaminen. Mutta samalla ongelmana on tuplana perityt huonot geenit, koska niidenkin vaikutus tulee sillon herkemmin näkyviin.


Sukupuusta lasketun sisäsiitosprosentin määritelmä: laskennallinen todennäköisyys, että koira on perinyt jonkin esivanhempansa geenin (tai toistojakson) tuplana sekä emon että isän kautta. Entsyymillä nolla prosenttia, aivan kuten geenitestissä ei näy. Onko noilla 4-6 sukupolven sisäsiitosprosenteilla enää mitään merkitystä, jos koirat alkaa kuitenkin oikeasti olla yhtä ja samaa. Koujinryuun ja Gomaryuun tiivistävää vaikutusta ootellessa hatunnosto niille, jotka vielä jaksaa ja tohtii pitemmällä tähtäimellä yrittää.

Immuunijärjestelmän DLA-geenialuetta. Tän pitäisi olla nisäkkään monimuotoisin geenialue. Haplotype 1 on peritty toiselta vanhemmalta ja haplotype 2 toiselta. Mä oon alkanut miettiä, voisko nuo 1054 ja 2106 olla shiballa jotain riskiversioita allergioille. Kolmasosalla kaikista shiboista on nuo. Myös Tiikerillä. Tsyymi ei vielä kutise ja on yli atopian pahimman riski-iän mutta ihan samaa mä sanoin viimeksi liian aikaisin Tikrusta.


Ai niin, nuo 1054 ja 2106 on labran omia koodeja. Ne näyttää diplomissa selkeämmiltä kuin joku DLQ-DBR 2678:24589:120 mutta niistä on turha yrittää ettiä tutkimustietoa. En edelleenkään tiiä avataanko koodausta jossain.


Vaikka tulos oli shibojen kannalta aika karsea, niin olin oikeasti dyskinesiajuttujen ja Entsyymin pentujen takia iloinen että nimenomaan Tsyymi on geenitestissä näin samanperintäinen. Vaikka sukupuu näyttää ulkosiitetyltä niin uskon taas siihen, että jokin resessiivinen periytymistapa voi myös selittää sen. Dyskinesia ei alkujärkytyksen jälkeen ole vaikuttanut elämään mitenkään, koska kohtauksia ei ole enää näkynyt. Mutta kukaan ei vielä tiedä, miten se pitemmän päälle käyttäytyy.

Tl;dr: Shiba-rotu on niin sisäsiittoinen, että KoiraNetin sukutaulun perusteella täysin ei-sukulaiset shibavanhemmat voi olla geenitasolla kuin sisko ja veli.

Kierrätyskuva, mutta sopii hyvin aiheeseen. Mä olen aivan varma, että Entsyymin geneettisen koostumuksen voisi osittain jäljittää 1950-luvun Hama Go -kantashibaan. Tämähän se rotujen alkuperäinen idea on, vaikka nykyisin puhutaan lähes pelkästään huonoista geeneistä.


Jos oman shiban monimuotoisuus tai mahdollinen geneettinen harvinaisuus kiinnostaa, niin VGL-laboratorion monimuotoisuuskartoituksen ja poskisolunäytteen testiharjat voi tilata noin 80 dollarilla täältä: https://vgl.ucdavis.edu/. Sivustolle pitää rekisteröityä. Poskisolunäyte on kuin huulen ja ikenen välistä otettava koronatesti. Varmimmin harjoihin tarttuu riittävästi soluja, jos näytteen ottaa eläinlääkäri samalla kun koira on muutenkin rauhoitettu.


Tärkeää asiaa näytteen postituksesta Yhdysvaltoihin


Biologista materiaalia sisältävät näyteharjat pitää lähettää tavarakirjeenä postitoimipisteessä. Postilaatikkoon jätettynä tulee kuulema bumerangina takaisin. Syy: USA:n tulli. Näyteharjojen mukana tullut infolappu pitää täyttää ja teipata kirjekuoren toiselle puolelle. Kirje myös rekisteröidään sähköisesti USA:n tullia varten ja siihen liimataan viivakoodilipuke. Omalle kirjeelleni tuli postimaksua 5 euroa. Tullausjutut ei maksa mitään. Labran osoitteen postinumero on sitten niin erikoinen että sitä ei löytynyt postitoimiston tietokoneelta vaan piti syöttää se manuaalisesti. Laitoin sisällöksi "Other" ja "Dog DNA sample" ja arvoksi 0. Sain kuittauksen näytteen saapumisesta perille 9 päivää postituksesta, ja sen jälkeen tulokset ilmestyivät sähköpostiin 12 päivässä.

