Siirry sisältöön

Pääsiäisviikonloppuna yritämme selvittää värigeenien sekasotkua, joka ilmestyi blogiin NIPPO:n v. 1976 vuosikirjasta kuin tarjottimella. Entsyymi toimii havainnekuvassa helikaasina, joka erottaa DNA-juosteet toisistaan niin että geenin luenta voi alkaa.

Koiran värigenetiikkaa ennen netin artikkelitietokantoja ja geenitestejä

THE oppikirja oli Dr. Littlen The Inheritance of Coat Color in Dogs (1957). Olipa kyseessä Japanin NIPPO tai Suomen Kennelliitto, niin tähän teokseen perustuivat jäsenlehtien väriartikkelit, ja ne tekivät sitä pitkän ajan. Ajattelin hankkia kirjan luettavaksi. Tällä hetkellä uskon, että monet Littlen perusasiat on yhä voimassa. Kaikkia hiiren värigenetiikkaan perustuvia hypoteettisia lokuksia ei ole koirilta löydetty samassa tehtävässä. Näistä kuuluisin ehkä C-lokus eli chinchilla. Jos olet ihmetellyt, miksi chinchilla liitetään joskus shiban väreihin, niin täältä se on peräisin.

Värimysteerien lista

Tässä uudestaan Google Lens -käännös vuosikirjasta väritaulukon yhteydestä. Merkitys tulee mielestäni riittävän selkeästi esille. Ratkaisujen täytyy perustua siihen värigeenimuotojen valikoimaan, joka on käytössä nykyisillä japanilaisroduilla. Eipä sillä, vielä pari viikkoa sitten olisin sanonut, ettei japanilaiskoirilla esiinny enää kumpaakaan geneettistä mustaa, kunnes näin kuvan täysmustasta metsästysshikokusta.

1. Onko olemassa puhtaanvalkoista japanilaiskoiraa, jolla on silmissä tumma pigmentti?

Tässä täytyy olla kyseessä pigmentin puuttuminen (albiinovalkoinen) vs. resessiivinen punainen, joka japanilaisroduilla näyttää valkoisen vaalealta. Paitsi että riittävän tarkkaan katsoessa resessiiviseltä punaiselta löytyy aina jostain sitä punertavaa pigmenttiä. Koska japanilaiskoirien valkoisuus perustuu resessiiviseen punaiseen, on vastaus kysymykseen mielestäni ei. Muissa roduissa kuten bullterrierissä tunnetaan S-lokuksen äärimmäisen valkoisen geenimuoto, jossa koira on pigmenttisolujen puuttumisen takia kokonaan albiinovalkoinen. Usein pigmentin puute silmän kohdalla muuttaa silmän siniseksi, mutta katsokaa bullien kuvia. Jollain mulle hämärällä logiikalla niillä voi kuitenkin olla silmässä tumma pigmentti. Siinä mielessä vastaus kysymykseen, kun puhutaan koirista yleensä, onkin kyllä.

2. Voiko seesaminvärisellä koiralla olla musta maski?

Geneettinen musta maski, siis mustaa väriä aikuisenakin kuonon ympärillä, tulee E-lokuksen dominoivimmasta geenimuodosta Em. Eeämmää on esiintynyt aikoinaan japanilaiskoirissa, sekä mikawankoirasekoituksilla että niillä akitoilla, joista kehittyi nykyinen amerikanakita. Koska väritaulukossa 70-luvulla mainitaan vielä seesaminväriset akitat, on kombo maski + seesami (kumpi tahansa tyyppi) ollut mahdollinen. Sittemmin japanilaiskoirien maskeista on haluttu eroon. Mustaseesamin maskilla voi kuvitella työlinjaisesta harmaasta saksanpaimenkoirasta.

Muumimukin kokoinen Tiikeri havainnollistaa mustaa kantavan ja valkoista kantamattoman punaisen pennun pentuajan maskia. Se oli alkanut tässä vaiheessa jo haalistua. Em-maski säilyy aikuisiälle.

Ettei tämäkään geeniasia olisi liian selkeä, niin olen nähnyt melko modernin värikuvan hokkaidonkoirasta, joka on seesami mustalla kuonolla. Samoin Embarkin nykyisissä kishunkoirissa näkyy aikuisia (?) koiria, joiden E-lokuksesta ei ole löydetty maskialleelia mutta silti niillä on musta kuono. Joten vastaus kysymykseen on joka tapauksessa kyllä voi. E-lokus ja A-lokus on muuten niitä, joista löydetään koko ajan uusia geenimuotoja.

3. Voiko brindleraidoittuneen koiran pohjavärinä olla seesami?

VOI : D Kyse on taas kahdesta itsenäisestä lokuksesta, seesamit tulee A-lokuksesta ja brindle K-lokuksesta (tai niin uskotaan...) Kuvittele kumpi tahansa seesamityyppi ja iske päälle musta tiikeriraidoitus. Raitaefektin näkee lähinnä punaruskeilla alueilla naamassa ja etujaloissa. Nykyisillä japanilaisroduilla sekä seesamia että brindleä esiintyy hokkaidonkoiralla, joten niillä brindleseesami on yhä mahdollinen. Haluaisin nähdä sellaisen.

4. Onko olemassa black-and-tania vastaavaa väritystä sesame-and-tan, jossa mustat osat ovat seesamia?

Periaatteessa... on. Sekä seesami(t) että bläkkäri asuvat samassa A-lokuksessa. Mustaseesamin nimenomaan tunnistaa siitä, että seesamisävytys esiintyy samoilla alueilla kuin bläkkärin musta. Ongelmaksi mielestäni nousee se tan-merkkien hahmottaminen, koska kontrastiero on paljon pienempi. Kysymyksestä 10++++.

5. Onko olemassa täysmustia koiria kokonaan ilman punaista? Entä black-and-tan-koiria niin heikoilla tan-merkeillä, että ne näyttävät mustilta?

On ja on. Japanilaisroduissa se aiemmin mainittu A-lokuksen resessiivinen musta. Urajirovaatimus hävitti täysmustan näyttelykasvatuksesta. K-lokuksen dominanttimustaa en usko japanilaisroduissa esiintyvän tuon dominantin takia. Tosi heikkoja tan-merkkejä voi selittää kaksikin asiaa: resessiivisen mustan kantaminen tai bläkkäribrindle, jossa mustat raidat peittävät tan-merkit. Bläkkäribrindlet on mahdollisia kainkoiralle ja hokkaidonkoiralle.

6. Voiko kirsu olla vaaleanpunainen muilla kuin valkoisilla koirilla?

Tekninen vastaus vai japanilaisrotuvastaus. Japanilaisten värivalikoimassa punaisella, seesameilla, bläkkärillä tai resessiivisellä mustalla ei mun mielestä voi olla geneettistä pinkkiä nenää. Värivirheistä japanilaisrotujen pintoväritys (S-lokus) ei näytä riittävän nenän pinkittämiseen vaikka kuono olisi karvanvärin puolesta albiinovalkoinen. Merleväritys voisi tehdä sen, mutta sitähän ei japanilaisroduissa pitänyt esiintyä. Samoin E-lokuksen geenimuoto domino lisää pinkkiä nenään ns. perhoskirsuksi. Sitäkään ei pitäisi esiintyä japanilaisroduissa, mutta kysymys kuuluu, miten perhoskirsut on perhoskirsun nimellä osattu kieltää japanilaiskoirien ensimmäisessä rotumääritelmässä 1930-luvulla.

Vastakysymys: mikä on ollut valkean ja vaaleanpunaisen ero?

Postaan saman käppyrän kolmannen kerran putkeen, mutta tuo valkean (shiro) ja vaaleanpunaisen (usuaka) ero pitää selvittää. Kummallakin voi olla pinkki tai musta kirsu. Shibat on ollu vaaleanpunaisia eikä valkosia. Muutenhan tässä ei olisi mitään epäselvää ja vaaleanpunainen olisi vain punertavampi e/e-valkoinen kuten kultaistennoutajien koko värikirjo perustuu e/e-värin syvyyden vaihteluun...

...mutta historiakuvissa näkyy näitä valkoseksi tulkittavia koiria, joiden väriksi on merkitty usuaka eli vaaleanpunainen. Niiden isä voi olla shibojen kantakoira Naka tai joku muu alkuaikojen iso matadori. Jos polveutumiset on totta ja väri todella e/e, niin Nakan olisi pitänyt olla valkoisen kantaja ja levittää se heti sodan jälkeen koko rotuun. En usko! Kuitenkin e/e-valkoisuuteen viittaa myös pinkki kuono (taulukossa katkoviiva). Ja kai nyt vaaleimmankin punaisen shiban erottaa tummimmasta e/e-valkoisesta? No, ainakin shibahistoria pysyy kiinnostavana niin kauan kuin mysteerejä riittää.

2

Tänä viikonloppuna NIPPO:n keräämiä tilastoja kaikista japanilaisroduista. Vuosi on ollut 1976, joten näitä on kiinnostavaa vertailla nykytilanteeseen vaikka Suomessa.

Valokuvakirjasta löytyi harvinaisen selkeä punaseesamishikoku. Mulla on usein hankaluuksia erottaa shikokujen värit toisistaan mutta tällä on selvä piikki otsalla. Kuva (c) Japanilaiskoirien valokuvakirja 3.

Ovatko japanilaiskoirat suurentuneet?

Säkäkorkeuksia japanilaisittain mitattuna. Taulukkoa luetaan siten, että jokainen pylväs kertoo montako koiraa on tässä otannassa ollut alarivillä näkyvän senttimetrilukeman korkuinen. Shiboilla "tavalliset" shinshushibat on pilkullisia pylväitä, ja niitä on jostain syystä mukana paljon vähemmän kuin saninshiboja (miksi mä joudun toistuvasti tilanteisiin, joissa alan epäillä vanhan materiaalin kuvatekstejä...) Suurin osa urosshiboista on ollut 40 cm tai alle, ja nartut vielä pienempiä. Ei ole tietoa, onko mittaustulokset ns. virallisia vai omistajien itse ottamia. Suomessa shiboja mittailtiin jalostustarkastuksessa pari vuotta sitten. Pieni otos, mutta jos oikein katoin, niin kaksi urosta (alhaalla siniset) oli silloin sen 40 cm tai alle ja loput isompia. Nartuissa keskikoko näyttää myös vähän kasvaneen, hajonta on ollut pienempää ja noita 30-35 cm minishiboja ei osunut mukaan yhtään.

Shibojen hampaat on palanneet suuhun!

Samassa taulukossa neljää eri ominaisuutta. Valkonen tarkottaa että ei ole kielipilkkuja, ei ole kannuksia, ei ole puuttuvia hampaita, ja häntä on kippura. Pilkullinen meinaa, että kyllä on kyseinen ominaisuus, ja häntä on sirppi tai sapeli. Kannusten käännöksestä en ole varma, mutta en keksi mitä muuta "suden tassu" voi tarkottaa. Shibojen hampaisto kiinnitti heti huomion. Puolella shiboista ei varmaankaan ole nykyään hammaspuutoksia? NIPPO:han syynää hyvin tarkkaan hampaat näyttelyissään. Ehkä asiat kytkeytyvät yhteen. Onko nykyisillä kishuilla kannuksia kuten tuolloin on ollut? Haluan jonkun vahvistuksen, että 2. sarakkeessa on todella kyse kannuksista. Ellei niistäkin ole haluttu eroon. Edit: Taulukon kannukset hyvin todennäköisesti viittaavat takajalkojen kannuksiin, joita ei kaikilla koirilla ole.

Kishunkoira havainnollistaa takajalan 狼爪 :ia eli kannusta. Kuva (c) Japanilaiskoiran valokuvakirja 3

Shibojen 70-luvun pentueluvut samat kuin nykyisin

Pentuelukutaulukoita luetaan siten, että palkin korkeus kertoo, monessako pentueessa on ollut alhaalla näkyvä määrä pentuja. Sitä en tiiä, onko tuohon aikaan karsittu miten rankalla kädellä kosmeettisesti huonoja pentuja ja puuttuuko ne lukemista. Shibojen tavallisin pentueluku on ollut 50 vuotta sitten 3 (kuten nykyään Suomessa, tai ainakin keskiarvoksi tulee 3,1) ja isoin raportoitu pentue on ollut 6 (kuten nykyään Suomessa rekatuissa pennuissa). "Joskus ennen" 1940/1950-luvulla japanilaiset shibapentueet on kuulema olleet usein 7-8 pentua, mutta ainakaan ne ei ole tästä 70-luvun tilanteesta enää pienentyneet eikä yhden pennun pentueiden yleisyys hirveästi noussut. Akitat on tässä taulukossa kahtena ryhmänä, joista valkoinen on mielestäni the japanilainen akita ja pilkullinen jokin muu. Olisiko liittynyt orastavaan rotujakoon.

Harvinainen väri shikokussa

Laitan väritaulukon uudestaan, koska shikokujen mustalle värille saattoi löytyä lukijavihjeestä selitys. Täysmustista metsästysshikokuista on olemassa kuvia japanilaisissa blogeissa, siis että niitä on edelleen olemassa. Todennäköisin värigenetiikka niille on A-lokuksen pahnanpohjimmainen resessiivinen musta, jonka jopa bläkkäri peittää alleen. Vanhimmissa valokuvissa näkee usein mustavalkoisia japanilaiskoiria, jotka on voineet olla samoja resessiivisiä mustia pintovärityksillä. Sanoisin nyt, että sekä valkeat että vaaleanpunaiset on samoja e/e-valkoisia erilaisella punertavalla värisävyllä. Katkoviiva valkoisessa merkkaa nenän värin vaihtumista pinkistä mustaan. Nenäasia on askarruttanut aikoinaan kovasti, koska taulukoiden yhteydestä löytyi tällainen:

Ihan kuin blogin mysteerilistat! : D Mä niin palaan näihin myöhemmin! Ehkä värigenetiikka on 50 vuodessa tarjonnut ratkaisun muutamiin kohtiin. Onko olemassa koiraa, jonka pohjaväri on seesami ja sillä on brindleraidat on tarkalleen sama mitä kysyin hokkaidonkoiran värigenetiikkajutun yhteydessä kolme kuukautta sitten, mutta seesamia tan-merkeillä en edes osannut visioida.

Edit: Taulukot on peräisin NIPPO:n vuosikirjoista, ja aprillipäivä ei vaikuta blogijuttuun.

Tässä loppuosa viikonlopun roturisteytysjuttuun. Laitan listan havainnoista liittyen koirarodun geneettiseen pelastamiseen. Tylsä kahden kuvan tekstiseinä, sorry!

Norjalainen lunnikoira. Kuva (c) Karen Elise Dahlmo (CC BY-SA 3.0)

Nosta lukumäärä kriittisen rajan yläpuolelle.