Julkaistu Kommentoi Shibojen geenipoolin kummajainen? SMOC2-variantti

Entsyymin lohjennut hammas innoitti penkomaan lisää sen erikoisesta geenitestituloksesta. Kun testautin Tsyymin geenit aikoinaan MyDogDNA:lla, ilmestyi raporttiin mitä omituisin tulos.

Testin mukaan mun kaunis, siro shibani on lyttykuonoisuuden SMOC2-geenivariantin kantaja xD

Shiba nyt on vihonviimeinen rotu, jossa odottaisin moista näkeväni, ja puikkokuonoinen Entsyymi kaikkein vähiten. Mitä ihmettä geenitesti on tunnistanut, ja jos testitulos on todellinen, niin voiko asialla olla shiboille jotain merkitystä?

Ja minkälainen on homotsygootti SMOC2-shiba? Jos rodussa oikeasti esiintyy tuota varianttia, niin homotsygoottejakin voi olla olemassa. Tuskin ne lyttynaamoja sentään on, mutta heräsi ajatus, että voisiko kuonon luuston osa nimeltä hampaisto liittyä asiaan. Seuraa villiä spekulointia.

"Lyttynaamageeni" SMOC2

Brakyrodut ja SMOC2:n yhdistänyt tutkimusjulkaisu on vuodelta 2017. Muistan, että siitä kohistiin hetken ja popularisoinnit otsikoitiin, että nyt selvisi mikä tekee mopsista mopsin. Tutkimuksen otsikko on Canine Brachycephaly Is Associated with a Retrotransposon-Mediated Missplicing of SMOC2. Huomaa tieteen vakioilmaisu "associated with" ja sen merkitys.

Tutkimuksessa on mittailtu eri rotujen kalloja ja tarkasteltu niiden genomeja. (Hyppäys teknisten yksityiskohtien yli.) Monia lyhytkalloisia koiria on yhdistänyt se, että niiden SMOC2-geenistä on löytynyt ylimääräinen osa. Keskelle geeniä on pamahtanut palanen hyppivää geeniä, eli tuo tutkimuksen otsikossa mainittu retrotransposoni. Merle-värin yhteydessä on blogissa aiemmin puhuttu hyppivistä geeneistä.

Ja laboratoriokokeissa on todettu, että mutaation takia geenistä valmistuu ehjää lähetti-RNA:ta paljon vähemmän. Lähetti-RNA on se rakennusohje proteiinille, välivaihe geenin ja sen koodittaman proteiinin välillä. Tutkimuksessa ei mitattu, väheneekö myös SMOC2-proteiinin määrä eikä tutkittu, kasvaako lyttykuonoiselle rodun pennulle kuono, jos SMOC2-geenin mutaatio korjataan. Mutta kyllähän lähetti-RNA:n määrästäkin voi jotain päätellä. Lisäksi mutaation vaikutus näytti kertyvän, eli lyhytkuonoisimmat oli homotsygootteja ja hiukan lyhenneet kuonot heterotsygootteja.