Ensimmäinen askel on ollut se sama, mitä Dr. Saito teki sukupuuton partaalla olleille japanilaisroduille sata vuotta sitten. Koirat on kartoitettu ja laskettu (no nykyään tämä on itsestäänselvyys rekisteritietokantojen ansiosta) ja pyritty nostamaan lukumäärää siten, että mahdollisimman monet eri koirat on tehneet pentueita. Eli koiranpennut voi ajatella rodun geenien säilytyskoteloina. Pikkuviat tai näyttelytulokset ei ratkaise tässä vaiheessa. En tiedä, mikä se kriittinen yksilömäärä tarkalleen on.

Tiedosta, tutki, tee jotain.


Lunnikoirien terveyttä ja lisääntymiskykyä on haluttu parantaa sekä rodun että jokaisen uuden syntyvän pennun tasolla. Lunnikoirien todellista geneettistä vaihtelua (tai paremminkin samuutta) on tutkittu ja todettu, ettei geneettisinä pidettyjä ongelmia voida korjata jalostusvalinnoilla rodun sisällä koska - vain vähän kärjistettynä - kaikki maailman lunnikoirat on tässä vaiheessa geenien ja geenivirheiden osalta samoja.

Se vaikein osuus.


En ala edes arvailla, minkälaista promoamista ja paperityötä roturisteysprojektit vaativat vielä 2023 toteutuakseen ns. virallisesti. Suomessa Kennelliiton nykyinen kanta on roturisteytysmyönteinen, mutta onnea matkaan vaan sille, joka lähtee Japaniin ehdottamaan NIPPO:lle, että vois risteytellä uusia mikawankoirasekoituksia näistä teijän kansalliskoirista. Lunnikoirien tapauksessa aloite on tullut rodun kotimaasta.


Vastustuksessa toistuu aina seuraavat:

  • "LIIAN uusi veri toisesta rodusta on likaista ja sotkee rodun puhdasverisyyden."
  • "Menetetään rotuominaisuudet."
  • "Saadaan toiselta rodulta uusia geenivirheitä ja tauteja."
    Kaksi ekaa on helppo counteroida (vai pilaako shikokun veri muka aw-seesamit?) Kolmas on geenivirheiden osalta totta ja on otettava siksi huomioon.

Minkälainen valikoima geenejä adoptoidaan rotuun?


On valittu risteytyksessä käytettävät koirarodut. Lunnikoirilla ne on päättänyt rotujärjestö, ja perusteluina on huomioitu samanlainen pystykorvatyyppi, luonneominaisuudet, yhteinen historia eli paikallisuus ja oletettu geneettinen sukulaisuus lunnikoiraan (mutta ilman niitä lunnikoiran sairausgeenejä.) Kolme valittua rotua: buhund, pohjanpystykorva ja islanninlammaskoira. Huom. tässä vaiheessa ei tuijotettu geenitestejä vaan sitä mitä ne koirat nyt oikeasti olivat ja todennäköisesti periyttäisivät. Japanilaisroduilla jokainen kohta toteutuu… HMMM… voisiko olla, että toisilla japanilaisroduilla?

Risteytyjien poiminta.


Käytettäville koirille on mietitty terveysjuttujen osalta kriteerit, jotka niiden pitää läpäistä. Projektin sivustolla listataan ainakin tietyt terveystulokset (lonkat A/B, polvet 0, ei perinnöllisiä silmäsairauksia, yleisesti terve, hyväluonteinen), mutta voisin kuvitella, että on huomioitu myös koirien ikä, sukupuutiedot ja minkälaisia periyttäjiä ne omassa rodussaan on jo ollu. Roturisteytysprojekti lienee vihonviimeisin paikka jollekin dominoivalle de novo -sukusolumutaatiolle pompata esiin. Risteytyksistä syntyneille koirille on samat vaatimukset jatkokäyttöä varten.

Projektin lunnikoirille on ollut vaatimukset ei syndroomaa, polvet max 1, yleisesti terve ja hyväluonteinen.

Käytännön toteutusta lienee vaikeuttanut se, että risteytykset on tehty lunnikoiraa isompien rotujen kanssa, eli toisen rodun narttu on saanut lunnikoiraisän pentueen. Yhteistyöhalua löytyy varmana myös rodun ulkopuolelta helpommin, jos "lainataan rotuun" pelkkää urosta.

Aika toteuttaa roturisteytykset.

Sitten on toteutettu risteytyspentueet ja seurattu tarkkaan, minkälaisia eri risteytysten pentueista on tullut kasvaessaan. Risteytyskoiria (F1-sukupolvi) on takaisinristeytetty lunnikoiran kanssa, ja näitä koiria (F2-sukupolvi) jälleen lunnikoiran kanssa jne. Sitoutuneiden kotien etsiminen on pitänyt tehdä huolella. Itse asiassa en usko, että se on kovin vaikeaa, koska olet mukana jossain uudessa, tärkeässä ja ainutlaatuisessa pelastamassa koirarotua. Muistan että ainakin yhdellä tutkijoista on itellään F1- tai F2-sukupolven risteytyslunnikoira. Summaus projektin risteytyksistä. Luvut on pentuelukuja. Pisimmälle on ehtineet edetä buhundristeytykset.

Lunnikoira x buhund: 6, 2 ja 4 pentua (F1-buhundsukupolvi)

Lunnikoira x F1-buhundsukupolvi: 6, 2, 4, 2, 5, 5, 3, 5, 6 ja 4 pentua (F2-buhundsukupolvi)

Lunnikoira x F2-buhundsukupolvi: 5 ja 2 pentua (F3-buhundsukupolvi)

Lunnikoira x F3-buhundsukupolvi: 4 pentua (F4-buhundsukupolvi)

Lunnikoira x islanninlammaskoira: 2 ja 2 pentua (F1-islanninsukupolvi)

Lunnikoira x F1-islanninsukupolvi: 4 pentua (F2-islanninsukupolvi)

Lunnikoira x F2-islanninsukupolvi: 3 ja 2 pentua (F3-islanninsukupolvi)

Lunnikoira x pohjanpystykorva: 4 pentua (F1-pohjissukupolvi)

Pentueluvut, rotuominaisuudet, syndrooma?

Miten risteytyminen vaikutti näihin asioihin? Ainakin pentueluvut näyttävät lähteneen nousuun buhundristeytyksillä. F2-sukupolven (lunnikoira x (lunnikoira x buhund)) ulkomuotoa on kommentoitu seuraavasti: lunnikoiran spessuominaisuudet eli ylimääräiset varpaat, tiiviisti sulkeutuvat korvat ja nikamien joustavuus palasivat. Sen sijaan koossa, luuston vahvuudessa ja korvan muodossa on paljon vaihtelua. Kun buhundprojektin vanhimmat alkuperäiset risteytyskoirat (F1) on olleet 8-vuotiaita ja vanhimmat takaisinristeytyskoirat (F2) 5-vuotiaita, ei yhdelläkään vielä ollut havaittu syndroomaan viittaavaa oireilua.

Sama kuva kuin blogijutun ykkösosassa mutta nyt selityksillä, eli ylärivillä (a) lunnikoira ja (b) buhund. Alarivillä (c) niiden risteytyspentu (F1) ja (d) risteytyspennun ja lunnikoiran pentu (F2). Voisiko sanoa, että ulkomuoto palautui hetkessä. Myös ne varpaat. Kuva (c) Melis, C.; Pertoldi, C.; Ludington, W.B.; Beuchat, C.; Qvigstad, G.; Stronen, A.V. Genetic Rescue of the Highly Inbred Norwegian Lundehund. Genes 202213, 163. https://doi.org/10.3390/genes13010163
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Geneettinen heterotsygotia oli F1:llä odotetusti suurempi kuin lunnikoiralla, ja yhtä odotetusti lähti laskuun heti ekan takaisinristeytyksen myötä (F2).

Kahdesta muusta risteytysrodusta en löytänyt vielä kommentteja. Lunnikoira x islanninlammaskoiran risteytysten pentueluvut näyttää oudon pieniltä (vain 2 pentua molemmissa pentueissa). Sattumaa, jokin muu luonnollinen selitys vai merkki siitä, ettei rodut ole jotenkin geneettisesti yhteensopivia? Villieläinpopulaatioissa on oikeasti olemassa ulkosiitostaantuman mahdollisuus, jos tietyt geenit on "tottuneet" toimimaan yhdessä eivätkä kestä erkanemista toisistaan.

Bonuksena geenitason roturisteytystutkimusta.


Projekti on aloitettu, mikä on tärkeintä. Sen jälkeen risteytysrotujen ja lunnikoiran geneettistä sukulaisuutta on tutkittu eri analyyseillä. Näistä kolmesta pohjanpystykorvan havaittiin olevan sekä rotuna monimuotoisin (niillä on avoin kantakirja) että etäisintä sukua lunnikoiralle. Buhundit ja islanninlammaskoirat oli rotuna vähemmän monimuotoisia, mutta risteytystarkoituksessa tällä ei katsota olevan niin merkitystä, koska risteytyksessä molempien rotujen sisäsiittoisuuden pitäisi purkautua. Risteytysrodut oli keskenään geneettisesti sen verran erilaisia, että kaikkien kolmen rodun käyttö on mielekästä. Samoin jokainen risteytysrotu tuo monimuotoisuutta eri alueisiin lunnikoiran genomissa.
Laitoin bonuksena, koska geenitutkimus on aina kiva mutta ei mielestäni tuonut tässäkään mitään järisyttävää uutta tietoa (ja labran pyörittäminen maksaa maltaita). Hulluin havainto voisi olla, että valittu risteytysrotu on vaikka immuunijärjestelmän geenialueilta tasan samanlainen kuin kohderotu. Useampi kuin yksi rotu projektissa on ihan fiksu periaate.

Mitä jatkossa?

Buhundristeytykset nostivat pentuelukua ja lisäsivät geenitestissä heterotsygoottisuutta. Syndrooman estämisestä ei vielä uskalla sanoa, mutta toistaiseksi näyttää hyvältä. Ulkomuoto lähti palautumaan äkkiä kohti lunnikoiraa, mutta koossa ja korvissa oli vaihtelua enemmän kuin lunnikoirilla. Takaisinristeytyksissä geenit alkoivat taas "lunnikoiraistua" kuten odottaa saattaa, eli muutamat yksittäiset risteytykset ei pelasta rotua vaan pitää etsiä joku tasapaino, miten usein geenipooliin sitä uutta verta lisätään ja pitää se myös mukana.

Syndrooman osalta tilanne on vähän kaksipiippuinen. Toivoisi tietty, ettei sitä enää yhdellekään koiralle tulisi, mutta jos kuitenkin tulee, niin voidaan ehkä vihdoinkin vertailulla löytää se aiheuttava geeni sieltä ja kehittää geenitesti. Jos se todella olisi helppo yksigeeninen sairaus.

Jään seuraamaan projektin etenemistä mielenkiinnolla.

Mitä voit itse tehdä?

Keksin yhden jutun, miten kuka tahansa voi tukea roturisteytysprojekteja. Ryhtymällä projektipennun omistajaksi. Roturisteytykset kaatuvat alkuunsa, jos kukaan ei halua niitä ensimmäisten risteytyssukupolvien koiria :'( Lunnikoiraprojektissa projektipennut on käsittääkseni omistajiensa omia koiria, jotka he ovat ostaneet, mutta omistaja myös sitoutuu tiettyihin sääntöihin. Koiralle pitää tehdä tietyt terveystarkit ja käyttää se arvioitavana, koiraa ei saa käyttää jalostukseen omin päin, koiraa ei saa ilman terveyssyytä kastroida/sterkata ja sitä pitää voida käyttää projektissa (narttujen osalta ehkä leasing-tyyppisenä?) jalostuskoirana, jos se on sellaiseksi sopiva. Eli ei mitenkään kohtuuttomia vaatimuksia, etenkin jos kasvattajat tarvittaessa hoitavat nartun pentueen?

Uunintuore roturisteytyspentue! : D

Rupesin kirjaamaan lähteitä ja huomasin Norjan Lunnikoirakerhon FB-päivityksestä, että eilen on syntynyt uusi F2-pentue lunnikoira x islanninlammaskoira -risteytyslinjaan. Emo lunnikoira, isä lunnikoira x islanninlammaskoira. Neljä pulleaa pentua ja kaikki voivat hyvin. Onnea!

Lisäksi huomasin, että onhan Suomessakin meneillään ainakin yksi roturisteytysprojekti. Risteytyksistä syntyneet pennut rekataan heti rodun edustajiksi johonkin erityisrekisteriin, eli käytännössä risteytyspennun kanssa voi harrastaa ihan mitä tahansa "virallista" kuten tavallisenkin rotukoiran kanssa. Kyllä, myös koiranäyttelyjä.

Lähteitä ja luettavaa

www.lundehund.no (Norsk Lundehund Klubb)

Genetic Rescue of the Highly Inbred Norwegian Lundehund (Melis ym., 2022)

https://www.kennelliitto.fi/tietoa-meista/uutiset/roturisteytys-voi-edistaa-koiran-terveytta-ja-monimuotoisuutta

Viikonlopun genetiikka-aiheena roturisteytykset. Lunnikoira ei ole japanilainen alkuperäisrotu, mutta pääsee nyt blogiin, koska lunnikoiran roturisteytysprojektin etenemistä on kiinnostavaa seurata. Muistan, että akitoilla on ollut puhetta roturisteytyksestä Suomessa. Shibatkin voisivat kokeilla, auttaako muiden japanilaisrotujen veri vähentämään allergian yleisyyttä ja pieniä pentueita. Jos nämä on seurausta edellisistä pullonkaulauroksista, ja tällä hetkellä suurin osa uusista tuontishiboista rikastaa eteenpäin kolmen uroksen väritrion geenejä ja geenivirheitä, niin ties mitä tulevaisuudessa tapahtuu. On lunnikoirassa myös jotain samanlaista shiban kanssa. Molemmat rodut on alkujaan pieniä jänteviä pystykorvia, joita on arvostettu metsästyskoirina. Molemmat rodut lähes tuhosi yksi ja sama virus. Molemmilla on taipumus suolistosairauksiin. Lisäksi olen nähnyt kuvan shiban ja lunnikoiran pennusta, ja siitä tuli ilmiselvä punaseesamishiba lunniksen pyöreämmillä silmillä.

Kuva (c) Melis, C.; Pertoldi, C.; Ludington, W.B.; Beuchat, C.; Qvigstad, G.; Stronen, A.V. Genetic Rescue of the Highly Inbred Norwegian Lundehund. Genes 202213, 163. https://doi.org/10.3390/genes13010163
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Lunnikoira on jokaisen geneetikon unelma


Lunnikoirista löytyy suhteettoman paljon tutkimusta, kun huomioidaan se, että rodun yksilömäärä koko maailmassa on vain 1500 + (vrt. shibat, joita rekataan pelkästään Japanissa vuosittain liki 30 000). Syynä on rodun erittäin korkea geneettinen homotsygotia-aste eli karkeammin ilmaistuna sisäsiittoisuus. Ja syy 2, lunnikoirat saattavat olla kaikkien rotukoirien tulevaisuus.


Nykyisten lunnikoirien on perinteisesti sanottu polveutuvan viidestä yksilöstä, mutta tämäkin voi olla liian optimistista, jos kyseiset koirat on olleet keskenään lähisukua. Kannassa saattaa oikeasti olla kierrossa vain yhdeltä nartulta ja yhdeltä urokselta tulleet kromosomit. Uudemmat sukupuuanalyysit on löytäneet yhden uroksen ja yhden nartun, joiden osuus nykylunnisten (tutkittu vuonna 2015 syntyneitä pentuja) geneettisestä muuntelusta on 76%, jos sukupuut pitävät paikkansa. Eli keskimäärin 76% minkä tahansa vuonna 2015 syntyneen lunnikoiran geeneistä oli peräisin näiltä kahdelta koiralta. Näistä nartun oma sisäsiitosaste on ollut 50%, jolloin sen jälkeläiset on varmaankin olleet heti keskenään samanlaisempia kuin sisarukset yleensä.


Puhkesiko sillä vanhemmalla iällä syndrooma?

Lunnikoira yli 30 vuoden takaa. Rotutyyppi on säilynyt samana nykypäivään asti. Samalla lunniksissa on tahattomasti toteutunut se koirarotujen ja rotumääritelmien keksimisen aikakauden ihanne: "rotutyypin yhtenäistäminen" eli suomeksi saada kaikki rodun koirat näyttämään samalta. Värejä oli alkujaan enemmän, mutta vain varjostunut keltainen selvisi kannanromahduksista. Kaikki lunnikset näyttää olevan shibakielellä Ays/Ays-tuplaseesameita. Kuva: Paul Scott/Koiramme.

Akrobaattinen lunnikoira


Nyt voi sanoa, että koirarotu on saatu erikoistumaan jalostusvalinnan avulla omaan tehtäväänsä. Rakenne ja turkki on peruspystykorvaa, eikä erikoisuuksien olemassaolo sinänsä haittaa koiria. Kun lunnikoira lähestyy sinua, niin luultavasti kiinnität ekana huomiota sen käpäliin. Sen räpylöihin (mun kaverilla oli lapsena kaksi lunnista 😀 ). Niillä on ylimääräisiä varpaita. Niiden avulla on ollut helpompi kiipeillä rantakallioiden koloissa etsimässä pesiviä lunneja, joita lunnikoirat ovat kuljettaneet isännilleen. Samasta syystä lunnikoiran nikamat joustavat epätavallisen paljon ainakin niskassa ja eturaajoissa. Vaikea selittää, pitää melkein nähdä omin silmin lunnikoira demonstroimassa näitä jousto-ominaisuuksia. Vielä yksi kätevä ominaisuus kallionkolotyöskentelyyn: lunnikoira pystyy kääntämään korvanlehtensä siten, että korvakäytävä sulkeutuu tiiviisti eikä sinne pääse vettä tai pölyä. Luonteeltaan muistelen lunnisten olleen kilttejä, koirasosiaalisia ja jotenkin ihanan vaatimattomia.

Lunnikoiran etukäpälä. Kuva (c) ZorroIII (CC BY 2.5)

Ja sitten se ikävä rotuun rikastunut piirre eli alttius saada lunnikoirasyndroomana tunnettu sairaus. Liian monet lunnikset sairastuvat ennemmin tai myöhemmin elämässään tähän suoliston imeytymishäiriöön, jonka virallinen nimi on intestinaali lymfangiektasia. Samaa tautia tavataan myös muilla roduilla. Ohutsuolen suolinukan ohuet imusuonet, joissa kiertää lymfa eli imuneste ja joihin ravinnon rasvat normaalisti imeytyvät, hajoavat kun imunesteen kierto menee sekaisin. Nyt rasvojen imeytyminen heikkenee, ja hajonneiden imusuonten takia myös proteiinit ja vitamiinit voivat vuotaa takaisin suoleen.

Vaikeimmassa tautimuodossa intestinaali lymfangiektasia näkyy myös nesteen kertymisenä vatsaonteloon. Ravinteiden puutteellinen imeytyminen on vaikuttanut ihoon ja turkkiin. Tämän koiran tapauksessa hoito ei auttanut, joten ainoa vaihtoehto oli eutanasia. Jäin katselemaan kuvan lunnikoiraa pitkään ja siitä huolimatta tai ehkä juuri sen takia liitän kuvan nyt poikkeuksellisesti blogin popularisointiin. Kuva (c) Metzger, J., Pfahler, S. & Distl, O. Variant detection and runs of homozygosity in next generation sequencing data elucidate the genetic background of Lundehund syndrome. BMC Genomics 17, 535 (2016). https://doi.org/10.1186/s12864-016-2844-6 http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Taudin vaikeusaste onneksi vaihtelee siten, että lievimmillään koira on oireeton ja vain verikokeessa näkyy proteiinihukkaan ja puutostilaan viittaavia arvoja. Varsinainen vatsaoireilu voi olla lievää ja tilapäistä, tai niin rajua ja äkillistä, että koira menehtyy nopeasti. Norjassa 30% lunnikoirien kuolinsyistä on jossakin otannassa liittynyt syndroomaan. Suomessa KoiraNetissä maksan ja ruoansulatuskanavan sairaus on ollut kuolinsyynä 40/149 kuolleeksi merkityistä lunnikoirista. Lisäksi lunnikoirasyndrooma on tarkentavana tietona useilla koirilla, joiden kuolinsyyksi on merkitty muu sairaus, jota ei ole listalla. Monet menehtyneet ovat olleet jo iäkkäämpiä jalostuskoiria. Tällaista sairautta on selvästi vaikeaa vastustaa jalostusvalinnoilla. En muista, oliko akitojen autoimmuunisairauksissa sama, että ne voivat puhjeta vasta kun koira on pentueensa jo tehnyt.

"[Lunnikoiran] järjestelmällinen jalostustyö alkoi vuonna 1961. Vuonna 1964 yksi kantakoirista lopetettiin 3-vuotiaana vatsaonteloon kertyneen nesteen, takajalkojen turvotuksen ja suolistovaivojen takia. Vastaava oirekuva on sittemmin havaittu useissa tämän rodun koirissa."
Protein-losing enteropathy in the Lundehund (Flesjå ja Yri, 1977)

Lunnikoirasta saa hyvän harrastuskoiran näyttelyihin ja vaikka agilityyn samalla periaatteella kuin shibasta. Molemmat on alkukantaisia metsästyspystykorvia. Kuva (c) Canarian (CC BY-SA 4.0)

Geenitutkimuksessa on löydetty syndroomalle lukuisia ehdokasgeenejä, joissa lunniksilla on havaittu mutaatio, mutta tarkkaa syytä tai edes periytymismallia ei vieläkään tunneta. Synkin hypoteesi on se, että kaikilla lunnikoirilla olisi viallinen geenipari, mutta jokin muu asia on se viimeinen niitti joka ratkaisee, puhkeaako sairaus vai ei ja miten rajuna jos. Jotain geneettistä sen kuitenkin uskotaan olevan, ja tämän takia roturisteytyksellä on haluttu tuoda lunnikoirille niitä syndrooman osalta terveitä geenejä.
Huom. joissakin kaupallisissa geenitestipalveluissa on näkynyt jo lunnikoirasyndrooman geenitestejä, jotka etsivät ehdokasgeenien mutaatioita. Luotettavaa testiä syndrooma-alttiudelle ei oikeasti voi vielä olla tarjolla, koska kukaan ei tiedä, mistä geenistä tai geeneistä se varmuudella aiheutuu.

Toinen roturisteytystä puoltanut piirre on rodun lisääntymisongelmat. Koirien kasvattajat on raportoineet astutusongelmia (ehkä siksi että koirat on geenitasolla niin läheistä sukua keskenään), heikkoa siemennesteen laatua ja pieniä pentuekokoja. Näitä kaikkia pidetään sisäsiitosdepression tunnusmerkkeinä. Keskimääräiseksi pentuekooksi on Norjassa laskettu 2,8 pentua, ja yhden pennun pentueet kiskoo lukemaa alaspäin. Nämähän alkaa kuulostaa ihan normishiboilta. Jos KoiraNetin tilastoista kahtoo 2000-luvun puolella syntyneitä lunnispentueita, niin keskimääräinen pentuekoko on ollut lähes sama 2,9 pentua. Shiboilla vastaava pentuelukema samalta ajalta on 3,1 pentua, ja shibat on lunnikoiraa isompia koiria.

Miten rodun korkea sisäsiittoisuus näkyy geenitesteissä?


Nyt mennään populaatiogenetiikkaan, jota en osaa kovin paljon kommentoida, joten lyhyesti ja yksinkertaistettuna:

  • Ihan sama millä menetelmällä lunnikoirien DNA:ta on tutkittu, niin tulos on ollut samansuuntainen kuin sukupuuanalyysissa. DNA:ssa on tosi vähän muuntelua rodun sisällä. Tai käänteisesti, näyttää siltä, että lähes kaikilla lunnikoirilla on samalta kantakoiralta tai parilta kantakoiralta peritty DNA. Ja sitä myöten niiden geenit ja geenivirheet. Usein homotsygoottisina, eli koira on perinyt samanlaisen DNA:n sekä emältä että isältä. Ja homotsygotia tarkotti sitä, että resessiiviset geenivirheet tulevat näkyviin.
  • Harvinaisempaa DNA:ta on rodussa vähän ja se on tosi harvinaista ja sitä myöten vaarassa kadota rodusta, elleivät kyseiset koirat jätä jälkeläisiä. Tämä on kriittistä, koska tällaisella koiralla saattaisi olla rodussa harvinaisia (ehjiä!) geenejä. Tosin lunnikoiralla nämä harvinaisuudet eivät enää pysty rotua pelastamaan.

Tässä geeni = geenimuoto/alleeli.


Käytännön elämässä liika samanlaisuus näkyy geenitesteissä siten, ettei tavallinen polveutumismääritys aina toimi, koska jokainen isäehdokas on voinut periyttää pennulle samat markkerit voi tietty miettiä että mitä merkitystä sillä isän nimellä sillon edes on. Myöskään sukupuolen määritys DNA-näytteestä (jolla voi tarkistaa, että näyte todella vastaa tiettyä koiraa ainakin sukupuolen osalta) ei onnistu joka menetelmällä vaan nartut on testissä uroksia, jos narttujen kaksi X-kromosomia on keskenään niin samanlaiset että näyttävät uroksen yhdeltä X-kromosomilta.

Lunnikoira on kotoisin kylmän meren rannikkoalueilta, jossa lunninmetsästys oli aikoinaan merkittävä elinkeino. Rotu saattaa olla monta sataa vuotta vanha. Kuva (c) ZorroIII (CC BY-SA 3.0).


Juttu uhkaa mennä ylipitkäksi, joten pätkäistään tästä risteytysprojektin teoriaosa. Kakkososassa itse projektiin. Mitä on tehty ja miksi ja mitä on opittu, kun ensimmäinen risteytyssukupolvi täyttää yhdeksän vuotta. Säilyikö rotutyyppi? Saatiinko syndrooma kuriin? Oliko pentueet isompia? Montako varvasta niille tuli?

Haluan spoilata kyssän 2. Vuosi sitten, kun yksi projektia seuraavista tutkijoista piti nettiluennon aiheesta (ja mä havaitsin, että norjaa on mahdollista ruotsin perusteella lukea mutta ei ymmärtää puhuttuna xD), ei yksikään ensimmäisen sukupolven risteytyskoirista tai toisen sukupolven takaisinristeytyskoirista vielä ollut sairastunut lunnikoirasyndroomaan.

Lähteitä ja luettavaa


Protein-losing enteropathy in the Lundehund (Flesjå ja Yri, 1977)
Effective Population Size, Extended Linkage Disequilibrium and Signatures of Selection in the Rare Dog Breed Lundehund (Pfahler ja Distl, 2015)
Molecular Genetics of Sex Identification, Breed Ancestry and Polydactyly in the Norwegian Lundehund Breed (Kropatsch ym., 2015)
Variant detection and runs of homozygosity in next generation sequencing data elucidate the genetic background of Lundehund syndrome (Metzger, 2016)
Cross-Breeding Is Inevitable to Conserve the Highly Inbred Population of Puffin Hunter:The Norwegian Lundehund (Kettunen ym., 2017)
Genetic rescue of an endangered domestic animal through outcrossing with closely related breeds: A case study of the Norwegian Lundehund (Stronen ym., 2017)
Genetic Rescue of the Highly Inbred Norwegian Lundehund (Melis ym., 2022)
www.lunnikoira.fi (Suomen Lunnikoirayhdistys ry)

Viikonlopun värigenetiikka-aiheeksi valikoitui merle. Mystinen, eksoottinen ja vaarallinen merle. Varoitan jo valmiiksi, että merleen verrattuna shibojen värigenetiikka on aikasemmin ollut mukavan yksinkertaista.

Merleväritys ei tietenkään kuulu alkuperäisiin japanilaisrotuihin, mutta tämä kumma väri nyt pyrkii hyppimään roturajojen yli ja ilmestymään yht'äkkiä sinnekin, missä sitä ei aiemmin ole ollut. Shiboissa sitä on jo näkynyt, ja etenkin mameshibat on mielestäni otollinen kohde, koska niissä shiban rotumääritelmä ei muutenkaan paljoa paina (arvaatkaas, mikä on yleisin Shibalogiseen blogiin johtava hakutermi heti shiba blogin jälkeen!)

Merle, mateenväri, marmorointi

Otsikossa on kolme suomalaista termiä samalle väritykselle. Nykyisin käytössä on lähinnä kansainvälinen merle, joka kenties tulee ranskan mustarastasta tarkoittavasta sanasta. Ei mitään käryä, onko mateenvärin kantasana se kala. Molemmissa eläimissä voi kyllä nähdä tummien ja vaaleiden läiskien vuorottelua. Marmorilattia vastaa väriä mielestäni jo hyvin, vaikka "sinihomejuusto" olisi vielä parempi.

Useimmille suomalaisille tutuin merlekoira on luultavasti collie tai sheltti.

Merle voi tuottaa söpöt siniset silmät. Toisaalta sama geeni voi tuottaa myös epämuodostuneet umpisokeat silmät.

Miten merleväritys syntyy?

Hokkaidonkoiran sinisyyttä (D-lokus) käsittelevässä jutussa sivuttiin samaa asiaa. Jos sininen geeni haalistaa koiran mustaa pigmenttiä hiukan ja tasaisesti koko koirassa, niin merle (M-lokus) tekee saman mustapigmentin haalistamisen voimakkaasti ja epätasaisesti siten, että väliin jää haalistumattomia mustia läiskiä. Esimerkkikuvien shibat olisivat oikeasti siis bläkkäreitä, mutta merlegeeni on vaikuttanut niihin. Punapigmentin alueella haalistumista ei tapahdu, eli puhdas punainen merleshiba näyttäisi kai tavalliselta punaiselta. Muiden rotujen yhteydessä kuulee puhuttavan punamerlestä (red merle), mutta termi on virheellinen, ja se "puna" on mustapigmenttiä, jonka B-geeni on muuttanut näyttämään ruskealta.