SMOC2-variantti normikuonoisilla harvinainen mutta ei mahdoton

Tutkimuksessa oli mukana lähes 500 koiraa, sekä rotuja että monirotuisia. Rodut ei sinänsä merkinneet vaan kaikkien koirien päät mitattiin erikseen. SMOC2-variantin yleisyys eri pituisillla kuonoilla (0.0 = keskipituinen kuono) näytti tältä. Pylväiden korkeus kuvaa sitä, miten monella koiralla, jolla tietyn pituinen kuono, on ollut SMOC2-variantti. Valkoiset on mutaatiovariantista vapaita, harmailla on se heterotsygoottisena vain toisessa vastinkromosomissa, ja mustilla on pelkkää mutaatiovarianttia. Shiboja ei osunut mukaan tutkimukseen, mutta normikuonoiset tai vähän pitempikuonoisetkin koirat on voineet olla kantajia. Eli ei ole mahdoton ajatus, että shiban kaltaisella koiralla voisi oikeasti olla tuota SMOC2-varianttia. Tekeekö se niille mitään, se on sitten eri juttu. Käppyrässä lähes keskikohdassa näyttää olevan yksi "musta" koira. Geenit ja biologia on monesti tämmösiä.

"SMOC2-variantti selittää niin ja niin monta prosenttia lyttynaamaisuudesta." = hienompi numeerinen ilmaisu sille, ettei asia ole yksinkertaisesti joko-tai, kuten taulukon pylväiden väreistäkin näkyy.

Yksityiskohta kuvasta (c) Marchant et al: Canine Brachycephaly Is Associated with a Retrotransposon-Mediated Missplicing of SMOC2. Curr Biol. 2017 Jun 5;27(11):1573-1584.e6. doi: 10.1016/j.cub.2017.04.057. Epub 2017 May 25. PMID: 28552356; PMCID: PMC5462623.

Mitä SMOC2-proteiini tekee?

Sillä on ihan hirveä kokonainen nimi. SMOC2 = SPARC related modular calcium binding 2. Sparcinsukuinen moduulillinen kalsiuminsitoja 2. Se ei työskentele soluissa vaan solujen välisessä tilassa ja liittyy ainakin siihen, miten solut kiinnittyvät kudoksessa ja milloin ne jakaantuvat. Erityisesti SMOC2:sta on rikastunut luuytimen, paksusuolen ja hammasluun kantasoluihin. Koirien lisäksi kaloilla ja ihmisillä on havaittu SMOC2-mutaatioiden yhteys kasvojen luiden kehityksen häiriöihin. Ihmisillä myös hammasongelmiin, ja tämä on nyt se, mihin tietty kiinnitin huomiota, kun puhe on shiboista. Ihmisillä SMOC2 yhdistetään näköjään myös glaukoomaan eli silmänpainetautiin. Kiinnostavaa, koska sitäkin japanilaisilla shiboilla raportoitiin vuosituhannen alussa. SMOC2 on tuollainen "yleisproteiini", josta on paljon tutkimuksia. Poimin tähän ns. kirsikoita shiboille.

Shibojen historiallisen huonot hampaat

Shiba-rodulla on ollut viimeisen sadan vuoden aikana monta geneettistä pullonkaulavaihetta. Joko koiria on ollut olemassa tosi vähän tai ne on sisäsiitoksella ajettu tilanteeseen, jossa melkein kaikilla shiboilla on ollut tyyliin yhdeltä tai kahdelta shibalta lähtöisin olevat geenit. Ja samalla niiden geenivirheet. 60-luvun japanilaisessa koirakirjassa:

Google Lens -käännös joo. Muistan, että yritin kattoa noita käännöksiä niin monella tavalla kuin pystyin. "Alahampaat" = andaashotto = undershot = alapurenta ja hammaspuutokset tulkintani mukaan mainittu. Sitten oli NIPPO:n vuosikirjojen taulukot, joiden perusteella shiboilta kerta kaikkiaan puuttui 70-luvulla hampaat suusta.

Johtuu ehkä kuvasta, mutta oon aina pitänyt Benimarun emon (vasen) leukoja hieman erikoisina.

NIPPO on kuulemma näyttelyissään nykyisin tarkka siitä, että hampaisto on kunnossa. Hammastodistukset ei merkitse mitään, ja irronnut hammas on yhtä paha kuin syntyjään puuttuva hammas. Tekisi mieli ajatella, että koiranäyttelyt on kerrankin edistäneet rodun terveyttä, jos huonojen hampaiden geenit on saatu vähenemään.

Mitä jos tuo SMOC2-variantti on shiboissa todellinen ja ollut aiemmin yleisempi ja ilmennyt purennassa ja hampaissa.