Merlekuvion piiloutuminen punaisessa koirassa selittää samalla sen, miksi soopelicollie x merlecollie -yhdistelmiä ei ole aiemmin näkynyt. Nykyään soopeli (joka vastaa punaista shibaa) voidaan geenitestata merlen varalta.

Mitä merlekohdissa on tapahtunut? Geenipakkopulla

Lähdetään liikkeelle sieltä geenistä, joka merlevärisillä koirilla on erilainen. M-lokuksessa sijaitsee geeni nimeltä SILV. Niinku silver. Tämä on sen geenin vanhempi nimi ja tulee siitä, että hiirillä sama geeni saa aikaan hopeisen värityksen. Koirilla geenin toinen nimi on PMEL eli pre-melanosomiproteiini, ja tämä kuvaa sen tehtävää. Geenistä valmistuu proteiinia, joka muodostaa pigmenttisolujen pigmenttirakkuloissa säikeitä. Mustapigmentin valmistusprosessi tarvitsee jossakin välivaiheessa näitä säikeitä. Jos säikeet ei ole kunnossa, niin mustapigmentin tuotto häiriintyy ja sitä päätyy karvoihin pakattavaksi niin vähän että musta väri näyttää haalistuneen harmaalta.

Merleväri on dominantti ominaisuus

Eli merlevärisellä koiralla on PMEL-geenissä mutaatio, jonka takia pigmenttisolun tarvitsemaa proteiinia ei tuotu normaaliin tapaan. Rotumääritelmien kuvaama merleväritys syntyy vain silloin, kun ainoastaan koiran toisessa PMEL-vastingeenissä on mutaatio. Toisessa vastingeenissä mutaatiota ei ole (yksinkertaistus, jatka lukemista).

Tämä merlemutaatio on sitten aiheuttanut harmaita hiuksia myös perinnöllisyystutkijoille. Se on hyvin erikoinen mutaatio... koska se "elää".

Entäs ne mustat laikut?

Käsitän, että asiasta löytyy toistaiseksi pelkkiä arveluja. Jos mustapigmentti on joissakin kohdissa normaalia eikä haalistunutta, niin silloinhan sen kohdan pigmenttisolut ovat pystyneet tuottamaan normaalin määrän normaalia mustapigmenttiä? Aivan kuin PMEL-geenissä ei olisi tuossa kohtaa ihoa ollutkaan häiritsevää mutaatiota? No, ilmeisesti siinä on käynyt juuri näin. Koska tämä erikoinen mutaatio "elää", eli voi muuttua hiukan aina kun solu kahdentaa DNA:nsa jakautumista varten, on mutaatio hävinnyt joistakin pigmenttisoluista. Tämä on tapahtunut alkionkehityksen aikana, kun pigmenttisolut ovat jakautumalla ryömineet koko alkion ympärille. Sitten se pigmenttisolu, josta mutaatio on hävinnyt, on jakautunut lisää. Kaikki sen tytärsolut ovat olleet myös normaaleja ja muodostavat nyt sen koirassa näkyvän tumman läiskän.

Tämäkin oli yksinkertaistus. Mutaatio ei oikeasti ole kokonaan hävinnyt.

Elävä mutaatio?

Minkälainen mutaatio voi "elää"? Sellainen mutaatio, jossa muuttuu pituus. Eli osa mutaatiokohdasta voi pudota pois tai kasvaa pituutta. Solun DNA:n kahdentamisen koneistossa on sellainen heikkous, että tietynlaisten DNA-pätkien kahdentaminen on vaikeaa. Vaikka miten yritetään huolella kopioida mallista, niin esimerkiksi moneen kertaan toistuvat DNA:n kirjaimet AAAAAAAA saattaa kopioitua AAAAA, eli koneisto menee sekaisin siinä montako A:ta se on jo kopioinut ja jatkaa matkaa niin että muutama A jää välistä. Tai sitten se lisää vahingossa muutaman ylimääräisen A:n.

Merlegeenin sisään on asettunut taloksi pieni hyppivä geeni

Yritä siinä sitten toimia normaalisti, kun sisälläsi on tuollanen mutaatio.

Totta puhuen pienet hyppivät geenit eli transposonit ovat ihmisenkin genomissa järkyttävän yleisiä suhteessa siihen, miten harvoin ne oikeasti sotkevat geenin toiminnan. Koiran PMEL-geeniin asettunut transposoni on kuitenkin tällainen. Kyseinen transposoni on mallia SINE eli short interspersed nuclear element. Merlevärityksen kannalta oleellista on se, että tällä hyppivällä geenillä on häntäosa, jossa toistuu AAAAAAAA. Häntä on se "elävä" osa. Mitä pitempi häntä, sen pahemmin se häiritsee PMEL-geenin toimintaa. Jos häntä on vain lyhyt, valmistuu PMEL-geenistä riittävästi normaalia proteiinia. Jos häntä on pitkä, niin suurin osa proteiinista on epänormaalia tai sitä ei valmistu ollenkaan. Ilmiö liittyy vaihtoehtoisen silmikointikohdan käyttöönottoon lähetti-RNA:ssa, eikä siitä toistaiseksi sen enempää.  

Ei yksi vaan liukuva asteikko pituusmutaatiota M-lokuksessa

Kuten A-lokuksessa on geenimuodot (vanha tuttu systeemi) Ay, aw, at jne. niin merlevärin M-lokuksessa on myös useampia merlevärin ilmenemiseen vaikuttavia geenimuotoja. Ne vaan eroavat toisistaan siinä, miten pitkä se hyppivän geenin häntäosa on. Pituudet ei ole tarkkoja vaan lukuvälejä kuten 78-86 [DNA-mittayksikköä]. Lisäksi sama pituus voi aiheuttaa eri koirissa merlevärin erilaisen ilmenemisen. Luokittelu vaihtelee eri tutkimusten, geenitestilabrojen ja testausmenetelmien välillä. Tässä yksi merlealleeliluokittelu. Alleelien lyhenteet suluissa.

  • Normaali alleeli eli ei-merle. PMEL-geenissä ei ole transposonia. (m)
  • Piilomerle. PMEL-geenistä löytyy merletransposoni, mutta tämä ei näy koiran värissä, koska transposonin häntä on tosi lyhyt. (Mc, Mc+)
  • Haalistava tai epätyypillinen merle. PMEL-geenistä löytyy merletransposoni, jonka häntä on lyhyempi kuin tavallisessa merlessä. Tämä näkyy jo koiran värissä siten, että mustapigmentti haalistuu tasaisesti kaikkialta aivan kuten sinisen värin kanssa. Öö, eli kuviointi ei kuitenkaan ole se, mitä merleksi kutsutaan, vaikka merlegeenistä aiheutuukin. (Ma, Ma+)
  • Tavallinen merle. Tunnetuin merlekuviointi muodostuu, kun PMEL-geenin transposonin häntä on tietyn pituusvälin sisällä. (M)
  • Harlekiinimerle. PMEL-geenin transposonin häntä on ylipitkä. Merlen vaikutusalueilla mustapigmentti näyttää haalistuvan valkoiseksi asti (tai pigmenttisolut puuttuvat kokonaan?) niin että koiran kuviointi on käytännössä valkomusta eikä harmaa-musta. (Mh)

Vaaralliset ja vaarattomat tuplamerlet

"Kahta merleväristä koiraa ei saa yhdistää." Vanha periaate on hyvä ja yhä ajankohtainen. Merlevärisellä koiralla on pitkähäntäinen mutaatio vain toisessa PMEL-vastingeenissä. Vastingeenissä on joko normaali alleeli tai jokin lyhythäntäinen merlemutaatio. Kahden merlevärisen koiran jälkeläinen voi siis huonolla tuurilla periä pitkähäntäisen merlemutaation kummaltakin vanhemmalta. Tuloksena on klassinen tuplamerle, joka on väriltään lähes kauttaaltaan valkoinen. Usein tällainen koira on myös kuuro ja/tai sokea. Silmät voivat olla rakenteellisesti alikehittyneet, mutta tuplamerlen muun elimistön kehityshäiriöistä ei ole modernia näyttöä.

Solutason tapahtumista tuplamerlellä on yllättävän vaikea löytää tietoa. Sen sanotaan vaikuttavan nyt myös punapigmenttiin, mutta onko sitten niin, että tupla-annos pitkähäntäistä merlemutaatiota tuhoaa pigmenttisolut kokonaan alkionkehityksen aikana?

Ns. vaarattomat tuplamerlet on niitä koiria, joilla on ainakin toisessa vastingeenissä tosi lyhythäntäinen merlemutaatio. Esim. piilomerle/piilomerle-genotyypillä mutaation vaikutus joko näkyy hyvin vähäisenä värinmuutoksena mustapigmentin sävyssä tai ei näy mitenkään. Tavallisenkin merlen näköinen koira voi itse asiassa olla tuplamerle, jos genotyyppi on tavallinen merle/piilomerle.

Geenitestit ja erikoiset periytymiset

Merlemutaation pituuksia voi selvitellä geenitesteillä. Merlen geenitestaus tosin on pulmallista, koska merlemutaation pituus voi vaihdella saman koiran eri soluissa. Mutaation hännän pituuden vaihtelu edestakaisin solujen jakaantuessa ja sukusolujen muodostuessa voi johtaa siihen, että merlerodun merlettömältä näyttävät yksilöt ovatkin saaneet merlepentuja. Ja toisinpäin, merlekuvioinnin aste on saattanut vähentyä. Ja tämä ei sitten tarkoita sitä, että tavallisille shiboille voisi yhtäkkiä syntyä merlepentu ilman vilunkipeliä. : D Ainakin toisella vanhemmalla on täytynyt olla merlegeenissä se transposoni. Ja todennäköisyys sille, että samanlainen hyppivä geeni hyppäisi shibojen geeneissä samaan kohtaan ja saisi aikaan saman merleväri-ilmiön, on käytännössä olematon. Kaikkien merlekoirien transposonimutaatio on periytynyt samalta muinoin eläneeltä koiralta, eikä se ole shibojen esivanhempia.

Merlemysteerit

Helpompi olisi listata, mitä asioita merlestä voi pitää selvänä. 80-luvun lopun Koiramme-lehdissä oli sopivasti värigenetiikan artikkelisarja, joten laitan mysteerilistan sijaan vanhan näkemyksen merlestä. Blogin merlejuttu varmaan täydentyy ja korjautuu myöhemmin. Nyt haluan vaan nähdä etsitäänkö merle shiba merle shiba inu merle color shiba inuja jo samalla tavalla kuin mameshiboja.

Lähteitä ja luettavaa

Retrotransposon insertion in SILV is responsible for merle patterning of the domestic dog (Clark ym., 2006)

Canine SINEs and their effects on phenotypes of the domestic dog (Clark ym., 2008)

Length variations within the Merle retrotransposon of canine PMEL: correlating genotype with phenotype (Murphy ym., 2018)

Merle phenotypes in dogs – SILV SINE insertions from Mc to Mh (Langevin ym., 2018)

Being Merle: The Molecular Genetic Background of the Canine Merle Mutation (Varga ym., 2020, hyvä rewari)

http://www.doggenetics.co.uk/merle.html

Merleshibat tuotti kennel Craiyon.

"Emme tiedä, mutta analyysimme mukaan piposi koostuu melko joustavista säikeistä."

Edellisen postauksen matador-maininnasta heräsi taas kerran ajatus, että olisi hauska nähdä modernin shiba-rodun sukupuu sodanjälkeisistä kantakoirista asti. Periaatteessa tämä on jo nyt mahdollista Shibapedigree.comin tietokannassa, mutta sukupuuhun ei siellä saa värimerkintöjä kertautuvista koirista tai sisäsiitosprosenteista. Netistä löytyi koirien sukupuiden laatimiseen erillinen ohjelma, joka sisältää nämä ominaisuudet. Siispä keräilemään kantashiboja. Kaikki kunnia Shibapedigreehen rotuhistoriaa lisänneille harrastajille. Nimien romanjisointien arvailussa ja etenkin narttujen etsimisessä olisi mulla mennyt ikä ja terveys, joten hyödynsin tietokannan sukupuuta. Kriittiset jutut alta pois:

  • Tiedot sukupuussa ei välttämättä ole oikein.
  • Polveutumisketjut virallisissa rekkareissa ei välttämättä ole oikein.
  • Jos sukupuutietoja puuttuu, ilmestyy ns. valekantakoiria.
  • Sisäsiitosprosentit on todennäköisyyksiä. Käytännössä ne voi olla enemmän tai vähemmän.

Benimaru saa luvan alottaa. Koirat on nyt värikoodattu, joten muulla ei ole merkitystä kuin sillä, miten monesti tietyn värinen laatikko toistuu. Vaaleansininen pari on the ultimaattiset kantakoirat Ishi ja Koro, joita etemmäksi shibojen tunnettu sukupuu ei ulotu.

Benimaru on isä x tytär -parituksesta. Sen sisäsiitosprosentti on ollut hulppeat 33%, ja jos tämä jo järkyttää, niin lue ihmeessä eteenpäin : D Näitä isänsä konsentroituneita geenejä se sitten on itse levittänyt omille jälkeläisilleen. Mutta! Benimarun pelastaa tuo valkoinen haara eli sen emonemo Pochi, joka oli erillinen kantanarttu. Se ei toivon mukaan ollut mitään sukua tuolle värilliselle sakille. Nykyshiban kantauros Naka Go on tumma violetti/punainen piste.

Käydään läpi ne neljä klassista "verilinjaurosta", joista voi lukea Nobuo Atsumin nettisivulla.

Gen-linjan, sen kuulema edelleen relevantin ison linjan, kantauros Hakuba No Gen Go Roukakusou. Sisäsiitosprosentti 41%. Sukupuuohjelmassa ei voi valita huomiovärejä, jotka ei näköjään edes pysy vakioina, joten merkkasin punasella Naka Gon sekä ne 8. sukupolven koirat, joiden takaa se vielä olisi tulossa. Alareunassa näkyy muutamia valekantakoiria, koska mun mielestä sou-loppuset kennelnimelliset shibat ei koskaan ole niitä vuoristosta löytyneitä maatiaisia.

Sitten Tenkou-linjan kantauros Tenkou Go Jounensou. Sisäsiitosprosentti vain 16%, mistä on kiittäminen kahta "uutta" kantanarttua Mari Go ja Komahime Go, jotka vaikutti sen mustavalkoisen Korotaman kautta. Nakat + pari koiraa, joiden takaa se olisi vielä tulossa taas punamerkeillä.

Tenkoun isä Senkou on ollu jo kohtalaisen rankasti linjattu jopa ajankohtaan nähden. Sen sisäsiitosprosentiksi tulee 47%. Blogijutusta puuttuu geenitutoriaali, mutta tässähän näkyy erittäin hyvin se, että sisäsiittoisuus ei periydy. Senkou on joka tapauksessa antanut vain geenipariensa toiset puolet Tenkoulle, joten sillä ei ole Tenkoun kannalta väliä, onko ne Senkoun omat geeniparit keskenään samanlaisia. Tenkou on saanut emoltaan geenipariensa toiset puolet, ja niissä on ollut jotain muutakin kuin nakageenejä.