Mistä päädytään siihen, mistä koko juttu inspiroitui: Tsyymin purukalustoon. Siinä missä Tiikerillä on 7-vuotiaana röntgenkuvissakin vahvat ja ehjät hampaat, on Tsyymillä jo 5-vuotiaana kaksi murtunutta hammasta. Ja Tsyymin geeneistä testi tosiaan havaitsi tuon SMOC2-variantin. Tiikerillä sitä ei ole. Otoskoko kaksi shibaa ei tietenkään riitä mihinkään.

Shiban SMOC2-variantti - totta vai tarua?

Jos lyttynaamainen shiba ei jo herätä epäilyksiä, niin pari muuta juttua pitää huomioida. Hauska testitulos on voinut olla false positive, kuten koronan PCR-testistä on voinut saada väärän positiivisen. MyDogDNA näyttäisi olevan edelleen ainoa geenitestifirma, jonka testipaneelissa SMOC2 mainitaan (kohdassa short snout), eli olisiko variantti hankalampi tapaus testauksen kannalta. Toinen, ehkä vielä tärkeämpi asia, on tuo SMOC2-tutkimus itsessään. Se jää mielestäni vähän... kehityskelpoiseksi, mutta kuudessa vuodessa ei silti ole julkaistu aihetta syventäviä jatkotutkimuksia. Ei välttämättä merkitse mitään, mutta herättää itelläni kysymyksiä.

Asiaa olisi yhtä kaikki kiinnostava selvittää enemmän. Onko shiballasi geenitestituloksena lyhytkuonoisuuteen yhdistyvän SMOC2-variantin kantajuus, ja jos on, niin onko sillä puuttuvat tai jotenkin epätavallisen huonot tai herkästi murtuvat hampaat? Tai toisin päin - huonot hampaat mutta ei SMOC2-varianttia geenitestissä?

"Meiltäkin puuttuu nenät. Arvaa johtuuko se geenistä."


Lähteitä ja luettavaa:

Canine Brachycephaly Is Associated with a Retrotransposon-Mediated Missplicing of SMOC2 (Marchant ym., 2017)

Deficiency of the SMOC2 matricellular protein impairs bone healing and produces age-dependent bone loss (Morkmued ym., 2020)

Smoc2 modulates embryonic myelopoiesis during zebrafish development (Mommaerts ym., 2014)

Homozygosity mapping and candidate prioritization identify mutations, missed by whole-exome sequencing, in SMOC2, causing major dental developmental defects (Bloch-Zupan ym., 2011)

The SPARC-related modular calcium binding protein 2 (SMOC2) gene polymorphism in primary glaucoma: a case-control study (Al-Dabbagh ym., 2016)

Julkaistu Kommentoi Suomen ensimmäiset akitat (Kun shiba saapui Suomeen, osa 2)

Iskevämpi otsikko voisi olla vaikka "Salamyhkäiset ninjakoirat nyt keskuudessamme." tai "Akita saapui Suomeen - eikä Koiramme noteerannut mitenkään." Kamala pettymys! Ei tuonti-ilmoitusta, ei rotuesittelyä, ei mitään kommenttia uudesta eksoottisesta rodusta, jota aiemmin on kuvattu majesteetilliseksi ja jonka Hans Lehtinen erikseen mainitsi jonkin saksalaisen koiranäyttelyn yhteydessä. Shibat saivat niin paljon palstatilaa, että jossain vanhemmassa vuosikerrassa on pakko olla juttua japanilaisten kansallisrodusta. Se ei vaan ole tullut vielä vastaan.

Jotain sentään löytyi. Suomen ensimmäinen akitapentue myytävien pentujen palstalla. Syntymäaika täsmää Koiranetin rekisteritietoihin. Oispa hauska nähdä pentueesta kuva. Kasvatus ei jatkunut, eikä nämä koirat vaikuta kummankaan nykyakitan sukupuussa, mutta ne oli silti ensimmäiset.