Ichisuke-linjan Ichisuke Go Inoguchi. Woohoo, uutta verta nakageenien sekaan! Ichisuken yhteydessä mainitaan aina Korotama (jonka uniikkius perustui sen emoon ja mummoon), mutta isänkin puolella näkyy tuollaisia kennelnimettömiä erikoisia nimiä, jotka tulkitsen kantakoiriksi. Nakat merkitty punaisella, uudet kantakoirat sinisellä. Ichisuken sisäsiittoisuus vain 5%, ja se näyttää olevan todellista eikä vain polveutumistietojen puuttumista.

Sitten vielä Matsumaru-linjan Matsumaru Go Shinshuu Nakajima. Sisäsiitos% silläkin vain 8% (mikä muuten on silti enemmän kuin nykyisin suositeltu maksimi serkusparituksen 6,25%, mutta kuulostaa edellisten jäliltä vähäiseltä), mutta sanoisin, että tässä vaikuttaa myös puutteellinen sukupuu. Isoisovanhempien sukuhaaroja loppuu kennelnimellisiin koiriin. Nakat punaisella.

Mitä merkitystä ikivanhoilla sukupuilla on vuonna 2023?

Taikasana on geenipooli. Geeniallas. Siellä uiskentelee shiba-rodun geenivalikoima, ja niistä geeneistä tänäkin vuonna syntyvät pikkushibat rakentuvat. Geenivalikoima on peräisin näiltä kantakoirilta, koska shibat on käsittääkseni olleet jo hyvän aikaa suljetun kantakirjan rotu. "Uutta verta"* ei tule ilman roturisteytystä, mutaatioiden varaan ei voi koiranjalostuksen aikaskaalassa kovin paljon laskea ainakaan hyvässä mielessä, ja jäljelläolevaa verta katoaa koko ajan. Klassiset kantaurokset oli tarkastelussa, koska ne ja niiden jälkeläiset on lisääntyneet enemmän kuin muut. Sillon niissä olleet geenit ja samalla geenivirheet on levinneet laajalle rotuun, ja syrjäyttäneet muita rodussa alkujaan olleita geenejä (ja toivon mukaan myös joitain geenivirheitä!). Ja vaikka unohdettaisiin geenivirheet, niin ainakin immuunijärjestelmän geeneihin ois hyvä olla tarjolla erilaiset geenit isältä ja emältä. Oli sen takia ihan siistiä nähdä, miten paljon tai vähän monimuotoisia ne kantaurokset ite on ehkä olleet. Korjaus: miten homotsygoottisia tai heterotsygoottisia ne ehkä on olleet. Yksittäinen koira ei tarkalleen ottaen voi olla kovin monimuotoinen, koska vastingeenejä mahtuu yhteen koiraan vain max 2 erilaista. Jäin myös miettimään resessiivisiä haittageenejä sisäsiittoisissa matadoreissa ja linjauskohteissa. Onko niillä sittenkin voinut olla enemmän merkitystä kuin yleensä, ajalla, jolloin koirat varmaankin olivat ns. tutkimatta terveitä ja lisääntyivät nuorina? Jos matadoruros on itse homotsygoottinen, niin silloin sen jälkeläiset ovat keskenään heti samanlaisempia kuin sisarukset yleensä.

*Paljon puhuttu "uusi veri" on ilmaisu ajalta ennen kuin tiedettiin mikä on geeni tai geenivirhe. Käytännössä uusi veri tarkottaa 1) ehjiä geenejä peittämään rotuun kasaantuneiden rikkinäisten geenien ilmeneminen ja 2) erilaisia geenejä etenkin rodun immuunijärjestelmän geenivalikoimaan, niin että pentu voi saada isältä ja emältä erilaiset geenit sinne. Genetiikkahifistelijät voivat korvata sanan geeni sanalla geenimuoto tai alleeli.

Oikeastaan suunnittelin jotain Mythbusters!-sarjaa shiboista, joihin helposti liitetään semmosia hienoja sanoja kuin "alkukantaisuus" tai "vähän jalostettu". No joo, ei ole vielä jalostettu kuonoja lyttyyn, mutta muistan miten ite vähän petyin kun mulle valkeni tuo sisäsiittoisuus ulkomuotojalostuksen nimissä ja miten vähistä kantakoirista tämä(kin) rotu on luotu.

Ja ihan ensimmäinen suuruudenhullu suunnitelma oli rakentaa Tiikerin tai Entsyymin koko sukupuu ja laskea niiden todelliset sisäsiitosprosentit : D Benimarun viisi sukupolvea esivanhempia alkoi aika äkkiä kuulostaa paremmalta idealta. Katsotaan miten lähelle nykyaikaa on järkeä edetä kakkososassa.

...estin itseäni käyttämästä otsikossa sanaa geenitestiviidakko. : D Kolmen edellisen jutun takia päädyin selailemaan koirien geenitestipalveluja ja tuloksia, joten iski inspis kirjoittaa niistä enemmän. Testit on kalliita, ja valituilla sanamuodoilla ne saadaan monesti kuulostamaan liiankin hyviltä. Listaan tähän muutaman oman suosikkini, siis geenitestin joita pidän oikeasti hyödyllisenä tai edes mielenkiintoisena, sekä muutamia turhakkeita. Testattavana esimerkkirotuna on shiba, jos muuta ei mainita.

"Se oli vitsi!! Ei sitä geeninäytettä KORVASTA oikeasti oteta!"

Rodun oma geenivirhe tasan yhdessä sairausgeenissä.

Kaikkein käyttökelpoisin geenitesti jalostuskoirille tai jalostuskoirien jälkeläiselle. Toisaalta mahdollistaa turhimmat rahastukset.

Rodun kantakoirassa ja jalostusmatadoreissa on aikoinaan ollut haitallisia resessiivisiä geenimutaatioita, jotka on periytyneet noin puolelle näiden jälkeläisistä ja niin edespäin. Tässä ei sinänsä ole mitään ihmeellistä, koska geenimutaatioita on kaikilla monimutkaisilla eliöillä ja ilman mutaatioita lilluisimme yhä alkuliemessä. Haitallinen mutaatio sössii geenistä valmistuvan proteiinin toiminnan. Kaikki on ok niin kauan kuin koira perii edes toiselta vanhemmalta normaalin geenin, koska siitä valmistuu toimivaa proteiinia ihan riittävästi. Ongelma syntyy, kun koira perii saman haitallisen mutaation kummaltakin vanhemmalta. Nyt sillä ei ole ollenkaan valmistusohjetta toimivalle proteiinille, ja tämä yksi proteiini olisi välttämätön elimistön normaalille toiminnalle. Varsinainen ongelma on rotukoirien sisäsiittoisuus, koska 1900-luvun keksintö rotukoirat ei tainnut lopulta sopia kovin hyvin yhteen sen kanssa, miten DNA-pohjainen elämä operoi.

Kuvitteelliset kantakoirat monimuotoisuusjutusta saapuvat vierailemaan. Kirjaimet on geenipareja. Vihreä = ehjä geeni (ihan sama ovatko tarkalleen samanlaisia vai erilaisia keskenään, kunhat toimivat). Punainen = rikkinäinen geeni, joka ei näy kantajasta. Kaikki nämä koirat on perusterveitä ja rodunomaisia. Mitä näistä kannattaisi käyttää rodun säilyttämiseen? Tarulle kiitos siluetista.

Shiboilla näitä yksittäisiä geenivirheitä on tunnistettu käsittääkseni vasta kaksi. Molemmat aiheuttavat homotsygoottisena gangliosidoosi-nimisen aivonsurkastumataudin. Käytin ilmaisua "aiheuttavat", koska näistä niin voi sanoa. Monissa geenitestiselityksissä lukee, että jokin mutaatio "liittyy" tai "on yhdistetty" (engl. "is associated with") johonkin sairauteen tai ominaisuuteen. Tämä on viisaasti varovaista tiedejargonia, jota käytetään myös tutkimusjulkaisuissa. Oikeasti tarvitaan vahvat todisteet ja perustelut, että voi sanoa tai itse tutkijana uskaltaa sanoa, että mutaatio x yksinään todella aiheuttaa asian y. En muista, olenko ite ollut kovin johdonmukainen näissä etenkään varhaisissa värijutuissa. Useat koirien viat ja sairaudet on joka tapauksessa monen geenin yhteisvaikutuksen tulosta niin että altistavien geeniversioiden etsiminen (tai korjaaminen roturisteytyksellä) on vaikeaa.

Testauskäytännöt varmasti muuttuvat tekniikan kehittyessä ja halventuessa, mutta seuraavat on kirjoitettu sillä oletuksella, että koirien kaupalliset geenitestit eivät vielä tutki koko geeniä vaan pelkästään etsivät tiettyjä mutaatioita. Shiboille järkevät testit 2022 on mun käsittääkseni tässä:

GM1-gangliosidoosi: testataan, onko koiran beta-galaktosidaasi-entsyymiä koodittavassa geenissä mutaatio c.1668delC ( = yksi DNA:n kirjain kadonnut), joka on se shiboissa esiintyvä mutaatio. Testi paljastaa oireettomat kantajat, jos mutaatio löytyy. Sen sijaan testitulos ei takaa sitä, etteikö samassa geenissä voi olla jokin uusi mutaatio, koska testi osaa etsiä vain tuota mutaatiota, mitä sen on käsketty etsiä.

GM2-gangliosidoosi: testataan, onko heksosaminidaasi-entsyymiä koodittavassa geenissä mutaatio c.618_620delCCT (= kolme DNA:n kirjainta kadonnut), joka on se shiboissa esiintyvä mutaatio.

Mutaatioita ei tarvitse muistaa ulkoa. Riittää, että testin nimessä mainitaan shiba inu.

Sekvensoin äskeisiä kuviteltuja kantakoiria vähän lisää muista geeneistä, ja mitä ilmenikään. Mitä näistä nyt kannattaisi käyttää rodun säilyttämiseen?

Shibojen gangliosidoosit on oirekuvan ja lopputuloksen osalta vastaavia kuin suomalaisen tautiperimän kolkoin tauti INCL. Jos yhden tautigeenin voisin suomalaisista lapsista kumota, niin se olisi INCL. Toivottavasti Suomessa shiboille ei synny yhtäkään gangliosidoosipentua.

Tiikeri sai shibana odotetusti vihreää valoa. Tulos ei sulje pois uudenlaisia geenivirheitä. Näiden testien osalta olisin ennemmin säästänyt rahaa.

Koirien geenitestipaneeleissa on usein mukana toista sataa eri roduissa tunnistettua geenivirhettä tai tautimarkkeria. Näissäkin tietty mutaatio joko löytyy tai ei löydy. Shiban testitulos on näistä lähes varmasti 100% clear, tai jos ei olisi, niin oltaisiin tilanteessa, jossa vaikka jokin villakoirien kantakoiran tai matadorin mutaatio olisi jotenkin päätynyt nykyisten shibojen geenipooliin. Se taas on oma aiheensa, mutta hei, juurihan puhuttiin siitä miten hokkaidonkoirilla on colliesukuisiin koiriin liitetty mutaatio. : D Ehkä se todella on ikivanha mutaatio alkukoirilta ennen rotutyyppien erkanemista. Todennäköisyys, että sama mutaatio tapahtuisi eri roduissa kahdesti, on niin pieni. Samasta syystä muille roduille tarkoitetut gangliosidoositestit ei toimi shiballa, koska ne etsivät vääränlaisia mutaatioita.

Immuunijärjestelmän geenialueen monimuotoisuustesti.

VG Davis -geenilabra kartoittaa geneettistä monimuotoisuutta useissa roduissa. Yksi osa testiä on DLA-geenialueet, jotka liittyvät immuunijärjestelmän toimintaan, ja mikä mielenkiintoista, ehkä myös immuunijärjestelmän sekoiluun á la allergiat ja autoimmuunisairaudet. Yhteys ei ole samalla tavalla selkeä ja yksinkertainen kuin gangliosidoosissa, mutta näkisin tässä testauksessa potentiaalia.

Monimuotoisuudesta ja testistä löytyy blogista erillinen juttu Shiba geenitestissä -sarjasta. DLA-geenien osalta saat shiballe tulokseksi jotain tällaista:

DLA:ssa on shiboillakin vaihtoehtoina enemmän erilaisia versioita (eri luvut) kuin millään muilla tutkituillta geenialueilla. Silti useimmilla shiboilla löytyy sekä DLA I:sta jokin kolmesta yleisimmästä versiosta (1054, 1091, 1191) että DLA II:sta myös yleisimmät kolme (2018, 2067, 2106). Tästä seuraa, että monet shibat on näiden osalta homotsygootteja eli haplotyyppi 1 (toiselta vanhemmalta peritty) on sama kuin haplotyyppi 2 (toiselta vanhemmalta peritty).

Nippelitietoa: mikä on haplotyyppi? No ainakin harvinaisen kehno termi selittämään omaa tarkoitustaan. Haplo viittaa yhteen, vain toisessa vastinkromosomissa olevaan DNA-pätkään. DLA:n tapauksessa haplotyyppi on "kolmen peräkkäisen geenin jono, jossa joka geenillä on tietty geenimuoto". Nämä peräkkäiset geenimuodot periytyvät aina yhtenä settinä. Jos shiban värigeenit E, A ja S olisivat peräkkäin samassa kromosomissa, niin yksi niiden muodostama haplotyyppi voisi olla vaikka e/Ay/sp. Kenoviiva tarkoittaa nyt eri asiaa kuin värijutuissa yleensä. Tämä koko geenimuotosarja periytyisi emolta = tämän koiran haplotyyppi 1. Isältä voisi periytyä vaikka E/at/S = tämän koiran haplotyyppi 2. Kätevyyden takia erilaisille haplotyypeille on annettu lyhyet nimet tai numerokoodit. Jos e/Ay/sp olisi 1001 ja E/at/S 1004, niin kenoviiva olisi taas värigenetiikasta tutussa tarkoituksessa ilmaisemassa emolta ja isältä perittyjä haplotyyppejä: 1001/1004.

En tiedä, onko DLA:n haplotyyppikoodit sellaisia, että joka geenistä on joka numerokoodissa erilainen geenimuoto kuten äskeisessä värigeeniesimerkissä vai onko ne osittain yhdistelmiä kuten vaikka E/at/sp ja E/aw/sp. Vielä yksinkertaistettu ja täysin keksitty spekulaatio sille, miksi DLA:n monimuotoisuutta pidetään tärkeänä asiana. Ne on immuunijärjestelmän geenejä. Jos äskeiset värigeenien haplotyypit olisivat töissä immuunipuolustuksessa, niin e/Ay/sp taistelisi valkoisia, punaisia ja pintovärisiä pöpöjä vastaan. E/at/S taas hoitelisi värikkäät, mustat ja täysväriset pöpöt. Hyvä kattavuus siis. Mutta jos koira perii saman haplotyypin sekä emältä että isältä (vaikka e/Ay/sp:n, eli se olisi samanperintäinen 1001/1001), niin immuunijärjestelmä taistelee nyt ihan hulluna valkoisia, punaisia ja pintovärisiä vihollisia vastaan - ja alkaa ehkä vainoharhaisena taistella sellaistakin vastaan mitä vain luulee valkoiseksi viholliseksi eli kehittää allergian tai autoimmuunisairauden - mutta ei ollenkaan värikkäitä, mustia ja täysvärisiä vastaan. Immuunijärjestelmässä on sentään niiden varalta muita alkeellisempia puolustuslinjoja kuin DLA. Jos menit sekaisin, niin unohda koko juttu. DLA ja värigeenit ei tiettävästi liity mitenkään toisiinsa.  

Minkä värinen tuommonen 1001/1004-shiba muuten olisi xD

Nykykäsitys on siis sen suuntainen, että ihannetapauksessa koiralta löytyisi tässä testissä neljä eri lukua, jolloin se olisi mahdollisimman eriperintäinen. Näitä kehotetaan hyödyntämään yhdistelmissä, jolloin toiseksi osapuoleksi valittaisiin mahdollisimman erilaisia lukuja testissä saanut yksilö, jos mikään muu asia ei ratkaise vaikka kahden sulhasehdokkaan välillä.

Oikeasti DLA-heterotsygotian hyödystä ainakaan shiballa ei ole vielä olemassa tutkimusta... minkä vuoksi se olisi mielestäni älyttömän hyvä tutkimusidea. Mielestäni myös ainoa realistinen tutkimusidea, jonka voisi kaupallisilla geenitesteillä toteuttaa. Ja jos on totta, että DLA-geenialueen tietyt versioyhdistelmät alkaisivat yhdistyä shiboissa liian usein tavattuun allergiaan ja atopiaan, tai vastaavasti tietyt versioyhdistelmät löytyä epätavallisen usein allergiattomista shiboista, niin tutkimuksesta voisi olla jossain vaiheessa shiboille jopa hyötyä. Testattuja koiria pitäisi olla reilusti, että tulos olisi muuta kuin sattumaa, mutta Tiikeri ja Entsyymi voi aloittaa:

Shiban ikä ja sukupuoliDLA I -versiotDLA II -versiotAllergia tai atopia yli 5-v ikäisenä
6, uros1091/10542067/2106Siitepölyallergia
4, narttu1054/10542106/2106(Ei ainakaan vielä)
Miten tulkitset? Uros on DLA-alueilta täysin eriperintäinen ja silti siitepölyallergikko. Narttu on täysin samanperintäinen, mutta ei ainakaan vielä allergikko. Koko hieno tutkimushypoteesi romahti siihen! 😀 No ei, vaan tuloksia pitäisi katsoa vasta 50-100 shiban jälkeen. Onko eriperintäiset useammin allergiattomia kuin samanperintäiset?

Värigeenit.

Geenitestien ylivoimaisesti hauskin osa: VÄRIT. Jos pidät genetiikasta, niin värigeenit on suunnilleen ainoa järkevä asia, jossa saa ilman omaa eläintarhaa riittävästi tutkimusyksilöitä, koska geenien ja ilmiasun yhteyttä voi tutkia pelkkien kuvien perusteella.

En jaksa kirjoittaa enää enempää värijuttuja, mutta shiboilla tietoa voi hyödyntää yhdistelmissä siten, ettei kahta pinton kantajaa yhdistetä. Eli jos toinen vanhempi on S-lokuksen osalta S/sp, niin toinen olisi S/S. Tällä voi estää valkokirjavien sp/sp-pentujen "riskin". Pinton kantaminen ei aina näy päällepäin edes sukkina (case Tiikeri). Ja toisin päin. Vaikka shiba on selkeästi sukallinen ja merkillinen, niin geenitesti saattaa näyttää täysväritystä S/S. Geenitestit S-lokuksen osalta ei selvästikään aina toimi kaikille japanilaisroduille. Embarkissa vaikka miten monet kishunkoirat on genotyypiltään sp/sp, vaikka valkokirjavuudesta ei ole tietoakaan. Lisäksi alan uskoa, että kishujen seesamivärityksen geenitestauksessa (vanha Ay/aw/at-systeemi) on jotain hämärää.

Vaikuttaa siltä, että A-lokuksen aikaisempi testaustapa ei testannutkaan värejä aiheuttavia mutaatioita, vaan sellaisia mutaatioita, jotka johdonmukaisesti esiintyivät yhdessä eri promoottorien kanssa. Ne olikin vain markkerimutaatioita ("associated with"), ja oikeasti eri promoottorit saivat aikaan eri värit. Tämä siis vuoden 2022 näkemys A-lokuksesta. Ja maukas muistutus siitä, miten geenitutkimus elää ja miten geeneistä ei varmasti vielä tiedetä kaikkea. Olen ite katellut mikroskoopilla tuhansia ja tuhansia tumia ja tuntuu järjettömältä, että siellä toimii monimutkainen geenisysteemi, kun ei sitä pysty näkemään. o.o

Mutta asiaan. Värigeeneissä on kiinnostavaa minkä tahansa japanilaisrodun testitulokset uudella A-lokuksen promoottoritestauksella.

Pitkäkarvaisuusmutaatiot.

Tämä meinasi unohtua, vaikka aiemmin oli tarkoitus tutkia etenkin akitan pitkäkarvamutaation esiintymistä shiboissa. Karvan pituuden mutaatioista eli varianteista ainakin muutama on mukana ominaisuuksien (traits) geenitestipaneeleissa. Muut ominaisuusmutaatioiden testit kuten pystykorvaisuus, lyttykuonoisuus, tappijalkaisuus jne. on puhdasrotuiselle shiballe imho täysin turhia, mutta ne kuuluvat yleensä automaattisesti väritestipaneeleihin.

Muutamia geenitestilabroja netissä.

Shibojen gangliosidoosit ja värit, vanhempi A-lokuksen testaus:

https://shop.labogen.com/fi/genetic-test-order/koira/shiba/ - täällä myös kätevä yhdistelmätesti shiballe (molemmat gangliosidoosit, E-lokus, A-lokus)

https://shop.embarkvet.com/products/embark-dog-dna-test-kit (ilmeisesti vain GM1-gangliosidoosi + värit + paljon kaikkea extraa, kuten rotukoostumus monirotuisille)

mydogdna.com (vain GM1-gangliosidoosi + värit + paljon kaikkea extraa)

Värit, uudempi A-lokuksen testaus, jonka pitäisi tunnistaa punaseesami:

https://vgl.ucdavis.edu/panel/dog-coat-color-basic-panel

Monimuotoisuus ja DLA:

https://vgl.ucdavis.edu/canine-genetic-diversity/shiba-inu

Vuosi 2023 on blogissa hokkaidonkoirien vuosi. Hyvää uutta vuotta!

Joulunpyhien hokkaidosarjan viimeisessä osassa päätellään ja arvaillaan hokkaidonkoiran värigenetiikkaa. Hokkaidonkoira on japanilaisroduista värikkäin. Värivalikoimaan näyttää kuuluvan samat punaiset, valkoiset, black & tanit ja seesamit kuin shiballakin, mutta lisänä on myös kainkoiralle ominainen brindle sekä mahdollinen sinisyys.

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Rotu on kuitenkin hyvin harvinainen länsimaissa. Kaikkia värejä ei Suomessa edes ole, eikä hokkaidonkoirista ole kertynyt samanlaista geenitestitietoa kuin shiboista. Koiran värigenetiikka on onneksi perusteiltaan sama kaikille roduille. Vaikeutena on selvittää, millä nimellä missäkin rodussa kutsutaan tiettyä geneettistä väritystä. Seuraavassa värilistassa on merkinnät vahvistettu (kun testitulos löytyy Embarkin tietokannasta), oletettu (kun värin genetiikka on muiden rotujen perusteella todennäköinen) ja arvailu (kun väri ei näytä omaan silmääni selkeästi tutulta.)

Kuvaesimerkit lisääntyvät ja päivittyvät vähitellen. Käytän tiedon lisäämisen nimissä myös vanhojen koirakirjojen kuvia ja otan vastaan lahjoituskuvia.

Valkoinen hokkaidonkoira (vahvistettu)

Kuva: Midori / Wikimedia Commons (CC BY 3.0)

E-lokus jakaa hokkaidonkoirat valkoisiin ja värillisiin. Valkoinen hokkaidonkoira on perinyt rikkinäisen pigmenttikytkimen geenimuodon e kummaltakin vanhemmaltaan, eli sen genotyyppi on e/e. Muiden värigeenien osalta valkoinen voi olla mitä tahansa, mutta värit eivät pysty ilmentymään. Koiran värigenetiikassa e/e on nimeltään resessiivinen punainen. Japanilaisroduissa resessiivisen punaisen punapigmentti haalistuu tuntemattomasta syystä niin vaaleaksi, että näyttää valkoiselta. Tällaiseen valkoisuuteen ei liity kuuroutta tai muita terveyshaittoja, koska kyse ei ole pigmentin puuttumisesta. Kaikilla värillisillä hokkaidonkoirilla täytyy olla E-lokuksessa myös värillisyyden geenimuoto E, eli ne ovat geneettisesti E/E tai E/e (E/e = kantaa valkoista).

Punainen hokkaidonkoira (vahvistettu)

Kuva: Canary / Wikimedia Commons (CC BY-SA 4.0)

Hokkaidonkoiran punainen väri sijaitsee A-lokuksessa. Punaisuuden geenimuoto Ay on dominantti kaikkiin muihin A-lokuksen väreihin nähden, joten genotyyppi voi olla Ay/Ay tai Ay/mikä tahansa (vanha A-lokuksen luokittelu), tai dominanttikeltainen/dominanttikeltainen tai dominanttikeltainen/mikä tahansa (uusi A-lokuksen luokittelu). Punaisella hokkaidonkoiralla voi olla selässä mustaa sävytystä, mutta tämä ei tee siitä seesamia.

Seesami (aw) hokkaidonkoira (oletettu)

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Hokkaidonkoirilla esiintyy väritystä, joka näyttää ensisilmäyksellä lähinnä harmahtavan mustanruskealta. Tumma sävytys ulottuu päähän ja kuonolle sekä alas etujalkoja pitkin samalla tavalla kuin black & tan -koiran musta väri. Shikokunkoiralla ja shiballa tätä väriä kutsutaan seesamiksi, mustaseesamiksi, agoutiksi tai aw-seesamiksi. Aiheuttaja on A-lokuksen aw-geenimuoto. Genotyyppi on vanhassa luokittelussa joko aw/aw tai aw/at, eli aw-seesami voi kantaa black & tania. Uudessa luokittelussa genotyyppien nimet on agouti/agouti tai agouti/mustaselkäisyys. Koiran värigenetiikassa aw tunnetaan myös riistanvärinä, agoutina ja sudenharmaana.

Ja tuo sudenharmaa on englanninkielisiä nettisivuja lukiessa ongelma, koska "wolf gray" näyttäisi hokkaidonkoiralla tarkoittavan muuta kuin aw-seesamia. Tästä lisää bläkkärin jälkeen.

Black & tan hokkaidonkoira (oletettu)

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Selkeästi yleisvaikutelmaltaan musta koira, jolla on vaaleita/punaruskeita tan-merkkejä jaloissa, kuonossa, kaulassa ja rinnassa, usein myös otsapilkkuina. Väritys aiheutuu A-lokuksen geenimuodosta at. "Bläkkäri" on nykyisissä japanilaisroduissa resessiivisin A-lokuksen väri, joten ainoa mahdollinen genotyyppi on at/at (vanha luokittelu) tai mustaselkäisyys/mustaselkäisyys (uusi luokittelu). Tästä seuraa se, että bläkkäri ei kanna muita A-lokuksen värejä.

Sudenharmaa / vaaleanharmaa / tuhkanharmaa / hopeaseesami (arvailua)

Mikä on tämä kummallinen väritys, johon viitataan japaniksi kanjeilla 狼灰 ? Merkityksenä on susi + harmaa tai susi + tuhka. Englanniksi käytetään ilmaisua wolf grey, mikä menee helposti sekaisin aw-seesamin kanssa. Netissä näkemäni sudenharmaat hokkaidonkoirat näyttävät joltain, mikä tuo mieleeni termin hopeaseesami. Hopeaseesami mainitaan joskus japanilaisrotujen yhteydessä, mutta en ole vielä nähnyt yhtäkään esimerkkikuvaa. Sudenharmailla hokkaidonkoirilla on vaalea pohjaväri (punainen?) ja sen päällä haalea tumma sävytys, niin että koira todella näyttää hiukan hopeiselta. Tumma sävytys ulottuu päähän asti, mutta en erota ays-punaseesamishiballe ominaista piikkikuviota otsalla. Arvailua värin genetiikasta:

  • Kyseessä on sittenkin vastine shiban ays-seesamille, jota ei voi sanoa punaseesamiksi, koska turkin punainen on niin vaaleaa. Tällöin genotyypin vaihtoehdot A-lokuksessa olisivat ays/aw tai ays/at (vanha luokittelu), tai varjostunut keltainen/agouti tai varjostunut keltainen/mustaselkäisyys (uusi luokittelu). Huom. vanhan luokittelun geenitestit eivät oikeasti tunnista ays-geenimuotoa vaan testituloksena olisi geneettisesti punaiselta näyttävä Ay/aw tai Ay/at. Pidän todennäköisimpänä vaihtoehtona.
  • Kyseessä on ns. tupla-ays-seesami eli genotyyppi ays/ays. Shiballa tällainen on tavanomaista punaseesamia haaleammin sävyttynyt... mutta myös älyttömän harvinainen. Hokkaidonkoirissa pitäisi tässä tapauksessa löytyä myös tummempia ays-seesameita. Pidän hyvin epätodennäköisenä.
  • Kyseessä on D-lokuksen diluution (d/d) takia haalistunut black and tan tai aw-seesami. Tämä oli ensimmäinen ajatukseni ja hauska olikin, mutta sudenharmaa ei näytä haalistuneelta bläkkäriltä eikä tumma sävytys seuraa aw-seesaminkaan kuvioita esim. etujaloissa. Hyvin epätodennäköistä.
  • Kyseessä on D-lokuksen diluution (d/d) takia haalistunut ays-seesami, mutta tässä tulee taas se ongelma, että haalistumattomia ays-seesameita pitäisi silloin löytyä. Hyvin epätodennäköistä.
  • Kyseessä on jokin hokkaidonkoirille ominainen A-lokuksen geenimuoto, jota ei vielä ole tunnistettu. A-lokusta ei ikinä pidä aliarvioida, joten tämä vaihtoehto on mahdollinen.
  • Kyseessä on sama geeniyhdistelmä, joka aiheuttaa siperianhuskyn hopeanharmaan värin. Äkkiä katsottuna ne ainakin näyttävät samankaltaiselta, ja Hokkaido on pohjoisessa. Tällöin kyse olisi aw-seesamista, jota E-lokuksen geenimuoto "muinainen punainen" (eA) vaalentaa. Muinaisen punaisen löytymisen yhteydessä tosin oli geenitestattu 14 hokkaidonkoiraa, eikä tätä geenimuotoa havaittu ainakaan niissä yksilöissä.