Tuosta näkee, miten akitaa on aikoinaan kutsuttu japanilaiseksi pystykorvaksi. Ja jopa japaninpystykorvaksi. Luin lapsena ihmeissäni juttua, miten japaninpystykorva oli tullut piha-aidasta läpi ja rouhinut kirjoittajan saksanpaimenkoiran. Oli harvinaisen äksy kaheksan kilon japsi.

Suomessa syntynyt akitanarttu Gingahime oli ROP Messarissa 1978. Suomessa supersuosittu akita-anime Hopeanuoli, joka keksittäisiin vasta muutaman vuoden päästä, on myös japaniksi Ginga. Tarkottaa kanjimerkeistä riippuen mm. hopeahammasta. Enteellistä siis. Sääli, jos nämä katoavat historiaan. Kummankaan akitan JTO ei mainitse 70-luvun akitoista mitään. Ehkä kukaan ei enää muista? Long shot, mutta -

Oliko vanhemmillasi tai isovanhemmillasi 70/80-luvulla massiivista japanilaista pystykorvaa, akita inua? Webereiltä Espoosta. Väriltään se on voinut olla puna(ruskea)-valkoinen, mustan ja harmaan raidallinen tai kokonaan valkoinen. Akitapedigreestä löytyy kuva Suomen ensimmäisen tuontinartun sisaruksesta. Tällaiselta sekin on voinut näyttää. Kuvaaja tuntematon, creditsit hänelle:

Hime Gishenka-Hime (s. 1975) Kuva (c) Akitapedigree.com

Ruotsalainen Hime-kennel kasvatti akitoja 70-luvulla. Koirien nimeämisessä näyttää olleen tietty logiikka: Hime Nimi-Hime (jos narttu) ja Hime Nimi-Hima (jos uros). Hime on japaniksi prinsessa, Himan merkitystä en tiedä. Tosin logiikka kaatuu, jos menee tutkimaan Hunddata-tietokantaa, mutta olisiko kasvattaja oikeasti tehnyt urospennuista prinsessoita..?  

Joka tapauksessa, kenneli on mielenkiintoinen, koska kantakoirat on tulleet suoraan Japanista. Osa niistä on näyttänyt samoilta välivaiheen akitoilta kuin 70-luvun japanilaisissa koirakirjoissa, eli amerikanakitan maskia, pintoa tai hurjaa järeyttä ei välttämättä enää näy. 


Shibabonus


Ruotsalainen Japanin-tuonti Benitama of Yoshikensow oli käynyt Turussa voittamassa ryhmän 1979. Sillä oli vielä jalat ja tuima ilme. Vaakasuora selkälinja sen sijaan johtuu taitoksesta paperissa. Koira oli Suomen ensimmäisten tuontishibojen isoisoisä.

Julkaistu Kommentoi Shibalenkkejä Jyväskylässä
T ja E kuikuilevat toiveikkaana faneja ja rotutovereita.

Korona-aika katkaisi Jyväskylän mukavan shibalenkkiperinteen, joten…


Tiikerin ja Entsyymin epävirallisille shibalenkeille voi liittyä mukaan Jyväskylässä. Kävelemme sunnuntaisin klo 12 Kuokkalan koirapuiston parkkikselta alkaen parin kilometrin lenkin takaisin koirapuistolle.


Huom! Hit or miss -varoitus. Nämä on tosiaan täysin epävirallisia shibalenkkejä, jotka perustuvat siihen, että yleensä käymme sunnuntaisin joka tapauksessa tuollasella päivälenkillä. Eli lenkki voi meidän osalta peruuntua ilman erillistä ilmoitusta, jos sataa kaatamalla, tulee joku este tai emme edes ole kaupungissa tms. Siinä tapauksessa viikon päästä uusi yritys.

Julkaistu Kommentoi Suomen ensimmäinen japsi ja lunnikoira

Shibalogisessa blogissa vierailee säännöllisen epäsäännöllisesti japaninpystykorvia ja lunnikoiria. Japsit ja lunnit kuuluivat mulla Siihen Tiettyyn Ikäkauteen, jolloin koirat voi olla maailman tärkein asia, eri tavalla kuin enää milloinkaan vanhempana ja kyynisempänä. On hauska yhteensattuma, että molempien rotujen alku Suomessa näyttää liittyvän yhteen. Kaiken huipuksi ensimmäinen livenä tapaamani shiba liittyy vahvasti tuohon Suomen ensimmäiseen lunnikoiraan.

Eletään 1970-luvun puoliväliä, kun...

Messarissa nähdään Koiramme-lehden tietojen perusteella ensimmäistä kertaa kehässä japsi. Miten kaunis koira. En ole kovin kriittisesti katellut nykyisiä japaninpystykorvia, mutta toivottavasti ne on säilyttäneen tuon ihanan elegantin eloisuuden, niiden tavaramerkin. Tämä kaveri oli vaan näyttelyssä käymässä. Myöhemmin siitä tuli Suomen ensimmäisen shibapentueen isä.

Hän sen sijaan oli suomalainen japsituonti nr. 1.

Tässä on kuva Suomen ensimmäisestä lunnikoirasta. Alla vielä koko juttu. Eri rotuja oli 1970-luvulla Suomessa niin vähän, että Koiramme-lehdistä saa monta kertaa vuodessa lukea, miten sen ja sen rodun ensimmäiset edustajat ovat saapuneet maahamme. 

Suomen ensimmäinen japsi ja lunnikoira olivat myös aikaansa edellä ja saivat keskenään japsilunnikoirapentueen. Jo vuosikymmeniä ennen kuin ihmiset päättivät aloittaa lunnikoiran roturisteytysprojektin.

Jatkuu seuraavassa osassa...

Julkaistu Kommentoi Kun shiba saapui Suomeen, osa 1

Tehdäänpäs oma juttusarja tälle projektille, jossa on tavoitteena löytää ensimmäiset japanilaiskoirat Suomen maaperällä. Tai koiralehden sivulla. Tai koirakirjassa. Mikä tahansa tapahtuma tai media käy, jos japanilaisrotuja on sitä kautta tuotu suomalaisten tietoisuuteen.


Tämänkertainen saalis on peräisin aivan 70-luvun alun Koiramme-lehdistä. Kuvat (c) Koiramme/Kennelliitto.

Sabishi.


Euroopan ensimmäinen tunnettu shiba oli käynyt Suomessa.


Lasketaan Ahvenanmaa nyt Suomen maaperäksi. Sabishi ja Lilla My oli ne kaksi narttupentua, jotka lensivät Japanista Inga Carlssonin luo Ruotsiin toukokuussa 1972. Maarianhaminan näyttely, johon ainakin Sabishi osallistui, pidettiin kesällä 1973. Sillonhan Sabishi on tuossa kuvassa 1-vuotias. Koko Euroopassa on ollut neljä shibaa, ja Lilla Myn legendaariset pennut syntyisivät muutaman kuukauden kuluttua.


Shiba on näköjään ollut alkujaan suomeksi shiba ilman inua.


Ja nyt kun katon tuota Sabishin kuvaa. Ei kai se vaan ole tämä vanhan suomalaisen koirakirjan mysteerishiba? 😮

Toistaiseksi varhaisin kuva menee silti akitoille. Tai siis Akita Inuille. Vuosi 1971, ja minkälainen asiayhteys! Ehdin jo kääntää sivua, kun otsikkona oli Kansainväliset rekivaljakkokilpailut Sveitsissä, mutta piti palata takaisin katsomaan uudestaan näitä rekikoiria.


Saksalainen Ursula Keuser osallistui kahden akitansa vetämänä naisten luokan kaksivaljakkokilpailuun. Sijoitus toinen, ja akitat hävisivät kuuden kilsan matkalla alle minuutilla voittajalle, jolla sentään oli kaksi siperianhuskya. Siis mitä. Sen lisäksi kolmanneksi sijoittuneella kilpailijalla oli valjakossaan myös akita malamuutin parina.


Minkähän nimisiä nuo Ursulan akitat oli? En osaa sanoa, oliko hän muutenkin rodun pioneereja Euroopassa.