Brindle hokkaidonkoira (vahvistettu)

Kuva (c) Koyama Hiroshi / Lives of Japanese Dogs.

Brindlellä eli tiikeriraitaisella koiralla on mustia raitoja. Raidat näkyvät selvästi vain punapigmentoituneiden alueiden päällä. Brindleen liittyy K-lokus, ja koko raidoittumisilmiö on sangen monimutkainen. Brindlestä voi lukea blogissa erillisen jutun, joka löytyy googlaamalla tai hakemalla 'tiikeriraitainen koira', joten en avaa sitä tässä enempää. Paitsi sen, ettei varsinaista brindlen geenimuotoa tunneta. Geenitestissä brindle koira saa K-lokukseen testituloksen KB/ky, ja jos testi ei huomioi rodun värivaihtoehtoja, niin tuloksen selityksenä voi olla "täysmusta väritys" kuten Embarkin brindlehokkaidolla näyttää olevan. Käytännössä brindlekuviointi muodostuu A-lokuksen osalta punaiselle koiralle.

"Musta" tai merkkivärinen brindle hokkaidonkoira (oletettu)

Mitä tapahtuu, jos brindlekuviointi osuu A-lokuksen osalta black & tan -väriseen koiraan? Mustat raidat näkyvät vain punapigmenttialueilla, eli niissä tan-merkeissä. Bläkkärin vaaleat kohdat raidoittuvat monesti niin hyvin, että koko koira näyttää lähes mustalta. Mustat hokkaidonkoirat mainitaan joskus erikseen bläkkäreiden lisäksi. Kyse voi hyvin olla silloin brindlekuvioidusta bläkkäristä. Nykyisissä japanilaisroduissa ei vaikuta esiintyvä varsinaisia geneettisen täysmustan geenimuotoja eli dominanttimustaa K-lokuksessa (KB) tai resessiivistä mustaa A-lokuksessa (a). Pikakertaus: monet geenitestipalvelut raportoivat brindlen testituloksen muodossa KB/ky, ikään kuin koira olisi dominanttimusta.

Seesami tai sudenharmaa hokkaidonkoira brindlekuviolla (arvailua)

Hokkaidonkoira on niitä harvoja rotuja, joissa esiintyy sekä aw-riistanväriä että brindleä. Mulla ei ole mitään käsitystä, miltä brindlekuvioitu aw-seesami näyttäisi. Näitä odotellessa. Sudenharmaa oletettavasti saisi voimakkaan mustat raidat siten, että pohjavärinä olisi vähemmän voimakas musta sävytys. Näitäkin odotellessa.

Sininen hokkaidonkoira (arvailua)

Se hypoteettinen sininen olisi A-lokuksen osalta black & tan, mutta D-lokuksen diluutioalleeli homotsygoottisena (genotyyppi d/d) haalistaisi mustan sinertävänharmaaksi. Tai vain harmaaksi. Mustan värin muuttuminen näkyisi myös brindlen koiran raidoissa. Sinisestä hokkaidonkoirasta löytyy blogista oma juttunsa.

Ruskea ja liila hokkaidonkoira (arvailua)

Hokkaidonkoiran epäviralliselta sukupuusivustolta löytyy koira, jonka geenitestitulokset on listattu sen tietoihin. Tämä hokkaidonkoira on merkitty B-lokuksen osalta ruskean värin kantajaksi (B/b). Ruskea käyttäytyy kuin sininen, eli muuttaa mustan pigmentin ruskeaksi sekä karvassa että nenässä. Jos hokkaidonkoirilla todella esiintyy tätäkin resessiivistä geenimuotoa, tulee ruskean (genotyyppi B-lokuksessa b/b) ja jopa liilan (genotyyppi B-lokuksessa b/b ja D-lokuksessa d/d) pennun syntyminen mahdolliseksi. Eli hypoteettinen sininen muuttuu vielä hypoteettisemmaksi liilaksi, jos sama bläkkärikoira onnistuu perimään vanhemmiltaan sekä sinisyyden että ruskean geenit. Myös punaisella, valkoisella ja seesamilla ruskea genotyyppi b/b näkyy nenän ja mustien kynsien muuttumisena ruskeiksi. (Ja oletettavasti seesamin karvan mustat osat olisivat ruskeita, joten ties miltä tällainen koira näyttäisi. Punaruskealta?) Mustan värin muuttuminen näkyisi nytkin myös brindlen raidoissa.

Hokkaidonkoiran värigenetiikkaa geenitesteillä

Geenitestaus on nykyään helppoa, koska verinäytettä ei tarvita. Käytännössä saat postissa kirjekuoren, joka sisältää muutaman koronatestin näytteenottotikkua muistuttavan harjan. Näitä pyöritellään koiran posken limakalvoa vasten, ja postitetaan mukana tulleessa kirjekuoressa laboratorioon. Hokkaidonkoiralla ei esiinny merleä, joten niiden osalta väritestaus on viihdettä, ellei sinisyydestä tule iho-ongelmien takia yhdistelmissä vältettävä asia. Olisi hauska selvittää, onko diluutiomutaatio (ja oletettu ruskean värin mutaatio) rodussa yleinenkin vai yksittäisen linjan ilmiö. Jos geenitestaat hokkaidosi värit, niin kerro muuttuuko jokin listan oletetuista ja arvailluista genotyypeistä vahvistetuksi. Ja jos saat jostain sudenharmaan hokkaidonkoiran, niin geenitestaa sen värit. Heti. Mä maksan : D

Huomasin tämän jutun kirjoittamisen ansiosta, että UC Davisin geenitestilabra on päivittänyt A-lokuksen testaustaan uuden systeemin mukaiseksi. Geenimuotojen nimiksi on otettu ASIP-DY (dominanttikeltainen eli vanha Ay), ASIP-SY (varjostunut keltainen eli vanha ays), ASIP-AG (agouti eli vanha aw) ja ASIP-BB (mustaselkäisyys eli vanha at). "ASIP" meinaa näissä A-lokuksesta tuottuvan pikkuproteiinin nimeä.

https://vgl.ucdavis.edu/panel/dog-coat-color-basic-panel

Lähteitä ja luettavaa

Blogin Värit-kategoriasta löytyvät jutut.

Kuvankäsittelyllä siniseksi jalostettu hokkaidonkoira. Alkuperäinen kuva: Magdalena Niemiec / Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Embarkin geenitestatuista hokkaidonkoirista löytyi yksi kaveri, joka oli merkattu turkin väriin vaikuttavan diluutiogeenimuodon kantajaksi. Uusi värigeeni japanilaisrotuihin! Shibojen värigenetiikka on lopulta aika yksitoikkoista (vain A- ja E- ja S-lokukset), ja muut japanilaiset toivat aiemmin mukanaan vain brindlen (K-lokus). Jos testitulos on totta, niin hokkaidonkoirissa esiintyy muuntelua myös D-lokuksessa. Tällöin on mahdollista, että kahdelle diluution kantajalle syntyy pentu, jonka musta pigmentti on haalistunut harmaaksi. Monissa roduissa tätä kutsutaan siniseksi väriksi.

Sininen chow. Diluutiota esiintyy myös shar peillä, joten mutaation uskotaan olevan ikivanha. Kielen sinisyys ei tiettävästi liity D-lokukseen. Kuva: Vladimir Gubanov / Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Häiriö pigmentin kuljetuksessa haalistaa karvan

Pigmenttiä toimitetaan pakattavaksi kasvavaan karvaan pienissä pigmenttirakkuloissa eli melanosomeissa. Jos pigmenttirakkuloiden liikenteessä on häikkää, ne eivät kulkeudu normaalisti sinne minne pitäisi ja sulautuvat yhteen jättikokoisiksi rakkuloiksi. Lopputuloksena on tavallista haaleampi karvapeite. Oletuksena ilmeisesti on, että pigmentti itsessään on tavanomaista, mutta sitä ei päädy karvaan yhtä paljon ja tasaisesti kuin yleensä. D-lokuksessa (sanasta diluutio, laimeneminen) sijaitseva melanofiliini-geeni (MLPH) ja sen koodittama proteiini osallistuvat pigmenttirakkuloiden liikennöintiin. MLPH-geenin mutaatiot on yhdistetty värin haalistumiseen. Erilaisia D-lokuksen diluutiomutaatioita tunnetaan tällä hetkellä kolme, ja ne kaikki ovat resessiivisiä.

Musta ja sininen dobermanni. Haalistuminen näkyy mustissa osissa mutta ei punaruskeissa tan-merkeissä. Kuva: Pharaoh Hound / Wikimedia Commons (CC BY-SA 2.0)

D-lokuksen mutaatio haalistaa selkeästi vain mustapigmentin

Värigenetiikan perusteiden kertausta: kaikki koirien värit aiheutuu vain kahdesta eri pigmentistä. Mustapigmentti on se musta (duh) ja punapigmentti eri sävyissä vastaa kaikesta muusta valkoisenvaaleasta keltaiseen ja syvänpunaiseen. Lisäksi pigmenttisolujen totaalinen puuttuminen näkyy kirkkaanvalkoisena "värinä". Samaan karvaan voidaan pakata molempia pigmenttilajeja ainakin vuorotellen. En tiedä, voidaanko musta- ja punapigmenttiä sekoitella samaan karvaan yhtäaikaisesti, ehkä ei? Siinä heti yksi kysymys mysteerilistalle.

Tuossa oli kuvattu yksinkertainen lähtötilanne, jossa mustapigmentti todella näyttää mustalta ja punainen punaiselta. Sitten on olemassa eri värigeenejä, jotka mutatoituneina tekevät jotain näille peruspigmenteille niin että turkin väri silminnähden muuttuu. D-lokuksen diluutiomutaatioille on ominaista se, että haalistumisen "uhriksi" joutuu selkeimmin mustapigmentti. Eli kaikki saman koiran normaalisti mustat kohdat. Punapigmentoidun karvan uskotaan haalistuvan myös hiukan, mutta vaikutusta ei yleensä huomaa värissä.

Chowin sininen nenä. Sinisyys erottuisi paremmin, jos vieressä olisi musta nenä. Kuva: Wimbows/Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Nenä paljastaa sinisyyden

D-lokus on niitä värilokuksia, joiden vaikutus ulottuu karvan pigmentoitumisen lisäksi ihoon. Ainakin osa diluutiomutaatioista aiheuttaa homotsygoottisena ainakin joissain roduissa kirsun, silmäluomien ja jopa silmän värin haalistumista. Sinisestä kirsusta voidaan erottaa "geneettisesti sininen" koira silloinkin, kun haalistuminen ei näy sen punapigmentoituneessa turkinvärissä.

Miltä näyttäisi sininen hokkaidonkoira?

Lasketaan yhteen hokkaidonkoiran värivalikoima ja mustapigmentti. Suomenkielisessä rotumääritelmässä hokkaidonkoiran väreiksi luetellaan "seesami (mustan, punaisen ja valkoisen karvan tasainen yhdistelmä), juovikas (brindle), punainen, musta, musta ruskein merkein (black and tan) tai valkoinen". Ulkomaisissa lähteissä mainitaan vielä näiden lisäksi "sudenvärinen". D-lokuksen diluutiomutaatio homotsygoottisena voisi näyttää siltä, että

  • Bläkkärin mustat alueet olisivat harmaansinertäviä. Tan-merkit (ja urajiro?) pysyivät ennallaan.
  • Musta olisi kauttaaltaan harmaansinertävä (paitsi urajirosta?)
  • Brindlen raidat olisivat harmaansinertäviä.
  • Seesamit olisivat vaaleanharmaita.
  • Punaisilla ja valkoisilla voisi olla pelkät siniset nenät ja vaaleat silmät.

Tai sitten edes mustapohjaiset värit eivät silminnähden haalistuisi sinisiksi, kuten joillakin diluutioroduilla tai -yksilöillä näyttää olevan. Nenät olisivat ehkä silti sinertäviä.

Haitallinen väri?

D-lokus on niitä harvoja värilokuksia, joihin on yhdistetty terveyshaittoja. "Sinisen koiran syndrooma" vaivaa joitakin rotuja, joissa sinisyyttä esiintyy. Karva on tällöin huonolaatuista, harvaa ja katkeilevaa. Vaikutus voi ulottua myös ihoon, joka hilseilee/halkeilee, ja johon voi siksi iskeä bakteeritulehdus. Syynä pidetään niitä jättikokoisia yhteensulautuneita pigmenttirakkuloita ja pigmentin kertymistä vääriin paikkoihin. Tarkka tautimekanismi ei ilmeisesti ole vielä tiedossa, mutta oireilevilla sinisillä koirilla pigmenttikertymien on havaittu ulottuvan ihon epidermikseen asti, kun taas oireettomilla ne rajoittuivat karvatupen alueelle.

Millaista hokkaidonkoirien värigenetiikka on?

Tällainen kysymys heräsi puolivälissä jutun kirjoittamista : D Ajattelin, että pärjäisin shibojen perusteella ihan hyvin, mutta sitten huomasin etten edes tiiä onko hokkaidonkoirilla urajiroa vai ei. Entä mitä on mustat hokkaidot, jos black & tan on eri asia? Ja seesamit ja sudenharmaat, jotka on myös kaksi eri väriä? Itse asiassa ajattelin, että mitä jos seesami olisi kuin shiballa ja sudenharmaa tämä diluutioharmaa, mutta ei sentään. Realistisempi ajatus oli, että seesami on Ays-punaseesami ja sudenharmaa aw-seesami, mutta kahden näkemäni hokkaidonkoiran perusteella (kiitokset Nihonken Suomen ryhmälle) tämäkään ei näytä olevan totta. Etenkin sudenharmaa hokkaidonkoira on jotenkin tosi erikoisen näkönen. Embarkin muutamat värigeenitestatut hokkaidot on kaikki A-lokuksen osalta Ay/Ay-punaisia. Jos rotu säilyy, ja toivottavasti säilyy, ja yleistyy länsimaissa, niin tietoa alkaa vähitellen kertyä enemmän.

Tässä vielä alun valesininen hokkaidonkoira alkuperäisessä värissään. D-lokuksen diluutio ei tekisi valkoisesta sinistä mitenkään. Kuva: Magdalena Niemiec / Wikimedia Commons (CC BY-SA 3.0)

Lähteitä ja luettavaa

MLPH Genotype—Melanin Phenotype Correlation in Dilute Dogs (Welle ym., 2009) (Drögemüller ym., 2007)

A noncoding melanophilin gene (MLPH) SNP at the splice donor of exon 1 represents a candidate causal mutation for coat color dilution in dogs

A Third MLPH Variant Causing Coat Color Dilution in Dogs (Van Buren ym., 2020)

http://www.doggenetics.co.uk/dilutes.html

http://www.kolumbus.fi/~w425013/koirat/sininen.html

2023 on blogissa hokkaidonkoiran vuosi. On jo aika selvittää, mikä oli koirakirjoissa mainittu salaperäinen ainu, joka kuulosti niin kauniilta, samalla kun koko Japani kuulosti vielä tavattoman kaukaiselta. Ajattelin ottaa varaslähdön uuteen vuoteen ja kirjoittaa blogiin siitä ainoasta löytämästäni hokkaidokohtaisesta tutkimusjulkaisusta. Yksi paperi, rento ja nopea homma joululomalle.

Hokkaidonkoira näytti sinistä kieltä ja totesi, että onnea yritykseen.

Aloitetaan vaikka tuosta CEA-lyhenteestä, eli collie eye anomalysta. Joo, mitä ihmettä länsimaisiin paimenkoiriin yhdistetty perinnöllinen ominaisuus tekee kaikkein alkukantaisimpana pidetyssä japanilaisessa metsästyspystykorvassa? Ja jos ja kun mätsäävä geenimutaatio tunnetaan, niin miten mutaatio on voinut yleistyä niin massiivisesti sekä pitkäkarvaisessa colliessa että hokkaidonkoirassa, että geenitestitulos normaali/normaali on paremminkin harvinainen löydös? Kenties kaikkein omituisin asia on se geeni, johon mutaatio on osunut. NHEJ1 on itelleni valmiiksi tuttu aivan muista yhteyksistä. Kyseessä ei taatusti ole mikään "silmägeeni."

Ainakin aihe on mielenkiintoinen. Halusin myös nähdä, miten tutkimusryhmät selittävät collien geenivirheen japanilaisrodussa. Lähdetään purkamaan hokkaidonkoiran CEA-ilmiötä. Huom! En ole eläinlääkäri enkä silmätutkija. Kerro heti, jos havaitset tekstissä virhetulkintoja.

CEA eli collien silmän poikkeavuus johtuu kehityshäiriöstä

Kierrätys on päivän sana, joten tässä ihmisen silmä shibojen glaukoomajutusta. Ympyröidyn kammiokulman voi nyt unohtaa ja keskittyä silmän takaosan "kerroksiin" eli kovakalvoon, suonikalvoon ja verkkokalvoon. Näkemisen kannalta kriittinen verkkokalvo köllöttelee suonikalvon päällä. Alkuperäinen kuva: Cancer Research UK / Wikimedia Commons. Kuvaan vaihdettu suomennokset ja lisätty ympyröity kohta.

Poikkeavuudet aiheuttaa se, että silmän suonikalvo ei kehity sikiökaudella joka kohdasta normaalisti. Suonikalvo sisältää nimensä mukaisesti verisuonia, jotka ravitsevat ja hapettavat verkkokalvon herkkiä hermosoluja. CEA-silmässä suonikalvon verisuonet voivat olla paikoitellen liian harvassa ja paikoitellen omituisen kiemuraisia. Suonikalvosta ja sen päällä olevan verkkokalvosta voi paikoin puuttua pigmentti, eli silmätutkimuksessa silmänpohjasta näkyy ns. läpi. Näköhermossa tai sen lähellä voi myös olla kuoppa tai reikä, jos sikiökudos ei ole sulkeutunut onnistuneesti. Kehityshäiriö näkyy jo pienessä alkiossa, eli vika on synnynnäinen.

Verisuonten rakennepoikkeamat eivät etene enää syntymän jälkeen, mutta se pahin CEA-juttu eli verkkokalvon osittainen tai kokonainen irtoaminen voi tapahtua myös myöhemmällä iällä. Verkkokalvo voi irrota, jos sen alla oleva suonikalvo on niin monesta (laajasta) kohdasta niin poikkeava, ettei verkkokalvo enää pysy siinä kiinni. Koiran näköä on hankala testata, mutta nykykäsitys CEA-löydöksistä ja vaikutuksista näkökykyyn näyttäisi olevan seuraava:

  • suonikalvon pienet epänormaalisti kehittyneet alueet: vaikutus näköön vähäinen/olematon
  • kuopat tai reiät (koloboomat): pienillä ei vaikutusta, suuret heikentävät näköä
  • verkkokalvon irtoaminen: silmä on sokea
Kennelliitto käyttää silmätarkkituloksissa samaa CEA:n kolmijakoa. CRD/CH = chorioretinal dysplasia/choroid hypoplasia eli suoni(verkko)kalvon kehityshäiriö. Coloboma = näköhermon kuoppa tai reikä. Ablaatio = verkkokalvo irronnut. Tämän collien aiemmassa silmätarkissa ei vielä mainittu ablaatiota, joten CEA on sillä edennyt pahimpaan muotoon.

CEA:lla on havaittu yhteys geenimutaatioon

Collien silmäpoikkeamat on tunnettu iät ja ajat, tai ainakin niin kauan kuin silmänpohjia on tähystetty. Yksi CEA:aan yhdistyvä geenimutaatio raportoitiin vuonna 2007. Tämän tutkimuksen CEA-diagnosoiduilla koirilla löytyi sama NHEJ1-geenin deleetio molemmista vastinkromosomeista, eli ne olivat perineet mutaation molemmilta vanhemmiltaan ja olivat sen suhteen homotsygootteja. CEA-terveillä mutaatio oli vain toisessa vastinkromosomissa (CEA-kantajat) tai ei kummassakaan (CEA-vapaat).

NHEJ1-geeni koodittaa proteiinia, joka osallistuu poikki menneen DNA:n korjaamiseen. Siitä tulee lyhenne non-homologous end joining factor. DNA:n katkeaminen on solulle hirvittävä katastrofi, joten NHEJ1 työskentelee lukuisissa eri kudoksissa. Toki millä tahansa proteiinilla voi olla vielä muita tuntemattomia tehtäviä. CEA:n tapauksessa havaittu mutaatio on sellainen, että geenistä puuttuu tietty osa oletetulta säätelyalueelta. Deleetio sijaitsee intronissa, eli proteiinin valmistusohjeen ei pitäisi sen takia muuttua, mikäli proteiinia yhä tuottuu normaaliin tapaan.

Geenin osa, jonka deleetio hävittää, on säilynyt samankaltaisena kaikilla nisäkkäillä. Tämä viittaa siihen, että osa on tärkeä. Sen alueella sijaitsee useita sitoutumiskohtia geenien toimintaa sääteleville proteiineille. Jos NHEJ1-proteiini ei itse aiheuta CEA:ta, on aivan sen naapurissa sijaitseva geeni/proteiini IHH varteenotettava ehdokas. Kuulostaa ehkä oudolta, mutta yhden geenin sisällä sijaitseva mutaatio voi vaikuttaa toisen geenin toimintaan, koska geenit on solussa kolmiulotteisessa sykkyrässä niin että DNA-juosteessa erillään olevat kohdat onkin oikeasti vierekkäin. IHH (Indian Hedgehog) liittyy solusignalointiin ja solujen erilaistumiseen alkionkehityksen aikana. IHH-spekulaatio on esitetty jo 2007, mutta julkaistuja tutkimuksia aiheesta ei näytä löytyvän vieläkään. Päivitys: onpas sittenkin kehitetty poistogeeninen hiiri, jolla ei ole IHH-geeniä lainkaan. Vaikutusta silmän kehitykseen ei havaittu, joten mystery intensifies.

Sitten on vielä lukuisat uudemmat tutkimukset, joissa NHEJ1-deleetiomutaatio ei olekaan ennustanut CEA-diagnoosia edes colliella. Tilanne vaikuttaa melkoisen sekavalta.

Lyhyt versio CEA-geenimutaatiosta (2022): NHEJ1-deleetiomutaatio voi olla monissa roduissa tai populaatioissa toimiva markkeri CEA:lle. NHEJ1 ei luultavasti itse ole se proteiini, joka aiheuttaa CEA:n. Asiaan voi liittyä ns. epätäydellinen penetranssi, jolloin geenitestin perusteella "sairas" genotyyppi ei saakaan CEA-diagnoosia. CEA:n alle niputetut löydökset eli suonikalvon kehityshäiriö ja näköhermon kuopat/reiät saattavat olla eri geenivirheiden aiheuttamia.

Geenitesteihin kannattanee suhtautua tietyllä varauksella ainakin siihen asti, kunnes sairautta tai ominaisuutta aiheuttava mutaatio on selkeästi näytetty. CEA:n kohdalla näin ei vielä ole.

Hokkaidonkoirilla collien CEA-geenimutaatio on yleinen

Vihdoinkin päästiin siihen hokkaidotutkimukseen. Ensimmäinen CEA-diagnosoitu hokkaidonkoira raportoitiin eläinlääketieteen kirjallisuudessa vuonna 2012. Löydös tehtiin sattumalta, kun koiraa hoidettiin silmäluomen kiertymän takia. Geenitestissä paljastui, että koira oli homotsygootti NHEJ1-mutaation suhteen. Tutkimukseen geenitestattiin lisäksi 17 muuta hokkaidonkoiraa kolmesta eri kennelistä. Näistä kantajia oli 12 ja homotsygootteja 5, eli mukaan ei osunut yhtäkään mutaatiosta vapaata koiraa. Koirien silmiä ei tutkittu. Tutkimusjulkaisussa pohditaan collien mutaation päätymistä hokkaidonkoiraan. Vaihtoehtoja on kolme:

  • nykyisillä hokkaidonkoirilla on taustalla roturisteytyksiä colliesukuisten koirien kanssa, mutta tämä torpataan rotujen erilaisen ulkomuodon perusteella
  • sama mutaatio olisi tapahtunut itsenäisesti myös hokkaidonkoirissa, mutta tämä torpataan todennäköisyyksien perusteella
  • mutaatio on vanhempaa perua kuin on uskottu ja päätynyt sekä colliekoiriin että hokkaidonkoiriin muinaiselta yhteiseltä esivanhemmalta, ja tätä pidetään todennäköisimpänä selityksenä.
Embarkin avoimessa geenitestien tietokannassa heti ensimmäinen katsomani hokkaidonkoira oli CEA-mutaation kantaja. Sen värigeeneistä löytyi toinen kiinnostava juttu, koska se näytti olevan myös D-lokuksen diluutiomutaation kantaja. En ole ennen nähnyt japanilaiskoirilla diluutiogeenejä. Tarkottaako tämä sitä, että voi olla olemassa sinisiä ja shampanjanvärisiä hokkaidonkoiria?

En osaa vielä sanoa hokkaidonkoiran viimeisimmistä pullonkaulavaiheista, mutta shibojen ja akitojen jäliltä erilaiset roturisteytykset ei kuulosta liian kaukaa haetulta. Ulkomuoto ainakin palautuu parissa sukupolvessa. Jos näin on, niin uusi ihmetyksen aihe on tuo NHEJ1-mutaation yleisyys roduissa. Ihan kuin se antaisi jotain valintaetua ja tehostaisi omaa leviämistään. Toisaalta ruotsalaisten collieiden pentuedata ajalta ennen mutaation löytymistä näytti siltä, että pentueluku oli pienempi yhdistelmissä, joissa toisella vanhemmalla oli diagnosoitu näköhermon kuoppa/reikä ja toisella suonikalvon kehityshäiriö. Kahden suonikalvon kehityshäiriöisen yhdistäminen sen sijaan ei poikennut terve x terve -yhdistelmien pentueluvusta.

Shiboilla ei havaittu CEA-mutaatiota

Pitkästä aikaa hyviä tutkimusuutisia shiboille. Koska NHEJ1-mutaatio näytti yleiseltä hokkaidonkoirassa, niin oli aiheellista tarkistaa, löytyisikö sitä muistakin aasialaisroduista. Tässä tutkimuksessa oli mukana 208 shibaa, 136 koreanjindoa ja 33 ryukyunkoiraa. Tulos: 0 kpl mutaatioalleelia, eli näissä roduissa ei havaittu edes yhtä CEA-kantajaa.

Ryukyunkoiria. Lue seuraava kappale, jos harkitset omaa ryukyunkoiraa. Kuva: Ryukyu Mike / Wikimedia Commons.

Samalla tutkittiin toisen colliemutaation MDR1:n esiintymistä. Tämä on se geenimutaatio, joka tekee jo kantajista erittäin alttiita mm. ivermektiiniä sisältäville matolääkkeille. Tulos: CEA-mutaatio ja ivermektiinimutaatio eivät esiintyneet systemaattisesti yhdessä. Hokkaidonkoirista, shiboista ja jindoista MDR1-mutaatiota ei löytynyt lainkaan, mutta 33 ryukyunkoirasta 6 oli tämän geenivirheen kantajia. Havainto on genetiikan kannalta jälleen kiinnostava, koska colliesukuisten koirien MDR1-mutaation uskotaan olevan peräisin yksittäiseltä koiralta, joka on elänyt Iso-Britanniassa 1800-luvulla. Jotakin reittiä mutaatio on sitten löytänyt tiensä Ryukyusaarille.

Silmägenetiikan kestomysteerit

Kuten geenijuttujen kanssa monesti käy, niin kaikki muuttuu sitä epämääräisemmäksi mitä enemmän aiheeseen perehtyy, ja lopputuloksena on lisää ratkaisemattomia kysymyksiä. Niin nytkin. Mikä geenivirhe CEA:n oikeasti aiheuttaa, onko CEA oikeasti monta erillistä kehityshäiriötä, onko NHEJ1-deleetiomutaatio yleistynyt colliessa ja hokkaidonkoirassa todella vain sattumalta... ja mistä se nyt sitten on hokkaidonkoiriin oikeasti päätynyt. Entä onko collien silmäsairaus ja lyhenne CEA yhä suositeltu nimeämistapa vai pitäisikö vakiinnuttaa jokin suomitermi choroidal hypoplasialle... ja kattaako se myös koloboomareiät.

Onneksi itse asia eli CEA sairautena ei vaikuta olevan kovin dramaattinen, jos koko rotuun levinnyttä sairautta ei ole edes huomattu ennen kuin vahingossa kymmenen vuotta sitten. Jos nyt useimpien koirien tapauksessa edes voi puhua sairaudesta. Suomen kielestä puuttuu kätevä enkkutermi "affected". Siinä mielessä kantajien karsiminen jalostuksesta olisi turhaa lopun alkua muutenkin pienilukuiselle rodulle.

Siinä kaikki. Sattumalöydös eli diluutioalleeli hokkaidonkoirassa saattoi inspiroida uuden värigenetiikkajutun.

Lähteitä ja luettavaa

Collie eye anomaly: a review (Palanova, 2015)

Breed relationships facilitate fine-mapping studies: a 7.8-kb deletion cosegregates with Collie eye anomaly across multiple dog breeds (Parker ym., 2007)

Collie eye anomaly in the rough collie in Sweden: genetic transmission and influence on offspring vitality (Wallin-Håkanson ym., 2000)

Discrepancy in compliance between the clinical and genetic diagnosis of choroidal hypoplasia in Danish Rough Collies and Shetland Sheepdogs (Fredholm ym., 2016)

Collie eye anomaly in Hokkaido dogs: case study (Mizukami ym., 2012)

Investigation of parallel and simultaneous selection for collie eye anomaly and ivermectin toxicosis (Mizukami ym., 2014)

https://hokkaidoni.blogspot.com/2014/05/hokkaido-cea.html

https://www.kennelliitto.fi/perinnolliset-sairaudet-ja-koiran-hyvinvointi/yleisimmat-silmasairaudet