Muita mielenkiintoisia huomioita 70-luvun alun koiramaailmasta:

  • Koko koiraharrastus on ollut kuin kaikkien koiranomistajien yhteinen juttu, jossa iso yhdistävä tekijä on ollut yhteinen "vastustaja" eli ympäröivä yhteiskunta, joka ei ole hyväksynyt koiria tai koiranpitoa kuten nykyisin.
  • Rekisteröintien vuosittaista kasvua hehkutetaan ja ennustetaan, että kasvu taittuu vuoteen 2020 mennessä, kun koiramäärä on kerta kaikkiaan niin suuri että koirattomat nousevat vastarintaan.
  • Rotuja oli sillon uskomattoman vähän verrattuna nykyiseen! Eksoottisia pystykorvia on edustaneet basenjit ja chowit. Näyttelyssä pystykorvaryhmän voittaja oli yleensä suomenpystykorva.
  • Tietokoneet on juuri otettu käyttöön Kennelliitossa, ja niitä on kutsuttu ATK:ksi. Pentueiden rekisteröinnit on alettu hoitaa tietokoneella ja rekisterikirjat on tulleet printattuina.
  • Ainakin silloinen suomalainen näkemys koiranpidosta Japanissa on ollut aivan järkyttävän hirveä.
  • Lonkkavika ja sen vastustaminen ja röntgenkuvaukset on ollut ykkösjuttu terveysasioissa.

Julkaistu Kommentoi Entsyymi eläinlääkärissä

Tänään oli Tsyymin vuoro käydä vuosihuollossa. Hammasputsauksen lisäksi siltä kuvattiin uudestaan huonomman puolen kyynärä ja lonkat. Tiikerillä ja Tsyymillä on molemmilla sama liikuttava tapa kipittää urhean määrätietoisesti kohti eläinlääkäriasemaa. Ne varmaan vaistoavat sen mun kävelytavasta ja ennen kaikkea siitä, että aniharvoin ne on menossa mihinkään yksin ilman toisiaan.

Entsyymi tauolla matkalla eläinlääkäriin. Kannatti mennä jalan! Kävi niin hauskasti että kohtasimme matkalla Tiikerin bestiksen Hiron emännän Tuulan. Tsyymi keskittyi tonkimaan myyränkoloja, ja niinhän siinä lopulta kävi, että pulska matkaeväs löytyi. Paastovaatimus esti saaliin nauttimisen.

Totesin, että Tsyymi, paino 8.4 kg, on edelleen maailman kiltein eläinlääkärin asiakas. Jännitin vähän, oliko viime kevään peräkkäiset anturavaurio - rokotus - dyskinesiakäynnit jättäneet sille jotain ell-traumoja mutta ei. Ehkä samaa eroa Tiikerin ja Entsyymin välillä heijastaa myös se, että T toipuu rauhoitteista lähes salamana, kun taas E on siinäkin asiassa vähemmän kiihkeä.

Jätin Tsyymin hammaslääkärin tuoliin ja suuntasin väliajalla kahville kuten aina. Tämä klinikka sijaitsee Jyväskylän uuden sairaalan vieressä, joten sain samalla hyvän tilaisuuden katella kyseistä ilmestystä vähän lähempää. On se läheltä koettuna vielä uhkaavampi kuin mallikuvissa.

Tunnin kuluttua Entsyymi olikin valmis. Ei kun herätepiikki kankkuun. Tsyymin raotellessa silmiään katseltiin eläinlääkärin kanssa röntgenkuvat läpi. Kärjestä murtunut poskihammas vaatii erillisen poisto-operaation. Tätä ei näe hampaista päällepäin mutta röntgenkuva paljastaa, miten murtumaviiva yhdistyy hampaan ydinosan viivaan. Lonkissa tai kyynärässä ei näkynyt nivelrikkoa.

Tsyymin sisuksia. Kuvien välissä on kulunut aika tarkalleen neljä vuotta.
"Velvollisuus kutsuu!" Pehmoilin vähän ja ostin Tsyymille mukaan oman minitiikerin, jos isoveli ei ole turvana.

Entsyymille ja Jyväskylän Eläinklinikka Tähdelle tästä päivästä täysi kymppi.

Julkaistu Kommentoi Tiikeri ja Entsyymi pikakuvashiboina


Digitaalinen ruuduilla eläminen alkaa olla menneen aikakauden juttu, joten hankin oikean filmikameran. Sellasen, joka sylkäisee kuvan heti ulos, minkä jälkeen kuva kehittyy silmien edessä. Digikuvia on ollut tarkoitus kehityttää kuviksi "sitten joskus". Vähitellen niiden tiedostot on hukkuneet. Havahduin huomaamaan, että mulla on kuvia lapsuuden japsipojista mutta ei yhtä ainoaa fyysistä valokuvaa Tiikeristä, vaikka se täytti jo 7.

Nytpä on 😀

Tätä kirjoittaessa huimat kuusi valokuvaa. Jokainen niistä tuntuu kuin keräilykortilta. Jokainen niistä on valokuvana eri tavoin epätäydellinen. En olisi ikinä valinnut jatkoon tuollasia otoksia saman tilanteen digikuvasetistä. Nehän on epäedustavia! Mutta pikakameralla joka kuva on yhtä arvokas kuin se tasan yksi kuvanoton hetki, joka ei koskaan enää palaa.

Tiikerillä on ollu aikuiselämänsä paras kesä. Sen iloinen naama taltioitui kuvaan hienosti. Salamoitu Tsyymi näyttää benimarulinjan edustajalta.

Yksi Instax-kuva maksaa käytännössä yhden euron, joten kuvat on silläkin tavalla kohtalaisen arvokkaita. "Filmiä" on kamerassa täydessä latingissa kymmenen kuvan verran. Keräilykortti havainnollistaa hyvin Mini-sarjan valokuvien kokoa.

Meijän normilenkki. Tiikeri haluaa, että jätän ne odottamaan tuohon aitaan ja meen lähikauppaan ostamaan jotain. Aurinko paistoi liikaa edestä, joten kuvasta tuli liian vaalea, mutta Tikrun iloinen ilme tallentui silti. Toisessa kuvassa testasin miten hyvin liike pysähtyy kuvaan (mietin joskus miltä nuo meijän normilenkit näyttää ohikulkijoiden silmään)

Kamerani on japanilaisen Fujifilmin Instax Mini 40. Fokusoitu äärettömyyteen, ja salama välähtää aina. Mitään ei tarvitse eikä voi säätää, paitsi rajata kuva etsimeen ja painaa laukaisinta. Ulkona pitää huomioida auringon asema taivaalla tai kuva ylivalottuu. Varmasti näidenkin ottamisessa voi kehittyä paremmaksi. Olen nyt siinä jännittävässä alkuvaiheessa, jossa kuvaan voi ilmestyä mitä vaan.

Entsyymi pomppasi tasapainoilemaan kapean muurin päälle. Sain hyvän rakennekuvan sijaan loistavan photobombauksen. Sisäkuvassa testasin etäisyyttä, jolla se ei vielä hämmenny kameralla osoittelusta.

Mini viittaa tosiaan kuvan kokoon. Ei kameran. Kannettava cd-soitin on suunnilleen saman kokoluokan laite. Hupparin etutasku on ainoa tapa saada siitä taskukamera. Lisäksi on selvää, että jos koira menee hämilleen puhelimen sohimisesta sen naamaan niin tätä se oudoksuu vielä enemmän ja kääntää pään äkkiä pois.


Minkähän värinen shiba toimii parhaiten pikakuvissa? T ja E on tummia punaisia mutta näyttävät kaikissa kuvissa vaaleammilta. Valkoinen shiba katoaa varmaan kokonaan näkyvistä! Kolmivärinen bläkkäri voisi näyttää hyvältä kontrastierojen takia. Koiraperheen elämää -valokuvakirjassa tosin mainittiin, että kolmiväriset bordercolliet on kauniita mutta vaikeita valokuvattavia, joten kotiin jätettiin vaan keltaisia pentuja. Mulla ei ole ikinä ollut tummaa koiraa. Testaan eri värisiä shiboja heti kun tilaisuus tarjoutuu.